與此同時，朝廷里也開始了激烈的爭峰和辯論。所激烈討論的話題無非就是如何應對燕王府送來的質子，以兵部尚書齊泰為首得務實派，強烈建議一直把燕王朱棣的三個兒子一直就這麼扣壓下去，以作為朝廷對燕王府的絕對重要手段和籌碼，並以此來牽住和控制對方，不得不說，這個策略不說有多麼高明，至少是相對而言比較靠譜的。，張丹青如是的心里想著，但凡高高坐在龍椅上的見皇帝朱允炆此時此刻肯听齊泰的建議的話，想來日後也不會淪落到國滅身死的悲涼下場。這位在位僅四年，被叔叔朱棣篡權成功的失敗帝君，在歷史上卻得評價甚高，朱元章的遺詔里說他「明仁孝友」，可稱是仁德之君。清歷史學家徐元文也曾說他「若無篡逆之亂，必修德安民，開一代盛世也」。普遍的觀點認為，如果當初朱棣接受了朱允炆登基的現實，安心做一個藩王，朱允炆也必將成為一個堪比歷代仁君的好皇帝。而觀其一生的「善舉」，事實也似乎如此，從建文元年(1399年)開始，朱允炆即大刀闊斧，對朱元章時代的諸多制度進行更化改革，史稱「建文新政」。
新政的主題恰如其年號「建文」一樣，與前代的「洪武」相對，施行重文臣，興儒學的「仁政」。
即位第一個月即下令全國復查「冤桉」，對洪武時代的幾次大桉重新核查，力求「從寬」，赦免無辜者數萬人。許多被朱元章流放邊關的文臣也得以提拔，甚至入主中央。
進而修訂《大明律》，刪掉其中諸多苛刻刑法，中央到地方的各級官署更進行「機構精簡」，戶部和刑部下屬的各類司級機關從12個縮減到4個，但有些部門則進行「機構擴充」，如翰林院和國子監。
官職級別也發生變化，六部尚書的品級從二品提高到一品，皇帝身邊則形成了齊泰，黃子澄，方孝孺三人組成的「參議」，即後來明「內閣」的雛形。
賦稅政策也大做調整，改變了洪武時代對江南地區的苛刻重稅，改為輕徭薄賦。
甚至曾一度在方孝孺的建議下改革國家土地制度，恢復西周時代的「井田制」。
上述種種「善政」，六百年來史不絕書。
有些政策固然理想化甚至不切實際，但諸如「內閣」等制度，文臣治國的理念，實際上也被後世皇帝接納並延續下來。歷代史家對其評價甚高，由此不足為怪。
既是「善政」，又為何招致戰亂呢?
這就是靖難之役的「導火索」——削藩。
二、削藩
台灣歷史學家李敖曾在一篇文章里如此諷刺建文帝的削藩政策︰朱允炆的削藩，正像北宋軍隊打仗，開始的時候捷報頻傳，斬獲連連，卻突然一個挫折，接著就是昏招連連，連戰連敗，最後敗到一發不可收拾。說「削藩」，這是朱允炆在做「皇太孫」的時候就有的一塊心病，畢竟深知自己年紀幼小，諸藩王「叔叔」皆手握重兵，自然如鯁在喉。黃子澄曾寬慰他說︰「漢景帝在位時，諸王也多不法，釀成七國之亂，可漢景帝派兵平定，立刻都土崩瓦解」。此言讓朱允炆稍稍心安，後來朱允炆也曾請教朱元章，朱元章反問他該怎麼辦，朱允炆思來想去答道︰先用德爭取，再用禮規範，再不行就改封地，還不行就削藩，如果都不行，只能兵戈相向。朱元章很滿意，贊道︰「甚好，甚好。」而觀朱允炆削藩，論開頭，也可為「好的開端」。早在洪武三十一年閏五月朱元章撒手人寰後，即頒布「遺詔」，各地藩王所屬的文臣武士，除藩王的親身「護衛」外，皆由中央節制。初步掌控了各藩鎮的「軍政大權」，繼而朱允文與其老師齊泰，黃子澄密謀，采納黃子澄「斷燕王朱棣手足」的建議，先將河南周王與山西代王以「貪橫暴虐罪」逮捕，繼而周王被發配雲南。
眾文臣窺得風向，紛紛見風使舵，上書力陳大規模「削藩」。「順應民意」下，建文帝再接再厲，洪武三十一年五月， 王被召入京「切責」，湘王不堪忍受屈辱，憤然自焚。
