;
告別了基拉祁，小智一行人繼續上路了，而今天上午吃飯的時候，一只大嘴鷗飛了過來，留下了一封信，信里說非常的欣賞小智，認為小智是一位優秀的訓練家，所以邀請他來挑戰剛研究出來的對戰系統，落款人是一位叫做榮格的博士，而小智看到隨附的地圖後，發現榮格博士的研究所就在不遠處，所以欣然接受了邀請，接著四人就向著研究所走去。
「不知道我什麼時候也能被大家認為是優秀的協調訓練家啊」，走的路上，小遙忍不住的說。
「只要繼續努力，這一天一定會很快到來的」，小智回頭說道。
「嗯，離秋葉鎮不遠了，這次的華麗大賽緞帶勛章，我一定會拿到手的」，之前小智有說過，不會參加這次的華麗大賽，所以小遙握了握拳頭，斗志十足的說。
「啊，那個就是研究所啊，還是第一次看到城堡式的研究所呢」，這時一座建立在河畔的宏偉城堡出現在了大家的眼前，小勝非常地驚嘆。
「這些是什麼，難道是照明系統嗎？」城堡的門敞開著，小智一行走進後，就發現大理石鋪就的地面上有很多吐出的半圓部分，小剛不明所以的猜測說，不過這時的小智根本就沒有听到小剛在說什麼，而是直直的看著眼前，只見前方站立著兩個人，其中一人一頭灰白的頭發，身穿白色大褂，正是大木博士，不過小智的眼光則是被另一倩麗的背影給吸引了，橙色單斜馬尾辮，黃色短袖衫，加黃色短褲，背著一個海豹球形的背包，正在和大木博士討論著什麼。
「小智這是怎麼了？」看到小智一言不發的向前走去，小勝不明所以，小剛和小遙則是在一旁會意的笑著。
「小霞」，終于走到了跟前，小智輕輕的環住身前的可人兒，喃喃的說。
「小智」，本來突然被人抱住，小霞想立刻掙月兌開，不過突然一聲低喃使得小霞渾身一顫，隨後向後靠進了一個溫暖的懷抱，一顆淚珠悄悄的掛在了小霞的眼角，不知道是悲傷還是高興，而波克基古也和皮丘它們嘮家常去了。
「哎呀，真是的，你們倆個好了嗎」，看到兩人都已經抱了五分鐘了還沒有分開的趨勢，被冷落的大木博士忍不住的說。
「沒有，一輩子都不會好」，小智應聲回答。
「哎哎哎，好了，小智你到這里來應該是有事情吧，小霞一時半會兒也不會離開你的，待會兒你們再聊」，大木博士一陣扶額。
「嗯」，小智听到後，慢慢松開了懷抱，不過仍是一只手抓著小霞。
「看來，小智到這里來，應該也是受到了榮格博士的邀請了」，小霞這時拿出一封信，笑著對小智說道。
「是的」，小智也把那封信拿了出來。
「我听說榮格七年的研究終于出成果了，所以就陪著小霞一起來了，沒想到會踫到你們」，隨後大木博士和小剛他們打招呼。
「嗨，小遙，我們終于見面了」，小霞也對小遙說道。
「是啊，之前只有在電話里見過呢」。
「哦，原來之前小智每次煲電話粥都是和你啊」，小勝也終于知道了怎麼回事。
「你就是小勝吧，見到你很高興」，小霞也和小勝打招呼。
「各位，我一直在等你們呢」，就在這時，從屋里走出一位藍色短發，身穿白大褂的人，「歡迎來到我的研究所」。
「哦，榮格，好久不見了」，大木博士看到來人高興的說，原來眼前的這位就是研究出新的對戰系統的榮格博士了。
「吶吶吶，榮格博士，那個新的對戰系統在什麼地方？」小勝這時已經迫不及待地想要見一見新的對戰系統了。
