魏忠賢被「病休」後，崇禎帝又以迅雷不及掩耳之勢先後解除了工部尚書吳淳夫、太僕寺正卿白太始、尚寶司正卿魏撫民、司禮監掌印太監王體乾、南京守備太監楊朝、浙直織造太監李寶、承天守備太監李希哲、提督太和山太監馮玉、天壽山太監孟進等閹黨要角的職務，至此，上上下下已經徹底看清楚了崇禎帝剪除閹黨的決心。
天啟七年十一月初一，崇禎帝發出清算閹黨的上諭︰「朕聞去惡務盡，御世之大權；人臣無將，有位之炯戒。我國家明懸三尺、嚴繩大憝，典至重也。朕覽諸臣屢列逆惡魏忠賢罪狀，具以洞悉•••••忠賢不報國酬遇，專逞私植黨，盜弄國柄，擅作威福，難以枚舉••••••先帝彌留之時，猶叨恩晉秩，亡有紀極••••••賴祖宗在天之靈，天厭巨惡，神奪其魄，罪狀畢露••••••本當寸磔，念梓宮在殯，姑置鳳陽••••••于戲！大奸月兌距，國典用彰；苟麗于闢，情罪允孚！」
天啟威風八面的九千歲就這樣輕而易舉的被發往鳳陽守陵了。
說實在的，早在數日前，崇禎帝給天啟帝上了「達天闡道敦孝篤友章文襄武端靖穆莊勤悊皇帝」的謚號以及「熹宗」皇帝的廟號時，一切已經注定了。
是的，在皇帝廟號用典中，有功安人曰「熹」，因此熹宗的廟號並非是惋惜，也並非是以「熹」通「僖」，明褒暗貶，某種程度上至少是一個中評，代表了崇禎帝對天啟帝的尊敬；但謚號「悊」就有問題了，「悊」和「哲」是同音同意詞，在謚號中，「知人曰哲；明知淵深曰哲；官人應實曰哲；明知周通曰哲；識微慮終曰哲；知能辨物曰哲」，因此一看就是用的反義，極具嘲諷。
當然，謚號是禮部上的，上這個「悊」字，並非是崇禎帝的指示，但禮部此前掌握在閹黨手中，上「哲」字謚號自然是用的正面邏輯，可崇禎帝順水推舟時把「哲」字便成了「折心」之「悊」，可見其並非是真心實意，而是用的逆向思維。
只可惜，當時閹黨上下被崇禎帝的表演所迷惑了，根本沒認真想，所以，忽視了必要的征兆，因此，一敗涂地也是正常的事情••••••
打發魏忠賢滾去鳳陽後，崇禎帝又罷免了吏部尚書周應秋、兵部尚書田吉、提督操江右僉都御史劉志選、錦衣衛左都督田爾耕、孫雲鶴、工部尚書李虞夔、巡撫延綏右副都御史朱童蒙、戶部尚書張我續、刑部左侍郎張九疇、都察院右都御史署順天府尹李春茂等閹黨成員；並從戶科給事中李覺斯的奏薦，撤銷了對前兵部尚書王永光、詹事蕭命官、司業賀逢聖、庶吉士楊汝成、馬之驥、閃仲儼等東林黨人的禁錮；此外，崇禎帝還火急火燎的從南京召回了曹化淳，讓其擔任司禮監秉筆太監。
眼見得閹黨毫無抵抗能力的被自己一網打盡了，崇禎帝忽然不自信起來，此時已經升任御馬監太監的高起潛出于固寵（爭寵）的目的，提醒崇禎帝要斬草除根。
于是為了避免魏忠賢等人還有卷土重來的機會，崇禎帝又諭示兵部︰「朕御極以來深思治理，而有逆惡魏忠賢擅竊國柄，蠹盜內帑；誣陷忠直，草菅人命，很如狼虎。本當肆市，以雪眾冤；姑從輕降發鳳陽。不思自懲，將素蓄亡命之徒身帶凶刃，不勝其數；環擁隨護，勢若叛然。令錦衣衛官旗扭解押赴，跟隨**即時擒奏。」
已經失勢但還未被抓捕的李永貞听聞崇禎帝最新上諭後，立刻斥巨資雇募信使，向魏忠賢通報，結果才走到河間府阜城縣的魏忠賢得信後自知性命難保，便與同行的李朝欽在阜城南關客氏旅店痛飲至深夜四更，然後一起上吊自殺了。
魏忠賢死後，之前遭到嚴厲整肅的東林黨猶有不平，便請旨對魏忠賢家人進行清算。
崇禎帝便命人將客氏鞭死在了浣衣局，魏忠賢的佷子魏良卿、客氏的兒子侯國興、佷子客光先等在閹黨得勢時高官得坐、駿馬得騎的魏氏、客氏親眷也一一被抄家拿問，最終先後處死、暴尸街頭；宮中的王安余黨更是深恨魏忠賢，便慫恿崇禎帝將魏忠賢肢解，懸頭于河間府城頭之上。
得到魏忠賢自殺、客氏被殺且魏氏、客氏子弟也被拿下的消息，崔呈秀自知性命難保，便「列姬妾，羅諸奇異珍寶，呼酒痛飲，盡一卮即擲壞之，飲已自縊」了。
崔呈秀自殺的消息剛剛傳到北京，時任戶部四川司郎中加貴州布政司右參議的劉應過便揣摩上意，上了一封言天下六大苦的奏疏，這六大苦是「諸臣逮系、諸臣獄死、諸臣追贓、仕涂去就、新進禁錮、廷臣被劫」。
鑒于這「六大苦」都是閹黨的所作所為，于是為了進一步收攏朝野反閹黨人士的忠心，崇禎帝便又下了一道施恩于下的敕書，這封敕書中說道︰「巨惡魏忠賢竊先帝之寵靈，擅朝廷之威福，密結**矯誣善類；稍有觸忌，肆行慘殺，數年蔑誣不知幾許、削奪不知幾許••••••今魏忠賢、崔呈秀天刑已殛，臣民之憤稍舒；而詔獄游魂猶郁、錮籍譽髦未伸，豈所以昭朕維新之治！今應褒贈，即與褒贈；應蔭恤，即與蔭恤；應復官，即與復官；應起用，即與起用；應開釋，即與開釋︰勿致久淹，傷朕好生之意！」
詔書一下，反閹黨人士歡欣鼓舞，直說崇禎帝是聖君明主。
被哄得高興的崇禎帝隨即下令廷推閣臣，組織排除閹黨後的新內閣。
孟紹虞、錢龍錫、楊景辰、薛三省、來宗道、李立標、蕭命官、周道登、劉鴻訓、房壯麗、曹思誠等東林黨及中立派人士被遴選其中，于是崇禎帝便進錢龍錫、楊景辰、來宗道、李標、周道登、劉鴻訓等人同為禮部尚書兼東閣大學士，入閣辦事••••••