在朱由崧避居衛輝的這段時間里，局勢還在進一步發展︰
首先，李自成派佷兒、制將軍李過率闖軍後營北追孫傳庭、高杰于延安，迫使孫傳庭和高杰「東走宜川、河冰適合，遂渡河入蒲州，絕蒲津以守」，幸而當李過追到黃河邊時，「冰解不得渡，乃止」。
其次，田見秀南追高汝利于漢中，「汝利遁入蜀中，尋復降」，結果田見秀摟草打兔子，順手攻破了漢中城，迫使封地在漢中的瑞王朱常浩一樣南逃四川避難。
在李過和田見秀追亡逐北的時候，賀珍、劉宗敏、袁宗第、黨守素等部西追白廣恩于固原，白廣恩見勢不妙，便舉城投降；另一明將左光先「聞之，亦降」；明將陳永福則擔心李自成不忘開封之役中被己部箭傷左目的事，所以擁兵觀望，李自成便派白廣恩去勸說，終于讓讓陳永福下定決心「棄暗投明」。
孫傳庭、高杰、高汝利、白廣恩、左光先、陳永福等人或逃或降之後，清除了周邊潛在威脅的李自成便派兵攻打榆林、寧夏、甘州等地。
榆林是延綏鎮鎮城所在，原是明軍經營了兩百多年的要地，如果明軍有斗志的話，並非守不住，但延綏鎮總兵王定為闖軍的聲勢所嚇破了膽，听到闖軍開到，便「詭言討河套賊，率所部遁去」，以至于榆林城內的兵力十分薄弱。
雖然，整飭榆林中路管米脂綏德等處按察副使都任、延綏鎮副總兵惠顯、參將劉廷杰，及里居將帥尤世威、王世欽、卸任延綏總兵李昌齡等人都堅持抵抗，但由于兵力實在不足，所以榆林明軍從崇禎十六年十一月十五日一直堅持到了當月二十七日，終于堅持不下去了，都任等人或戰死，或被俘後被殺，由此，明軍在西北的最後要點之一的榆林衛就此陷落。
榆林失陷後，闖軍轉攻寧夏，明寧夏鎮總兵官撫民抵御不住闖軍進攻，只能開城投降，末代慶王朱倬漼隨即被闖軍像豬狗一樣的殺掉了。
隨即，闖軍又進攻了蘭州，蘭州開城投降，第九代肅王朱識鋐卑躬屈膝的向闖軍投降，但不久之後，一家人還是被闖軍殺了個干淨。
蘭州既下，闖軍接著又進攻了涼州和莊浪兩衛，兩地明軍也沒能遲滯闖軍多久，就這樣，讓闖軍勢如破竹的殺到了甘州城下。
甘州是甘肅鎮鎮城所在，明甘肅巡撫林日瑞據城死守，但闖軍借著大雪天守城明軍警惕性不高之際，果斷登城，一舉攻克了甘州，抓捕了林日瑞等人。
此後，起義軍又奪取了西寧、慶陽等地，從平涼逃亡慶陽的末代韓王朱亶塉一家也最終難逃生天，成了闖軍的刀下之鬼。
在西北全境為闖軍所據的同時，李自成于崇禎十二年二十日出兵山西。
當月二十二日，自河津東渡的闖軍攻克平陽。
二十一日，這支闖軍便以「倡義替營首總將軍」的名義向山西各地發出檄文，宣布「明朝大數已終，嚴刑眾斂，民不堪命」，「我聖主體仁好生」，「海宇歸心，渡河南而削平豫楚，入關而席卷三秦」，「不忍坐視晉燕久困于湯火」，「特遣本首于本月二十日自長安領大兵五十萬，分路進征為前鋒，我主提兵百萬于後」，「為先牌諭文武官等，刻時度勢，獻城納銀，早圖爵祿，如執迷相拒，許爾紳民縛獻」雲雲••••••
闖軍進入山西後，崇禎皇帝預感大難臨頭，便采取了一系列措施，試圖挽救明朝的統治。
這些措施包括，派遣時任東閣大學士的李建泰督師出征、派內官監視諸邊和近畿要害、向北京及周邊調動軍隊——但給吳三桂的命令一直到崇禎十七年三月初才發布，此時已經為時過晚了——發布詔書爭取人心分化闖軍各部以及醞釀南遷。
說起來，崇禎皇帝其實早有南遷之意，第一次南遷的提議就是崇禎皇帝自己提出的，當時是崇禎十五年十一月間，清軍第五次入關，一路所向披靡，整個直隸和山東糜爛，所以，當時崇禎皇帝便召集首輔周延儒商議，有沒有可能遷都南京。
但崇禎皇帝這一提議，遭到了天啟帝懿安皇後的反對，懿安皇後質問崇禎皇帝「宗廟陵寢在此，遷安往？」
崇禎皇帝被問的無言以對，再加上清軍最終撤出關內，京畿局面轉危為安，崇禎也就將放棄了此次南遷計劃。
松錦大戰之後，明廷只剩下三支主要作戰部隊，其一是駐守荊楚一帶的左良玉，但其早已兵驕將傲，逐漸不受朝廷控制，不可依賴；其二是駐扎在寧遠和山海關，由吳三桂率領的遼鎮殘余兵馬，然而遼鎮此地頂在關外清軍最可能主攻的方向，不到萬不得已之時絕不敢輕易調動的；其三便是相較而言听命于明廷的孫傳庭所率領的陝西軍。
可問題是，戰功顯赫的陝西軍隨著孫傳庭戰敗而灰飛煙滅了，因此時任左中允（六品階）的李明睿在崇禎十七年正月初三于朝臣中主動首提南遷建議。
李明睿在給崇禎皇帝的奏疏中明確寫道︰「誠危急存亡之秋••••••惟有南遷可緩目前之急，徐圖征剿之攻。」
崇禎見奏疏後，連夜將其召入宮中商討對策，連問其有關軍餉、接應、駐扎等事務。
在得到李明睿需要兵部和戶部大臣支持的回復後，崇禎輾轉反側多日，遂于正月十九日上朝面對內閣六部重臣痛哭陳述。
不過，崇禎皇帝仍不願直接提出南遷的構想，僅僅以「朕願督師，以決一戰，即身死沙場亦所不顧」來向朝臣表明心意，希望大臣中能有人站出來提議南遷，崇禎再順勢應和，這樣給自己一個台階能夠順利遷都。
熟料這些位居六部內閣高位的大臣都是權術高手，對崇禎用意心知肚明，竟無一人站出來提議南遷；逼到最後，這些權術高手立即轉變策略，竟紛紛表示願意代帝出征，與叛賊決一死戰，決口不提南遷一字。
崇禎皇帝萬般無奈之下，只能再次擱置了南遷一事••••••