「各位正身處其中呢」，榮格博士說了一句讓大家模不著頭腦的話，「接下來，我就展示給大家」，隨後博士拿出一個操縱裝置，按了幾個按鈕後，庭院地上的半圓凸起突然發出亮光，並且之間有光線把他們連接到了一起，形成了一個一個的六邊形，如同蜂巢一般。
「難道這就是幻影領域？」大木博士對這個東西還是知道一點的。
「是的，他們可以在里面自由的行動」，榮格博士一邊說著一邊接著操縱著按鈕，幾道光線對撞到一起，在大家眼前出現了三只神奇寶貝。
「是鐮刀盔、多刺菊石獸和太古盔甲」，看著眼前的三只神奇寶貝，小剛非常的驚訝。
「幻影神奇寶貝，也就是說，你的歡迎系統已經完成了」，大木博士不可相信的說。
「是的，以神奇寶貝的數據為基礎，聲音、智慧還有軀體，能組成神奇寶貝完整個體的系統，由此誕生的它，理所當然的稱為幻影神奇寶貝」。
「和真的神奇寶貝一樣」，小勝忍不住的走上前去，模了模多刺菊石獸，那冰冷的觸覺，仿佛真正模到了硬殼一般。
「那是當然的，不僅可以參與對戰，滅絕的神奇寶貝，稀有的，甚至神秘的神奇寶貝，所有的神奇寶貝都能見到，換言之，這將促進神奇寶貝研究的飛躍發展，那麼接下來」，榮格博士說完後，三只化石神奇寶貝就消失了，代替的則是一只波士可多拉，「小智、小霞，有興趣挑戰我的幻影神奇寶貝嗎」。
「那是當然的」，小霞對此非常的感興趣，她還從來沒有和豐緣地區的神奇寶貝交過手呢。
大家跟著榮格博士一起來到了一處對戰場地，大木博士走到了裁判的位置上，「馬上將舉行榮格博士與華藍道館館主小霞的神奇寶貝對戰，使用的神奇寶貝為一只，當有一方的神奇寶貝失去戰斗能力的時候，比賽即為結束」。
「好，去吧，我新的寶貝」，小霞看到對方已經準備就緒，接著派出了自己的神奇寶貝。
「是美納斯」，看到小霞派出的神奇寶貝，小遙大吃一驚。
「雖然姐姐他們出去旅行，不過在路上收復了幾只神奇寶貝，不久前，小智告訴我，笨笨魚可以通過攜帶綺麗鱗片通信進化，所以就有了現在的美納斯」，小霞看著美納斯也是十分的高興，畢竟誰都無法抗拒美納斯的美麗。
「女士優先，就由你先攻吧」，榮格博士很紳士的把先攻權讓給了小霞。
「美納斯，水炮」，小霞也沒有推月兌，直接讓美納斯使用了水炮，一道粗壯的水柱應聲而出，直接命中了對面的波士可多拉，激起一陣煙塵。
「命中了，而且是效果拔群」，小勝在一旁激動的喊道。
「吼」，不過結果卻出乎大家預料，煙霧散去，波士可多拉大吼了一聲，完全看不出傷勢。
「這怎麼可能？」大家看到後都非常的不敢相信。
「波士可多拉，使用沙塵暴」，
「液體圈」，面對波士可多拉的沙塵暴，美納斯的身體周圍出現了許多的水圈，把美納斯環繞了起來，這樣就把沙塵暴對美納斯造成的持續傷害給抵消了。
「電磁波」，
「美納斯，魔裝反射」，榮格博士看到沙塵暴沒有什麼作用，所以繼續選擇了干擾技能，可是美納斯身體發出一道絢麗的白光，使用了魔裝反射，電磁波直接就被反彈了，波士可多拉反而被麻痹了。
「波士可多拉，使用種子機關槍」，就在一切按部就班，小霞看起來穩佔上風的時候，榮格博士突然讓波士可多拉使用了種子機關槍，黃綠色的種子朝著美納斯噴射而去。
「什麼？」小霞看到種子機關槍大吃一驚，「使用暴風雪」，不過隨後就反應了過來，讓美納斯使用了暴風雪，冰封了種子。
