接著就是南陽派鄧奉起兵復仇。
朱鮪獻城投降後，洛陽仍然是一座孤城，在黃河以南形成了一個危險的突出部，更始舊部盤踞在附近的南陽、潁川，蠢蠢欲動。
而這兩個地方也是兩大集團的發祥地，政治意義也很重大，因此劉秀決定南征。
他召開御前軍事會議，為激勵士氣，把寫好的檄文擲在地上，故意問道︰「郾城之敵最強，宛城之敵次之，誰願去打郾城？」
執金吾賈復自告奮勇說︰「我去！」
劉秀大笑，命賈復攻潁川，吳漢攻南陽，克日啟程。
吳漢與堅鐔、萬修率軍南下，迅速向南陽挺進，連克宛城、涅陽、酈縣、穰城、新野等地，又在新野以南擊敗南郡的秦豐一部，可謂節節勝利。但因為糧草不足，他縱容部下掠奪鄉民，搞得民怨沸騰，對新野的破壞尤其嚴重。
正好破虜將軍鄧奉回鄉探親，見此情景，不由得怒火中燒。他聚起宗族鄉民，反攻吳漢，奪回糧草輜重，並駐扎在淯陽城中。
吳漢被迫撤退，萬修病死軍中，堅鐔困守宛城，鄧奉則趁機攻城略地，控制了南陽郡大部。按說到此，他報復的目的已經達到，應該上書彈劾吳漢，為自己辯白。
如果不是河北集團和南陽集團矛盾重重，劉秀又不得不倚重河北，鄧奉應該不會出此昏招，選擇繼續對抗。
鄧奉聯合董欣、秦豐等勢力，互通有無，震驚朝野。
更始政權分崩離析，很大程度上就是因為內斗不止，自相殘殺。
這次雖然錯在吳漢，但鄧奉選擇背叛，使南陽陷入兵火之中，在劉秀看來簡直是大逆不道。十一月，劉秀派征南大將軍岑彭，與朱祜、賈復、耿弇、王常等將，率軍討伐鄧奉。
岑彭猛攻堵鄉，鄧奉與董欣合兵一處，激烈對抗，雙方相持不下，連戰數月。
岑彭所部多是南陽兵卒，本來劉秀考慮這樣可以減少阻力，但適得其反，反而放不開手腳廝殺。漢軍「堵」在堵鄉毫無進展，朱祜在一次作戰中還被俘虜。
劉秀終于怒了，決定御駕親征。
建武三年四月，劉秀駕臨堵鄉前線，根本不用打，鄧奉軍心大亂，不戰而逃，連夜退回淯陽城。岑彭等將乘勝追擊，董欣投降，淯陽也被迅速攻下。
鄧奉又撤到小長安，劉秀下令強攻，畢竟實力懸殊，鄧奉支持不住，就讓被俘的朱祜出營請降。
劉秀考慮到鄧奉是鄧晨的佷子，而且是吳漢有錯在先，就有意赦免他。諸將默然不語，岑彭和耿弇表態︰「鄧奉忘恩叛逆，干戈再起，賈復負傷，朱祜被俘。而陛下親征以後，他不知悔改，堅持頑抗，直到窮途末路才投降。如果不殺，不足以懲戒後來者。」為了實現兩大集團目前的團結，劉秀最終選擇了大義滅親。
後來又有南陽派賈復與河北派寇恂險些火並
賈寇事件是指賈復與寇恂的沖突，與鄧奉事件幾乎是同時發生的。賈復與陰識等人率軍攻克潁川後，轉兵汝南，劉秀改任寇恂為潁川太守，署理政務。賈復的部將在潁川殺人，寇恂執法如山，將其斬首示眾。
戰爭時期，法紀不嚴，往常這些事情都是睜一只眼閉一只眼。再加上兩大集團的固有矛盾，賈復很生氣，後果很嚴重。
賈復的脾氣由來已久，初歸劉秀之時，就與同僚發生過不愉快。當時他是破虜將軍名下的官屬，在一次會議上，與大司馬名下的官屬段孝並排而坐。段孝提醒他︰「你是將軍督，我是大司馬督，不能坐在一起。」賈復怒了︰「大司馬和破虜將軍都是劉公，憑什麼不能坐！」大家覺得他盛氣凌人，想把他排擠走，被劉秀壓了下來。
賈復雖是儒生，武力卻很高。
賈復回師潁川，發狠話說︰「我跟寇恂官職並列，現在卻被他羞辱，有仇不報非君子，我見寇恂，一定要親手殺了他！」
