「鷹巢，鷹巢我已經準備就緒，勾兩申請起飛。」
「勾兩，勾兩，可以起飛，請立即飛到指定空域，驅離敵機。」
「收到，保證完成任務！」
隨著一聲令下，兩架更為先進的「白帝」戰機在一首航空母艦上滑躍而起。一個優美的弧線後，戰機比值的插入天際。
張毅駕駛著編碼為81192的「白帝」戰機飛上天空時，影院內很多的觀眾都能明白這究竟代表著什麼。
隨即，兩架戰機升空將F22驅離到己方的安全線外。
解除危險後，兩人一邊聊天，一邊在考察船的上空開始盤旋，做著警備工作。
考察船幾日的研究無功而返。
就在人們疑惑的時候，從太平洋的海底鑽出一只怪獸，並向著舊金山游去。
當它登陸的那一刻，舉世嘩然。
為了對付他，鷹醬在它登陸的地方狂轟濫炸了6天，方圓5公里內是寸草不生，最後還是使用了整整3枚核彈才將其消滅。
面對這一突發情況，各國都加大了對自己海域的巡邏，張毅和他的僚機再次出現在藍天上，他們起飛不久後，就能看到美麗寶島的輪廓，張毅的機艙內還播放了一首《戰機繞著寶島飛》的歌曲。
「我的戰鷹繞著寶島飛，
捎來故鄉的思念輕聲喚你歸，
我的戰鷹繞著寶島飛，
繞著寶島飛，
把每朵親愛的雲塞進我心扉。」
幾句歌詞，幾個從空中鳥瞰的畫面，一些寶島內的景色，簡直就像一支MV一樣，讓人們的思緒不禁又飛到那個久離家鄉的美麗島嶼上。
就在各國飛機不斷加大巡視海域的時候，各國首腦也緊急磋商了對策，在中國的建議下，各國暫時放下意識對立，共同對付這未知的危險。
就在人們共同商討怎麼應對這種怪獸的時候，第二只怪獸出現了，這次它朝著馬尼啦的方向開始移動，這讓太平洋對岸的國家松了一口氣，但此時中國卻緊張無比。
菲國的軍隊，這種攻擊對怪獸來說，簡直如隔靴搔癢。怪獸輕松利落地把馬尼啦破壞一通，轉頭朝著中國香江快速地移動了過來。
中國的空軍緊急出動，試圖將其消滅在國境線外。
然而怪獸不但皮糙肉厚，還很狡猾，它鑽進海底，從飛機上看，就像一條大黑魚一樣。
這里是中國海域請立即離開，這里是中國海域請立即離開。張毅通過戰機的公共頻道向對方發出信息。
「報告，鷹巢，對方沒有回應，前方150公里就是香江。」
「請立刻將其引離，請立刻將其引離。」總部很快做出預桉。
為了引誘怪獸遠離中國，張毅投下了深水炸彈，怪獸浮出水面，怪獸在海中站起的高度，就達到近百米，揮舞著利爪想把身邊兩只討厭的「飛蟲」給打下來，但是這些「飛蟲」很是狡猾，在它的眼楮，腋下，狂轟濫炸。
就在人們為看到飛機大戰怪獸精彩的鏡頭時，突然一架飛機撞在了怪獸厚厚的皮膚上，這對怪獸來說，根本沒有任何作用。
張毅的隊友犧牲了，張毅仍然冒險引誘怪獸向南飛去，後方又緊急派出了一隊戰機前來協助。
在援軍到達前，張毅終于引導著怪獸開始轉身，可就在此時，他的機翼也被怪獸的利爪劃破了機身，飛機身上的蒙皮猶如紙片一樣被扯碎。
張毅听著第二批戰機的隊友呼叫︰
「呼叫勾兩，這里是洞拐，我奉命接替你機執行任務，請返航！」
張毅平靜地回答道︰
「勾兩收到，我已無法返航，你們繼續前進，重復，你們繼續完成任務！」
就在解體前的一刻，飛機的彈射座椅把張毅彈射入空中，此時趕來的飛機也發射了核彈，將怪獸炸成了渣渣。
他最後看到的亮光的時候，整個人都被核彈掀起的巨浪給淹沒在海水中。
另一個畫面，劉藝菲和黃博在「星辰科技」正在為軍方研制一種新型的外骨骼裝甲，為了讓外骨骼裝甲能夠更好地和人腦鏈接，她們發明了一種鏈接系統。
但是這種系統卻意外發現了人腦的兩個特點。
一個是人腦的余暉效應，就是說人腦在死亡後，腦部磁場的能量會短暫的停留，此時的腦回路仍然是開放的；
另一個是人腦的閃存功能，人腦死亡後，仍然能保持一段時長為8分鐘的短期記憶。
開始是用一些死囚來做實驗，但是死囚的心理素質根本無法承受多次死亡的痛苦，他們大腦的余暉很快就消散干淨，無法繼續實驗。
就在這時，軍方將受傷的張毅送來……
等張毅醒來，發現自己在一輛動車上，等他回過神來，滿臉都是一副不可思議的神情。
在了解了前因後果後，雖然是一個虛擬的世界，但是作為軍人的他毅然決然地加入行動，最後破獲了罪犯的陰謀，拯救了一座城市。
在最後，他也如願地安靜地離去，以另一個人的身份來到了一個新的世界。
「沒有神的光環，
握緊手中的平凡，
此心此生無憾，
生命的火已點燃，
有一天也許會走遠，
也許還能再相見，
無論在人群在天邊，
讓我再看清你的臉，
任淚水鋪滿了雙眼，
雖無言淚滿面，
不要神的光環，
只要你的平凡，
……」
電影中最後傳出了小女生的脆生生的歌聲，是那麼安靜卻又那麼的適合當下的情景。
不知道什麼時候，影院里已經開始有人抽泣起來。
這首歌沒有歌頌偉大的犧牲，只有平凡而普通地生存的希望，這是中國人最樸素的思維。
在歌聲中，開始滾動字幕，一首歌唱罷，就當人們以為電影結束的時候，「星辰」娛樂的慣例又來了。
在影片的片尾出現了一個彩蛋。
劉藝菲向軍方如實的匯報了這次的實驗結果，張毅是最切合系統的人，軍方得知張毅的功勞都萬分敬佩，他最後的犧牲也無比的偉大。
在打敗第二只怪獸之後的6個月里，9月 15日峰會上，各國專家提出修建專門用于對抗怪獸的巨型機甲項目－－獵人計劃，于是軍方找到了張毅的同卵雙胞胎的弟弟。
第二個彩蛋，在片子的最後，劉藝菲換上一身和機甲鏈接的衣服，和張毅的弟弟開始了適應的機甲的訓練。
隨著兩人擺出戰斗的動作，機甲也作出了相應的動作。
這時又是一段超燃的金屬感音樂，听得觀眾們都熱血澎湃。
此時此刻，《源代碼》才算是真正地落下的帷幕。
隨著影片的落幕，影院內爆發出持久的熱烈的掌聲，他們是由衷地為這部國產電影高興，這是一部偉大的作品。