「前面這個洞窟，搞不好可能會有野生的大嘴蝠棲息呢」，一路前行，大家跟著小田卷博士來到了一處洞窟旁，小田卷博士指著前面黑漆漆的洞窟說道。
「哇，我們趕快進去吧」，小勝當然是迫不及待的要進去看大嘴蝠了，「希望大嘴蝠能夠趕快出現」。
「我想應該還要在深一點的地方吧」，小剛一邊走著一邊說道。
「前面沒路了，只有一道門……」，不過就在這時，洞窟的前面沒有了前進的路，小智看著眼前的木門說道。
「有人在嗎？」小勝敲了敲門，可是無人回應，接著擰了一下門栓，「門沒有鎖」。
「啊~~~，這個房間到底是怎麼回事」，好奇的一行人不請自來的走進了屋內，看著里面完善的各種設施，小遙非常的驚奇，「連個人電腦都有耶」。
「也有關于神奇寶貝的書，是神奇寶貝對戰必勝方法」，小勝也從一旁的書架上拿下了一本書。
「不準踫——」，不過就在這時，小智他們的背後傳來一聲大喊，回過頭，就看到是一個小男孩，「不準你們擅自跑進我的秘密基地」，男孩對著小智他們說道。
「那是土居忍士啊~」，小智也看到了男孩腳邊的神奇寶貝是一只土居忍士。
「秘密基地？不好意思，我們是不知道，所以才……」，小遙想要道歉，解釋一下他們不是壞人。
「滾出去……滾出去……」，不過男孩已經炸毛了，大聲的要求小智他們滾出去。
「抱歉抱歉，我們不該擅自闖入的」，小剛也尷尬的說。
「土居忍士，用瘋狂亂抓……」，男孩已經開始發難了，小智他們無奈，只好跑出了小屋，「不要讓我看到你們」，男孩還在後面喊道。
「那個小孩到底是怎麼回事啊？」跑出洞窟，小遙氣喘吁吁的抱怨說。
「這也沒辦法，是我們擅自闖入他的屋里，有錯在先啊」，小智也是第一次踫到這樣的人，不管三七二十一就趕人，不過是他們的錯誤，也不能怪人家。
「那個小孩搞不好在這里特訓呢」，小田卷博士猜測說，「好了，我們還是到前面那個洞窟去看看吧」。
「好，趕快走吧」，小勝也收拾好心情，率先朝前走去，「哇，好多的大嘴蝠啊，我還是第一次看到這麼多的大嘴蝠呢」，這次的洞窟沒有什麼特殊的情況，是一個很普通的洞窟，小勝看到了洞窟頂上佇立著好多的大嘴蝠，非常的興奮。
「大嘴蝠在白天都是像這樣停止不動的」，小田卷博士也隨後解釋說，在洞窟里轉了一圈，沒有發現其他的神奇寶貝，小智一行人就走出了洞窟。
「是剛才的那個男孩耶~」，剛走出洞窟，小遙就看到一旁正做著一個男孩，就是剛才把他們趕出來的那個男孩，不過現在有點失落的坐在那里。
「你好，剛才很抱歉沒有經過你的允許就跑進你的房間，我叫做小智」，小智友好的和男孩打招呼。
「我叫和輝」，男孩原來是叫做和輝。
「你的土居忍士呢？」小勝這時發現和輝的土居忍士不在身旁，有點詫異。
「它……它被……兩個帶著喵喵的人給搶走了……」。
「什麼，喵喵，是火箭隊——」，一听是帶著喵喵的兩個人，已經和火箭隊打交道很久的小剛一下就知道了。
「我從很久以前，用神奇寶貝比賽就從來沒有贏過」，和輝抱著膝蓋，非常喪氣的說道，「我喜歡神奇寶貝，可是我討厭用它比賽」。
「因為從來沒有贏過嗎？」小剛在一旁說道。
「嗯，因為一直打輸，好無聊哦，說真的，我已經打輸的不想再輸了，只想鑽個洞躲起來，所以我才選擇這里，建造秘密基地的」，和輝繼續解釋著。
「啊~，那個秘密基地是你建的啊~」，听到是和輝建的秘密基地，小勝很吃驚。
「不是，是土居忍士幫我建的，那里不會有人來打擾，是屬于我和它的小天地」。
「可惡——」，就在這時，小遙突然爆發了，指著和輝的鼻子說道，「神奇寶貝比賽是沒有對手就比不起來的，你應該去收服神奇寶貝，去跟朋友對戰，窩在自己的小空間里，哭哭啼啼的，是不會改變現狀的」。
「姐姐，你向別人勸說神奇寶貝戰斗的事，很沒有說服力耶」，小勝則是選擇拆小遙的台。
「好了，現在最重要的事情還是要幫和輝去把土居忍士奪回來」，小智這時說道，隨後大家就朝著和輝的秘密基地走去。
不過，「啊，我的秘密基地被破壞了」，一行人到達秘密基地後，就發現一片狼藉，桌椅等等都被損害了，而且牆上還開了一個大洞，向著里面延伸而去。
「我們去看看吧」，小智說完後，就朝前走去，大家也緊隨其後。
