芹澤教授他們本來是不打算繼續潛游喚醒哥斯拉的，但是架不住某位神明好像對其他地方的災難無動于衷，于是他們只好重新執行危險的計劃。
另一邊，腦殘的拉塞爾女博士正在和她的合作者爭吵，兩人打算喚醒整個地球所有的泰坦巨獸，讓地球重新恢復自然生態，結果運氣很不錯，第一次就喚醒了怪獸之王王者基多拉，第二次就是拉頓。
然後計劃失控，王者基多拉喚醒了全世界的怪獸，現在的局面就是全線崩盤，整個地球都陷入了災難。
「泰坦巨獸計劃是錯誤的，神明……」
兩人自然也都看到了大漢朝那一位「神」斬殺了一頭泰坦巨獸的場景，只不過對方斬殺了一頭泰坦巨獸之後，沒有像其他人推測的那樣，去找其他泰坦巨獸的麻煩，而是待在大漢朝就不動了。
「為什麼會有神明？」
「泰坦巨獸不就是神明嗎，那有神話故事的神明出現有什麼奇怪的？」
「不，泰坦巨獸才是真正的神明，神話故事的神明不應該存在才對。」
將軍無法理解拉塞爾女博士的腦回路，明明都是神話傳說，為什麼泰坦巨獸的神話傳說就是真的，泰坦巨獸就是神明，而他們人類的神話傳說里面的神明出現卻是假的。
將軍放棄治療，對現在的局面很滿意，超前完成了任務，但是對于拉塞爾博士來說就不行，她覺得必須要按部就班的釋放泰坦巨獸才行，現在一下子全部釋放了出來，太危險了，必須要阻止！
只能說不是很理解她的腦回路，也還好理解不了，不然豈不是也變成像她一樣的腦殘了？
帶著奧卡儀器的拉塞爾博士逃出了基地，將軍不想讓她破壞現在的局面，奈何禍害遺千年，平日里百發百中的槍法現在卻一槍都沒打中，愣是被一個手無縛雞之力的科研人員從槍林彈雨之中逃了出去。
感覺受到侮辱的將軍二話不說就開著裝甲車進行追擊，正好這時候拉塞爾博士的前夫來找失蹤的女兒，見到這樣的場景，也顧不得自己前妻腦殘了，救女兒要緊，趕緊讓她們上車躲避將軍的襲擊。
另一邊，芹澤教授他們成功抵達地下世界，不是後面靚仔的那個地下世界，而是要往上一層，順便說一下，哥斯拉世界的地球是中空的，也就是沒有地心，四通八達的通道是哥斯拉快速來往全球各地的原因。
再深入的話，就得通過一段類似于空間隧道的通道，才能進入真正的地心世界，不過哥斯拉後面一發原子吐息/放射熱線
直接打穿到地心世界，可以看出根本不需要那麼冒險的通過空間隧道。
芹澤教授一行人抵達這里已經很艱難了，芹澤教授讓其他人回去，作為活不長久的最狂熱的哥斯拉粉，他決定要犧牲在這里，讓哥斯拉拯救人類。
隨後他拎著核彈找到了奄奄一息的哥斯拉，吃了一發氧氣破壞者的哥斯拉到現在都沒有恢復過來，繼續這樣下去的話，等王者基多拉改變了全球氣候，讓全世界變成了以王者基多拉為首的生態體系，那全人類都會滅亡的。
哥斯拉奄奄一息之際，看到了有一個人類走到自己旁邊，它嗅了嗅，記住了這個人類的氣味，接著芹澤教授就引爆了核彈。
伴隨著屁用都沒有的號稱好幾億攝氏度的核爆絕對毀滅領域消失，哥斯拉吃了一發大的，有點吃不消，急需發泄出來，剛好它感受到了王者基多拉，于是就前往了王者基多拉所在的地方。
另一邊，王者基多拉卻沒有在波士頓繼續停留，它感覺到了路西法的存在，于是就飛了過去。
「王者基多拉離開了波士頓！」
帝王組織和人類高層立刻發現了這一點，主要是那一大團烏雲以及王者基多拉飛行時候掀起的六級颶風都讓它的動靜不可能無聲無息，反而會吸引所有人的注意。
「它想要去哪里？」
人類高層想到了一個可能性，帝王組織的人也同樣想到了這一點。
「神明之間，要開戰了！」
怪獸神明和人類神明！
「王者基多拉要去找那個神明了，從它的前進路線來看，判斷無誤！」
「它們果然是敵對的關系！」
人類高層激動起來，他們巴不得王者基多拉能夠跟那個神明同歸于盡，畢竟他們對王者基多拉和神明都充滿了忌憚和不安。
另一邊，路西法其實比人類高層更早發現王者基多拉朝著自己過來了。
「找死嗎？」
路西法正打算去其他地方收集資源，發現王者基多拉的意圖之後，感覺很不滿，于是他主動離開了大漢朝的區域。
「神明也動了！」
因為路西法強行關閉了所有的衛星，導致人類只能用無人機之類的偷偷觀察他，現在看到路西法一飛沖天，瞬間突破音速之後連忙大喊。
「這，真的是生物能夠具備的速度嗎，初速度還只是音速，不到一秒鐘就加速到超音速，短短十秒鐘就已經加速到了二十倍音速！」
神明展現出來的強大，遠超他們的想象，而路西法就這樣加速成為一道金光，直接射入了天空中的颶風之中，頓時，所有人只听到一聲震耳欲聾的巨響，仿佛是天地大踫撞的動靜，沖擊波擴散開來，擊散了雲層。
「撞上了？」
他們只能這樣猜測，因為這種動靜，很像是那個加速到了二十倍音速的神明直接撞上了王者基多拉。
如果神明夠硬，那王者基多拉就會好像人類被子彈擊中一樣，以那種加速度和質量，被擊穿是很有可能的事情。
不過考慮到王者基多拉的身體堅硬程度遠超一切生物質，他們就有些不肯定了。
「吼！」
緊接著，就是比超音速慢了很多的聲音傳來，那是王者基多拉的慘叫聲！
然後所有人看到雲層墜落一個龐大的黑影，那位神明就站在王者基多拉中間的頭上，並且他們還看到王者基多拉的月復部出現了一個巨大的窟窿！