「這怎麼可能，波士可多拉是不可能使用種子機關槍的」，小勝這時立刻問道，這已經打亂了他的認知。
「因為它是一只幻影神奇寶貝，可以通過操控輸入的數據，來自由改變屬性和絕招」，榮格博士解釋說。
「如果是這樣的話，那麼就沒有比下去的必要了，神奇寶貝是有生命的，每一種神奇寶貝都有自己獨自的特點，正是他們各自的屬性和特有的絕招，才使得神奇寶貝多彩多姿，你的系統如果是這樣的話，那就根本沒有研究下去的必要了，它對神奇寶貝的研究沒有任何的作用，它只是一堆堆砌的數據罷了」，小智在听到榮格博士的解釋後，就把小霞拉了回來，阻止了小霞繼續戰斗，因為他認為這是沒必要的，「博士，如果沒什麼必要的事情了話，我們就先走了，我們還有很多話要說呢」，小智隨後對大木博士說道，接著就拉著小霞向門外走去。
「哈哈哈哈哈……」。
「什麼人」，小智和小霞還沒走出去幾步，突然傳來一陣很渾厚的怪笑聲，大木博士听到後立刻看向聲音傳來的地方。
「居然說幻影神奇寶貝只是一堆數據」，大家一起看向聲音發出的地方，就看到在研究所的陽台上有一個身披披風，臉帶面具的人，「那我就讓你看看幻影神奇寶貝的厲害」，隨後那個人也拿出了一個和榮格博士一模一樣的控制儀器，按下幾個按按鈕後，突然院子里出現了好多的神奇寶貝，鐮刀盔、多刺菊石獸、化石翼龍、太古盔甲，各種化石神奇寶貝，還有怪力、圈圈熊等看起來力量巨大的神奇寶貝。
「榮格博士，這是怎麼回事？」看到憑空出現的神奇寶貝群，大木博士質問榮格博士。
「我也不知道是怎麼回事啊」，榮格博士操縱著手里的控制儀器，不過突然就自己爆裂了開來。
「這個幻影領域已經歸我所有了，我是幻影的主謀者」，那個神秘人則是說道，自稱為幻影的主謀者。
「現在怎麼辦？」小遙看著眼前這麼多凶神惡煞的神奇寶貝，有點六神無主。
「看來沒辦法了，小智」，小霞則是再次拿出了一個神奇寶貝球，隨後對小智喊了一聲。
「嗯，好久沒有一起戰斗過了」，小智也一邊說著，一邊拿出了一顆神奇寶貝球，「阿勃梭魯，決定是你了」，小智派出了剛收服不久的阿勃梭魯。
「去吧，我的寶貝」，小霞也隨後把神奇寶貝派了出來。
「是暴鯉龍，又是一只強力的神奇寶貝」，看到小霞的神奇寶貝，小勝吃了一驚，明明比姐姐大不了多少，可是差距怎麼這麼大。
「阿勃梭魯、暴鯉龍，mega進化」，小智和小霞笑著對視了一眼，小智右手按住左手腕帶上的鍵石，小霞則是右手食指和中指按住胸前懸掛的吊墜上的鍵石，兩股能量分別和阿勃梭魯、暴鯉龍身上的mega石相呼應，能量撕裂開來後，出現在大家眼前的是胸前毛發變為白色雙翼的百萬阿勃梭魯，和百萬暴鯉龍。
「我們怎麼辦？」小遙看到後呆了一下，隨後恢復過來。
「我要去把這里的事情告訴君莎小姐，想這麼復雜的事情只有我才能解釋清楚」，小剛則是一邊幻想著一邊說道。
「睜眼說瞎話，我看你只是想要去見君莎小姐吧」，小霞則是無情的拆穿了小剛。
「不管了，就這樣吧」，小剛說完就一溜煙兒的跑了。
「真的沒問題嗎？」小遙也是對小剛有所了解，所以有點不放心。
「算了，應該會傳達到的」，小霞無奈的說。