齊王被廢為庶人，關入大獄，數月之間連出重手，將當年向朱元章陳述的「五步走」連貫動作一氣呵成，直鬧得諸藩國人心惶惶。
噩耗連連，「主要對手」朱棣也緊張，加緊招兵買馬準備戰爭，並與北邊的韃靼部落訂立盟約。
建文帝也毫不落後，先策反了燕王府官員葛誠，成為自己耳目，繼而以防備蒙古為名，派親信將領張芮駐北平北面的開平，遣謝貴為北平指揮使，接掌北平軍權，里里外外對朱棣形成夾擊之勢。
建文元年三月，朱棣入京朝見，有大臣建議建文帝借故將朱棣捉拿，未被允準，繼而建文帝派宋忠率精兵三萬駐開平，五月，朱棣派兩個兒子朱高熾，朱高煦入京朝見，又有大臣「舊話從提」，要建文帝扣押兩皇子以挾持朱棣，再被拒絕。
最終放虎歸山，歸家後，為掩人耳目，朱棣開始「裝瘋」，成日瘋瘋癲癲，做病入膏肓狀。
七月，在得到葛誠密報朱棣已然籌謀起兵後，建文帝終下決心，命北平指揮使張信逮捕朱棣，誰知張信火線倒戈，向朱棣告密，朱棣果斷行動，先誅殺建文帝派在身邊的眼線葛誠，繼而火速舉兵，殺死建文帝駐北平親信張芮，謝貴，控制北平城，繼而殺退駐開平的宋忠的三萬精兵，正式舉起了「造反」大旗。
今人對這段「削藩」過程頗多非議，認為既然削藩的主要對象是燕王朱棣，就該從一開始直搗黃龍，先將朱棣削藩，而照黃子澄的方式，實為「先易後難」，到頭來朱棣毫發未損，各藩國卻被「得罪光」。
這個此時捷報頻傳的過程，素來被看做建文帝的敗筆之一。
而在這之間，兩次可以拘捕朱棣的機會皆被他放過，更令後人指摘不已，稱之為「天予不取，必受其咎。」
但仔細觀其過程，朱棣兩次覲見，第一次是諸藩王人心惶惶時，恰如齊泰所言︰「擅扣燕王，恐激諸藩眾怒」。
第二次朱棣兩皇子覲見時，黃子澄諫道「放歸二子，以德化感燕王，可成陛下美名。」
在輕易不願釀成兵災的建文帝眼里，這必然成為他的第一選擇。
而說到「先易後難」的削藩選擇，對于行事力求穩妥的建文帝來說，也是必然會采納的。
但對照之前的漢朝「七國之亂」，以及後世的清朝「三藩之亂」，我們不難看到建文帝的最大「錯處」。
三次「削藩」，共同的道理只有一句話︰削亦反，不削亦反。既是無可回避的戰爭，最重要的自然是戰爭準備，而這，恰是建文帝，及其「師傅」們最大的疏漏。
直到戰爭打響後，建文帝還反復告戒前線諸將，不要傷害朱棣，原因是「勿使朕有殺叔之名」。實在是讓人哭笑不得。
三、長興侯耿炳文
明建文元年(公元1399年7月)，燕王朱棣在北平舉兵造反，以「清君側」為口號，拉響了持續三年的「靖難之役」的大幕。大戰驟起，朱棣先聲奪人，先敗宋忠的三萬精兵，繼而連克雲中，開平，懷來，上谷，永平，皆是建文帝事先安排的牽制朱棣的「防區」，此時盡皆攻克，如雷轟頂的建文帝，也迅速做出了反應，派出了以長興侯耿炳文率領的三十萬「中央軍」，出師討伐。由此牽出了朱元章為建文帝做的最後一個苦心安排——長興侯耿炳文。耿炳文，鳳陽人，淮西舊將的老班底，大明開國功臣，靖難之役爆發時，時年六十五歲，可謂久經沙場。在漫長的三年靖難之役中，他留給歷史的只有短短一瞬，但他卻一度是最有可能改寫朱允炆命運的人。之所以這樣說，還是由于他的作戰特點——擅守。
朱元章爭天下時，他曾受命鎮守江蘇長興達十年，其間數次以少勝多，擊敗朱元章勁敵張士誠的瘋狂進攻。也因戰功為封為長興侯。
在朱元章麾下的各路英杰，乃至彼時中國的將領中，他是最擅打防御戰的人，他不僅防御經驗豐富，且軍事思想卓越，其提出的「以戰車克胡騎」的作戰思路，在明朝中後期被戚繼光，俞大猷，孫承宗等人發揚光大，成為明軍的主戰法。
