內務府吸納的漕軍，一半會轉為海船水手，另一半則會負責路上運輸，尤其是冬季冰上運輸，不過都會采用商業模式，以確定保本微利；至于以往漕船夾帶，則會責成戶部嚴加查處，不使之有偷漏稅的可能，但這是後話，朱由崧現在是不用跟馬士英等人說的。
馬士英想了想，回應道︰「陛下，雖然漕運的事情能給解決，但遷都和河工都耗費巨大，朝廷實在拿不出錢來，能不能一二年後再考慮遷都呢！」
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朱由崧同意道︰「馬老先生此言是老成謀國之語啊！」
擱置遷都是朱由崧一直以來的想法，今天提起來，不過是拋磚引玉，接下來正文來了︰「雖然遷都暫時擱置，但關于兩京體制，卿等有什麼想法嘛？」
謝友青立刻發言道︰「陛下，南京六部雖然在陛下繼承大統、延續大明統緒這件事上發揮了較大的作用，但冗官之說並非是無稽之談，更何況經過官制改制後，各部院寺署官員數量大增，朝廷沒錢，自是不能再養那麼多閑曹冗員了！」
朱由崧便問謝友青道︰「卿的意思是盡廢兩京體制？」
不待謝友青回答，吏部尚書張國維斷然否定道︰「陛下，不可啊！」
朱由崧看向張國維，就听張國維解說道︰「眼下大明雖然有中興之勢，但未來不可預測，焉知數百年後不會再現先帝朝的場景，所以臣以為人無遠慮必有近憂啊！這萬一萬一，還是留下後手為好！」
孫傳庭想了想，言道︰「臣以當保留兩京體制！但謝都給諫說的也有道理，所以臣以為，即便保留兩京體制，也未必要設置全部的部院寺署。」
朱由崧思索了一會，問孫傳庭道︰「卿具體說一下吧！」
孫傳庭答道︰「臣以為昔日南京六部中唯有南京兵部擁有實權，其余各部具是閑曹，或可以不設！」
馬士英搖頭道︰「不妥，昔日南京兵部之所以為重鎮，實有指揮南方兵權之事權，如今，依陛下旨意，軍政與軍令分開，再設留都兵部也是閑曹！」
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張國維建議道︰「眼下財政為重，或可以置留都戶部！」
孫傳庭反對道︰「若以北京為留都，則設戶部並不妥當！」
朱由崧沉思起來，若北京只是留都的話，那麼是不是可以設置北京行大都督府來指揮北地駐軍呢？
不過，這一想法很快被朱由崧自己給打消了！
是的，別說朱由崧不肯放手讓北京行參軍司來指揮北地十多萬軍隊，就是朱由崧肯，文官集團也會產生擔心的，至于讓太子去北地監國也不妥當，搞不好就會出現父子相殘的局面，且未來若干年後，當政皇帝沒有太子怎麼辦？
朱由崧還在想著，馬士英言道︰「臣以為，或可以昔日南京體制，設留都兵部、留都留守司及留都鎮守內臣••••••」
馬士英說完後，朱由崧輕咳了一聲︰「朕用排除法來確定，首先留都不必置翰林院、詹事府、中書科、行人司、太常寺、鴻臚寺、欽天監！」
幾名大臣小臣品砸了一下，同意道︰「陛下說的是，這些部門不用置于留都！」
「接下來，吏部要不要置？」
孫傳庭當即言道︰「不可置！」
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馬士英和張國維的意見也是一樣，不能設置留都吏部，以免南北各用一批人，從而形成國家分裂。
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「好，那就不設留都吏部！」朱由崧從善如流道。「那要不要設留都戶部和留都度支部！」
孫傳庭還是主張︰「如是以北京為留都，則不必設置留都戶部，但可以設置留都度支部！」
馬士英的意見相反︰「可以設留都戶部，但留都不宜設置度支部！」
度支部集中體現了中樞權力，因此馬士英認為不可分與地方，留都也不行！
張國維沒干過戶部尚書，對財政事務不算了解，所以對舍不舍留都戶部和留都度支部沒有特別的意見，謝友青則是沒有中樞任官的經驗，所以也不知道是不是要在留都設置這兩個機構，至于宋之普等人更是沒有說話的余地。
見兩位大學士的意見不統一，朱由崧考慮了片刻，決定道︰「那就先說其部門，留都刑部、留都工部、留都兵部、留都學部要不要設？」
張國維答道︰「各道參照中樞將分設提學、按察、兵備、營建諸使，實在沒有必要再設置留都各部！」
參照張國維的意見，其實留都戶部和留都度支部也一樣，是沒必要設立的。
此時就听謝友青石破天驚的說道︰「臣以為，南北京未必要設為留都，或以承天安陸府設為留都更加合適，可方便管轄湖廣、四川、貴州、雲南、廣西、廣東等地。」
張國維反對道︰「何不將武昌定為新都呢！更能照顧方方面面！」
朱由崧從龍椅上站了起來，隨即在殿內踱起了步，馬士英三人不敢再坐，便起身等候朱由崧的決定，正在此時，一名司值內侍走進殿內報告︰「皇爺，余學士到了！」
「讓他進來！」
幾分鐘後，剛剛調任翰林院學士的余煌走了進來，朱由崧待他叩拜起身後，對他交代道︰「之前吏部改制的時候，朕忘了設置一個負責地名的機構，眼下也不能朝令夕改，就由翰林院負責這件事吧！」
余煌應了一聲，就听朱由崧繼續道︰「這個部門設立後，好好的把大明現有府州縣的地名梳理一下，畿南有趙州、滇西也有趙州，漢中有徽州，江東又有一個徽州，太多重復了，必須明確區分！」
余煌應道︰「臣回去後就辦！」
朱由崧擺擺手，余煌告退而去，余煌這個插曲結束後，朱由崧雙手負責腰間玉帶向軍機處眾臣說道︰「南京控長江而位于大明海岸線之中，距西南也相對較近，地理優勢遠比北京要大，但事情不能單看地理，畢竟北地面臨虜韃威脅，是大明根本大患，所以都城北移是必須的，可都城北移後，對西南卻是有些鞭長莫及了••••••」