「啊——」，而就在小智他們說話的時候，榮格博士突然被憑空出現的一只化石翼龍給抓了起來，向著屋後飛去。
「榮格」，大木博士看到後，一邊向前跑，一邊向榮格博士伸出手，想要救下榮格博士。
「博士——」，不過跑了沒幾步後，突然再次出現了一只化石翼龍，把大木博士也給捉了起來，小勝喊道。
「百萬阿勃梭魯，幻象斬」，小智當然不會讓大木博士就這樣被捉走，百萬阿勃梭魯頭上的刀刃發射出一道粉紅色的能量刀，向著空中的化石翼龍斬去。
「什麼？」不過突然在彈道飛行軌跡上，出現了一只怪力，硬生生的用身體擋住了幻象斬，接著就化為了一堆數據，消失了，幻影的主謀者也趁著這個時候離開了。
「小霞，我們上，要趕快救出大木博士，百萬阿勃梭魯，劍舞」，看到鐮刀盔和多刺菊石獸向著百萬阿勃梭魯而來，小智立刻讓百萬阿勃梭魯用劍舞強化。
「百萬暴鯉龍，龍舞」，小霞那邊也選擇了強化，「水之尾」，剛強化結束後，就一擊水之尾抽飛了一只太古盔甲，被抽飛的太古盔甲在空中化為了一堆數據。
「街頭試刀」，小智這邊也不慢，百萬阿勃梭魯一個加速沖到鐮刀盔和多刺菊石獸身旁，頭上刀刃斬出，直接打散了這兩個數據。
「好強啊」，小勝在一旁看到後驚嘆的說。
「是啊」，小遙也仿佛變為了局外人一般，原來小智身旁的人的實力這麼強，完全的不弱于小智，也就只有這樣的人才能配的上小智，小遙突然有點自卑，自己和小智旅行了這麼久，好像一點實力都沒有一樣，口口聲聲說下次華麗大賽取得緞帶，不過實際上一點信心都沒有。
「姐姐，小心」，小遙正在走神，沒有看到一只圈圈熊向著她拍了過去，小遙听到小勝的話後，抬起頭就看到眼前一只圈圈熊離自己僅有十厘米，銳利的雙爪在太陽光下閃爍著凶煞之氣，小遙嚇的腦袋一片空白，眼看雙爪就要拍到小遙身上的時候，突然圈圈熊變為了一堆數據，是阿勃梭魯的幻象斬，小遙一**坐到了地上。
「你沒事吧」，小霞從圈圈熊身後出現，拉起小遙，「不要擔心，小智不會讓我們有事的」，小霞笑著說道，「當初的我也是很弱，小智一直都保護我，不過我不想成為小智的累贅，所以我很努力，現在終于可以和他並肩作戰了」，小霞幫小遙拍掉身上的灰塵。
「小霞，你之前沒這麼強嗎？」小遙听到小霞的話很吃驚。
「是的，當初的我一點都不比小遙強呢」，體貼的小霞早就看出了小遙在看到自己站在小智身旁戰斗時的自卑，所以小霞握住小遙的手開導她說，「相信小遙只要努力，一定會很強的」。
「真的嗎？」
「吶」，小霞肯定的點了點頭，「百萬暴鯉龍，龍尾」，說話的時候，一只怪力沖了過來，百萬暴鯉龍一個神龍擺尾就把它打散了。
「我知道了」，小遙仿佛下了決心一般，雙眼發出銳利的目光，不過一瞬就消失了。
「一起加油」，看到小遙振作起來，小霞笑著說道。
「嗯」，小遙緊緊的握著小霞的手保證的說，而此時的戰場上，小智也已經打掃的差不多了，只剩下三只幻影神奇寶貝了。
「這是怎麼回事？」不過突然這三只幻影神奇寶貝自己解散了，變為了數據，向著研究所內而去，小勝看到後，不明所以。
「大家小心」，而這時剛剛被捉走的大木博士帶著一只夢幻向這邊跑了過來。
「大木博士，你沒事吧」，小智看到大木博士後立刻問到。
「嗯，不過……」，大木博士表示自己沒事，隨後看向研究所。
「哈哈哈……」。
