11萬大軍在大阪打不過2萬明軍的消息嚇尿了江戶幕府高層，因此為了避免明軍洗劫近畿後對江戶產生興趣，保科正之親自從江戶趕到京都主持與明軍的和談；但此時已經為時過晚，取得戰場勝利的明廷提高了和平的要價。
「殿下，這兩天跟明寇接觸下來，對方明確表示二十口通商不可變化，另外，賠款六百萬兩也一分不能少，頂多就是不用給太多的金銀，可以用條銅抵價。」二條城內，一臉灰敗的阿部忠秋向保科正之報告道。「還有就是海外日本人歸國一事，明寇也反悔了，他們要求幕府承諾保證歸國日本人的安全，並要求幕府允許大明商人雇募日本人出海做工。」
保科正之苦澀的說道︰「仗打輸了，人家要得多也很正常！再派人去磨一磨吧，多少讓明寇減一減開港城市和賠款數字。」
「那？」阿部忠秋探問道。「那關于海外日本人的事怎麼說呢？」
保科正之回應道︰「明確告訴明寇，幕府可以允許海外日本人回國，但只允許其逗留在開港城市，不得回返原籍，也不得在日本傳播天主教，否則，幕府有權將其等處死；至于明國海商要雇募日本人出海做工，也不是不可以，但要有人數限制，初步預算，每港每年不得超過三百人••••••」
有了保科正之的態度，阿部忠秋就知道怎麼跟大明這邊談了，于是，雙方便展開了新一輪的接洽，在這輪接洽中，幕府這邊極力將賠款數字壓縮到三百萬兩以下，不過在大明談判人員的堅持下，雙方最終在五百萬兩上達成了一致。
而在開港數量上，日方也步步後退，從最初只答應開放長崎、平戶兩港，後退到了答應開放長崎、指宿、浦戶、廣島、神戶、駿府、仙台、青森、輪島、荻等十個港口，並同意依照長崎體例，在各港劃出一片區域以供明國商號設置商棧、堆場、宿舍；此外，幕府還同意對大明商人雇募日本伙計的數量不做限制、進口稅控制在總貨價的百分之五、大明商人銷售商品的價格隨行就市（三都及其他日本商人組織不準低價強買強賣）等一系列要求，籍此換取大明同意日本查禁走私及禁止大明商人深入日本內地。
在大明商人雇佣日本人出海做工的問題上，幕府同意每年向福海號提供六千人（不分男女）以換取大明同意禁止其他商號雇募日本人出海。
在海外日本人歸國問題上，幕府緊咬不放，甚至還不惜同意大明永租隱岐群島作為交換。
既然德川幕府如此堅決，大明方面也只能順勢退讓，同意幕府限定海外日本人回國後的居處，並同意幕府繼續查禁天主教（即海外日本人歸國後可以繼續信仰天主教，但不準在日本建設教堂及其他傳教機構，也不準向其他日本人傳播天主教）。
既然雙方談妥了，大明代表、內閣大學士左懋第，日本幕府代表、左近衛中將保科正之便在明弘光九年、日本後光明天皇承應二年、西歷165年七月十日于澱川西岸的吹田正式簽署了《吹田條約》。
由于《吹田條約》約定，幕府只有繳納了全部賠償金後，明軍才會撤離日本，所以，《吹田條約》簽訂當日，幕府即向明軍支付了價值金花銀五百萬兩的黃金、白銀、條銅以及大米——當日，雙方關于金銀銅的純度有過一番扯皮，但相關交付工作還是在三天內完成了——收到錢的明軍，便開始陸續撤離日本，返回國內。
不過，要走也不是那麼容易的，要知道明軍的收獲太大，運輸船又太少，所以明軍得分批撤退，所以，根據幕府的強烈要求，明軍便先歸還了大阪城及周邊地區，將主力部隊及一應收獲運到了和歌山地區；而和歌山地區的幕府-諸侯聯軍則同時解散返鄉，以避免明軍產生誤判；而在這一過程中，阿部忠秋依舊要負責監督。
「閣下！此次宴會，在下僅代表我朝再次與貴方就幕府取代日本朝廷一事進行溝通！」萬世一系的日本太過可怕了，所以，為了避免天皇神話成為日本人的精神信仰，朱由崧一定要在日本搞一幕「田氏代齊」出來。「我朝陛下金口玉言，絕無哄騙幕府之意。」
阿部忠秋看向面前的袁博安，沉默了許久，才回應道︰「說一說貴國的要求吧！」
阿部忠秋認定了大明對德川幕府還有其他要求，所以不見鬼子不掛弦。
袁博安笑道︰「現在日本是天皇朝廷與征夷大將軍幕府的兩元體制，幕府統治日本實在名不正言不順，我想幕府的有識之士肯定有類似的感受。」
沒錯，征夷大將軍是京都朝廷授予的，因此不是不能被人取而代之的。
「所以，我朝的提議對幕府其實是有利的，這一點閣下不否認吧。」見阿部忠秋還是不為所動，袁博安只好攤牌道。「至于我朝的要求嘛，很簡單，德川氏秉國後，廢天皇之名號，改稱日本國主，向大明稱臣，為大明外藩即可。」
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