夜晚，臨時試驗場的幸存者匯集處，葛城美里悠悠轉醒︰「我還活著……」
「加持……」轉過頭，葛城美里看到了守候在自己身旁的男人。
「太好了，葛城。」
「律子呢？」
加持回答道︰「不要擔心，她傷的比你輕。」
不遠處，是一個直徑數公里的巨大爆炸坑洞。
突然想起了更重要的事情，葛城美里問道︰「明日香呢，EVA三號機呢？」
「她被當成使徒處理掉了，初號機干的。」加持回答道。
听到被當成使徒處理掉，葛城美里只是悲傷，雖然前因後果了解得有限，但也不難猜出是因為使徒出現了意外。
但是……被初號機處理掉……
初號機的駕駛員，是碇真嗣啊……
而碇真嗣……是明日香所喜歡的男孩子。
明日香……是在怎樣的絕望中……
畫面一轉，一處巨大的空間中，EVA初號機正站在一座金屬的巨大金字塔頂端，四周全是被他破壞的痕跡。
鏡頭拉遠，從頂部的光線來看，這竟然是一個巨大的地下空間，巨大到完全不輸于三體世界的地下城！
司令室內，收拾好情緒的女工作人員報道︰「初號機的聯動回路被切斷了！」
「彈出信號呢？」
「插入栓內部被反鎖了！」
一旁的另一個工作人員總結道︰「這是要固守城池啊……」
「快住手，真嗣！你知道自己在做什麼嗎！」一位和碇真嗣私交還不錯的工作人員勸到。
他很理解碇真嗣的痛苦，但這里是全世界最重要的地方，是NERV的總部，實在是不能再鬧的地方。
「別再惹我了……初號機還剩余285秒，這麼長的時間，足夠毀掉半個總部了。」
「真嗣，听我說，如果不是碇司令的指令，你可能就死了！」
「和這個無關……」
「但這是事實啊！」
碇真嗣憤怒的說道︰「我都說了我不管這些！爸爸他……他殺了明日香！還是……經我的手！」
盛怒之下，碇真嗣駕駛初號機用力地踩踏著金字塔形的司令室。
「為什麼！為什麼！為什麼啊！爸爸什麼都不懂！我竟然相信他……我真是個白痴！我要讓爸爸也常常失去重要的人的感覺！這樣他就會明白了！」真嗣怒吼著。
然而，哪怕是司令室都在因為初號機的破壞而震動，碇司令也是不為所動，下令道︰「把LCL液體的壓縮濃度調到最大。我可沒空跟小孩子耗著。」
碇真嗣這里，和三體世界的人類飛船里，用來呼吸的深海加速液一樣的LCL液體濃度突然增加，嗆了兩口水，過濃的氧氣讓他很快失去了意識。
碇真嗣從夢中驚醒，眼前是熟悉的天花板。
室外，針對三號機體的回收處理工作正在進行。
一間黑暗的房間里，一團奇怪的設備發著詭異的紅光。
「細胞組織侵蝕的痕跡雖然已經消失，但不能確定她是否遭到使徒的精神污染。也只能先隔離她了。」房間之上的觀察窗口，赤木律子說道。
她身後的助手有些擔心地問道︰「應該不會要除掉她吧……」
然而赤木律子的回答卻十分冷血︰「這可是寶貴的研究樣本，不會的。」
另一處壓抑的巨大房間內，碇真嗣被拷著三個手銬，站在碇司令面前。
「違反命令，私自佔有EVA，幼稚的恐嚇，這些全部都是犯罪。」碇司令的聲音回響在巨大的房間內︰「對此你有什麼想說的嗎？」
「是的，我以後再也不要駕駛EVA了。」碇真嗣回答道。
「是嗎，那就滾吧。」碇司令冷澹地回答道，不帶一絲父子情面。
碇真嗣轉過身，這時碇司令的聲音再次傳來︰「又想逃走嗎。」
無論是視頻里，還是EVA世界剛剛開始駕駛初號機的碇真嗣，都皺起了眉頭。
好像一開始，駕駛EVA都是被強加在我身上的責任吧，這樣何來逃避一說？
「為了實現願望，要有犧牲一切的準備，要用自己的力量來實現，而不是靠別人給予。真嗣，成熟些吧。」
碇真嗣沉默了一會兒，回答道︰「我根本不明白什麼是成熟。」
烈日下，碇真嗣一個人行走在路上，此時碇司令已經命令將他的資料全部剔除，從此以後初號機的使用，將以傀儡系統為基礎。
基地內，和駕駛員們相熟的工作人員們討論著，說凌波麗竟然沒有挽留碇真嗣，覺得她明明最近變了不少，有了很多人情味，但她並沒有付出行動。
「孩子們的關系還真難懂啊~」
「但這下，駕駛員就只剩下一個了。」
一處垃圾桶，凌波麗看到了碇真嗣丟棄的，童年時碇司令給他的隨身听。
葛城美里的家中，碇真嗣已經收拾好了自己的東西，站在門口。
「我想你應該清楚吧，就算注銷了你在NERV的注冊信息，還是會監視你的，你的行動會受到限制。」葛城美里遞出一部手機︰「你忘帶東西了。」
