盡管高太後和大臣在垂簾時沒有考慮到哲宗的感受，但他們並不放松對哲宗的教育。高太後擬任呂公著、範純仁、蘇軾和範祖禹等人擔任哲宗的侍讀大臣，想通過教育使哲宗成為一個恪守祖宗法度、通曉歷史經義的好皇帝，尤其是讓哲宗仰慕仁宗，而不是銳意進取的宋神宗，因為宋仁宗曾經創下了為士大夫津津樂道的清平盛世。
此外，高太後在生活上對哲宗的管教也是非常地嚴格。為了避免哲宗沉溺，高太後派了20個年長的宮嬪照顧好他的起居，又令哲宗晚上在自己的榻前閣樓中就寢，限制他自由活動的空間。
元祐四年（1089）十二月，民間卻傳出宮中尋找乳母之事。大臣劉安世得知後大驚，哲宗此時才14歲，後宮竟然尋找乳母，是否皇帝迷戀聲色？劉安世上了奏章，告誡哲宗須自重。另一大臣範祖禹直接上疏高太後，言辭極為激烈。高太後對外解釋說，是神宗遺留下的幾個小公主年幼，需要乳母照顧，但私下卻將哲宗身邊的宮女一一喚去審問。哲宗後來回憶說那些宮女們個個紅腫著眼楮，臉色慘白無血，哲中心里很是害怕，後來才知道是劉、範暗中告了狀，而自己卻渾然不知。高太後的這些做法，目的為了照顧和保護哲宗，卻使哲宗感到窒息，無形中也增強了他的逆反心理。
更讓哲宗難以接受的是，高太後對待其生母朱德妃過于嚴格，甚至是苛刻。或許是她有著某種隱憂，擔心哲宗母子聯合起來，威脅自己的垂簾地位。朱德妃出身寒微，幼年時遭遇極為坎坷，其生父早逝，後隨母親改嫁後，繼父見她，百般討厭，只好投奔親戚，舅舅家中長大。朱德妃入宮後，初為神宗的侍女，後來生下了哲宗、直到元豐七年才封為德妃。朱德妃溫柔恭順，對高太後和神宗向皇後一直是畢恭畢敬、情禮兼到。
元豐八年十一月，朱德妃護送神宗的靈柩前往永裕陵，途經永安。當時，大臣韓絳任河南知府，親自往永安迎接靈柩。朱德妃走在後面，韓絳也去迎接。高太後知道了此事，竟然指著朱德妃勃然大怒︰「韓某乃是先朝的大臣，你又怎能受他的大禮？」嚇得朱德妃淌著眼淚，不斷地謝罪。哲宗即位後，向皇後被尊為皇太後，朱德妃卻未能母以子貴，只能尊為太妃，沒有受到應有待遇。在如何對待朱太妃的問題上，朝廷中曾經有過不少的意見。有人想趁機拍拍高太後的馬屁，欲降低皇帝生母的等級，以凸顯垂簾听政的太皇太後。有人想著將來終究會是哲宗掌權，主張尊崇朱太妃，以顯示天子的仁義、孝道。但高太後卻是另有打算，以此壓制朱太妃。
直到元祐三年的秋天，才允許朱太妃的輿蓋、儀衛、服冠可與向皇後的一樣。哲宗親政後，立即下令母親的待遇完全與皇太後向氏相同。從哲宗生母的待遇問題上，從中看出哲宗其間復雜的政治斗爭背景。
高太後和元祐大臣們所做的一切，對于哲宗來說，負面影響是非常大的。哲宗早慧，**歲時便能背誦7卷《論語》，字也寫得非常漂亮，頗得父親神宗喜愛，以神童譽之，不為過分。
元豐七年三月，神宗在宮中宴請群臣，時年9歲的趙佣隨同。趙佣雖然是第一次經歷這樣的場面，卻表現十分得體，贏到了父親的夸贊。
