當時，正是永徽三年，睦州清溪三月不雨，田野龜裂，蝗蟲蔽日，餓殍遍地，新冢累累，民不聊生，怨聲載道。
面對嚴重災情，民間流離失所，朝廷不但不開倉放糧，還照樣征收各種稅賦，老百姓苦不堪言。
陳碩真決定利用這個機會，挑動鄉民的不滿，舉旗造反。
于是，回到浙江的陳碩真，四處發布消息稱，她在深山遇上了太上老君，太上老君收她為弟子，交給她無量道法。陳碩真還散布消息說，她是九天仙女下凡，乃赤天聖母，掌握了六甲地區的帝王之術——奇門遁甲，並當場向鄉民們演示其所學到的種種法術，其實，無非是歪門小計而已。
然而，走投無路之下，鄉民們也期盼有一個神通廣大之人，好成仙後借助天力，為民造福；故此，對陳碩真的一套說法和做法，鄉民們深信不疑。
章叔胤也暗中制造輿論，說陳碩真乃是從天上返回清溪的神仙，法力無邊，變幻莫測，可以招神將，役鬼吏。
章叔胤的說法，一傳十，十傳百，百傳千千萬，愈傳愈廣，愈傳愈玄，方圓百里的鄉民們，無不對陳碩很頂禮膜拜，陳碩真的每一句話，都是神語仙音，足以令信徒撲湯蹈火，在所不辭。
見時機成熟，永徽四年十月初，陳碩真正式宣布起義。
起義那天，陳碩真登于高台之上，對眾信徒道︰官府無道，上蒼震怒，降此災劫，爾等當從我之道，揭竿而起，征伐不道。
一時間，從者逾千，皆隨陳碩真起事，與官府進行對抗。
為名正言順，陳碩真仿照唐朝官制，建立了政權，任命章叔胤為僕射，總管各項事宜；童文寶為大將，統領軍隊；而她自己則稱為「文佳皇帝」。
這應該是中國歷史上第一個女皇帝，比她結拜妹妹武曌改唐為周、號稱「神聖皇帝」，早了整整三十七年。
陳碩真發動起義後，得到睦州鄉民的熱烈響應。
起義部隊很快就發展到了很近萬人，聲勢浩大。
隨即，起義軍在陳碩真、章叔胤、童文寶帶領下，兵分三路，所向披靡，分別佔領了睦州、桐廬和清溪。
當地鄉民積極響應攻入睦州的陳碩真，陳碩真的人馬迅速發展到數萬人。
為打開局面，擴大影響，發展力量，陳碩真與後來進入睦州的章叔胤、童文寶兵合一處，進攻安徽，攻打歙州。
陳碩真、章叔胤、童文寶率領數萬人馬，浩浩蕩蕩，來到歙州城下，將歙州城團團圍住，連夜攻打。
歙州城城牆高大，周邊有護城河，官兵防守嚴密。
陳碩真人馬皆是未受過正規軍事訓練的鄉民。這些鄉民乃是信了陳碩真的假話，被忽悠來的，根本不懂得如何攻城；再加上陳碩貞的義軍沒有攻城的器械，故此在攻城的過程中，被城上守軍，滾木礌石及箭矢殺死不少。接連十多日，歙州城也未能攻了下來。
歙州城久攻不下，陳碩真也萬般無奈，只得從歙州撤出，改變集中兵力打殲滅戰的進攻戰略，改為分兵出擊，沿路騷擾，利用運動戰和襲擊戰的策略，打擊官兵，擴大勢力範圍。
浙江、江蘇、安徽一些地方陸續淪陷。
眼看著陳碩真越鬧越大，朝廷派揚州長史房仁裕發兵征討。
房仁裕何許人也？房仁裕乃齊州臨淄人，乃唐初名相房玄齡的遠房族兄。其遠房族兄房玄齡自投靠李世民後，積極出謀劃策，甚得李世民賞識。後來，因策劃「玄武門之變」居于首功，入凌煙閣二十四功臣之列。
隋末大亂時，房仁裕十八歲，依附王世充，為龍驤將軍。唐高祖武德初，降唐，隨唐王李世民征伐竇建德、王世充，屢立奇功，歷任潾州刺史、陝西刺史、揚州長史，備受朝廷重用。剿滅陳碩貞後，升任為左曉衛大將軍、兵部尚書。
當時，房仁裕擔任揚州長史。房仁裕受朝廷之命，即帶一萬揚州軍馬，前來征討陳碩真。
房仁裕的揚州軍馬能征慣戰，來勢洶洶，勢不可擋。
在此情勢下，陳碩真與章叔胤、童文寶緊急商議後，決定分兵，由童文寶帶領一萬人馬，打著陳碩貞的名號，掩襲婺州，牽制房仁裕的揚州兵馬，配合陳碩真、章叔胤所率主力部隊行動。