好在寇恂是個明白人，故意躲著賈復，手下不忿，說願帶劍護衛，以防不測。寇恂說︰「當年藺相如不懼秦王，卻躲著廉頗，是為國事。古人尚且如此，我怎麼能忘了呢？」
他下令各縣沿途歡迎賈復，酒肉雙份，吃喝管夠，自己則稱病不出。賈復余怒未消，還要找寇恂算賬，結果將士們都喝得酩酊大醉，只好作罷。
寇恂擔心賈復不肯罷休，就上報劉秀，劉秀對鄧奉事件心有余悸，決定親自出面調解。他先召賈復，曉以大義，又召寇恂。寇恂進殿，發現賈復已經在座，就準備轉身離開，劉秀叫住了他︰「如今天下未定，二虎怎能私斗，朕特來勸解。」于是二人並席而坐，相逢一笑泯恩仇。總算是有驚無險，塵埃落定，可以長舒一口氣了。
建武三年，朱浮被彭寵圍困在薊縣，動彈不得，上谷郡的耿況派兵解圍未果。
不久涿郡太守張豐迷信術士所言，那術士說張豐當為天子，還用五彩布囊裹了一塊石頭掛在他的手肘上，說石頭里有玉璽，張豐真信了，自稱「無上大將軍」，並與彭寵聯合。彭寵得此強援，不覺飄飄然起來，自稱燕王，信心滿滿。
朱浮慌了，急忙上書請求劉秀御駕親征，被大司徒伏湛勸止。直到建武四年五月間，劉秀再赴河北，以穩定戰略大後方。不過中途又出現了狀況，原來陰麗華隨軍出征，在元氏縣生下了一個男孩，就是後來的漢明帝。
前鋒祭遵部一馬當先，強攻涿郡，張豐的功曹不願跟他送死，反水擒住張豐，然後開城投降。愚蠢的張豐臨死之前，還念念不忘︰「我手肘上綁著玉璽呢！」祭遵想讓他死個明白，就把那塊石頭砸碎，里面根本什麼也沒有。
此時劉秀已過盧奴，一則皇子誕生，二則戰事順利，便決定返回洛陽。祭遵屯駐良鄉，驍騎將車劉喜屯駐陽鄉，以拒彭寵。
消息靈通的彭寵親率數萬主力，又派弟弟彭純引兩千匈奴騎兵，向漢軍發起主動進攻。彭純部南下經過軍都山時，遭到上谷耿舒部的襲擊，匈奴兩王被殺，彭純逃回漁陽。
祭遵也以攻為守，在潞城襲破彭寵部將李豪，斬首一千余級。此後雙方相持一年有余，祭遵數次擊退彭寵，使得漁陽形勢逐漸穩定下來。
听到劉秀鑾駕返回的消息，諸將大惑不解，只有吳漢說︰「陛下精通軍事，其中自有道理。」迎駕之時，諸將小心詢問，劉秀神秘兮兮地說︰「魏郡有賊，所以才返回。」結合實際情況，劉秀這樣說，或許是為了保密。先是將身懷六甲的陰麗華帶在身邊，後向諸將隱瞞實情，顯然是在忌憚某些東西。
劉秀想在洛陽享受天倫之樂，卻被朱浮這個不爭氣的掃了興致。原來彭寵打不過祭遵，但對付朱浮還是綽綽有余，圍困薊縣數月，城中糧食耗盡，已經開始人吃人。此時耿況派來一支援軍，試圖解圍。援軍沒能沖開包圍圈，卻吸引了彭寵軍的注意力，朱浮不顧一切地向南突圍，向良鄉靠攏。
朱浮手下士兵嘩變，他殺了妻子以免受辱，單騎逃回洛陽。尚書令侯霸上書彈劾，說朱浮禍亂幽州，逼反彭寵，又不敢以死明節，按律當斬。劉秀念及舊情，改任他為執金吾，負責京師防務。
建武五年，彭寵之亂最終以戲劇化的方式落幕了。近來一段時間，彭寵總是心神不寧，甚至出現了幻听，總覺得火爐下面有一只蛤蟆在叫，扒開尋找卻什麼也沒有，算命的說這是內亂的征兆。他覺得最有可能背叛自己的，就是曾在洛陽為質的堂弟彭子後，就讓他帶兵在外，無事不得入見。
日防夜防，家賊難防。有一天彭寵正在榻上小憩，他的三個家奴心懷歹意，要拿他的腦袋去領賞。以子密為首的三人悄悄溜進去，把彭寵綁了個結實，然後假傳彭寵的命令，把府中人員控制起來。彭寵急忙喊自己的妻子，她跑來一看，大驚失色，三人就要動手殺人，彭寵急中生智，忙讓妻子置辦行裝。
