由于有馬六甲要塞的屏障，中華軍成功擊退了來自不同方向的多次進攻。
為了攻陷馬六甲，亞齊人傾國而出，在柔佛人、北大年人的幫助下，整整圍攻了馬六甲城5個月。為此，蘇門答臘的馬來人叛亂很快被終止，巨港蘇丹國因為沒有了亞齊的支持，在三月間被華人開拓團和南洋艦隊陸戰隊打敗，不得不向中華軍投降。
在此期間，馬六甲的居民被困在城中，最大的問題是缺少食品供給，四萬余平民、6000多武裝人員不得不食用野貓和老鼠，甚至不得不在三寶山華人公墓邊上挖野菜。
其實作為南洋行軍總管所在，作為蘇門答臘、馬六甲商業區及各地農莊、勿里洞錫礦區的賦稅集中地，馬六甲原本有著充足的糧食儲備。前一年，為了遼東之戰的軍糧和賑濟需要，中華公司龐大的海上運輸能力將南洋地區出產的糧食都盡量向北運。結果，在天啟二年二月底馬六甲被圍後，城內的食品缺乏成了大問題。至于彈藥倒是沒什麼問題，這里原本就有葡萄牙人留下的小型兵工廠，後來被中華公司加以擴建，可以制造顆粒火藥和火繩槍，修繕燧發火槍。火藥原料是早幾年從呂宋鎮守府兵工廠運來存儲著的，在五個月圍城戰中被用掉了大半。
到七月底為止，馬六甲城內由于饑餓、疾病和各種戰斗傷死去的人已達4000人。其中戰斗傷亡不過近千人而已。
趙宣明守衛澎湖島、雅加達的經歷已經成為中華軍統治區的傳奇，在馬六甲保衛戰中，他再次完美組織了一次守城戰。中華軍及華人武裝充分利用自己手中的先進火器，憑借馬六甲城堡良好的工事，用最小代價，給那些冷熱兵器混用的土人兵士以最大殺傷。
但是隨著周邊華人據點陸續陷落，趙宣明不得不一次次派兵出去救援各地華人，盡力把他們救回城來。這樣，中華軍和華人民兵不得不在出城時與大隊馬來人惡戰。在不利于發揮火器威力的田間地頭、紅樹林中，中華軍士兵挺著刺刀、民兵們揮舞砍刀、長矛和馬來人進展肉搏，傷亡不小。華人武裝力量在馬六甲圍城期間的戰斗傷亡，大多數都是發生在出城作戰時。而救回城中的華人百姓，陸陸續續有五六千人，大多數是一無所有死里逃生，無疑又增加了城內的糧食危機。
五月間，得到求援信息的南洋艦隊爪哇分遣隊主力還在清剿各地爪哇叛亂者，只派出幾艘縱帆戰艦回援馬六甲，但是面對成百上千的馬來人帆船，沒能打破馬六甲城的包圍圈。最後他們只能和飛鷹號戰列艦一齊，依托淡馬錫島封鎖海峽東南出口，防止亞齊人船隊從海上包圍馬六甲城東。在馬六甲城東圍城的是柔佛軍及馬來半島上其他雜七雜八的馬來叛亂者，完全徹底的一盤散沙，象土匪一樣忙著攻打各個華人農莊，戰斗力比亞齊軍差多了。因此，馬六甲守軍在這個方向只放了幾支華人民兵武裝防守。
第六師在婆羅洲的部隊得到趙宣明求援信後，收攏了在各地鎮壓叛亂的部隊，會合平定了那些本地叛亂的華人開拓團，在新崖州港口集結了近六千人馬，二十門大炮。但是，此時是婆羅洲海面無風季節，天氣情況導致部隊無法及時出發前來援救。只有一艘飛剪船-通訊艦駛出新崖州港，帶著一百來號精銳戰士前往馬六甲，給守城的人們帶來了聊勝于無地援助。
不過，他們成功為馬六甲城守軍帶去了三架雷擊蜂窩槍——在遼東戰場上發揮了重大作用的手動36管速射槍，為守城戰帶去了利器。此時，速射連發槍還沒有在參加遼東戰役以外的中華軍中配置，馬六甲守軍原本只有城堡正門有一架100管的暴雨槍。而第六師也是剛剛從台灣兵工廠接收到這幾支速射連發槍而已。
