熱蘭遮城堡第一層頂部的火燒了大約2個小時才慢慢宣告熄滅，在此期間，熱蘭遮城堡二層、三層頂部布置的火炮也被明軍艦上炮火給打啞了——明軍大量使用榴霰彈，導致了荷軍炮手傷亡殆盡，而在當時操作火炮又是一項技術活，炮手不經過長期訓練是沒辦法上手的，因此在己方炮手基本完蛋後，尼可拉斯•費爾勃格（NicolasVerburg）總督連替代人手都派不出來，只能失魂落魄的放棄了尚且完好的幾門火炮。
見到熱蘭遮城頭似乎已經沒有了反擊能力，明軍水師麾下的諸多江海兩用槳帆船或接替了已經駛離泊位的運輸船，停在了碼頭區的棧橋上，或干脆直接沖灘；但不管是停在棧橋區還是直接沖了灘，這些淮戊船都把船頭對準了熱蘭遮城堡的二層、三層，一旦城堡內荷軍的炮火死灰復燃的話，將立刻遭到一眾淮戊船船艏炮的反擊。
至于明軍的淮丙船隊在停止炮擊後，也沒離開太遠，而是轉移到距離海岸線500多米外的近海地帶開始巡弋，並協同淮庚船隊嚴密封鎖台江出口，以確保停泊在台江內海、倒風內海的小型荷蘭船沒有機會沖出台江口，逃入外洋。
當日10時許，一名南洋水師陸戰旅的下級軍官打著白旗從熱蘭遮城堡的一層沿樓梯上到了一層頂部；稍後這名下級軍官被荷軍小心翼翼的放進了熱蘭遮城堡的二層內部，並在原長官公署的一間屋子里，見到了尼可拉斯•費爾勃格總督本人。
隨即這名明軍下級軍官向荷蘭人宣讀了明軍的通牒，通牒要求熱蘭遮城堡內的荷蘭守軍立刻投降，並以南洋水師提督潘龍和的名義做出保證，將給予投降的荷蘭人以必要的優待。
面對明軍遞交的迫降通牒，尼可拉斯•費爾勃格總督暴跳如雷，當即就把明軍使者給趕了回去；結果等這名明軍軍官離開熱蘭遮城堡二層後不到半個小時，接到岸上信號的明軍淮戊船編隊便再次向熱蘭遮城堡二層和三層進行了持續射擊。
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雖然明軍淮戊船隊目前只能用船艏炮轟擊熱蘭遮城堡、雖然明軍淮戊船隊還沒有換裝前裝線膛炮、依舊使用的是老式前裝滑膛炮，但還是給予了毫無還手能力的熱蘭遮城堡以重創。
而且對荷蘭人來說，雪上加霜的是，在明軍新一輪炮火停止後，早就做好準備的水師陸戰旅官兵便趁亂沖出了熱蘭遮城堡一層頂部的樓梯口，然後沖到熱蘭遮城堡二層入口處，將若干黑火藥-硝化棉炸藥包堆在門口並加以引爆。
隨著兩聲漸次響起的巨大爆炸聲，比單純黑火藥炸藥包威力大了N次方倍的雙基炸藥包成功的撕裂了兩座城門，並把堵在城門後的荷蘭軍炸得橫七豎八、傾倒一地。
還沒等守門的荷軍恢復耳中平衡，兩支明軍敢死隊便在己方前裝線膛步銃手的掩護下，旋風一樣沖擊了熱蘭遮城堡的二層內部，然後為首者迅疾丟出新型的拉發手榴彈，連續的爆炸聲就此徹底摧毀了手持大劍、槍斧的荷蘭軍的抵抗——明軍目前裝備的拉發手榴彈還不算盡善盡美，有一定的啞火率，但此刻明軍都是兩三枚一丟，就足以把沒見過手榴彈的荷軍給打得屁滾尿流了。
午中（12:00）前後，肅清了第二層內部抵抗的明軍通過長官公署頂層的門戶沖上了熱蘭遮城堡的二層頂部，也就是三層基座平台。
「總督閣下，我非常遺憾的告訴您一個不幸的事實。」熱蘭遮城堡司令官路易•達維爾上尉向尼可拉斯•費爾勃格總督報喪道。「由于戰斗發生的相當突然，我們來不及將原有儲備物資轉移到頂層堡壘，所以，我們現有的火藥大約能保證我們戰斗2天、現有的糧食可供目前突入頂層堡壘的士兵和非武裝人員吃4天，這些也就算了，至關緊要的是，現有的儲水，只能保證所有人喝1天。」
熱蘭遮城堡的三層堡壘內的確有倉庫，但問題是，現在一下子擠進來老老少少小500人，這就讓原本就沒有裝滿的糧倉面臨重大考驗，但相比吃的，食用水嚴重不足才是真正致命的。
塔讀@