子密心領神會，就和其中一人跟著彭妻去取財物，讓另一個人看著彭寵。彭寵趁機忽悠他放了自己，這人動搖了，探頭出去四面觀察，看周圍有沒有人。結果子密很快回來了，把彭寵夫婦都關起來，開始收拾金銀細軟。
挨到黃昏時分，子密讓彭寵手書一封，作為通關文牒，然後砍下彭寵夫婦的首級，徑直往洛陽去了。而漁陽的將領們見彭寵久不露面，大門又緊閉著，翻牆而入才發現出了大事，便推舉彭寵的兒子彭午為王。但畢竟人心已散，不久偽國師韓利殺了彭午，率眾向祭遵投降，漁陽宣告平定。
此外在建武三年，因鄧禹在關中作戰失利，劉秀拜馮異為征西大將軍接替鄧禹。兩軍會師後，鄧禹不顧馮異勸阻，執意與赤眉軍決戰，結果大敗。鄧禹僅率二十四騎逃回洛陽，把爛攤子甩給了馮異，此事可以看作是南陽派與潁川派的摩擦。只是因為馮異低調隱忍，並最終反敗為勝，才沒有釀成更嚴重的後果。
堡壘最容易從內部攻破，不要覺得劉秀的對手太弱，統一天下的過程順風順水。光是協調內部矛盾，維持利益集團之間的平衡，都要佔去大量精力。從建武四年開始，劉秀便在東西南北各個戰場上巡視，一為督戰，二為調和諸將，起到了很好的效果。
雲台二十八將的斗爭不過是劉秀麾下三大集團戰斗的縮影而已，三大豪強集團的斗爭貫穿了整個東漢，即便是到了三國時期也沒有消停，而且還加入進來了山東豪強，關西豪強，蜀中豪強，淮南豪強以及江東豪強等等諸多豪強集團。
總的來說，三國就是諸多豪強選擇的代言人的戰爭。
漢末中央的混亂，導致了原有的平衡打破了，全國性的豪族不再輝煌，各自找到代理人，開啟了三國爭霸時代，由于曹操異數的崛起，為啥說是異數崛起呢，因為十八路諸侯，各個都是公卿名士，累世做官的，要麼就是這些世家的曲部，曹操算是寒門加宦官之後。潁川旬氏投靠曹操的先發優勢，天子定都許昌的地理優勢，潁川的豪族開始全國性的崛起。
作為河北的當權者袁紹，成為了河北豪族的代理者，如果說袁紹成為了一統者，那麼河北豪強會再次成為全國性的豪族，可惜袁紹敗了，河北豪族被迫融進到曹魏政權，隨著曹操一統北方，潁川豪族成為全國性合法豪族不遠了，加上和沛譙軍事貴族的聯姻，這種趨勢勢不可擋。
不過作為一個異數，司馬懿出現了，司馬懿是河內人，作為要取代曹魏的權臣，雖然沒有殺盡曹魏皇室，但是其周圍枝葉，潁川豪族和沛譙貴族一個一個被殺被貶，留下的權利真空，不得不依靠河北豪族，和司馬家族。
作為北方政權，南方勢力無法插手，作為定都洛陽地理位置，排除關中勢力，河北豪族開始了復興。
潁川作為四戰之地，全國統一穩定還好一點，地方豪強能夠分的一杯羹，一旦戰亂必是人口凋零失去根基，潁川豪強的崛起跟曹操中原崛起一樣都是異數，河北豪強的頑強，真是出人意料，從東漢開國，到唐朝末年，一直都是活躍在政權之中，貫穿門閥政治的整個過程。
劉備集團現在招募的人才，大都是寒門出身，有的甚至連寒門都不是，這也是陳元有意識選擇的結果。
不然的話，如果真搞進來太多的豪強世家的人才，且不說能不能尿到一個壺里，最後劉備也有成為光武帝劉秀的危險，最終成為了豪強世家的代言人，這可跟陳元的謀劃不符。
所以，陳元在招攬人才的時候盡可能的把寒門和貧民人才招攬過來，但是也不是說不要豪強世家的人才，畢竟太香了，但是要注意比例。
陳元心中自然有數，這一次在河北大規模的招攬了這幾個人之後，後面就不會再隨便招攬人才了，因為現在劉備麾下人才已經足夠使用了。