另外，海南島的南洋艦隊分遣隊擁有一艘載70門大炮的飛字號戰列艦，十多艘各種型號其他戰艦。在得到求援信後，他們確實加緊了換裝新式大炮的過程，在四月間就準備好南下支援馬六甲。但是，還是因為天氣原因︰一場早早到來的台風襲擊了海南島全境，停泊在瓊州港口的艦隊船只全部都受到了損壞。
得到告急信的台灣中華軍總部，不顧本島兵力空虛，抽調第二艦隊-台灣艦隊的船只南下支援，結果也是在半路遭遇這股台風，分遣艦隊的提督-被從艦隊總管位置上撤職的台灣艦隊副總管麥大海最後不得不帶著本部艦船來到瓊州港，和南洋艦隊船只一起接受緊急搶修。
尹峰此時在為江南新軍叛亂一事操心，得知麥大海的信鴿報信後，不得不長長嘆息一聲︰風帆戰艦時代，無論哪國的艦隊，被大自然玩弄時都是無可奈何的事。他的轄區實在是太大了，從南到北橫跨萬里海疆，最快的通訊艦從遼東到爪哇跑一趟，一般情況下得一個月。在遼東集結的台灣艦隊分遣隊現在正在南下，四月間剛剛到達琉球。
如今，只能指望馬六甲城能夠多堅守一段時間了。尹峰同時向呂宋鎮守府發出命令，讓那里軍火工廠加班加點生產，為下一步對南洋的大反攻作準備。
時間很快到了七月，鄭芝龍由錫蘭島返回，帶領南洋艦隊在印度洋的分艦隊和海南、爪哇的分艦隊齊聚馬六甲海峽，台灣艦隊分艦隊及第六師支援部隊也到達了淡馬錫河口。
馬六甲戰場上，亞齊人攻城時死傷慘重，在天啟二年四月之後就采取了圍困的戰法。馬來人聯軍根本就無法做到聯合作戰，只是各圍一邊各自作戰，互相之間無法配合作戰。亞齊人在西、南兩面發動進攻，兩外兩面的盟軍卻是毫無配合作戰的表現。
亞齊蘇丹阿拉坦親臨戰場，召集邀請柔佛蘇丹、北大年女王前來商議，結果只有各家的領兵將領前來會面，沒人有決定權。與盟軍的會商毫無結果，亞齊蘇丹決定單干。他布置部隊分兵焚掠各地華人據點，同時，他在幾個歐洲人顧問建議下，在馬六甲陸地這一面挖掘長濠，每隔百步設立竹制望樓一座，駐兵防守。晚間在望樓上點燃火把，沿長濠綿延十余里。
這項工作遭到城內守軍不斷出擊破壞，結果亞齊人不堪其擾，望樓經常被襲擊後點燃成夜色中的大火把。等亞齊人把全部長濠工程完工，中華軍各路援軍也就到了。
七月份，尹峰制定了《地方議事會法》、《商法》和《海外開拓地法》，派出通訊艦送往各地。就在這時，中華軍在馬六甲城周邊地區開始了反攻。同一時期，基本平息爪哇島的中華軍及華人開拓團在蘇門答臘島東岸登陸，會合巨港華人武裝向亞齊王國的月復地進攻。亞齊軍除了蘇丹親衛部隊外，大多數也是有多個地方封建主私兵組建的部隊。在自己的老巢受到威脅，月復背受敵，攻城無望的情況下，在中華軍發動反擊的第一天，數萬亞齊封建小邦主的私兵首先崩潰。這些已經完全不成隊伍的亞齊人紛紛奪船渡過海峽，想要逃回蘇門答臘島去。南洋艦隊的戰艦全力封鎖海峽，火力全開，炮口下毫不留情，馬六甲海峽東南段徹夜被火光照亮。
第二天的早晨，台灣分遣艦隊出現在柔佛海岸線上，麥大海除了將柔佛港口用大炮轟成了平地，還派出1000名水手陸戰隊直掏柔佛蘇丹的老巢。
中國人開始反擊的第二天早晨，鄭芝龍帶領的南洋艦隊陸戰隊主力、馬六甲守備團一個營及部分華人民兵，也在馬六甲城西海岸登陸，直接攻擊亞齊蘇丹的大營。這是馬六甲城周邊唯一還保持著基本紀律的亞齊軍隊。
同時，第六師主力也在蘇門答臘島登陸，開始向亞齊國深遠月復地推進，目標指向首都亞齊。同時，南洋艦隊的戰艦基本控制了海峽的東南段。馬六甲城下十萬馬來人聯軍在中國人發起反擊的第三天，基本上就完全瓦解了。
