大明士林這些人，平時一直吵吵嚷嚷的說什麼程朱理學桎梏思想，現在朝廷真把朱子學從官學的位置上扯下來了，一個個又無所適從了，也真不知道怎麼評價他們為好，顯然，某種程度上這已經是為了反對而反對了。
因此，在馬士英說完之後，朱由崧似笑非笑的說道︰「昔日朝廷要的是我注六經，士林不滿意，現在朝廷給機會讓他們六經注我，又茫然無措，可真是難伺候啊！」
朱由崧的語氣並不嚴厲，但馬士英卻陰寒上身，但他又不能不順著朱由崧的話往下說，所以，馬士英便假裝一臉平靜的回應道︰「昔日江陵《陳六事疏》中張居正重點提到了‘核名實’和‘省議論’，于今看來，仍有發聾振聵之意義。」
朱由崧的表情輕松起來︰「致良知，朕是支持的，但‘心外無物’、‘心外無理’朕以為頗為荒唐，宇宙渺渺，亙古長存，非為禹生非為桀亡，而人不過是渺渺中一過客罷了，或能以己心反照古今是非，卻不能以己心否定世界！扭曲世界！進而讓世界來符合己心！此顛倒乾坤之舉，聖賢不能也、仙佛不能也！」
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朱由崧的話听起來像是在討論學術，但一句顛倒乾坤，已經把心學的根本給否定了。
「再有，什麼叫‘天地雖大，但有一念向善，心存良知，雖凡夫俗子，皆可為聖賢’？」朱由崧繼續往下說道。「顏之推曾言聖賢曰，‘夫聖賢，教人誠孝、慎言、檢跡、立身、揚名’，可見聖賢者非一事一念即可稱謂的，非常年教化，而得交口稱贊者或可為之！所謂一念為聖者，名儒實釋，乃外道也，非先聖之法！若以釋之學反駁，則今日行善、日日行善乎？前者行善，後者作惡，亦為聖賢乎？」
馬士英知道朱由崧這番話已經把心學列為了儒學外道、接下來一場大風波就要發生了，所以，不敢怠慢，便應道︰「陛下說的是，而今士林之輩力倡良知的天機活潑，任運而為，蔑視權威，張揚自我，以己心代天心，不誠不敬，唯有自我，此邪魔也。」
朱由崧點點頭，說出了自己把馬士英留下來單獨交流的目的︰「肅正學風、士風本應該是學部和王先生的事情，但王先生的性子有些軟，喜歡照顧親朋好友，怕是下不去這個手的，馬老先生是首輔元翁，且替王先生多擔待一點。」
馬士英就知道是這個結果，所以，頗有些無奈的應承道︰「是，臣一定督促學部、禮制院加快整肅學風及士林風氣，改清談為務實，以配合官制改制。」
說到這，馬士英心頭一動，是的，自己無意中說對了，整肅學風、士林其實也是為了官制改制服務的，目的就是為了改變目前依舊存在的重「清」輕「濁」的官場風氣。
隨即，馬士英又聯想到了今年庶吉士考選中相當一部分庶吉士爭著要進清貴衙門的事情，便徹底明白了朱由崧發動這場整頓的目的。
正在馬士英心思百轉的時候，朱由崧言道︰「朕是信得過馬老先生，且去安排吧！」
朱由崧下逐客令了，馬士英卻不敢現在就走，因此便向朱由崧進言道︰「陛下，其實臣以為陛下是怪錯了王閣老，畢竟，有些事學部也是無能為力的。」
朱由崧眼眉一挑︰「馬老先生的意思是？」
「要改易學風、更定士林氣象，臣以為，或需要朝廷變更幾位大臣的職務，否則，有這些大臣在背後撐腰，只怕是事半功倍。」
朱由崧起身在殿內走了幾步，猛然看向馬士英︰「是張國維還是袁繼咸？」
馬士英跪下來回復道︰「臣不敢無端攻擊大臣！只是臣昔日也參加過復社，知道復社背後有大能力者加以庇護！」
朱由崧擺擺手︰「朕知道，老先生且先正常辦，其余，有機會再說！」
什麼叫做有機會？那肯定是沒有機會要制造機會！
所以，馬士英叩首道︰「臣明白該怎麼做了！」
馬士英退下後，朱由崧的目光一直頗有些陰沉的看著他的後背，旋即，朱由崧把東廠提督趙山和內廠提督萬世給叫了過來︰「馬士英這邊馬上要對江南籍貫的大臣動手，你們配合一下，幫著除去一些花花草草！」
芝蘭當路，不得不鋤，這就是朱由崧給二廠的密令，不過這道命令，趙山雖然應承了，但萬世卻沒有馬上回答，對此，朱由崧頗為詫異的問道︰「怎麼啞巴了？」
萬世小心翼翼的奏報道︰「據奴婢所知，宮里和南都勛貴也有沾染！」
「南都勛貴的事，你且不用多管，朕會有安排的，至于宮里的人嘛，」朱由崧冷冷的說道。「朕忍了十年了，也該讓某些人退下去養老了。」
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當年朱由崧手上沒有太多的可用之人，所以，不得不留用了不少崇禎朝的內監，看著他們過去的功勞上，朱由崧倒也未必要收拾他們，但若是誰敢在這個時候跳出來，能有機會去養老，就是朱由崧的仁慈了。
得了朱由崧的口諭，萬世精神一振︰「奴婢明白該怎麼做了！」
朱由崧搖頭道︰「你們不明白，記住了，不要大張旗鼓，要順其自然。」
趙山保證道︰「皇爺放心，這些人低下都是有屎的，一查就一準能得到想要的罪證！」
朱由崧滿意道︰「海外各藩缺人，且幫著安排一些過去。」
朱由崧還是有底線的，沒想著怎麼殺人，對此，萬世和趙山再度應道︰「奴婢領旨！」
朱由崧微微頷首，趙山和萬世就想著告退下去，但此時，朱由崧忽然說道︰「萬世留下！」
趙山略有些嫉妒的看了萬世一眼後，退了下去，此時就見朱由崧伸手想招，萬世便走到朱由崧近前听候朱由崧的問題。
然而，朱由崧問了一個讓萬世害怕不已的問題︰「東宮和霍王他們有沒有攪合進去？」
萬世冷汗直流，但卻不敢不做回答︰「回皇爺的話，沒有！」
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