這錦衣衛如此說後，張懋修就忙看了張敬修一眼。
張敬修則對這錦衣衛道︰「知道了，你先下去吧。」
這錦衣衛便拱手稱是，且離開了張宅。
而待這錦衣衛一離開，張懋修便對張敬修說︰「果然讓兄長你說中了！他們這是怕我們查到他們，所以滅了自己人的口？」
「不然呢？」
「除了自己人，還有誰能神不知鬼不覺地讓一堂堂僉憲失蹤？」
張敬修冷冷一笑，回應了張懋修的話後，就道︰
「我得進宮一趟，立即向陛下奏明此事！」
「失蹤一個僉都御史，怎麼看也不算小事，你立即回北鎮撫司，告知于白緹帥，認真查訪此事！」
「無論怎麼說，失蹤一個僉都御史，我錦衣衛都需要查出其幕後黑手的！」
「好！」
于是，張敬修便進了宮，張懋修則去了北鎮撫司。
朱翊鈞從張敬修知道此事後，就讓人傳見了申時行，且在申時行來了後，便問道︰
「僉都御史沉子木在從首輔官邸出來後便失蹤了，他來見師傅是為了什麼？」
申時行听朱翊鈞這麼說後，微微一怔，隨即就拱手說︰
「回陛下，沉僉憲來找臣是為了勸臣上本請陛下中止清理佛寺之事，言說是底下奉行過嚴，導致了大量僧尼暴斃，以至于人心惶惶，且拿昔日奸邪之人因太師推行新政而欲對其抄家滅族之事例，來勸臣多思量將來後路。」
「那師傅是怎麼回答的？」
朱翊鈞問道。
申時行便將自己的原話告知給了朱翊鈞。
朱翊鈞听後未語，只說道︰「陳經邦還是交給三法司處理此事，明正典刑吧。」
申時行拱手稱是，且在出宮後，就見到了刑部尚書舒化。
舒化對申時行言道︰「元輔可知沉僉憲一事？」
申時行頷首。
「但元輔可知，坊間已有傳言，是公不滿陳肅庵與沉玉陽在清理佛寺事上頗多詆毀，故與某緹帥勾結起來，先整陳本兵，再害沉僉憲，行排擠異己事；」
「明白者自然不會相信這話，但亦有湖涂者，摩拳擦掌欲劾公操權太甚。」
舒化則繼續對申時行低聲言語起來。
申時行笑道︰「無妨，流言蜚語任他去！」
「僕還是那句話，只要僕還在這個位置上，趁著天子圖治，還願意惠民，願意分利于天下，願意增加天下之財，僕就盡量多給天下士民多爭些外利，多增加天下之財以饗國家。」
申時行這麼說後，舒化就沒再多言，只看著申時行的背影，目光漸漸陰沉起來。
「刑部這邊直接議陳經邦死罪，然後移文都察院與大理寺覆議。」
舒化在回到刑部後就對刑部郎中楊夢皋吩咐了一件事。
楊夢皋聞弦歌而只雅意，知道舒化這是在說申時行不肯因為流言蜚語結束清理佛寺之政，而刑部這邊就只能對陳經邦秉公執法，否則的話，申時行就應該通過饒恕陳經邦死罪的方式，來向外界表達自己已畏懼人言有意結束此政策的意思。
所以，楊夢皋便問︰「那申吳縣到底是怎麼說的？」
「他的意思是隨便天下人怎麼詆毀他彈劾他，只要他在這個位置上，就會多為自己申家爭取些礦利。」
舒化言道。
楊夢皋听後︰「那我們真的要彈劾嗎？」
問後，楊夢皋就繼續言道︰「本來，按照我們的意思，是既開發外利，但也不清理佛寺，如此官民兩便，內外皆寧！偏偏他申吳縣因為自己申家和整個新禮一黨所得認購最多，而竟不惜竭澤而漁！」
舒化一揮手︰「要彈劾也不用我們動手！這清理佛寺之政在底下鬧得天怒人怨，自會出問題的，他申吳縣乃淺陋之人，利欲燻心，哪里知道真正的實情！」
清理佛寺之政的確存在有過度執行的問題。
「剃發！」
鳳陽府，有典吏嚴肅誠竟強行勒令官差將其剃了發，而上報給鳳陽知府龔若樂說，查獲沒有度牒的僧尼若干人，毀私寺私庵若干，龔若樂只為政績好看，讓上面喜歡，也懶得過問那麼多，直接按此上報，而嚴肅誠與麾下官差就這麼搶掠了一干百姓的財貨而無罪，一時發了不少財。
鳳陽巡按御史張文熙聞知不得不上疏彈劾龔若樂，且以胥吏奉行過嚴、擾民甚重為由，第一個請朝廷及時停止清理佛寺之政。
與此同時。
在鳳翔府，因正值大旱大饑之時，所以許多流民在當地寺庵出家務工以食，鳳翔知府沉自賡卻不顧及現狀，也不賑災，強行毀寺庵，結果激怒百姓，造成有百姓直接蟻聚圍攻府城，但因沒攻下就流竄到了其他州縣，竟因此裹挾起更多流民作亂。
三邊總督蕭大亨在聞知有大量流民作亂後才查知內情，而因此派人快騎報于了朝廷知道。
在蕭大亨報此事的同時，廣西道御史其實已提前向朱翊鈞奏稟了此事，且直接上疏參劾申時行說︰
「元輔申時行為積財于私黨，不思賑濟，不準地方有司報憂而只令其擅行苛政，以至于得罪菩薩，天降大旱，先是廣西饑，後是淮揚地震，數縣百姓無家可歸，如今鳳翔又大饑，去冬京畿亦雨雪不時，災異頻見，咎當在此。」
「故請陛下停其苛政，罷其職，早令有司賑濟，而熄天怒！」
而左副都御史張岳也向朱翊鈞奏明了地方上許多官吏過度執行的問題，且言道︰
「延安府同知石巍強毀寺庵，致使上萬百姓無家可歸，落草為寇，真寧知縣劉衢索賄大戶，若不從，誣其宅邸為私庵而毀，一時激起民變，竟致真寧為賊寇所據，而有司不敢奏，怕為權臣不喜！」
朱翊鈞則將這些章奏直接下到了內閣，讓申時行自己票擬。
申時行則因此特地請了時任光祿寺卿的鳳翔人李轍問︰「鳳翔去年大旱剛起時，僕便票擬得旨，令地方準備賑災，若錢糧不足，可請朝廷撥款調糧以賑，為何如今竟還大饑？」
李轍道︰「恩輔乃南人，雖也是仕宦之族，但卻是居于城鎮之鄉宦，不知我們北方地方實情，在我們北方，賑災全靠地方鄉紳，因為官員大多居于城市為奸吏所隔，而除非真的不遵官員不得隨便下鄉的祖制，否則地方災變只能看鄉紳解決。」
「何況大多數官員多本不願意下鄉，查問民情，只積極于鑽營與媚上，好一點的也只是追求清靜無為，既不媚上鑽營也不查問民情。」
「所以，大饑表面上看地方官不恤民情所致，但實際上是地方鄉紳故意為難官府所致。」
「他們不先出糧賑濟，反而會提前囤積居奇，又勾結胥吏燒毀常平倉，所以就導致官府哪怕在城郭附近也出現災民進而知道災變時，想賑也無能為力，鄉紳也不賑濟鄉民，反會唆使寄居于寺庵苟活的百姓造反！」
「這一切明面上是天災，實際上是人禍，而有此人禍就是沖您這清理佛寺之政來的。」
李轍說後，申時行就嘆了一口氣︰「僕還是把改革想簡單了！」