這些僧尼眼見著智慶大師身死當場，知道對面縣官是個狠角色，也就都不敢動彈，乖乖地任由官府的人控制。
閻應元這里則先下令查了這些僧尼的度牒。
結果卻發現，十成的僧尼里竟有八成都沒有度牒，全是藏匿在這佛寺里的黑戶！
「沒有度牒的，全部問清家里情況，能遣發還家的就遣發還家，並發給路費！不能遣發還家的，重新編戶，發給安家費，令其下山！」
閻應元也因此照旨令安排了起來。
「我們不下山，我們不下山，我們生是這里的人，死是這里的鬼！」
但在這不久，就有一些僧尼死活不肯下山還俗。
閻應元見此直接喝令道︰「不欲下山者，皆視為抗旨，先杖打三十，再關進大車里，押解進京，等候確定流放地！」
「是！」
「摁在地上，打！」
官衙胥吏差役應了一聲，便要開始打這些僧尼。
而這些僧尼中的不少人倒是老實了許多。
但也有人還是不堪忍受這種不能再在佛寺里錦衣玉食的日子，尤其是還要被人如此欺辱，而不能像在香客佃戶面前受香客佃戶們頂禮膜拜一樣有人上人的快感，也就大喊一聲，說︰「你們這些酷吏，我給你們拼了！」
砰！
揚言要拼命的僧人當場就被持銃的縣衙兵丁打死在地。
其他僧人見此不得不更加老實了起來。
啪！
啪！
啪！
于是，因不肯下山的僧尼開始自覺地接受著杖打，吃痛慘呼著。
而其他僧尼則也不敢再喊著說不願下山，也就老老實實地領了路費或安家費，下了山。
因有度牒在身而不用下山的少數僧尼見此也不敢多嘴，都只合手念佛。
「繼續抄！」
「佛寺錢糧，必須有源可查，以防巨額財產來源不明；」
「佛寺寄宿客人，也必須有源可查，以防大盜巨賊藏匿其間。」
閻應元則在這時，繼續吩咐起來，而嚴格執行著上面的要求。
作為一名因為改制才能從胥吏階層被提拔為知縣正堂官的他，自然不會抵觸新政。
「報！縣尊，我們發現在僧院南房有大量未剃發的孩童，男女合計三十七名！」
「報！縣尊，我們發現在僧院收租房內有大量違例取利的借貸契書，還有大量地契，以及金銀無數，且存放有賬目，但賬目所記來源多為收租與收息，少量為香客所捐香火錢。」
這時，閻應元麾下的胥吏差役陸陸續續在抄了後，就跑著來向閻應元抄沒的情況。
閻應元听後沉著臉吩咐道︰「抓一個管事的僧人來問問，這些孩童從何而來？」
「他們皆是我們老爺從拐子手里買來的孩子。」
被抓來的一管事僧人回道。
閻應元听後立即吩咐道︰「將這些孩童先送到養濟院養起來，令本縣有孩童走失的父母可來養濟院認領。另外，該寺私蓄孩童為奴，罪大惡極，度牒全部沒收，有度牒的僧尼也全部關押起來，準備流放！」
這管事僧人听後大驚，忙跪下哭喊道︰「縣尊饒命啊！饒命啊！這些孩子買來為奴，本是老爺的意思，小僧等也不過是奉命行事啊！」
閻應元則道︰「你們知情不報，也是有罪的，豈能只讓一個已經死了的人承擔全部罪責？」
這管事僧人听後還是求饒。
但閻應元沒有搭理，只讓人把這管事僧人拖了下去。
然後，閻應元就又按照詔旨旨令指示道︰「收租和放貸所得全部籍沒入官！」
「放貸契書不管收沒收完，全部燒了！」
「對于地契，暫時收存起來，準備接下來分田使用，立即將該寺所有佃戶叫來！」
沒多久，崇譽寺的佃農全被叫了來。
而閻應元則依照地契對這些佛寺的田產重新進行了清丈，然後把這些地重新分給了佃農。
多出來的還沒有租佃出去的田產則分給了願意轉為自耕農的該寺僧尼們，而這些僧尼和被分得田地的佃農，則因此都重新成為了自耕農。
大明的自耕農數量無疑因此得到了增加。
一個農耕文明為主的帝國，自耕農的數量決定著一個國家的財政狀況和社會穩定狀況。
所以，自耕農數量增加對國家而言是好事。
就這樣，諾大的一個崇譽寺就被整頓的只剩下一個座空寺，寺產全部入官，租于士民經營。
寺田則全部分于百姓，僧尼要麼被逼著下山變成自由民，要麼被流放。
不過，為了滿足廣大百姓中一些善男信女禮佛之需求，同時考慮到這也是當地一景，閻應元倒沒有打算燒毀該寺，只打算請一個沒有問題且真心向佛而有度牒的老僧來做崇佛寺做主持，管理該寺的佛經和院內不用被分出去的菜地。
無論如何，閻應元做事可謂是雷厲風行，也算是很好的完成了一次中央朝廷下達的關于整頓佛寺的旨令。
只是在閻應元帶著縣衙官吏差役，押著一干將要被流放的犯事僧尼回城時，突然一陣急促的馬蹄聲傳來。
「大膽！」
緊接著，就是一聲怒喝，一員彪悍的武官在一隊親衛騎兵的護衛下出現在了山門外。
與此同時，這武官還喝令道︰「圍住寺廟！一個人也不準放出去！」
「是！」
于是，這武官麾下的官校就行動起來，很快就將整個崇譽寺圍的水泄不通。
閻應元見此走出山門問道︰「將軍是誰，為何要干預本縣事務？」
這武官道︰「本官乃臨清參將劉良左！此寺也有本將之產，爾等怎能擅奪本將產業！」
劉良左說完後，閻應元沉聲道︰「原來是劉參帥，本縣是奉朝廷詔令整頓佛寺道觀，至于這寺是誰的產業，則與本縣無關，要是將軍決定本縣不該整頓該寺，自可向朝廷上奏說明！」
「舅老爺！救救外甥啊，家父被這狗官殺了！這狗官拿著朝廷的旨令，把寺里的一切都抄了，田都分了出去，產業錢糧也都入了官，人都抓了起來，連準備送給舅老爺您而買的幾十個孩子也都被收了！」
這時，一本是智慶大師庶子的小僧人跑出來，跪在劉良左面前哭訴了起來。
劉良左听後更加憤怒，瞅向了閻應元。
閻應元倒也沒有怯場，只冷聲問道︰「劉參帥，難道您也要忤逆朝廷詔旨嗎？！請您別忘了自己的身份。」
「本將是不敢，但本將把這事栽贓到羅教身上的膽子還是有的！」
劉良左冷笑著說了起來，說著就指著閻應元這些人道︰「把這些人全殺了！不要留一個活口！」
「是！」
于是，劉良左的麾下家丁就持銃朝閻應元這些人步步逼近而來。
閻應元麾下的官吏差役們皆慌張起來。
閻應元自己也緊張起來，大聲問道︰「劉參帥！天網恢恢，你這樣做，就不怕將來事泄嗎？！」
劉良左冷笑著說︰「這里山高林密，十里內沒有人煙，只要你們全死在這里，誰知道？」
「僕知道！」
這時，山寺後面山崗處的小路上，一著蟒袍的大官突然出現，且聲音洪亮的喊了一聲。