長江方面目前設置了操江和巡江兩個水師，其中操江水師又分黃蜚統帥的夷陵水師和鄭鴻逵統帥的鎮江水師，不過受到湖廣、四川兩省已無戰事的影響，前者已經削減為6個營80條船，總兵力3600人船，後者只有3個營40條船，總兵力2100人船。
至于巡江水師則分為荊州、岳州、漢口、富池口、湖口、安慶、太平、儀征、江陰、狼山、吳淞和太湖等12營，每營按15條船500人計，總兵力是6000人船。
珠江方面目前設置有巡江水師，共有新會、橫琴、夾洲、梟洲、長洲、馬口、博羅、金沙圍、雲浮、梧州、桂平等11個營，每個營的兵力從400到800人不等、擁有船只10~30只，全水師總兵力是6600人船。
黃河方面，目前設置了巡河水師，下設有清河、梁家寨、趙皮寨、孫家渡、孟津渡等五個營，每營20艘船800官兵，合計4000人船——但該水師隨時可以得到漕軍方面的支援，實際可用船只遠超100條。
川江方面，目前設置了重慶、敘州（宜賓）兩個水師營，每營各1000水兵，大小船只30余艘。
漕軍方面，為了維持黃河前線及鄖陽、興安前線的作戰所需，設立有運河和襄陽兩支水師，前者編制8個營，每營30條漕船600船夫，合計是4800人船；後者編制5個營，每營25條漕船500船夫，合計2500人船。
這些水師部隊或肩負地方治安巡邏、防止走私，或用來確保前線需要以及戰備任務，因此已經是削無可削了；因此對于兵部和戶部來說，唯一能動手裁減的是沿海水師。
尤其是在瓊州、濟州、小琉球三大外洋水師已經牢牢掌握中國海岸線的制海權後，諸如福建水師、浙江水師的存在便顯得有些雞肋了。
在朱由崧的示意下，時任兵部尚書張縉彥出列言道︰「如今軍需浩大，戶部難以維系，是故為減少歲支，經戶部與兵部會商，以為沿海衛所及浙江、福建水師必需加以整頓裁撤。」
說起來兵部是寧願撤了浙江和福建水師，也不願意撤銷沿海衛所、把衛所的轄地移交給吏部設縣的，但一方面是戶部的壓力，另一方面是宮廷的暗示，再加上新《爵律》施行以來，爵職分離，衛所官已經對自身所在的衛所失去了影響力，因此，早就有心修正衛所制度不利一面的兵部這才略有些不甘心的，同意撤廢沿海衛所，將衛所所在地轉為民縣。
將衛所轉為普通的民縣科不是說說那麼簡單的，這不但標志著軍戶擺月兌農奴身份，更能厘清行政體系，讓文官接手施政，是文官集團歡迎、武官們反對的一種進步，但既然朱由崧和張縉彥在朝會上一唱一和，這就說明這件事已經定下來了，所以，在朝會上根本沒有話語權的大都督府都督、都督同知、都督僉事們自然就只能眼觀鼻鼻觀心的用沉默表示對抗——是的，朱由崧現在所作的就是攜手文官集團摧毀舊的武官集團，打破武官門閥化，及武官對地方、對軍戶的控制，從而為新武官集團的出現保駕護航；至于文官集團，朱由崧在陸續收拾了宗室、勛貴、武官後，自然就輪到他們了。
沉默其實是一種軟弱，既然舊武官系統表示出了固有的軟弱，朱由崧便毫不客氣了︰「張卿家，撤廢沿海衛所，將屬地移交各道各府的事朕準了，接下來說說福建和浙江水師的事吧。」
張縉彥便解說了起來，按照張縉彥的說法，雖然浙江和福建水師不再肩負海上御敵的責任，但一樣要承擔緝拿走私商船、清剿沿海海盜的瑣碎事務，所以，浙江水師將分為乍浦、鎮海、石浦、白沙、玉環、三門等6個營頭4400人船後，與長江巡江水師、珠江巡江水師、黃河巡河水師一樣，分歸各道總兵官和副總兵官管轄。
而福建水師則分為平潭、金夏、南澳、汕尾等4個營3400人船後，一樣轉給福建、乂安兩道的總兵官、副總兵官統帥。
然後︰「各巡江、巡河、巡海水師營營官，具都為正從五品餃，並不置參將、游擊之餃職；濟州、小琉球、瓊州、夷陵、鎮江等處水師一樣撤廢參將、游擊等稱謂，不過保留提督、總兵、副總兵三職務。」
朱由崧便順勢問道︰「兵部可是對提督等官職有修改之意。」
張縉彥回復道︰「兵部有意更定現有營兵官職，保留提督、總兵、副將，撤銷參將、游擊、都司、守備、千把總等級稱，改以某某將軍署某營營官、某某校尉署某哨哨官，如此可稍稍減抑營兵官職亂授之局面。」
其實比起另一時空的南明軍來說，本時空已經算好的了，沒有出現500人就稱總兵的現象——對，說的就是鄭成功的部隊——也沒出現是總兵就是伯爵的場景，但由于軍隊數量持續膨脹，營的數量越來越多，所以總兵、副將、參將、游擊一籮筐，還出現了以世職來說，游擊比副參高的混亂局面，說白了，這其實是跟普通明軍在營編制以上缺少層級是有關系的。
雖然這種混亂在世職轉為世爵後，有所減少了，但朱由崧卻覺得還是需要一勞永逸的用軍餃來替代現有的副參游擊的稱謂，以便為下一階段明軍實現全面京營化做準備。
朱由崧問道︰「兵部可有詳細的方案？」
張縉彥回應道︰「兵部擬以武散官修改後為定制。」
朱由崧點點頭︰「具體說一說。」
張縉彥便詳細說明道︰「正一品武臣，初授車騎大將軍、年資深厚者授予驃騎大將軍；從一品武臣，初授車騎將軍，年資深厚者授予驃騎將軍。」
這就與明代武散官正一品，初授特進榮祿大夫，升授特進光祿大夫，從一品，初授榮祿大夫，升授光祿大夫明顯不同了。
「正二品武臣，初授鎮國將軍，年資深厚者授予定國將軍;從二品武臣，初授安國將軍，年資深厚者授予寧國將軍;正三品武臣，初授昭勇將軍，年資深厚者授予昭毅將軍，從三品，初授懷遠將軍，年資深厚者授予昭武將軍••••••」
明眼人此時已經听出了端倪，沒錯，張縉彥和朱由崧的對話其實意味深遠，似乎又對勛官、散官體系動手的樣子••••••