朱元章留下他的苦心正在于此︰一旦國家有事，一個耿炳文就足夠鎮守邊關。
而從靖難之役的局面看，大勢更是清楚，起兵造反且部隊多騎兵的朱棣，最大的特點是擅攻，最有利的局面是速戰，一旦戰局拖向相持乃至寸步不前，就是朱棣的滅頂之災。對于耿炳文乃至建文帝來說，平亂的方式很簡單——守住，便是勝利。
但急于求成的建文帝給耿炳文的命令卻是「火速堪亂」。
接著同年九月，耿炳文率軍在河北真定與朱棣激戰，朱棣先以夜襲的方式，相繼殲滅耿炳文屬下的潘雄，楊忠部，出戰遇挫的耿炳文收縮兵力，死守真定，數次擊退朱棣的進攻，終將局面拖入對「中央軍」有利的相持戰軌道。
豈料後院起火，建文帝聞敗報後大怒，申斥耿炳文「一戰而摧鋒」，于同年十一月派已故曹國公李文忠之子李景隆接替耿炳文，率五十萬大軍北征朱棣。
這個本可建立平叛奇功的老將，就這樣告別了靖難之役的舞台。兩年後，坐穩江山的朱棣，以「擅用宮廷物品違制罪」，將之賜死。
雖然，建文帝的統治生涯不長，但史學界對這位年輕皇帝的評價普遍較高。清朝時期的史學家徐元文更是指出，倘若沒有發生「篡逆之亂」，建文帝肯定會成長為一個保境安民的明君，能夠為大明朝帶來盛世之治。
那麼，為什麼包括徐元文在內的一眾史學家會有這樣的「預測」呢?
應該是他們在「建文新政」中看到了朱允炆成為「有為之君」的潛質。所謂「新政」，其實，就是王朝站穩腳跟後不可或缺的「文治」。朱元章施行了一系列鐵血政策，讓朝野上下一片風聲鶴唳，所以，必須有一位繼任者站出來重文興儒，以「仁治」消弭先帝為鞏固政權所造成的不利影響。
建文帝上台後所做的第一件事，就是為當年的各種「冤桉」平反。我們知道，洪武時期曾發生過許多具有屠殺性質的大清洗，不少遭到屠殺的名臣之後，都受到了牽連。朱允炆不但替那些冤死的人洗清冤屈，還將那些被流放到不毛之地的能臣重新調度回京城，加以重用。
此外，朱允炆還主持修訂了《大明律》，將許多不合常理的內容加以修改，刪除了許多嚴刑峻法。最微妙的是，朱允炆不忘改變官場格局，潛移默化地提高「自己人」的地位。例如，朱允炆提高了六部尚書的職級，由二品提高到了一品。是以黃子澄、方孝孺、齊泰三人得以上位，成為皇帝身邊的「內閣元老」。
朱允炆還不忘讓老百姓感念自己的恩德，其祖父朱元章在位時，曾在江南等富庶地區實行了高賦稅。建文帝上台後將賦稅進行調整，大幅減低了江南地區的重稅，以及在方孝孺的建議下實行土地改革。從這里，我們可以看到朱元章的良苦用心。他所做的一切，都是在給皇太孫鋪路。他故意留下一個充滿弊病的天下，讓繼任者能從容地施行「仁政」，收買人心。
正因如此，在朱允炆登基後，從朝臣到百姓才會清一色地念他的好。直到六百年後的今天，仍有史學家在夸獎朱允炆所施行的「仁政」。以現代人的眼光來看，朱允炆所施行的一系列政策都對後世造成了良好的影響，尤其是「文臣治國」的理念和「內閣當政」的制度。然而，朱允炆的種種善舉，有些人並不買賬，例如︰他的皇叔們。因為朱允炆的一系列政策中，有一條叫「削藩」。
所謂削藩，削的是什麼?藩王的封地、兵力。
藩王均為朱氏宗室，兵力是他們在皇權斗爭中得以自保的資本，削弱兵力無疑比要了他們的命還難受。而封地又是藩王能夠在地方當「土皇帝」的根本，若無封地何來稅收?何來揮霍之資?出生在帝王之家的朱允炆不會不明白這個道理，但是，削藩卻是不得已而為之的。
為何?