童文寶受命，率兵挺進婺州，來到婺州城外，準備攻打婺州城。
此時，守衛婺州城的乃是婺州刺史崔義玄。
崔義玄系貝州武城人，乃瓦崗寨舊將，因不受李密重用，轉投至唐高祖李淵靡下。貞觀初，任左司郎中，韓王府長史。永徽年間，遷任婺州刺史。
崔義玄自瓦崗寨投軍從戎，身經百戰，勇不可擋，頗有智慧。
當時，崔義玄在城中聞到警報，立即召集文官武將，商議對策，準備發兵抵抗童文寶率領的義軍。
官員們並不知道前來攻城的是童文寶率領的一萬兵馬，以為是陳碩貞統率的大隊人馬。那些官員們早聞听到陳碩真的神名，見崔義玄欲發兵抵抗，驚恐不安，紛紛說道︰「陳碩真有神靈保佑，敢與其勒兵對陣者，無不殺身滅門，刺史還是回避的好。」
崔義玄見說，大怒，睜著兩只大眼，目視群下。
崔義玄目視他人，他人皆移目他處，不與崔義玄對視，本意乃不願出陣作戰。
時有司空參軍崔玄籍，于班列中挺身而出，望上一拜，對崔義玄說道︰「末將以為，順天心合民意的起兵，有時尚且不能成功，把個陳碩真，不過有點法術的女人而已，她起兵叛逆，能堅持不了多久？哪有官兵反倒怕她的道理？只管打她就是了！刺史大人，末將願率兵出城，征討陳碩貞反賊匪軍。」
崔義玄見武將中閃出崔玄籍，氣勢昂然，凜然正氣，情緒為之振奮；又聞听到崔玄籍此番話語，堅強有力，義正言辭，不由大喜過望，當即命崔玄籍為先鋒官，先行出城，征剿陳碩貞匪軍，他自己統率大兵。隨後跟進，馳援崔玄籍。
崔玄籍受令，隨即率領唐軍，疾馳出城，恰與童文寶義軍相遇，急忙排兵列陣，迎戰童文寶。
童文寶哪里懂得排兵布陣，只管橫沖直撞既可。當時，童文寶親率義軍，望崔玄籍兵陣沖殺。崔玄籍令兵士射箭，童文寶義軍被射殺不少。
童文寶數番沖陣，皆被崔玄籍所阻。
陳碩真、章叔胤聞訊，帶領主力數萬人，馳援童文寶而來。
跟在崔玄籍後面的崔義玄也催兵而進，與陳碩真的義軍對仗。
陳碩真的義軍雖然在人數上佔有優勢，無奈起義才一個多月，戰士未經訓練，戰斗力有限。
過去的時候，他們之所以能攻下睦州、桐廬、清溪等地，憑的是聲威和拼勁，起作用于一時，不可能起作用于長久，現在面對訓練有素、指揮得當的正規軍，就顯得力不從心了。
一時間，兩軍誰也拿不下誰，故此僵持在婺州城內。
不覺間，幾日過去了。
一日，忽有一顆隕星墜于陳碩真大營中。崔義玄見狀，乘機大造輿論，說這是陳碩真將星隕落，陳碩真必死無疑。
陳碩真手下皆是信教之徒，甚是迷信，聞之皆惶恐不安，士氣低落。
崔義玄那邊則軍心大振，鼓噪起來，乘勢進攻陳碩真、章叔胤和童文寶所率義軍。
那崔義玄親率士兵，沖鋒在前。唐軍士卒怕刺史有事，前擁後堵，用大盾牌保護崔義玄。崔義玄見狀，大義凜然地說道︰「刺史避箭，還有誰肯拼死作戰？！讓開！看我斬殺賊人！」遂令士卒撤去盾牌。
主帥奮勇，士卒情緒激昂，揮刀挺槍，奮勇沖殺，直殺入陳碩真陣中，砍殺戳挑。陳碩真大敗，手下被斬首者一千余人，陣前投降者達一萬余人。
陳碩真無奈，急與章叔胤、童文寶率軍撤退，退至睦州城內。
此時，揚州長史房仁裕的揚州軍馬也抵達婺州，便于崔義玄前後夾擊，追殲陳碩真義軍。
俗話說「窮寇莫追」，怕追急了他豁出命來相拼。
那揚州長史房仁裕見陳碩真勢窮，又想起「窮寇莫追」的古訓，故停軍止步，就地扎營，然後遣信使至陳碩真營中，招陳碩真來降。
房仁裕派遣去的信使，將招降書遞與陳碩貞，然後傳達了房仁裕招降陳碩貞之意。房仁裕遣去的信使剛說完招降之意，陳碩真勃然大怒，高聲說道，「我乃九天仙女下凡，豈是屈膝事人者乎？」說畢，一把撕毀招降書，命令手下道︰「速將此賊拉出去斬首示眾！」
