在敵船繞過中間毀損的兩艘先鋒船的過程中，敵人的船隊自然分成左右兩隊。這兩艘敵船在繞行的過程中，偏離了主航道，大部分船只離鳴梁海峽兩岸的山體距離較近。
李舜臣已經事先在海峽兩岸埋伏了大量漁民，他們所用的武器是臨時趕造的二十架投石機。不過，他們的「炮彈」可不僅僅是石頭。每一架投石機跟前，都堆放了大量涂滿柏油的木炭。每一架投石機前還配備五名手持火箭的朝鮮士兵。
見敵船進入射程，二十架投石機就像一個個臂膀粗壯的巨人一般，將一塊塊點燃後的，涂滿柏油的木炭拋向敵船。
兩岸的弓箭手也紛紛箭手中的神機火箭射向敵船。
一時間，鳴梁海峽內火球紛飛，箭矢飛嘯。被木炭和火箭擊中的敵船頓時著火燃燒起來。
「開槍，打死他們！」敵船上的士兵一邊撲火，一邊靠在船幫上，舉槍射擊岸上的兵民。
部分操作投石機的漁民中彈身亡。在敵人強大的火力壓制下，岸上的兵民只得停止拋投木炭、巨石，伏在岩石後面躲避敵人的槍彈。
在鳥銃???????????????強大火力的掩護下，來島通總率領余下的三十幾艘戰船，沖過受損戰船，重新列好陣型，向著李舜臣沖殺過來。
「右滿舵，調轉船身，準備炮擊！」李舜臣命令屬下將船身調轉，用船身另一側的火炮對準敵船的方向。
等敵船進入射程，李舜臣再次命令火炮射擊。來島通總命令船隊冒著炮火全速前進，他心里很清楚，只要接近敵人，敵人的火力優勢就可銳減，自己人數上的優勢才可充分顯現出來。
朝鮮戰船接連打出幾個火炮齊射後，不再戀戰，在李舜臣的命令下，調轉船頭，全速後撤。
見前面的敵人全速撤離，來島通總命令船隊全力追擊。
此時，海峽內的戰斗已經進行了近兩個時辰。鳴梁海峽內，硝煙彌漫、殺氣騰騰。
全速追擊的來島通總突然感覺船體速度忽然慢了下來。
「總指揮，海水落潮了。海峽內的海水突然回流向東，而且流速迅猛。我船難以高速行進。」副官查看水況後，向來島通總匯報道。
「命令搖櫓手用力搖櫓，繼續追擊。絕不能讓李舜臣從我的眼皮底下逃掉。」來島通總已經殺紅了眼，他望著前面同樣慢下來的朝鮮戰船，命令道。
來島通總的話音剛落，就見從鳴梁海峽兩側的草叢中，快速駛出幾十條小漁船。這些漁船借著水流的作用，快速向著倭軍戰船駛來。
這幾十條漁船是附近漁民按照李舜臣的御敵計劃，組織起來完成火攻任務的。
「總指揮，我們還是趕緊後撤吧，這密密麻麻的小船，應當是對方的火攻船。它們數量眾多，難以抵御。」副官望著快速駛來的朝鮮漁船，對來島通總建議道。
「命令船隊，後隊變前隊，前隊變後隊，全速撤離。」無奈之下，來島通總只得下令撤出戰斗。
「調轉船頭，跟上去。」見火攻船將敵人逼退，李舜臣立刻命令戰船停止撤退，轉身順流而下，追擊敵船。
來島通總望著退潮後，水位就下降的鳴梁海峽，內心生出一種不祥的感覺，多年的海戰經驗告訴他，李舜臣敢于以區區十幾艘板屋船跟他的數百艘戰船較勁，那肯定是有某些他不可預知的因素，影
響甚至決定著這場實力懸殊的戰斗的勝負。而這些他不可預知的因素肯定是有利于朝鮮軍隊一方的。
果然，就如來島通總預想的那樣，當他的二十多艘戰船退至鳴梁海峽東入口處時，前面的水面上赫然露出一根根粗壯的木樁，這些深嵌在水底岩石中的木樁，密密麻麻地立在水面上，擋住了船只東去的路線。
「總指揮，我們被擋住了，怎麼辦？」副官驚慌地問來島通總。
「八格！上了李舜臣的當了。命令部隊，整理隊形，準備戰斗。」面對被堵死的退路，來島通總抽出指揮刀，做好以死相拼的準備。
前面我們說過，這鳴梁海峽每隔幾個時辰就會發生漲潮退潮的更替。漲潮時，海峽內水位升高，船只可以在整個海峽內暢通無阻。退潮時，海峽東側入口處水位變淺。李舜臣事先命令當地民眾在海峽東側水底打入木樁，為的就是切斷敵人退路。
李樹臣整個的作戰機會就目前來看，可以說是天衣無縫，不管是誘敵深入時間的把握，還是各作戰單位出擊的時機，都恰到好處。
敵船進入鳴梁海峽時，正???????????????值漲潮期，埋入海底的木樁影響不到船只的進入。海峽內的戰斗，也基本上按照規劃好的計劃行使，朝軍大反攻的時間正好是退潮開始的時間。
來島通總派出五艘鐵甲船列隊于船隊西側，命令船上士兵用鳥銃和弩箭阻擋快速奔來的幾十條朝鮮火燒船。
火燒船的漁民部分中彈身亡，余下的漁民紛紛跳入水中，躲在木船後面，劃水推船前行。