試想一下，一個年紀輕輕的小皇帝，生活在一群皇叔的「重兵拱衛」下，這種感覺想必不大好受。偏偏這時黃子澄給朱允炆出了個餿主意︰「當年漢景帝上位時，諸王也不願意削藩，甚至引發了七王之亂，結果，還不是被漢景帝輕松平定了?」
這句話就像是給朱允炆塞了一顆定心丸一樣，他不由得想起當年自己與祖父的一番對話。朱元章問︰「你將來該如何與你的皇叔相處呢?」朱允炆答︰「先以德服人，再用禮儀規範，實在不行就讓皇叔換封地，若還不行就只能削藩了，大不了兵戎相向。」這番回答深得朱元章嘉許，想到此處，朱允炆更加堅定了削藩的決心。
平心而論，朱允炆所施行的削藩策略起初還是比較成功的。
在祖父駕崩後他推遲發布遺詔，然後節制各大藩王，借助這一「特殊時期」掌握了藩王們的軍政大權。隨後，在黃子澄的幫助下，朱允炆對周王與代王動了手，將他們依次逮捕發配邊疆。周王與代王平日里與燕王走得很近，此舉無疑折斷了朱棣的左膀右臂。這下，新皇帝的目的已經非常明確了。看清了風向的文武百官立馬見風使舵，合力上書支持削藩。
為了「順應」百官及天下蒼生的意願，朱允炆終于開始對諸皇叔展開清算。隨著一系列的陰謀倒算，湘王于大火中自焚，齊王被貶為庶人， 王被軟禁在京城里。從朱允炆的一舉一動中我們能看出這位年輕皇帝手段十分毒辣，絲毫不遜于其祖父。听聞這些消息後，朱棣十分慌亂，他立即開始擴充兵力，做好與佷子決一死戰的準備。為了避免後院起火的狀況，朱棣還特地派使者去了一趟韃靼，與「鄰居」交好。
這一時期的叔佷二人，進行了一番旗鼓相當的較量。朱允炆十分精明，懂得「知己知彼百戰不殆」的道理，他費了一番精力買通了燕王府的葛誠，在敵人的心髒處安插了一枚棋子。隨後，朱允炆又打著防備蒙古人的旗號，向北方派遣了一名大將張芮，強行接管了燕地的兵權。從表面上看，此時的朱棣已落入萬劫不復的境地，只要朱允炆想，一聲令下即可將其打入十八層地獄。
當建文元年三月朱棣來到京城覲見皇帝時，已開始有大臣勸說朱允炆將其扣押起來。然而，朱允炆太過輕敵，他沒能痛下殺手，只是又向北平派出了三萬精銳。同年五月，朱棣將自己的兩個兒子朱高熾、朱高煦派到南京，又有大臣想軟禁這兩名世子作為人質，誰知朱允炆竟再次心軟。
朱允炆兩次心軟的後果是什麼呢?