幾個兵卒得令，遂扯了來使，要拉將出去斬首。
一旁的童文寶見狀，勸阻陳碩真道︰「聖上，兩軍交戰，不斬來使，不妨留此人一命，令他回去，告訴房仁裕，莫要相攻過甚，我等不去攻他的揚州便是。」
這時候的童文寶，見大勢不妙，暗中已有投降官軍的打算。
陳碩真聞言，大怒，轉首痛斥童文寶道︰「一派胡言！你一個男子漢大丈夫，怎麼全無骨氣？！要戰則戰，怕他作甚？！」
童文寶當眾被責，心中甚是惱怒。
陳碩貞，命令手下道︰「拉將出去！斬首示眾！」
幾個士卒遂扯了房仁裕派來的信使，推搡出大帳， 嚓一刀，給斬首了，並將頭顱懸掛于睦州城門頭上。
房仁裕聞訊大怒，盡驅揚州、婺州兵馬，強攻睦州城。
房仁裕盡驅精兵，攻打甚急。
陳碩真語其眾曰︰「諸位莫怕，歙、婺之徒後日至。」
信徒聞言，大受鼓舞，拼命防守，以使睦州不被攻破。
然二三日後，並不見有援軍來，心甚疑惑。
陳碩真便又對眾人說︰「歙、婺之徒後日必至。」
然後日又不至，陳碩真遂復語後日，如是者再三，眾始疑之。
為保城池不失，章叔胤晝夜登城守御，被城外飛來的利箭射中腦門而死。
陳碩真既喪至親，又有兔死狐悲之慨，哀慟不已。
然而，情之越困，勒眾愈戾，有稍不當意者，陳碩貞動轍斬之，眾怨日甚。
當初，大將童文寶嘗以小故見責，至此，見陳碩真漸惹眾怒，漸失眾望，遂托言解憂，進醇酒于陳碩真帳下，意欲伺機鴆之。
戰事不利，陳碩真正焦慮煩惱，故斥退童文寶，自取酒痛飲竟夜，不覺大醉，從人輿置榻上。
童文寶窺見，即入室盡殺從人，就榻上擒獲碩真，開門獻于房仁裕，余眾皆降，亂遂平。
房仁裕將陳碩真帶回揚州，投入牢中，馳書給朝廷告捷。
陳碩真于牢中，暗囑牢頭，我與當今天後，乃結拜姐妹，你速派人到京城聯絡我的暗線，送信至宮中天後處，天後必解救于我，將來我將重重報答于你，也不會少了你一番前程。
牢頭應允。
陳碩真遂修成一書，交予牢頭，囑咐其派人至京城後，到感業寺找慧悟尼姑，她便將信交于天後了。
牢頭拿了信，遂派人入京，交于慧悟尼姑。
慧悟尼姑乃陳碩真離開長安是安排的內線。慧悟尼姑接到陳碩真密信後，遂入宮求見武則天，將陳碩真之信交于時稱二聖之一的天後武則天。
又是數日後，揚州捷報也到，請求如何處理逆首陳碩真。
當時，並稱二聖的高宗李治、天後武曌並排高坐于龍榻上。
高宗看罷房仁裕捷報，心中大喜，又念及碩真與武曌乃結拜姐妹，情投意合，關系密切，遂詢問武曌︰「碩真已擒，該將如何處置？那陳碩真與你曾義結金蘭，目今是否網開一面，令其仍舊循入空門，養性修行，終老一身？」
武曌聞言，置之未理。
高宗知其意，遂下旨道︰新安縣易名還淳，碩真就地剖決，以絕其患。
房仁裕遂剖陳碩真于鬧市中。
另有一說。
唐高宗李治接報清溪妖女陳碩真謀反，且自稱「文佳皇帝」，仿照朝廷管制，自成一國，且連下清溪、桐廬、睦州三城，已打至婺州城下，頓時大怒，責成揚州刺史房仁裕和婺州刺史崔義玄，組織大軍，迅速征討。
婺州刺史崔義玄一馬當先，在揚州刺史房仁裕的配合下，帶著各方馳援到來的兵馬，將陳碩貞圍困在了一個山頭上。
陳碩真手下將領拼死抵抗，無奈寡不敵眾，漸漸失利，損傷慘重。
戰到最後，文佳皇帝陳碩真身邊只剩下少數幾個人了。
望著山頭上拼死廝殺的陳碩真，崔義玄命手下將士萬箭齊發，要射死陳碩貞。
陳碩貞舞動雙劍，拔落蝗蟲般飛來的利箭。
正待陳碩貞力疲不支，危機萬分時，天邊一片閃亮，飛來一只巨大的鳳凰，落在陳碩貞身邊，陳碩貞當即騎上鳳凰，騰空而去。
因為有了這段往事，睦州清溪留有天子基、萬年樓、落鳳山等遺跡，據說是有天子氣象。
方臘的心病就害在這里。