「幻影的主謀者？怎麼會是榮格博士」，隨著一聲怪笑，幻影的主謀者再次的出現了，不過這次沒有帶面具，居然是榮格博士，而他的身旁也有一只神奇寶貝，小勝看到後不解的說。
「是超夢，怎麼會？」而小霞看到那只神奇寶貝則是大吃一驚。
「不，它不是超夢，是幻影系統所制造出來的」，小智一看就知道是怎麼回事。
「沒錯，這是幻影超夢，是最強的神奇寶貝」，幻影的主謀者說道。
「博士這到底是怎麼回事，還有這只夢幻」，小霞發現一切都超過了自己的認知，所以問一旁的博士，而後大木博士就向大家解釋了，原來一開始的幻影主謀者只是幻影，想要大木研究所的研究數據，大木博士不給，不過突然出現了這只不同尋常的幻影夢幻，幻影的主謀者非常的痛恨這只夢幻，說是失敗品，就從這里大木博士推斷出了這個幻影主謀者是榮格，不過榮格用這只幻影夢幻脅迫大木博士最後把研究數據交了出來，而這些數據中不乏小智告訴大木博士的關于傳說中的神奇寶貝的數據，榮格把所有的數據整合，制造出了眼前的這只幻影超夢，是對當年神奇寶貝聯盟把他踢出神奇寶貝學界的報復。
「居然會是這樣」大家了解到事情的真相後，都非常的吃驚。
「我要讓你們看看我的理論是多麼的完美無缺，還有小智，居然說我的幻影神奇寶貝只是堆砌的數據，那就讓你看到它的實力」，隨後榮格博士就操縱著幻影超夢向這邊攻了過來，兩發鐵尾就把百萬阿勃梭魯和百萬暴鯉龍給打敗了。
「暴鯉龍」，小霞看到暴鯉龍被打敗後擔心的喊了一聲，隨後把暴鯉龍收了回來，小智也收回了阿勃梭魯。
「說你的幻影神奇寶貝是堆砌的數據，這是事實」，小智也有點火大，居然脅迫大木博士，並且打敗了自己的神奇寶貝，「超夢，讓他看看誰才是真正的超夢」，小智一邊說著一邊甩出了一顆大師球。
「又一只超夢？」小遙和小勝看到後大吃一驚。
「這只超夢可是真的哦」，小霞解釋說。
「我當初復制的神奇寶貝至少還是真正的生命體，雖然我很希望看到自己的同類，不過它只是一堆數據罷了」，超夢早已知道事情的始末，看著眼前這個和自己相似外表的神奇寶貝面無表情的說，隨後一發波導彈發射而出。
「你居然有真正的超夢」，榮格看到小智的超夢後也是吃了一驚，「不過，它是比不過我的完美的幻影超夢的」，看到幻影超夢成功的用一只手擋下了超夢的波導彈後，榮格說道。
隨後就是超夢和幻影超夢在對轟，各種技能甩出，不過雙方全部都擋了下來。
「可惡，既然這樣，就不要怪我了」，看到自己佔不到上風，榮格操縱起了手中的儀器，只見幻影超夢的身上出現了好多的頭，風速狗、阿柏怪、班吉拉等等神奇寶貝頭，隨後各種絕招同時發射了出來。
「超夢，精神破壞」，面對榮格的大招，小智也讓超夢使用了精神破壞來阻擋攻擊，超夢也不負眾望，從身體中輻射處大量的粉紅色能量波擋住了幻影超夢的攻擊，一陣陣煙霧撞擊產生。
「小心」，而就在這時，幻影超夢再次發射了一道破壞死光，不過不是朝著超夢，而是想著小智他們而去，超夢第一時間就發現了，不過自己正在抵抗著幻影超夢的其他攻擊，無暇顧及。
眼看就要攻擊到小智他們了的時候，「砰」的一聲，用東西阻擋住了攻擊。
「是夢幻」，看到發著綠色罩子幫小智他們擋住了攻擊的夢幻，小勝說道。