「鈴原和相田給你留了言，他們都很擔心你。」
「我不需要，我不準備帶著它。」碇真嗣回答道。
「麗和明日香的事你也不問了嗎？」
這一次，碇真嗣沉默了很久。
葛城美里繼續說道︰「說實話，什麼人類什麼世界我都無所謂，雖然最後我還是站在了這里，但最初，我是為了接近死去的父親，才申請加入了NERV，就像你想獲得碇司令的認可，去駕駛EVA一樣……所以我在你身上看到了自己，我知道這樣可能讓你很累，我也理解你心灰意冷，不願意再駕駛EVA。」
葛城美里已經帶著哭腔，作為一起生活的人，她再了解不過眼前的孩子有多麼讓人心疼︰「但是我還是希望你……」
葛城美里想要上前拉住碇真嗣，但碇真嗣卻走出了家門。
「那天，麗邀請了碇司令，她希望你能和父親好好相處，希望能看到你們一起笑。」葛城美里低沉的說道。
「我已經，無法對任何人笑了。」碇真嗣回答道。
房門關閉，碇真嗣真的離開了這里。
輕軌上，碇真嗣一個人在這車廂里，突然，紅色的警戒燈亮起︰「現在發表緊急事態公告！根據緊急條例，本列車將在最近避難站點停車。下車後請盡快前往指定地點乘坐避難纜車。」
距離地球三十八萬公里的月球上，一個人竟然不穿著任何航天防護服站在一架不知名的EVA上，遙望著地球。
外星人？改造人？機器人？
信息太少，諸天萬界也猜不出這個能夠適應真空環境的神秘少年是誰。
NERV基地內，警戒聲不絕于耳。
「全員啟用一級戰斗準備！準備地對空迎擊戰！」
「目標現在仍在前進！舊小田原防線已被突破！」
外界，許多先進戰機正在不斷開火，然而，從山後飛出的巨型生物卻毫不為之所動，輕而易舉能撕碎主戰坦克的機炮被一層力場攔截在外，無法傷其本體一絲一毫。
遠處的山上，密集的防御陣列足以在正常科技世界擋下任何空襲力量，然而那巨大的怪物只是眼里閃過一道亮光，這些防空陣列就被完全擊毀。
僅僅是一擊，就將耗費巨資修建的武裝都市擊沉入地下空間。
這樣強大的威力，哪怕是三體世界的人類戰艦，也未曾展現過，許多世界已經開始分析起這種巨大怪物的數據，尋找消滅的辦法。
「地表裝甲系統完全毀壞！」司令室內，戰損情況令人瞠目結舌。
「24層的特殊裝甲，竟然一擊就毀了……」
碇司令旁邊，副手看著屏幕里對于周圍的攻擊甚至不屑反應的怪物說道︰「第十使徒，最強的拒絕型嗎，破壞力超乎預想。」
和先前侵蝕並佔據EVA三號機的使徒對比起來，這個所謂的第十使徒，完全刷新了諸天萬界對于這個世界的認知。
本來以為是機器人大戰，後來變成生物兵器肉搏，現在你告訴我這種說移動核彈都是小看了的怪物雖然參差不齊，但也有至少十個？
你們的科技樹看起來也沒高到哪去啊，是怎麼用那種巨型生物兵器擊敗這些怪物的？？
地下電梯，葛城美里正在通過電話下達著作戰命令，在她身後的另一根軌道上，是跟貨車一樣巨大的炮彈在快速運輸。
回過頭，葛城美里看到了在那些子彈之後同步運輸的巨大人形兵器。
「EVA二號機？！誰在駕駛？！」
「不知道，我們並沒有下達出擊命令！」葛城美里的疑問並沒有得到解答。
湖面上，第十使徒絲毫不慌地飄著，數發洲際導彈一樣尺寸的高爆導彈砸在它周圍的力場上，強大的爆炸產生的沖擊波讓湖面形成了巨大的凹坑，隨後形成了向四周擴散而去的巨浪。
「允許使用N2導彈進行第三波攻擊，轉為掩護！」
這時，葛城美里打開了司令室的門，沖了進來︰「現在已經來不及讓EVA道地面迎擊了，請求歐洲方面的協助，把二號機部署在地下都市！」
安排好這邊，葛城美里立馬又問道︰「零號機呢！」
「緊急維修了左臂，勉強能夠出擊！」
「維修完畢後去支援二號機，單獨行動很危險！」
轉過頭，葛城美里看向了負責初號機的工作人員︰「初號機呢！」
「現在正在啟動傀儡系統！」
「抓緊時間！」
第十使徒的雙眼閃過光芒，眼前的一切都被強大的力量摧毀，巨大的爆炸在不知名力量作用下，形成了十字架形狀的光柱。
看著林立的十字架，許多世界的教徒懷疑起了自己的教義。
所謂的天使……不應該是長著翅膀的帥哥美女嗎？
為什麼，會是這樣可怕的怪物？！
有人懷疑起了教義，自然有人趁機作祟，但這些都是那些世界的高層需要擔心的了。