由于把《源代碼》的故事改編並融進了「環太平洋」的故事里面，所以新的故事就要圍繞著怪獸做文章。
第三次穿越時空的「茜茜」因為和「怪獸」的時空蟲洞的開啟在維度上相互干擾，導致她沒有到達她想去的地方，只好留在了這個時空。
她的出現也讓正在接手「星辰」科技的人員發現，大為驚奇，為了保守這個秘密，特意為她偽造了身份，並安排其執行「源代碼」的計劃。
「源代碼」的計劃是在秘密基地進行，這個計劃是為了讓人們在訓練的時候，能夠身臨其境的體驗真實的戰爭而實施的。
這次要拍攝的就是給劉亦菲增加的戲份，再說放著劉藝菲和黃博這麼好的兩個演員不用，那還用誰？
電影中，茜茜利用自己100年後的知識，和黃博在實驗室里，很快完成了一項能夠完全鏈接人體和電腦的技術。
這個技術可以讓士兵們通過「人機鏈接系統」進入提前設定好的虛擬世界，達到沒有傷亡的且更加真實的訓練的目的。
「人機鏈接系統」研究成功後，在前期利用死囚實驗的鏈接反應的過程中，卻意外發現人腦的兩個特點。
一個是人腦的余暉效應，就是說人腦在死亡後，腦部磁場的能量會短暫的停留，此時的腦回路仍然是開放的；
另一個是人腦的閃存功能，人腦死亡後，仍然能保持一段時長為8分鐘的短期記憶。
他們兩人發明的這個「人機鏈接系統」就可以充分地利用人腦的這兩個特征，把一個已經死亡的大腦中最後記錄的8分鐘記憶提取並寫入另一個大腦中，就像把錄像帶放進了播放機中一樣。
至于這是什麼原理，如果你非要問，那我就只好說是︰
遇事不決，量子力學。
解釋不通，穿越時空。
腦洞不夠，平行宇宙。
風格跳躍，虛擬世界。
不懂配色，賽博朋克。
畫面老土，追求復古。
不清不楚，致敬克蘇魯。
兩人在實驗室里，穿著白色的大褂，操作著手里的工具。
黃博道︰
「我剛見到你的時候，我以為見鬼了呢？」
茜茜疑惑地問道︰「為什麼這麼說？」
黃博又道︰「我之前的好兄弟，愛上了一個機器人，可是機器人在救他的時候，受到嚴重的損害，現在無法開機，現在他正想辦法修復她呢？那個機器人和你一模一樣，唯一的區別，就是你是真人。」
茜茜眼神暗然道︰「他就沒有想過那個機器人可能就是我的替身嗎？」
黃博道︰「他從來沒說過一個叫茜茜的女孩，他永遠都在叫‘初一’的名字。」
接著黃博把頭轉向另一邊，不忍直接對著茜茜說道︰「他甚至是在夢里說的都是這個名字，他每次都連著叫了784次。」
茜茜驚愕地回復道︰「呃！」
接著，黃博直接對著鏡頭用很是低沉的語氣道︰「最後一次見他的時候，他又做夢叫了初一姑娘的名字785次，比之前還多了一次！」
說完，黃博放下手中的實驗設備去拿別的東西。
此時，鏡頭拉近露出「茜茜」那張面對事實無可奈何的臉龐。
「好，卡，這條過了，保一條。」陳晨在監視器的後面喊道。
作為「星辰」娛樂的導演，你只需要按照計劃拍出制片人想要的畫面即可，根本不需要什麼靈光一現的點子，或者所謂的藝術性。
導演喊完，眾人只好按照劇本再走一遍。
由于怪獸的出現，世界各地都出現了崇拜怪獸的人，這些崇拜怪獸的人，認為怪獸是上帝派來清除人類的，他們認為人類生來就擁有罪孽，為了幫助怪獸，他們開始襲擊人類。
接下來的故事就和原版的一樣了。
為了查清此事，「源代碼」計劃小組在已經死亡乘客的大腦中提取了最後8分鐘的記錄。然後他們需要把這8分鐘的「錄像帶」放進一個「播放器」中，也就是一個合適的大腦中。
茜茜在實驗室里看著儀器上的一連串的數據，黃博則在放著保溫箱的房間檢查著設備的鏈接準備工作。
劉藝菲說道︰
「鏈接準備。」
黃博回復道︰
「準備完畢。」
5、4、3、2、1、0。
隨著倒計時的結束，張毅在一輛動車上醒來，等他回過神來，滿臉都是一副不可思議的神情。
他的記憶還是剛剛被怪獸襲擊之後，又被核暴的沖擊波沖上了岸，在他昏過去的時候好像看到了橘紅色的救援隊的身影……
車窗閃過的倒影讓他更加疑惑。
可是，還沒等他弄明白這一切，一場突如其來的爆炸讓他再次昏了過去。
下一場戲，是張毅躺在一個特制的艙室內，和劉藝菲對戲。
可是等他再次睜開眼楮時，張毅仿佛回到了他熟悉的機艙內。
這時，飛機艙內的顯示器上出現了一個年輕的女敬官。
女敬官「茜茜」告訴張毅，他正在執行一項揮事任務，任務要求他在八分鐘內找出凶手，超過時間，或者爆炸，他都會從列車的場景中回到這個機艙內。
隨著劉藝菲的講解，他雖然不理解這是什麼原因，但是出于**的本能，他還是無條件地執行了計劃。
接著，劉藝菲按下按鈕，張毅在經過一系列的閃回的畫面再次回到了那個車廂。
列車之外的劉藝菲和黃博則在慶祝，「源代碼」的計劃成功了。
當然，拍攝的順序可不都是電影播出的順序，一般的辦法，是在把一個場景內的戲份，一次性全部拍完，然後才會轉移到下一個場景拍攝。
接著拍攝他們之間第二次的對話。
然後是他們之間的第三次對話……
直到這個場景中的戲份全部拍完，劇組才開始拍攝下一個場景的戲份。
拍攝完這幾個鏡頭後，劉昶扶著張毅走出駕駛艙，問道︰
「腳好點了沒？」
張毅嘿嘿一笑，道︰
「早沒事了！」
下一個場景的戲份就是動車內的戲份。
這次拍攝動車，陳晨就沒有再實景拍攝，只是向鐵道部再次租借了「先鋒號」，然後把「先鋒號」開到攝影棚里。
初次看到「先鋒號」的演員仍然有點蒙。
飾演反派人物的鄧朝，模著這輛重新漆刷一遍的動車，感覺很是新奇。
再沒見過高鐵時代的人們，誰也不會想到會有每小時350公里的列車。
可能有人會說電影上見過，可是電影里還見過宇宙飛船呢！
不過，之前拍攝《我的機器人女友》的演員和劇務人員並不感覺奇怪，他們反而對這輛動車更親切，就像一個老朋友一樣。
鄧朝剛剛在7月底才拍完電視劇《愛了散了》，所以發布會的時候，他才沒到場。至今為止鄧朝還沒有接過一部電影，這讓他對自己的事業也很焦急。
這次能意外接到《源代碼》的角色，很是意外，也讓他拿出了十二的精力來飾演這個角色，以求轉型成功。