在西維爾的規劃中，往後帝國將在各個星區建立專門的指揮部。設司令部、政治部、後勤部等領導機關，管理星區內的各種部隊。
負責轄區內諸軍、兵種部隊合同作戰的指揮和所屬部隊的軍事訓練、政治工作、行政管理、後勤技術保障，動員工作和戰場建設。領導星區內的所有行星防御部隊、星界軍、帝國海軍。
一支融合太空、網絡、威懾、運輸、電磁頻譜、導彈防御等各種能力的聯合作戰部隊。能夠從全部作戰領域向敵人發起攻擊。
因此，在戰斗過程中，軍隊可以通過自己的優勢領域向敵軍施加更大壓力，使敵人的力量難以得到最大程度的發揮，進而擴大不對稱優勢，最大程度展現自身實力而削弱敵軍力量。
這種統一指揮確實很強，但某些帝國子民就要問了。這種擁有星際航行能力，擁有足夠部隊佔領行星的部隊，萬一叛亂怎麼辦？當初基利曼不就是為了防止叛亂才把凡人輔助軍給拆成星界軍和帝國海軍嗎。
西維爾只能說有許多種方法防止叛亂，而以這種拆分軍隊，大幅度削弱己方戰斗力的方法來防止叛亂，只能說是下下策。
而且現在的情況和當初基利曼遇到的情況不一樣了。當初基利曼拆分軍隊，防止叛亂，切斷了兩支軍隊的聯系。但如果有需要，在他的領導下，在無數藍子藍孫的指揮下，帝國軍隊隨時可以暫時變成大遠征時期的戰斗模式。
這樣看來戰斗力其實也喪失沒多少，叛亂風險還大大降低。但意外總是頻頻發生，恐怕基利曼也沒想到，帝國失去了帝皇和原體的領導後，會墮落成這個樣子。
基利曼的想法確實沒錯，哪怕在帝國失去最後一位原體領導後，大規模的叛亂也幾乎從未發生。
但睿智的高領主加上被拆分的兩支軍隊，使得帝國上下全是各種小叛亂。量變產生質變，叛亂依舊牽扯著整個人類帝國最多的精力。
如果基利曼醒來，看到現在的帝國，一定會破口大罵︰他媽的，國家怎麼成了這個樣子。
然後氣的宣布人類將在他的領導下重組和重新武裝帝國。
對于防止叛亂，其實西維爾本身——一名現存于世的帝皇子嗣。就是最好的防止叛亂的手段。西維爾還會給那些軍官配上參謀長，政委。將叛亂的可能性降到最低。
而且如今的帝國比之基利曼當初，有了深入人心的帝國信仰。如今西維爾更是大力推崇救世新教，希望將信仰傳播到銀河中的每一名人類。大家把帝皇和西維爾當做神靈來進行崇拜，這些信徒們怎麼會反叛帝國。
以後西維爾將實行軍教結合，每一名士兵都必須信仰救世新教。
除了在信仰上來防止叛亂。不要忘了，眼下審判庭，刺客庭兩者都直接向西維爾負責。
西維爾將會派遣審判庭成員監視，巡查各個星區統帥，而刺客庭則負責暗中監視那些重要軍官。一明一暗，雙重保險。
同時法務部成員也將監督行星總督是否和某些軍隊統帥有所勾結，時刻審視他們的忠誠。
除了讓國教、審判庭、刺客庭、法務部防止叛亂外，西維爾對他們有許多其他的改革。
國教以後將會去軍事化。無論是救世新教的護教軍，還是曾經國教的十字軍、聖殿兄弟會、教會民兵等部隊，都將歸為軍機處管理。
但同時，西維爾將會推動國教滲入到帝國的方方面面，無論是官員還是士兵，都需要是虔誠的信徒才能擔任。政府將會組織專門的禱告會，部隊中將有專門的隨軍牧師。
每一個人類行星都要建立起教堂，莊嚴的傳教士和虔誠的信徒們將在那里祈禱和工作，度過一個個日夜，在銀河中傳播帝國信仰。
對于審判庭，西維爾則新建了一個討逆修會，或者說異端審判庭。主要負責傳達君令，監督將領，防止兵變，規範軍紀，確保人們擁有正確的信仰，監督國教傳播的教義的純潔性。
在審判庭中，其實有著眾多分支。且這些審判庭分支無論大小，都是同一地位。審判庭中既沒有正式的等級制度，也沒有集中的領導權。
這也是曾經高領主議會中是「審判庭代表」的席位，而不是「審判庭庭長」。
這些審判庭分支的成員被稱作審判官。而這些審判庭的分支機構與審判官之間沒有明確的效忠或契約關系，一個審判官可能同時加入到多個審判庭分支機構當中，有些審判官甚至拒絕加入任何分支。
西維爾創建完異端審判庭後，召集了許多審判官，對他們進行了一番教育，除了讓他們要服從自己的命令外，還為了修正一些審判官的行事準則。
比如惡魔審判庭的審判官以及他們的盟友灰騎士。這些審判官在清理完惡魔後，往往還會清楚所有目擊者。尤其是灰騎士，為了保證混沌的信息不被泄露，就連看到他們作戰的戰友事後也會被滅口。
星界軍、帝國海軍、機械教都不例外。一場戰斗結束，你會發現惡魔殺得人還沒審判官和灰騎士殺得人多。
雖然這種事也不是經常發生，灰騎士也不是次次都滅口。但西維爾希望這種事以後一次都不要再有。
這種方法或許最簡單省事，最有效。但西維爾還是希望能用更溫和的辦法來防止混沌的傳播。以後帝國將會有更好的辦法來解決這些問題，無需每次都搞得血流成河。
刺客庭沒什麼好說的，西維爾讓他們成為自己監視整個帝國的一只眼楮，讓他們助自己更好的掌控帝國上下。
法務部則被西維爾給予了更多職責。行星總督的暴力統治、無能腐敗如今歸法務部也必須管理。各個行星上的法務部成員發現這樣的行星總督應立即上報，然後配合帝國新派來的行星總督接管整個行星。
對這些帝國的重要部門進行改革，是西維爾在接下來的幾年中的首要工作。