在奪取登州之後，孔有德叛軍一方面致書余大化，要求以明廷承認其等在山東的割據為條件，實現和平——對此，余大化居然表示願意以此來息事寧人，只是因為時任山東巡按的王道純的反對而作罷——另一方面又對黃縣實施了攻擊。
崇禎五年元月十三日，萊州參將張奇功在率領300弱卒和黃縣民夫堅守城池兩晝夜後，力竭而敗，黃縣就此失守，萊州危急。
為了救援萊州，也是為了平滅孔部叛亂，明廷急調楊御蕃、王洪、劉國柱三部馳援萊州。
元月二十八日，楊、王、劉等三名總兵官率5000兵馬趕到萊州城下設防，然而此時，叛軍已經擁有騎兵5000人、步兵10000人，明軍總兵力明顯處于劣勢狀態；好在，叛軍兵力雖眾，但尚未完成最後的編組，建制混亂，所以，才沒有第一時間對劣勢明軍進行進攻。
元月三十日，與明軍對峙兩天，並借此進一步完善了部隊編組的叛軍開始展開進攻，但楊御蕃部守備嚴謹，叛軍進攻了一個白天也未能攻下楊部的陣地，只能轉而以2000騎兵圍困和牽制楊部，主力轉而攻打王洪率領的天津營。
由于叛軍本身裝備有大量紅夷火炮及其他火炮，再加上有兵力上的優勢，因此，打到二月初一那天，王洪部天津營便被叛軍擊敗，而後潰散了。
擊潰了天津營後，叛軍集中火力攻擊楊部軍陣，楊部堅守到二月初二也擋不住了，于是楊御蕃便果斷發起主動反擊，一舉打亂了叛軍的陣腳，這才掩護己部有序的撤回萊州城內，追擊楊部的叛軍隨後趕到，將萊州城團團包圍了起來。
並且隨著時間的推移，趕到萊州城下的叛軍數量越來越多，一度號稱有10萬之眾，當然，這個數字是有水分的——至少在朱由崧的努力之下，東江鎮已經比另一時空減少了30000萬多輔兵，這就無形中減少了叛軍的總數——但比起全部只有4000人的萊州守軍來說，還是多了太多的。
所以，立足未穩的叛軍，于當年二月初五就迫不及待的對萊州城發起了進攻，當適時，叛軍箭矢如蝗、炮子不絕，守城明軍被壓制的根本無法做出有效還擊，只能趁著叛軍試圖登城、後方壓制火力削減的機會，實施反擊。
正是靠著這樣的沉著冷靜，守軍才屢次挫敗了叛軍前鋒攻城的企圖。
第一次進攻萊州城的失敗，給一路驕縱、自詡攻無不克、屢戰屢勝的叛軍造成了很大的心理沖擊，所以，直到二月初九才發動了新的一輪進攻，這一次，叛軍似乎窺知萊州城內兵少，所以采取了四面同時圍攻的策略，但守軍眾志成城，還是再一次的打退了叛軍的進攻。
叛軍無可奈何，只能采取建築高壘，然後將火炮拖上去與城內明軍大炮對射的戰術，但楊御蕃以總兵身份親臨一線作戰，給予了明軍將士極大的激勵，因此盡管守軍死傷枕籍，還是死戰不退，最終再一次擊退了叛軍的進攻。
叛軍無可奈何，只能采取挖掘地道、填滿火藥、炸垮城牆的戰術，所以，接下來的2個多月里，攻守雙方圍繞地道，展開了慘烈的戰斗，雙方都有不小的損失。
時間推進至三月二十六日凌晨，叛軍終于用火藥炸垮了萊州城東北角的城牆，隨即，叛軍大舉突入，與堅守的川兵和湖廣兵展開殊死搏斗，叛軍當晚三次沖上萊州城頭，又三次被趕了回去，雙方傷亡戰士的尸體幾乎擂的跟城牆一樣高了，最終，在天亮時分，叛軍因為承受不住如此巨大的傷亡，終于放棄了繼續進攻，撤出了戰斗。
因為三月二十六日的慘重損失，所以叛軍不得不放棄了強攻萊州的打算，轉而圍點打援，優先對付明軍援兵。
不過，在當年四月初二的打援戰斗中，師老無功、士氣低落的叛軍卻是吃了迎頭一棒，包括陳文才等在內的多位叛軍將領或被明軍俘虜，或被明軍擊敗，一時間，叛軍發現自己面臨了立刻傾覆的危局。
因此，叛軍方面故技重施，在遣使媾和來迷惑明軍統帥的同時，以騎兵抄小路階段明軍糧道，導致總兵力達到25000人的明軍援軍不戰自潰，明軍援軍所攜帶的火炮和火藥也因此全部落入了叛軍之手，大大的給叛軍補了一回女乃——福海號是用糧食、藥品跟叛軍交換被抓的山東百姓的，因此叛軍的火藥一直是有消耗沒補充的，卻沒曾想到，福海號這邊沒給叛軍的東西，明軍援軍卻自己拱手相送了。
擊退了這波明軍主力後，叛軍又加強了對萊州城的包圍，更讓萊州軍民雪上加霜的是，當年四月十六日，接替無能且瀆職的徐大化出任山東巡撫的徐從治在迅速萊州城防是被叛軍炮火集中頭部，當場殉國了。
徐從治不幸遇害的消息一經傳開，萊州軍民的士氣受到極大的打擊，也就是叛軍並不知道自己火炮建功，沒有進一步派遣兵馬攻城，否則萊州未必能堅守得下去••••••
時間進入崇禎五年五月，眼見得萊州之圍不解，山東等地頻頻告急，而各路援軍也先後無功，以王萬象為首的山東籍官員再也無法忍受家鄉繼續被涂炭了，所以，紛紛上疏奏請調到邊軍入關剿賊。
恰好此時，崇禎皇帝得到了阿巴海在四月份率兵攻打察哈爾部的消息，認為後金軍勢必會被林丹汗拖住，遼西等地的防務暫時不會吃緊，所以便同意了魯省官員們的要求，于六月初九，調到遼鎮官兵4800人入關赴援。
這支部隊由總兵金國奇率領，高起潛為監軍，祖大弼、祖寬、吳襄、吳三桂等多名遼鎮戰將從征——由于知道高起潛監軍意味著明廷對遼鎮兵馬的不信任，所以，為了確保每年幾百萬兩遼餉還能足額到手，遼鎮兵馬發誓要在山東打出自己的威名來——一場遼鎮和東江鎮舊人的宿命之戰由此即將打響••••••