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余龍向朱由崧報告道︰「根據設想，大都督府未來改制後，將下轄武學司、參軍司、戰史條例司、檢閱司、輿圖測繪司、軍械制購司並設府務廳、經歷廳、檔案廳、照磨廳、斷事廳（軍事法庭）等附屬機構，以安置各級將官佐尉。」
事實上，朱由崧一開始並不想在大都督府框架下設置這些機構，而想要設置在兵部之下，以為名正言順，但兵部機構改革牽扯到文官集團的利益，阻力很大，所以朱由崧思來想去後，還是決定以大都督府的名義，容納這些新的機構。
余龍見朱由崧沒有說話，只是拿著相關報告一邊看一邊听，便繼續道︰「定都督為一品、都督同知為二品、都督僉事為三品，今後，以上三等外放擔任提督、守備、總兵官、師長、副總兵官等職務時，以五年或四年為一個任期，最多連任兩個任期，就必須回大都督府內擔任武學等司職務，然後大都督府內職務以三年為一個任期，任滿後才可以重新外放！」
這個決定是為了防止軍閥和將門的出現，從而徹底將軍權收回中央。
「都督，將來在大都督府內可以擔任掌司事、同掌司事，在外任則是出任提督、守備的先決條件。」所謂守備，即指揮布置在二線的京營各部的指揮官，就級別而言是等同于提督的，高于邊軍及各道總兵官的。「都督同知，將來在大都督府內可以擔任權知掌司事、司下各班領班及掌班、各廳掌廳事、同掌廳事，在外任時則是出任總兵官、京營師長的先決條件；都督僉事，在大都督府內可以擔任各班班員及各廳下掌股、同掌股，外任時是出任副總兵及邊軍師長的先決條件。」
余龍口中的副總兵與崇禎末年以來所謂的副將的概念是不同的，其實際地位要遠高于副將，與總兵官一樣同為方面大員，只不過所負責的範圍較總兵官為小或所轄地域的重要性不如總兵官管轄地域罷了，並非是總兵官的副手。
「在三品都督僉事之下，再設四品都督僉事一等，為參將、京營團長、武學教授之授職先決條件，從四品都督僉事外任時四年或三年一任，最多兩任後就必須調離原有部隊，于其他部隊任職或回大都督府各班廳任班員股員。」
京營團長什麼的就不說了，參將是邊軍及內地各道的主要指揮官，通常而言會管轄一千至一千五百人的兵馬，也就是相當于副師長或旅長級別的；而這里的旅指的是邊軍及內地各道因為戰斗需要而臨時組建的下轄有2~3個團的小型師。
「四品都督僉事之下，再設五品都督僉事一等，為游擊官、京營以外團長、武學助教等官授職之先決條件，其任期與轉任雷同于四品都督僉事，轉回大都督府後主要擔任各班、房的文書、听差，並以兩年為一任，任滿才能重新外任。」
在此番改制之前，游擊官其實與參將沒有特別大的權力差別，兩個官都主管一營兵馬，無非參將統領的叫做援兵營，有固定的防區，主要作為預備隊，隨時負責執行增援任務，而游擊統領的叫做游兵營，一般沒有固定防區，屬于救火隊性質——在改制之前，明代的軍事體系中，總，副，參，守各有汛地，游兵承擔的是各將相互之間的援助配合；此外，九邊的游兵還承擔著入衛京師和輪番戍守薊鎮的任務。
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等除京營以外的明軍各部完成師、團、哨、棚的改制後，游擊官實際成了參將的下屬，或為某一防區的指揮官，或為非京營部隊的團長、成為一線作戰部隊的指揮官。
也就是說，改制之後，游擊官是戰斗指揮官的天花板，而參將是戰術指揮官的地板。
至于在五品游擊官之下，實際還有六品都司、七品千總、八品把總、九品外委把總等四級八等，但這些中下級武官的等級太低了，並不需要納入大都督府之下——否則就有架空兵部的嫌疑了——按正常停年晉升即可，只是，該職務流轉的，還是要職務流轉，籍此徹底清楚舊日各級主官視國家軍隊為私人所有的不良習氣。
「不過關于此次改制，還有兩個主要問題，其一是，輿圖測繪司與兵部職方司之間軍械制購司與兵部武庫司之間，都有職權上有沖突，如何解決？其二是，水軍到底是歸入參軍司統一備位咨詢呢？還是單獨設置一司為陛下提供咨詢建議？」
是的，出于安撫兵部及文官集團的目的，所以暫時明軍還將繼續由兵部（國防部）統一指揮，至于大都督府參軍司，目前則主要是作為為皇帝提供專業意見的咨詢機構的面目出現的。
朱由崧想了想，回復道︰「職方司確實有撤銷的必要，不過不是現在，而是等戰後朕整體調整官制的時候；至于船械司今後主要負責設計、研發各種武具，而兵部武庫司主要負責監管船械的生產、采購、保存和發放，實際並不沖突。」
朱由崧答應考慮撤銷兵部職方司，余龍也就不好在兵部武庫司的問題上過分糾纏，便回應道︰「陛下說的對，是臣等想差了。」
朱由崧當然知道余龍他們是沒有想差，只不過爭權奪利是政治人物的本能而已，所以見余龍妥協了，也就不做細談，轉而說起來另外一個問題︰「是不是要設置獨立的水軍司，朕以為暫時不需要，畢竟目前內河水師和近海水師已經全部轉入各道總兵、副總兵麾下了，參軍司怎麼可能不統一分管呢？而外洋水師嘛，參軍司想管眼下也管不了的。」
沒錯，外洋水師要麼是隸屬于御馬監名下，要麼是半獨立性質的，所以，參軍司根本管不到，而內河及近海水師已經分屬各道鎮戎兵馬了，又豈是說分割出來就分割出來的，那樣會打亂指揮層級，導致政出多門的。
余龍應道︰「原來如此，臣明白該怎麼做了！」
朱由崧放下手中的報告︰「若是沒有其他什麼，朕以為就此施行吧••••••」