一監二閣三院——
設置欽天監監正、太史閣太史令、文淵閣統領大學士、翰林院院正、格物院院正、都察院左都御史、右都御史。
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欽天監，掌觀察天象，推算節氣，制定歷法。
【天文科】負責天文學研究。
【歷法科】負責歷法和節氣的編纂、制定、推算。
【日晷科】負責精確的時間測量，目前采用原子鐘。
【風水科】負責國家地理堪輿、尋龍點穴、藏風納水，目前成為了國家玄學研究部門，負責超自然現象的調查與研究。
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太史閣，國家歷史與檔案館，負責史學研究，修書撰史。
【考古科】負責國家的考古挖掘工作。
【守藏科】國家歷史和檔案館。
【古史科】負責研究古代歷史。
【近史科】負責研究近代歷史。
【現世科】負責預測現代及未來的格局形勢。
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文淵閣，文化藝術的研究機構，負責諸子百家、百科學術的修書定義、釋義正典。
【經藏樓】國家藏書館、圖書館。
【百家坊】精研百家學術（主要是哲學、思想、主義、政治、理論）。
【正典處】負責各種著作的官方解釋權。
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翰林院，為中樞幕僚，或者說是智囊團、智庫。
【文苑】經筵日講、論撰文史、稽查史書等等，文苑長于學術研究。
【玉堂】探討軍政、協議國事、推演局勢、以備咨詢等等，玉堂長于謀劃策略。
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都察院，主掌監察、彈劾及建議，負責糾察、彈劾官員、肅正綱紀。
【左都察院】監察百官，廉政反腐。
【右都察院】信訪采風，百姓投訴。
【監察司】地方監察御史使司。
【紀委司】紀律檢查委任使司。
【暗行司】暗行御史使司。
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格物院，中華聯邦中央科學院，負責科學技術研究，經李丞相改制後分為探天閣和人文苑兩部分。
探天閣——
【算學部】研究數學、算法和邏輯學。
【物理學部】研究物理學。
【化學部】研究化學和材料學。
【生物醫學部】研究生物學、醫學。（大多兼任太醫院之職）
【地學部】研究地理學、地質學、地球環境學等。
【信息學部】研究電子信息學。
【機關學部】研究機械機器學。
【工程技術學部】研究工程學。
人文苑——
【語言學部】研究各類語言、文字、音律、符號、密碼。
【社會學部】研究人類社會活動。
【心理學部】研究心理學。
【政治學部】研究政治學。
【經濟學部】研究經濟學。
【律法學部】研究律法學。