這些體型較小火燒船在強勁海流的推動下，快速接近敵人的船隊。當離最前面的五艘鐵甲船約百米的距離時，漁民們點燃堆在船上的，用柏油浸過的草堆，然後，潛入水中，向後撤去。
幾十條燃燒著大火的小船憑著海流的推動，快速駛向倭國水軍船隊。駛在前面的十條火燒船很快來到倭軍的五艘鐵甲船旁。
「用長鉤勾住它們，決不能讓它們燒到咱們後面的戰船。」鐵甲船不怕火燒，船上的士兵紛紛拋下長鉤，將十條火燒船拉住。
可令敵人想不到的是，這十條火燒船船艙里堆滿火藥，火藥和上面柴草之間用一引信相連，引信的長度充分考慮了從引燃到沖入敵陣的時間。這些都是施天濟的杰作。
「轟、轟、轟……」
伴隨著十聲巨響，敵人的五艘鐵甲船幾乎全部被炸毀，船上的士兵死傷無數。幸存者也掉入水中，拼命掙扎。
劇烈的爆炸波掀起一股股水浪，將後面的部分火燒船掀翻。剩余的火燒船在水浪中顛簸幾下，然後，穩住船身繼續借助海流沖向敵船。
沒有了鐵甲船的阻擋，余下的火燒船燃著熊熊大火，沖進敵陣中。
敵陣中的木制戰船紛紛被引燃。一時間，倭軍戰船陣型大亂。
此時，在倭軍船隊的東面，兩岸的岩石後面竄出一個個手持弓弩的朝鮮士兵，他們快速地在露出水面的木樁上穿插跑動，將手中的一支支綁著火球的神機箭射向敵陣。
倭國士兵方才只顧應對海峽西面的威脅，沒想到身後突然躥出奇兵。他們還沒有反應過來，木樁上的朝鮮士兵已經射完神機箭，快速消失在岸邊的岩石中。
前後兩個方向的火攻，頓時讓敵人的船隊陷入一片火海中。燒死的、跳入水中淹死
的敵軍士兵比比皆是。
李舜臣親率十三艘朝鮮戰船，奮力殺入敵陣。
與此同時，鳴梁海峽北岸的水草中，駛出一條漁船，黑姑站在船頭，吹響手中的螺號。螺號聲響過，兩岸的亂石、水草中駛出一百多條漁船。漁民們手持魚叉、鐵杴、鐵耙等武器，高聲喊叫著殺向敵船。
這一百多條漁船的加入，徹底改變了現場敵我力量的對比。漁船在混亂的敵方船隊中間游弋穿插，擇機消滅敵人的有生力量。
黑姑手持鋼叉，跳上一艘大火燃燒的敵船，和其他跳上來的漁民一起，和船上的敵人展開肉搏。
石朗、葉茹柳等人此時正在李舜臣的指揮船上。石朗今天的首要任務，就是擇機射殺來島通總。為完成此任務，李舜臣特地將自己指揮船的瞭望台進行了偽裝，讓石朗和杜衡隱身其中。
李舜臣命令指揮船沖入敵陣中，一邊殺敵，一邊向來島通總的指揮船靠近。
隱在瞭望塔內的石朗和杜衡此時早已架好兩桿掣電銃，機警地搜尋者敵人的指揮船。
來島通總的指揮船體型最大，船???????????????身包著鐵甲，船上建羽葆紅旗，圍著青羅帳。
離來島通總的指揮船百米左右的距離時，石朗就發現了來島通總的身影。此時的來島通總正站在指揮台上，手揮令旗，指揮戰斗。
「看到了嗎？前方敵船指揮台上揮著令旗的，便是來島通總。」來島通總奇異的五官特征讓石朗一眼便認出他。石朗調整一下掣電銃的射擊角度，示意杜衡準備射擊。
「等會兒再靠近一點，咱們倆同時射擊。我打他的頭部，你打他的胸部。只要他不倒下，我們就連續射擊，直到將他擊倒。」
「好，沒問題。今天就是這家伙的死期。」
「調正船身，駛向敵人指揮船。」李舜臣此時也發現了敵人的指揮船，他立刻命令手下將船身調正，以方便石朗射擊。
當李舜臣的戰船向前行駛了二十米左右的距離時，石朗和杜衡找準時機，果斷扣動扳機。
「呯、呯。」隨著兩聲槍響，兩顆子彈分別擊中來島通總的頭部和左胸。
來島通總身體搖晃了一下，用力扶住欄桿，鮮血從他的頭部和前胸涌了出來。
「總指揮……」來島通總身邊的副官出手將來島通總扶穩。
「我……不行了，悔不該……」來島通總的話音未落，只听得又是兩聲槍響，來島通總胸部又中兩槍。這位海戰奇才終于倒了下去。
統將被殺，倭軍士氣大跌。
朝鮮指揮船的士兵拋出抓鉤，勾住來島通總的指揮船，將對方拉至近前。
「殺！」李舜臣拔出佩刀，率領手下，沖上敵船。
石朗、杜衡、葉茹柳等人也紛紛沖上敵方船只。石朗和杜衡手舉掣電銃，接連點殺幾名敵方將領後，敵方士兵紛紛後退。
「你們的主帥一死，快快投降，可免一死！」李舜臣手持滴血鋼刀，喝令敵兵。
膽小的敵兵扔掉手中兵器，跪地求饒。也有不怕死的亡命之徒沖上來，他們的結果只能是死亡。
望著鳴梁海峽內熊熊燃燒的大火，在海峽外接應的倭國戰船畏葸不前，後撤自保。
在朝鮮軍民的共同努力下，這場鳴梁海峽御敵之戰，以近乎完美的結局結束。