「你們看，那個建築物是……」，走了一段路程後，就出現了一個很空曠的地方，里面聳立著一座高高的建築，和當初在古辰鎮見到的地下遺跡的材質差不多，小遙看到後驚訝的說。
「沒想到，在地下會有這樣的建築」，小田卷博士也是大吃一驚。
「那里有人」，小剛隨後看到建築旁有人在那里，是一個身穿紅色斗篷的男人。
「是當初在古辰鎮見過的那些人」，小遙一眼就認出了那些人，而後，建築旁邊的水里也跳出五個人，一身藍色潛水服。
「大狼犬，使用影子球」，身穿紅色斗篷的人，立刻讓身旁的大狼犬使用影子球來攻擊。
「利牙魚，使用水炮」，那五個人中心的紅色卷發的女人也說了一句，隨後就看到水中出現了一只利牙魚，用水炮擋下了大狼犬的影子球。
「辛苦你們了，謝謝你們幫忙，火岩隊」，那個女人對對面的人說道。
「水艦隊，果然是你們」，而那個身穿紅斗篷的男人也是知道水艦隊。
「這里就留給我來處理，各位就請先走吧，盡量避免不必要的對戰，以完成任務為目標」，隨後女人讓旁邊四人去建築物里搜尋東西去了，「火村行動隊長，由你親自出動，這件事看來，火岩隊一定很看重這個遺跡嘍」。
「行動隊長泉美嗎？你應該很慶幸這個地方有水，才能讓你使用最得意的利牙魚」，原來紅斗篷的男人是火岩隊的行動隊長火村，而潛水服的女人則是水艦隊的行動隊長泉美，雙方毫不示弱的對峙著。
「是火岩隊和水艦隊，他們的關系好像很不好的樣子」，躲在一旁的小智一行人，小遙看到後說道。
「這兩個名字我好像听過，好像是利用神奇寶貝來做壞事的人，不過他們來這個遺跡想要做什麼」，小田卷博士也很不解。
「如果這里沒有你們想要的，只有我們追逐的
力量的話……」，那邊有對峙上了，火村說道。
「同樣的，就算這里存在你或我們追求的力量，你有辦法掌控它嗎？」全美則是問道。
「難不成你帶紅色的珠子來了——」。
「有的話，你想怎麼樣呢？」
「那當然是……」，火村說完後，上前走了一步，看來是想要搶奪紅色的珠子。
「哼，非常的遺憾，我還沒有資格踫那個東西，估計你也還沒有資格拿出那個東西，藍色的珠子吧」，泉美說道。
「他們到底在談些什麼？」小剛這時也糊涂了。
「你們為什麼要大地的力量，我們追逐的海洋的力量，可以將一切都沖走，你們根本就沒有勝算的」，泉美繼續說著。
「不了解大地力量的人才會這樣說」，火村也不甘示弱。
「這里是火焰2號，所有樓層搜索完畢，沒有發現g的反應」，就在這時火村的對講機里發來聲音。
「這里是龍卷風a，遺跡內沒有發現k的訊號，屬下猜測這里並不是喚醒的小廟，只是古人建造的祈福之塔而已」，泉美的對講機里也隨後發來信息。
「他們到底在找什麼啊？」看到火岩隊和水艦隊分別撤離了，小勝不解的問道。
「他們所說的紅色珠子和藍色珠子是分別能夠控制固拉多和蓋歐卡的，分別是大地的力量和海洋的力量，看來，他們應該是想要尋找這兩只神奇寶貝存在的信息」，小智這時解釋說。
「什麼？蓋歐卡和固拉多，是傳說中的神奇寶貝」，小田卷博士一听後大吃一驚。
「好耶~好耶~，那些人什麼東西都沒拿走就離開了，我們趕快展開尋找寶物的行動吧」，就在這時地下有傳來熟悉的聲音。
「是火箭隊，還有和輝的土居忍士也在」，小遙一眼就看到了被武藏捆在手里的土居忍士。
「好，我們走」，小智說完就跳了下去，安全的著陸了，「火箭隊，你們又在干壞事」。
「小鬼頭，又來妨礙我們」，武藏也是看到小智一陣的頭大。
「土居忍士——」，和輝這時也跳了下來，不過沒有小智降落的那麼帥，一個不穩，向前倒去，剛好撞到了火箭隊身上，把火箭隊三只撞到了，土居忍士也從武藏的手里月兌離了出來。
「和輝，土居忍士救回來了，這是太好了」，看到和輝抱著土居忍士，小遙高興的說。
「嗯——」，和輝也很高興。
「這邊就交給我來，龍蝦小兵，決定是你了，使用螃蟹拳」，小智也隨後派出了龍蝦小兵，龍蝦小兵甩動的大鉗錘打中了火箭隊。
「好討厭的感覺啊」，火箭隊直接就被打了出去，撞破了岩壁，飛走了。
接下來就是分別了，和輝決定重新開始，和土居忍士一起加油，而小田卷博士則是表示要回去研究一下固拉多和蓋歐卡的資料，所以也選擇了和小智他們分別，于是小智一行只剩四人，朝著武斗道館前進了。