北大年女王的軍隊一直在馬六甲城北面扎營，雖然在馬來聯軍中火器最多最好，卻也是作戰最不積極的一家。他們實際上面臨的也是馬六甲城堡靠山的一面，地勢相對險要，易守難攻。長達近五個月的圍城期間，北大年軍隊只在開始發動過兩次攻城，每次在密集槍炮下死傷數百人，中華軍傷亡可以忽略不計。此刻，他們卻被第六師一團、馬六甲守備團主力重點攻擊。
聖保羅教堂的鐘樓，算是聖保羅山上的最高點了。剛剛從西門入城的鄭芝龍，副守備張魏，趙宣明等人都擠在鐘樓里拿著望遠鏡向北方瞭望。
整個馬六甲周邊地區，此刻到處是槍炮聲、喊殺聲，硝煙四起，密密麻麻的馬來人聯軍已經分散成無數小股，向四面八方逃去。
年輕的鄭芝龍崛起很快，不過趙宣明上校畢竟是中華軍初建時期的老人，在中華軍內赫赫有名。因此鄭芝龍雖然軍餃是中校，還是統轄馬六甲地區所有部隊的南洋行軍總管，但是他對趙宣明卻不敢自持身份，保持著弟子的恭敬態度。當然，這位船主大王面前的大紅人心中，確實怎麼想則是另一回事了。
此刻鄭芝龍結實的身子候在趙宣明身後，筆直地以標準軍姿站立著。趙宣明舉著望遠鏡看了一會，點點頭道︰「不錯啊，你的錫蘭島民兵已經掐斷北大年人的後路了。這里回北大年就這一條路，後面還有柔佛地界，麥大哥估計已經帶人佔領柔佛蘇丹王宮了……北大年女王看樣子回不去了。」他回過頭，見鄭芝龍一直立正在自己身後，笑了笑道︰「行了，鄭上校，我得南下蘇門答臘了，這里的局面就交給你了。這里是你的地盤，我想把那幾挺蜂窩雷擊槍帶走，打亞齊時能用上。這沒問題吧？」
鄭芝龍笑笑道︰「趙師長說笑了，這幾挺槍本來就是你的第六師支援過來的。馬六甲局勢大定，剩下的蝦兵蟹將無需過慮，最多就是和北大年的上家老板暹羅還有點麻煩……您放心去吧，糧草火藥什麼的，我負責解決。」
「可惜放跑了亞齊蘇丹，……你確定他已經渡海逃了？」趙宣明開始收拾手頭的家伙，整整服裝打算出發了。
鄭芝龍依舊保持立正姿態，點頭說道︰「沒錯，南洋陸戰隊俘虜到了亞齊首相，是他供認蘇丹阿拉坦只帶十余侍從，在昨夜渡海逃跑的。因此，今天一開戰，他的親衛軍也全部瓦解了，我們繳獲了大量蘇丹留下的財寶。」
趙宣明走向樓梯口，忽然想起什麼似的，回頭對鄭芝龍說道︰「關于暹羅國的事，船主大王沒有什麼指示吧？」
鄭芝龍搖搖頭︰「我沒接到直接的命令。」
「好吧，你是馬六甲守備，這里的事你看著辦，盡量別給船主大王惹麻煩，暹羅畢竟是大國。」趙宣明說完，舉手敬禮，轉身下樓。
鄭芝龍直到趙宣明身影消失在樓梯口，才收回自己敬禮的收，轉身拿起望遠鏡向北面瞭望。張魏跟著上前，笑嘻嘻道︰「怎麼了鄭老大，被人搶了功勞，心里不舒坦了？」
鄭芝龍冷笑︰「這功勞該是誰的就是誰的。我們回來遲了，這沒話說。」
他看了一會放下望遠鏡︰「命令各開拓團明日在城北集中，我們守備團也將所有兵力集中到那里，準備北上作戰。」
張魏點頭道︰「我立刻去下令，……不過，我們真的要和暹羅開戰嗎？」
「北大年是暹羅屬國，此次馬六甲圍城之戰，北大年參戰，就意味著暹羅插手馬六甲。我們北上問罪暹羅，這是順理成章的事。」鄭芝龍笑著指指北方︰「我們在印度洋錫蘭島已經打下一片偌大土地，北大年這塊土地正等著我們去呢！」
忽然，他臉色一沉︰「不過，在北上之時，我們還得把一路上的禍害清洗干淨……q！~！