哲宗即位後，遼朝派來使者來參加神宗的吊唁活動，宰相蔡確因兩國服飾的不同，怕年幼的哲宗心悸，便反復給哲宗講述契丹人的衣著和禮儀。哲宗先是沉默不語，待蔡確絮絮叨叨地講完了之後，忽然正色問道︰「難道遼朝的使者就不是人嗎？」蔡確一愣︰「當然是人，但他們是夷狄哲宗道︰「既然是人，又怕他做甚？」言辭怪誕且極為鋒銳，蔡確無言以對，驚恐萬狀地退下了朝來。
少年老成的哲宗面對不將自己放在眼中的高太後和元祐大臣，也會用他自己的方式表示反抗和不滿。每次大臣向哲宗和高太後奏報時，哲宗都是緘默不語。有次高太後問哲宗為何不表達自己的看法，哲宗回敬道︰「已經處理得當，還要羅嗦些什麼？」弦外之音就是自己無非是一個擺設而已。
哲宗經常使用一個舊桌子，高太後令人換掉，但哲宗又派人搬了回來。高太後問他為何，哲宗回答︰「是父親（神宗）用過的高太後心中大驚，知道哲宗將來必然會清算自己的舉動。大臣劉摯曾經上疏，想讓高太後教導哲宗如何分辨君子、小人。高太後嘆氣，曰︰「本宮常與孫子談論這些，可是他卻不以為然由此看出高太後的擔心害怕，當然就更不敢放下手中的權力。
元祐八年九月，高太後去世，哲宗改元紹聖，他大力打擊元祐大臣，在章惇等人鼓動之下，直指高太後「老奸擅國」，廢了高太後的稱號及其待遇。也許在最初，哲宗對父親神宗的理解只是出于崇敬，但元祐時期被冷落和忽視的經歷，加劇了他對元祐政治的不滿，便去極力地推崇父親神宗。可見，在哲宗的政治抱負中，有著濃厚的個人感情因素，使得人生多了些悲劇色彩，朝野上下的涇渭也是益發地清晰明了。
哲宗親政後，召回章惇、蔡卞、曾布、黃履和蔡京等人。這些人曾經是神宗變法時的重要人物，但在經歷了元祐時期舊黨的殘酷傾軋和迫害之後，他們的政治性格在黨同伐異過程中遭到嚴重的扭曲。他們復出後，便與親政的哲宗一樣，有著強烈的報復心理，章惇就是其中代表人物。
章惇返回朝廷後，不忘劉摯和王岩叟等人對新黨的攻擊，變本加厲地對他們進行報復。紹聖元年（1094），章惇在哲宗的支持下，將舊黨的主要人物呂大防、劉摯、蘇軾、梁燾等人貶到嶺南。章惇還利用哲宗不滿當年劉安世和範祖禹諫宮中尋找乳母一事，將兩人也貶到嶺南。
紹聖四年，章惇等人頻頻上奏，哲宗又開始了對元祐大臣進行新一輪的打擊。已故的司馬光和呂公著等人均被追貶和削奪恩封，甚至掘兩人墳墓，鞭尸報復，由于大臣以「發人之墓，非盛德之事」相諫，哲宗才無奈作罷，但兩人後代都被牽連遭貶。仍在世的元祐大臣，皆被貶出朝廷，相繼來到了嶺南。
高太後垂簾時，任用頑固派司馬光為宰相。司馬光一上台，就把神宗時的「王安石變法」（熙寧變法）駁得一文不值，全部廢止。宋哲宗對司馬光和高太後的執政與壓制感到十分厭倦，極其不滿。
哲宗親政後恢復了王安石變法中的保甲法、免役法、青苗法等，減輕了農民負擔，使國勢有所起色。次年改元「紹聖」，停止與西夏的談判，多次出兵討伐西夏，迫使西夏向宋朝乞和。
宋哲宗是北宋較有作為的皇帝。但是由于在新黨與舊黨之間的黨爭不但沒有獲得解決，反而在宋哲宗當政期間激化矛盾，種下了北宋滅亡的遠因。
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