「奉上諭，杭州將軍查木楊勾結賊寇，干犯國法，已然伏誅，著閩浙總督趙國祚捕拿一干人等，有妄動者殺無赦！」
在處置了查木楊等人後，左世永和趙登龍隨即率軍將杭州八旗的駐地圍了個水泄不通。
見已方的兵營被綠營包圍，杭州駐防的八旗無一不義憤填膺，他們都是八旗子弟子弟，何時受過綠營的冤枉氣，但憤怒歸憤怒，八旗兵將們卻沒有在臉上表現出來，因為趙登龍手上實實在在拿著一道明黃色的聖旨。
杭州駐防八旗甲喇章京屯塔卻有些不放心，一力要求趙登龍把聖旨拿來，他道︰「查將軍在杭州任上盡心盡力，又是滿洲人，如何會勾結賊寇？」
趙登龍大怒，提刀喝道︰「屯大人，……你這是質疑聖上的聖旨嗎？難不成爾是查木楊的余黨？」
「我……我……！」
軍營被圍，自家將軍大人又生死不知，屯塔未免有些氣短，當然他也不信這些綠營兵會敢對滿洲兵動手，在趙登龍的逼迫下，只得無奈地拋下了手中的武器，表示願意奉趙國祚的號令。
可屯塔萬萬沒有想到，在杭州八旗放下武器後，這幫綠營兵竟然在大營內開起了殺戒，只小半個時辰，就把營內的滿洲兵剿殺殆盡。
解決了杭州八旗後，趙國祚又飛檄福建汀州鎮總兵蔣勛、福寧鎮總兵黃大來、漳州鎮總兵陳洞、建寧鎮總兵敦柱，讓他們盡快趕赴臨安行營，以應付攻入浙江的長毛賊寇。
黃大來，字君甫，陝西人。行伍出身。從小習武，清康熙初年投軍，在浙江提督賽白理帳下充作小校，因素有武力，被賽白理看中。
康熙十三年，耿精忠反復，黃大來舉旗奮進，殺敗叛軍，因功擢升為福寧鎮總兵。
蔣勛是福建安平人，康熙三年以武舉入軍，康熙十四面隨軍征討靖南王耿精忠，屢立戰功，累遷至汀州總兵。
至于陳洞和敦柱二人，亦是因隨軍擊退耿精忠和鄭經軍，因功做到了總兵的位置。
趙國祚調諸人入浙，其目的正是收繳幾人的兵權，好整合閩浙地區的綠營兵。
與此同時，福建水師也完成了對澎湖鄭軍殘部的搜索，兵鋒直逼東番本島。
施瑯是真的沒想到這次攻略澎湖居然會如此順利，自五月份出兵後，僅僅兩個月登陸澎湖，更沒想到和明軍決戰時，台風會轉向，讓大清軍不費吹灰之力就解決掉了劉國軒部主力。
此戰共斃傷明鄭軍一萬兩千余人，俘五千余人。擊毀、繳獲戰船一百九余艘。唯獨劉國軒率領殘余部隊從北面吼門退往台灣，澎湖各島鄭軍遂向施瑯投降。而清軍付出的代價僅僅是陣亡三百二九人，傷一千八百余人，船只無一損失。
要不是考慮東番水道非常險惡難行，進軍困難。施瑯決定暫緩進攻，采取攻心戰術，意圖迫降明鄭軍。為此施瑯在澎湖禁止殺戮，張榜安民；發布《安撫輸誠示》。並派原劉國軒副將曾蜚赴台。派人醫治受傷戰俘，給他們補給衣服、糧食，再將士兵送回台灣。還拉攏鄭軍將領為內應，防守澹水的何佑首先私通施瑯。
面對施瑯的軍事壓力，東番本島的明鄭軍將領，提出了三個不同的意見，有人認為東番本島險塞難行，即便是施瑯海戰獲勝，要想登陸東番也不是輕而易舉的事，也有人認為當攻略呂宋，重新尋一塊根據之地，還有人認為，明鄭水師已然大勢已去，還不如投降清廷，如此也能保全家小。
東番島上人心不穩的消息迅速由何佑傳到了在澎湖的施瑯處，到了這個時候，施瑯知道大事是真正的定下了，可欲招撫東番殘部，他一個水師提督顯然是沒有資格的。
為了盡收平台之功，施瑯遂將澎湖軍務交給了陳蟒和董義，自個趁船回返銅山，也好在明珠和姚啟聖面前夸耀他的武功。
然而施瑯沒有想到的是，他剛剛踏入銅山港，身邊就涌出了無數持刀拿矛的楚軍士兵，只不過為迷惑施瑯，這些士兵都身穿綠營兵號衣。
「……你們想干什麼，本督是施瑯，爾等難道想造反嗎？本督要見姚啟聖，要見明相！」
施瑯懵了，他哪里想到剛剛回返銅山，就被人控制了，到了這個時候，他還以為這些綠營兵是奉了姚啟聖的號令。
按照康熙帝規劃，平台事應由姚啟聖、萬正色、巡撫吳興祚一起商討作戰，而施瑯卻打算排除姚啟聖等人的節制，以便能全權進攻台灣，不過康熙帝只同意吳興祚負責後勤，仍然命令姚啟聖和施瑯共同出兵。
康熙二十一年五月初五，清軍主力抵達銅山島，姚啟聖和施瑯卻在爭執出兵時機，姚啟聖主張利用冬天的北風，施瑯主張利用夏天的南風，導致清軍無法順利出兵。
最後康熙帝于十月初六裁定施瑯負責前線作戰，姚啟聖改任後勤作業，這才讓施瑯如願取得前線的統帥權。
姚啟聖軍權旁落後，為避免施瑯獨得戰功，轉而和鄭氏談判。但是施瑯主戰意志堅決，且負責談判的劉國軒不接受剃發易服，談判因此破裂，但這也令姚啟聖和施瑯出現了不和，望著周圍的綠營兵，施瑯只以為姚啟聖是公報私仇，想搶奪他的平台大功。
「呵呵，施提督，本官實話和你說吧，明中堂已決定舉閩越之眾北伐，捕拿禍國奸臣索額圖，今姚總督和趙總督都同意奉明中堂號令行事，不知施提督願不願意？」
率兵包圍施瑯的不是別人，正是銅山參將周球，連續出賣了明珠和姚啟聖後，周參將知道他已然沒有回頭路了，即便是現在率兵圍了施瑯，也絲毫沒有羞愧之心。
「……你們？」
聞言，施瑯心下一突，他哪里想到明珠竟會行這等悖逆事，居然在這個節骨眼上發動兵變。
「施提督放心，明中堂早已令人草擬了討逆檄文，施提督卻是名列榜首，不管施提督同不同意，想洗月兌干系，恐怕都不可能了。」
施瑯曾兩度降清，乃是鐵桿漢奸，按理說既然落到楚軍手上，肯定是要千刀萬剮的，可偏偏他手中有數百條海船，在沒有控制這支船隊的時候，便是想動他都不可能。