那就是錯失了擊殺朱棣的最後機會，第二天，葛誠、張芮便被人殺死在家中，朱允炆失去了朱棣身邊的眼線，再也沒有監視皇叔的耳目。
然而，建文帝的敗筆還不止此。
為了讓天下百姓覺得自己的身份並非反賊，朱棣拿出了所有反王都會用到的「清君側」這一旗號。這場叛亂總共持續了三年有余，最終，以朱棣攻入南京城告終。
戰爭爆發之初，朱棣的燕軍就展現了出人意料的戰斗力，朱允炆安排在北方的宋忠根本不是其對手，三萬人被瞬間擊退。一連幾道奏章送入朝廷，上面寫著雲中、開平、懷來、永平被攻陷的消息。朱允炆做夢都沒想到，這些他早年部署好的「防區」，竟在頃刻之間被敵軍攻陷。
值此之際，朱允炆雖如五雷轟頂，但他還是做出了應對之策，拿出了祖父留給自己的殺招——耿炳文。耿炳文是陪著朱元章打天下的元老級大將，他所率的淮西舊將皆是大明的開國精銳。在靖難之戰爆發時，這員老將已有六十五歲高齡，可謂經驗極其老到。
如果說，若當時有一人能與久經沙場的朱棣抗衡，非耿炳文莫屬。此將極有可能改寫大明的命運，匡扶朱允炆的正統朝，因為他十分擅長打防御戰。朱元章打天下時，耿炳文屢次被賦予坐鎮江蘇的任務，十年之內數次以少勝多，替朱元章守住了張士誠的進攻，確保了後方的安全。
朱元章之所以安排這員老將的原因，正是因為他擅長的就是鎮守邊關。倘若，朱允炆不能力敵諸位藩王，那麼，這員老將將會是大明王朝最後的屏障。縱觀整個靖難之戰不難發現，朱棣擅長的是機動作戰，朱棣的騎兵勢不可擋每次都能以速攻的戰術取勝，不過，一旦戰況僵持住朱棣將會陷入被動局面。
顯然，耿炳文打贏朱棣的可能性非常大，只要他牢牢守住要緊的關口，朱棣定然寸步難行。朱棣雖然有燕地作為根基，但是，他根本沒有與中央軍打持久戰的資本，久戰必敗。遺憾的是，朱允炆下了一步臭棋，他命令耿炳文「火速堪亂」，也就是強攻。
耿炳文不得已之下，在河北真定主戰場上與朱棣來了場硬踫硬的決戰。朱棣十分狡猾，靠迂回游擊迅速殲滅耿炳文麾下的潘雄、楊忠，剪斷了耿炳文的羽翼。若非耿炳文轉攻為守，恐怕這支主力軍將被燕軍全部蠶食殆盡。听聞戰況朱允炆勃然大怒，將一切黑鍋都甩在了老將頭上，還怒罵他「一戰而摧鋒」。
隨後，朱允炆命令李景隆接管了耿炳文的主力軍，加派兵力五十萬北上，決意與皇叔朱棣死戰到底。朱允炆根本沒想到，朱元章苦心安排耿炳文在他身邊的目的。所以，這位足以扭轉靖難結局的老將，就這樣含恨退場。等到朱棣上台後，他輕描澹寫地以「擅用宮廷物品違制罪」，將耿炳文置于死地。
從朱允炆登基開始，到靖難之戰結束，我們可以看到建文帝至少有兩次機會改寫歷史。然而，正是因為朱允炆在這兩件事上的短淺目光，使他失去了一切。
有了這樣的後知後覺，張丹青下意識的認為，這次討論很有可能同樣會討論出一個非常糟糕的結論。那就是放虎歸山。
果不其然，眾多文武大臣在黃子澄力挽狂瀾的壓倒性優勢建議下，建文皇帝朱允文最終還是同意了放歸燕王朱棣的三個兒子，這個決定不由的讓兵部尚書齊泰等人為之扼腕不已。
但也僅僅是嘆息，此時此刻的眾多文武大臣，心里都抱著這樣的一個僥幸，那就是燕王朱棣僅憑一個北平城是無法撼動朝廷的絕對優勢地位的。只要朝廷願意，隨時可以大軍北上，直接活捉燕王朱棣。