弘光五年九月一日，己丑科會試終于在眾多士子的翹首以盼中開始了。
對于己丑會試時間的推遲，大部分貢生的感覺是復雜的，沒錯，一方面朝廷特意留出時間以便光復區士子能參與今年會試，是一件值得歌功頌德的事情，但另一方面北方士子的加入必然增加了南方士子入仕的難度，這就是很多南方士子所不甘心的了。
有人一定會問題，大明會試不是分中南北三榜嘛，北方光復區士子的成績怎麼會影響南方士子入仕呢？
其實問題很簡單，憲宗成化十一年後，大明會試以取士三百人為常數，如果這次會試不將光復區士子算上的話，今科三百人中大部分的名額將會成為南方士子的囊中之物，但由于北方光復區士子的參與，導致了相當一部分貢士名額將分給北榜得中者，這就無形中減少了南方士子中試比率，增加了南方士子之間的內部競爭，由不得南方士子心中苦悶。
不過，這些士子顯然是多慮了，由于官制改制產生了大量的官缺以及光復區的官員配置也沒有全面到位的緣故，朱由崧已經臨時通知考場內的馬士英等人，今科備取420名進士——明代會試一次性錄取的最高記錄是472人，取420人雖然突破了成化年以來的常例，但也不至于鬧得百官反對——如此，三榜的錄取人數都會有所增加的。
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當然，目前的官缺不是多了120名新科進士就可以填滿的，所以，預計三年後的壬辰科及六年後的乙未科，都會增加入取人數；此外，吏部還奉命更多的選任監生為官和吏員為官——雖然根據《官制改制方案•地方官員篇》中的規定，部分高級吏員直接可以被任命為從九品官員，但吏員為官實際上依舊不是一件簡單的事情，有資格者必須先通過學部的特別考試和巡按的審核，才能由各道布政使上報給吏部文選司勾選，然後異地任職。
只是由于接下來要大量任用監生和吏員為官，所以，朱由崧一方面要擴大國子監的規模，以滿足監生的職前教育——從弘光二年開始，國子監內監就在考核四書五經外，增加了文書、財務、刑律等方面的專業培訓——需要，另一方面又為了安撫進士群體，而對監生出身的官員、吏員出身的官員的晉升做出了限制。
根據朱由崧的決定，在沒有特殊貢獻的情況下，進士出身的官員——甭管是進士及第，還是同進士出身——起步授官是正八品，然後每三年升一級；舉監出身的官員——最新規定中，舉人必須進入國子監完成三年專業培訓才能安排官職——起步授官是從八品，然後每四年升一級；貢監、蔭監出身的官員，也就是進入國子監前只有秀才功名的，起步授官是正九品，然後每五年升一級；吏員任官者起步是從九品，然後每六年晉升一級。
以進士為例，一名同進士初授正八品府經歷或各道諸使衙署內知事、國子監監丞、各部寺從事——相當于平行時空的科員——行人等官，然後三年一遷，正常情況下，入仕三十三年後可以按部就班的升為正三品，再往上就不是年資能決定的，得看廷推結果，也就是派系人脈的比拼；
而舉監初授從八品縣教諭、各道諸使衙門照磨、國子監典簿、各寺監事等官，然後四年一遷，正常情況下，入仕四十年可以升遷到從三品，但往上走，就會遇到極大的天花板——原則上，各道巡撫是舉監出身官員的極限。
貢監、蔭監出身的官員，初授正九品縣房主辦、巡檢、庫丞、各縣推官、各部寺低級從事等官職，正常情況下，入仕四十五年可以升到從四品，然後差不多就可以直接致仕了——原則上，知府是貢監、蔭監出身官員的極限。
吏員出身的官員，初授從九品縣房襄辦、副巡檢、渡丞、河泊所副使、市丞、中樞各部寺等官職，正常情況下，入仕四十八年可以升到從五品，屆時也就到了退休年齡了——原則上，各州通判就是吏員出身官員能做到的最高位置••••••
「布政使、錄事參軍不應該只負責分配、調劑道、州府內官員的職務，應該承擔起定期的考核的責任，」朱由崧跟孫傳庭、張國維說道。「吏部文選、考功兩司要負責偌大國家、成千上萬官員的考核是不現實的，就算都察院幫忙監察也是顧及不周的，所以，應該給地方分一下權力，由道對州府主官以下州縣官員進行初步考核，由州府對州縣主官以下官員、吏目進行初步考核，相關考核結果一部分上交吏部，作為大計的參考，一部分則上交巡撫，由巡撫提請吏部做獎懲。」
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