多鐸戰敗的消息傳回北京，讓清廷大為震動，是的，滿清對明、順兩軍戰無不勝攻無不克的歷史戛然而止了，但這還不最重要的，關鍵此戰戰死的八旗兵有些多了——隨多鐸出征的5000漢軍旗最後跑回來的只是個位數，同時隨多鐸征戰的3000滿八旗、2000蒙八旗也僅有1000多人能死里逃生，而且這1000多人中還包括滯留在壽州城下的博洛所部近900人——真真讓入關時只有14~15萬兵馬的清廷有些受不了。
沒錯，漢軍旗其實可以隨時隨地用新附軍填補，但入關時滿八旗適齡男丁才4.5萬人、蒙八旗及察哈爾八旗的適齡男丁也才2萬人，一下子折損近4000人，又怎麼不讓清廷痛徹心肺呢，所以，多爾袞只能派人把多鐸鎖拿回京處置，並命令準塔撤回黃河以北，以確保滿清對畿南、山東、豫北等地的控制。
但事情到這還不算完，要不要撤回阿濟格大軍，就成了清廷議論的焦點。
就總體兵力來說，阿濟格部對外宣稱有10萬之眾，實數大約也有5~6萬人，兵力的確較多鐸部雄厚，而且目前也是勢如破竹、連戰連捷，但誰又能保證阿濟格部就一定不會重蹈多鐸部的覆轍呢？
一旦阿濟格麾下4000滿八旗、3000蒙八旗及6000漢軍旗也大量折損了，那對于滿清來說可就是地動山搖的事情了，到時候，已經無法通過「歸化」伊徹滿洲獲得必要補充的滿八旗再想恢復元氣，那可就拖到猴年馬月去了。
所以，經過再三爭論，清廷頒布了要求阿濟格撤軍的命令，是的，且讓明軍去跟順軍廝殺吧，鷸蚌相爭，死的都是漢人，到時候清廷再做漁夫也不遲。
清順治二年四月二十五日，清軍的命令送到了已經勒馬長江畔的阿濟格手中，阿濟格遂以天氣酷熱，八旗兵無法承受為由，撤兵北上——其實，在清廷的命令下達之前，阿濟格已經接到了博洛派人送來的緊急報告，因此一早做好了北歸的準備。
得知阿濟格部北歸的消息，李自成在長舒了一口氣之後，遂于永昌二年四月二十八日這一天，下達由田見秀、辛思忠率部向北恢復襄樊控制區，劉宗敏、劉汝魁率部東進奪取九江一線，打開進軍江南的門戶的命令。
當年四月二十九日，李自成又命令李過、袁宗第率部西進，奪取夔州，打開西進四川之門戶；又過了二天，李自成下達了讓劉希堯、劉芳亮兩部進軍岳州，南下湖南、廣東及間道進入江西的指令。
在李自成命令田見秀、劉宗敏等部出擊的前一天，將左部後續處置任務移交給張國維統帥的江西衛所兵後，騰驤營、府軍營、金吾營等部京營新軍在朱由崧的指揮下，乘船進駐了九江城；而原駐九江的黃得功部3總兵，則奉命北返蘄黃與黃得功部主力匯合進行重整。
黃部重整的目的是為了消化朱由崧調撥的1萬左軍陸師降兵——原本朱由崧還沒這麼快把降兵交給黃得功，但阿濟格退兵，讓京營參謀們設計的甲方案，即趁著阿濟格部渡江攻打李自成部之際，黃得功部迅速沿長江-漢江進軍，奪取襄樊，鎖死阿濟格部北返之路的作戰計劃，徹底無法實施了；因此朱由崧干脆決定實施乙方案，即待黃部兵力充實後，再西進黃州府，配合京營新軍奪回武昌——不過作為代價，朱由崧回收了巡江水師安慶營和馬當營的指揮權，並以馬當營、安慶營、江陰營、太平營、鎮江水師組成臨時的長江水師，負責封鎖長江江面，最終實現截斷長江的目的。
至于濟州水師槳帆船隊，朱由崧則命其迅速返回鎮江，協同漕軍防御來自巡江水師吳淞營的進攻——侯方域已經被寧鯉秘密抓捕了，隨即在審訊中，受刑不過的侯方域供出了東林黨用來呼應左良玉的兵馬，這些兵馬包括建陽衛指揮使于侯升掌握的300建陽衛官兵和20家丁、揚州衛掌印指揮使關文掌握的50家丁、鎮江衛指揮同知牛國統掌握的200鎮江衛官兵等等等等，林林總總加起來也有3~5000人，其中以吳淞營總兵方國安部最為精銳，危險性也最大。
所以，在不確定巡江水師狼山營是否有變的情況下，朱由崧只能先把濟州水師槳帆船隊調回鎮江待命，一待濟州水師槳帆船隊到位了，那麼接下來金吾營輔軍師就會抽調部分兵馬配合錦衣衛，武裝抓捕侯方域供述名單上的那些統兵將領；而只有完成了對這些統兵將領的抓捕，清除了南京周邊的隱患後，朱由崧才會安排金吾營輔軍師主力及濟州水師展開對吳淞營的打擊——為了避免方國安率部東逃出海，朱由崧甚至密令濟州水師主力南下長江口封堵，不過，濟州水師主力南下是需要時間的，這也是為什麼朱由崧最好才對付方國安的原因之一。
當然，侯方域的供詞未必是真實的，他提供的名單上的人也許是冤枉的，但現在這個時候，有殺錯沒放過，了不得，日後把責任推到侯方域和東林黨頭上，再給枉死者及受到連累的家人、族人進行平反嘛。
「另外，飛馬將阿濟格部北上之事，通報給高杰、尚可喜、劉肇基知曉，命令高杰所部，止步于光（州）、潁（州）兩地，尚可喜所部止步于陳（州）、亳（州）兩地，劉肇基所部止步于歸（德）、睢（州）。」等完成長江兩岸的軍事調動後，朱由崧繼續命令道。「一待控制上述州府後，各軍就地強化城防，不得再行冒進，以免遭到阿濟格部的蓄意打擊。」
朱由崧說到這，頓了頓，又命令道︰「再通知張國維，一旦結束對左部的押運、看守任務，所部江西衛所兵立刻循陸路馳援長沙、岳州一線，以確保湖南門戶不失去，並在朕親領大軍收復武昌後，協同孫傳庭部北上奪取荊州重鎮••••••」