朱由崧並沒有因為馬士英等人的解釋而放松了面部表情︰「卿等說不是，就不是了？君子論跡不論心，朕看來，你們的提議就是要虛君實相，置朕與後繼天子垂拱而治！」
這話就更嚴重了，馬士英、孫傳庭、張國維都摘下官帽，俯首道︰「陛下見疑，臣等也不敢爭辯，請陛下準予臣等致仕！」
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朱由崧冷冷的說道︰「卿等只會辭官的手段嗎？也對，夫子不是說‘道不行，乘桴浮于海，從我者其由與’嘛，正好證明了朕是昏君暴君嘛！」
正反話都被朱由崧說了，馬士英等人無言以對，只能再次叩首道︰「臣等不敢，雷霆雨露具是君恩！」
朱由崧看著趴在那的幾人沉默了一會，這才說道︰「帶上官帽、起來說話！」
馬士英等人起身後，朱由崧言道︰「先說總督和巡撫的事，巡撫，朕認為應該偏向民政，于軍務上行監督權便是了，不應該染指各道兵馬的指揮權。」
關于巡撫、兵備使與各道總兵的關系，朱由崧已經跟孫傳庭說過了，孫傳庭也把朱由崧的意思傳達給了軍機處眾人，因此大家都理解朱由崧的用意，而且各道駐軍其實都是鎮戍兵馬，大多數情況下是不可能離開防區的，所以，巡撫不直接指揮各道總兵、副總兵，問題還不是很大，相比巡撫是不是指揮總兵和副總兵，真正要令人注意的是誰來制約各地京營守備的兵權。
所以，孫傳庭第一個表態道︰「臣以為陛下說的有道理！」
張國維也是當個兵部尚書和經略的，知道文臣領兵的弊端，所以也附和道︰「臣附議！」
馬士英因為是靠著手中的兵權才有擁立之功的，所以他也知道朱由崧對此的忌諱，便在孫、張之後，表態道︰「臣同意，巡撫不直接領兵，有事當移文總兵官、副總兵官。」
王燦成沒有立刻表態，只是問道︰「陛下，總督又如何說法！」
朱由崧看了王燦成一眼，然後用不快的語速說道︰「總督更偏向軍政方面，是兵部在邊防前線及鎮壓內亂前線的代表，本身也不應該直接指揮各部，而是主要起協調作用，確保對邊防各軍的監督、保障。」
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