由于寧虎率淮丙船團一度對長崎港的封堵並在港外擊潰平戶藩水軍的事實，迫使幕府軍統帥松平信綱不得不把原本充作總預備隊的府內、臼杵等藩軍隊及後來開到的對馬藩水軍布置在長崎港進行警戒。
接著，又因為總預備隊被調用的緣故，松平信綱嚴令北九州各藩立刻補足征召的缺額，這就造成了北九州各藩領內的動蕩和空虛。
花山京雄恰好在這個時候向島原起義軍的領導層提出了「敵可來，我亦可往」的主張，並通過反復努力，終于說服了天草時貞等起義軍高層領導人。
隨後，在福王府派出的淮甲船的暗中運輸下，島原-天草一揆軍派出的將士成功的滲透到了藩內空虛的加賀、熊本等藩中，並與同樣受到殘酷剝削的各藩百姓及百姓中的領導者取得了聯系，進而埋下了動搖整個北九州封建統治的大起義的火苗。
不過，在這場遍布大半個北九州、中九州的農民起義徹底爆發來之前，島原-天草方向的起義軍們不得不以繼續以極大的代價拼命的拖住面前的幕府討伐軍••••••
明崇禎十一年二月十一日，幕府東線討伐軍進攻連續奮戰，先後奪取了須川砦、陣川砦、成就院砦等處山砦，包圍了湧水砦、清水山砦、五郎砦、日野江砦——日野江砦是在日野江城舊址上修建的，但由于當初有馬家將日野江城拆的比較徹底，因此沒辦法恢復原貌，只能湊合著修一個勉強可用的山寨了——等義軍據點，從而將戰線推進至了濡川以北沿河平原地帶，致使起義軍失去了地利上的優勢，被迫從濡川上游的元平橋砦、梅園砦，加津川上游的玉泉寺砦撤退。
二月十三日，幕府西路討伐軍奪取了口之津方向的口之津砦、南有馬山砦，並通過玉泉寺砦推進至錦ソ宮谷地（以錦ソ宮神社命名）前，威脅谷地北部的良國寺砦和谷地南面的清瀧寺砦——此時，起義軍在原城外圍就只剩下了有馬山砦、良國寺砦、北有馬山砦、多原砦、北山砦、真砂山砦、古野山砦、西古野山砦、清瀧寺砦、錦東山砦等10處小型據點——因此，形勢對起義軍來說，日趨不利。
而在天草群島方向，在松平信綱的再三催促下，幕府南路討伐軍也已經括清了天草群島中的大部分有人及全部無人島嶼，進而全軍登上了下天草島。
只是，下天草島面積足足有574.01平方公里之巨，在北海道和南千島群島還不歸屬于日本的情況下，是日本境內的第11大島，且島上80%的土地都是山地，因此要清掃島上的起義軍並不是一件簡單的事情，所以，島津守光與熊本藩繼承人細川光尚經過商議後決定，一方面分兵把守各條進山通道，另一方面沿海岸線左右包夾，最後在富岡城下會師。
然而這麼一來，松平信綱指望的短期內清肅整個天草群島的可能性就不復存在了。
雖然松平信綱對此深表不滿，但島津和細川兩家拿出的理由也是合情合理的——他們要封死逃入下天草山區的一揆軍，將他們餓死在山中——最終，無可奈何的松平信綱只能規定了一個時間，勒令幕府討伐軍南路部隊務必在當月二十五日前，進抵富岡城下，並在隨後十天內下城。
島津守光和細川光尚及其他幾位南路軍藩主的確是領了軍令，但要做到，還得看福王府這邊同意不同意，這不，等南路幕府討伐軍出現在天草西海岸時，卻遭到了淮丙艦隊的炮擊——島津家還與福王府演了一處海戰的好戲——不得已，損失「巨大」的南路討伐軍只能先退了回去，並上報修正後的計劃，準備先沿本渡川谷地深入下天草島中部，再翻越角山山脈，通過源平之戰時重要的木阪古戰場，抵達與富岡半島相連的苓北原。
松平信綱聞訊氣得暴跳如雷，但島津家損失「巨大」，熊本藩也被「嚇」住了，又怎麼能強迫人家再去送死呢，所以，松平信綱雖然給予了兩家以申斥，但也只能默認了兩家的最新作戰計劃，所謂二月二十五日進抵富岡城下，三月五日前落城的要求，就這樣不了了之了。
對南線已經不指望的松平信綱，便再三催促東西兩路幕府討伐軍。
在松平信綱的壓迫下，東西兩路討伐軍拼盡全力發起進攻，最終，東路討伐軍于當年二月十七日和十九日，先後奪取了湧水砦、清水山砦，又于當年二月二十三日和二十四日先後奪取了五郎砦、多原砦；西路討伐軍于當年二月十五日奪取了良國寺砦、二月十九日奪取了有馬山砦、二十五日奪取了北有馬山砦、三月初一奪取了清瀧寺砦••••••
「金公公，據島原民軍方面提供的消息來看，幕府討伐軍的東路大軍正在重點進攻北山砦和真砂山砦，一旦這兩個砦子失守了，東路討伐軍就能直抵原城城下。」許昇燾根據花山的報告，讓講武堂的學生們繪制了一副島原戰區示意圖，然後根據示意圖向金泰講解道。「西路討伐軍則暫時頓兵于古野山砦、西古野山砦和錦東山砦前，但前兩者其實不重要，只要西路討伐軍奪取了錦東山砦，便能直插古野山砦與真砂山砦之間，並出現在原城西北方向。」
金泰也是不懂軍事的，所以他問道︰「許舍人，你明說吧，島原民軍還能堅持多久？能不能堅持到九州諸侯後方生亂的那一天。」
許昇燾回復道︰「從兵力上來看，目前原城這邊的民軍還有兩萬多人，婦孺老弱佔一半左右，因此即便外圍山砦全部失守，只要我們提供必要的糧食供應，他們還能堅持一段時間的，但向島原民軍提供糧食，實際是削弱我們自己的力量，必須要有足夠的回報。」
金泰問道︰「你想怎麼取得回報？」
許昇燾道︰「北九州諸侯的軍隊基本都抽調一空了，後方薄弱，既然如此，那我們為什麼不去搶一把平戶呢？」
「平戶？」金泰笑了笑。「許舍人，你的膽子也不小，但別忘了，打了平戶，等于與國內各家海商翻臉了，屆時在大明國內，世子爺就要多幾個強大敵人了••••••」