「可惡，你這個失敗品，不要再來妨礙我了」，榮格看到後，生氣的雙手顫抖，幻影超夢突然撤掉了攻擊超夢的攻擊，一個瞬移就出現在了夢幻的前方，一個尾巴抽擊，把夢幻抽上了天空，接著兩只手上變出兩顆頭，發射出兩道破壞死光，打向夢幻，這一切都在一瞬之間，小智連反應的時間都沒有，就看到夢幻被打中了。
「miu——」，夢幻在痛苦的叫聲中慢慢的變為了數據消失了。
「這失敗品終于消失了」，榮格看到夢幻消失後，笑著說道。
「你錯了」，小智此時低著頭，看不清是什麼表情，「它不是什麼失敗品」，小智的雙眼散發著紅光，一臉平靜的看著榮格。
「小智」，在小智一旁的小霞有點擔心，她剛才在小智低頭的時候看到了小智的眼角有亮光閃過，她知道那是傷心的淚水，而現在的平靜是小智憤怒到極點的樣子。
「什麼，真是好笑，明明是你看不起我的幻影系統的」，榮格則是不以為意的說。
「它不是你的數據，它是有靈魂的，我相信它並沒有消失，它只是到它該去的地方去了」，小智望向天空平靜的說著，仿佛夢幻正在那里和他揮手告別一般，「榮格，你成功的激怒了我，超夢，接著」，小智向超夢扔向一塊圓石，圓石中是白紫色的條紋，正是超夢石y，「mega進化」，肆虐的能量以超夢為中央向四周擴散，引起強大的狂風，把幻影超夢和榮格吹得睜不開眼，而小智則是完全的不受影響。
「這是……」，能量散去後，出現的超夢，擁有縴細的身體，拉長的頭部，能量得到了大幅提升，成為了種族值最高的神奇寶貝，銳利的雙眼閃爍著光芒，榮格有點顫抖，它仿佛感受到了那強大的力量，仿佛一下就會被打敗一般。
「超夢，速戰速決」，小智對mega進化後的百萬超夢y說道。
「知道」，超夢也非常的生氣，自從跟了小智，一直感受著神奇寶貝和人類之間的美好感情，可是這次卻讓他看到了人類丑惡的一面，超夢一個加速，使用神速，在百萬超夢還沒有反應的時候，就到了它身後，一發近距離的影子球把幻影超夢打向前方，隨後再次使用了神速，波導彈打出，幻影超夢被打向空中，超夢神速追上，取得幻影超夢的上空位置，雙手發射出劇烈的粉紅色能量，是精神破壞，「轟」的一聲，幻影超夢被打倒了地上，一陣煙霧產生，煙霧散去後，就看到幻影超夢躺在一個大坑中，身體正慢慢的變得虛幻，「砰」的化為了數據，而榮格的幻影系統也應聲發生了爆炸，庭院中的裝置一個一個的爆裂開來，徹底的報廢了。
「不可能」，榮格吃驚的看著這一幕，嘴里喃喃的說著。
「好了，現在請跟我們走吧，好好贖罪然後改過自新」，大木博士看到幻影系統已經毀了，所以對榮格說道。
「不用可憐我，我的幻影系統才剛剛開始呢」，榮格卻不領情，轉身，走進了正著了大火的研究所。
「榮格」，大木博士喊了一聲，不過被大火給阻攔住了。
就這樣，事情告一段落了，君莎小姐隨後趕來，不過大火撲滅後，卻沒有找到榮格，小智對榮格博士最後的一句話若有所思，也許之後不知道在什麼地方還會再見呢。
大木博士急著趕回研究所去查看數據的損失，急匆匆的走了，而小霞則是說閉館一周，所以還有時間陪小智旅行一段時間，小智非常的高興，五人踏上了新的旅途，而晚上，小霞和小遙也嘰嘰喳喳的聊到了很晚，說著女生之間的小秘密，成為了無話不談的好朋友，經常的旅行還在繼續著。
;