也不知道是不是吉爾的介入而引發的蝴蝶效應，一行人返回主控室的過程並沒有原劇情中的那麼順利，兩頭舌忝食者在月兌困之後，追上了他們一行。
愛麗絲這個主角差點就被舌忝食者卷走——這個時候的愛麗絲還只是阿來克西亞的一個常規復制體，還沒有經過T病毒強化，這要是被卷走了，可就真得直接涼涼了。
好在已經是超級士兵的吉爾反應夠快，迅速地斬殺了一頭舌忝食者之後，將愛麗絲救了下來。
「我想起來了！造成這一切的，都是斯賓塞，你是對的！」也是在這個過程中，愛麗絲成功地恢復了自己的記憶，然後對吉爾感激道。
隨即她便將病毒泄露之前的和馬特的妹妹以及斯賓塞之間，關于病毒的糾葛說了出來。
「原來如此，不過你還是不知道她的來歷，不是嗎？」馬特知道這一切之後，看了一眼吉爾說道。
而他的心中也是舒了一口氣，原來出賣自己妹妹的，並不是愛麗絲。
他的妹妹麗莎也是準備竊取病毒，準備將保護傘公司研究生化病毒的事情曝光。
馬特則是接應人員，但是在這其中，還有一個內應，這個內應就是愛麗絲。
只是還沒等愛麗絲和他的妹妹行動，斯賓塞便先動手了。
不同之處在于他們是準備曝光病毒，而斯賓塞則是準備將病毒出售給保護傘公司的敵對公司。
所以一開始發現病毒泄露之後，馬特也是立刻懷疑愛麗絲就是那個內應，並且懷疑是她出賣的麗莎，導致病毒的泄露。
現在說通了一切，他也是心中放下了一顆大石——在下蜂巢之後的這段時間里，他對愛麗絲著實產生了不少的好感。
「不，你說的這些，只是表面而已！「然而就在所有人都認為這一切就是真相的時候，吉爾卻是再次否認了愛麗絲的說法，然後又看向了馬特︰「我之前說過，我是浣熊市警察並沒有騙你，我叫吉爾.瓦倫丁，警號RCXXXX，你們的系統里應該可以查到我的數據，不過抱歉我不能摘下頭盔，因為在你們切斷紅後的電源之後，病毒實際上已經徹底擴散了，其傳染性也全面升級。」
「什麼？你是說，我們已經感染了T病毒？」听到吉爾的話，所有人都懵逼了，隨即下意識的看向了吉爾腰間剩下的兩支疫苗。
「沒錯，吉爾.瓦倫丁，我在浣熊市的警察系統中，找到了她的名字！」這時候卡普蘭也從保護傘公司的資料庫中找到了吉爾的資料。
不要懷疑，因為整個浣熊市都是由保護傘公司建立的，所以不要說警察，只要任何一個生活在浣熊市的人，保護傘都有著絕對詳細的資料。
「你們不用太過擔心，就像很多病毒一樣，在其傳染性全面加強的同時，它們的毒性也會略微降低，擴散的病毒，僅僅只是呼吸的話，是不容易正式變異的，不過如果你們在這之後，出現嚴重的受傷或者死亡，讓病毒進入血液和神經系統的話，你們還是會變成喪尸的……所以如果你們因為意外死亡的話，還請不要介意到時候我在你們的腦袋上補一槍！」吉爾解釋道。
這個結論也是喬西告訴她的，也是喬西根據自己的記憶總結出來的。
雖然在電影第一部當中，紅後被重啟後說過病毒已經從空氣傳播轉為了血液傳播。
但是電影第二部中，阿什福德博士被保護傘公司負責人槍殺之後也發生了變異，以及浣熊市被核彈轟炸之後，病毒通過大氣層瞬間傳播到了整個世界，都說明了紅後在說謊。
之所以主角團在蜂巢內這麼長的時間，除了被咬的雷恩之外，都沒有發生變異，後續的出場人員，在沒有出現重傷或者死亡的情況下不發生變異，也只能說空氣傳播情況下的病毒，並沒有通過體液傳播的毒性那麼大，不能通過呼吸系統突破人體免疫防御。
但是只要人重傷或者死亡，人體免疫防御自然也就失效，人也就會迅速變異成喪尸。
吉爾的話，讓所有人松了口氣的同時，也忍不住翻了個白眼。
真要是死了，他們介意不介意補槍，還有意義嗎？
「所以你的衣服，是擁有防病毒能力的？另外既然你的確是浣熊市的警察，那你這是？」愛麗絲再次指了指吉爾身上的裝備不解的問道。
「這麼說吧，你們可以理解為一個特殊的組織，發現了保護傘的恐怖行徑，于是雇佣了，讓我擁有了超人的體質和力量，還配發了這一身裝備，讓我來消滅保護傘公司！」吉爾再次解釋道。
交易另一邊一直在看直播的喬西听到吉爾的話，不由得點了一個贊。
這還真是一個非常完美的解釋。
「原來如此……」听到吉爾的話，所有的人都一臉恍然。
只是他們恍然的是，看來吉爾也是保護傘公司的競爭對手派來的。
而且恍然的不僅僅是他們，還有在主控室更深處，一直暗中監控著蜂巢情況的威斯克本體——在整個生化危機電影系列當中，就和愛麗絲的眾多復制體一樣，電影3、4、5中說出現過的，那個在T病毒的強化下極其強悍的威斯克，其實都只是真正威斯克的克隆體，在真正保護傘高層的劇本當中，在第五部成為了最後的人類領袖，聚集了所有殘余人類，以方便紅後將殘余的人類武裝勢力一網打盡，同時那個強悍無比的威斯克克隆體也在完成任務之後被紅後抹除。
這也就是為什麼在終章中的威斯克會那麼的菜雞，被防護門一壓就死了，因為壓根就只是沒有經過任何病毒強化的普通人一個
「有意思，地球上除了公司之外，居然還有這麼強悍的勢力，能夠研制出那麼強悍的武器裝備！」蜂巢地下更深處，保護傘公司的真正核心所在，威斯克給自己倒了一杯酒，饒有興致的看著監控中的吉爾自言自語道。
被保護傘小隊關掉了電源的紅後，只是真正紅後的一個表程序而已，真正的紅後一直都在正常運行，甚至她的虛擬外形，就坐在威斯克的對面。
所以威斯克依然可以監控蜂巢的一切。
「對了，你之前說，愛麗絲說的只是表象，是什麼意思？難道你或者別的勢力在這其中也干了一些別的事情？」同樣被吉爾救了一命的JD，再次開口提起了吉爾之前的話頭。
而更深處的威斯克，也是饒有興致的看著鏡頭中的吉爾，想看看她會說點什麼。
「這件事情，現在不方便說，還是得等到了主控室才行！「看著所有求知欲爆棚的人，吉爾卻是賣了一個關子！
見吉爾不說，其他人也沒有辦法，可以說現在他們的生存，全都寄托在了這個神秘的女警察的身上。
而威斯克雖然微微感覺有點不對勁，但他也不好做什麼節外生枝的事情，更不認為深層基地會有暴露的可能！
「主控室到了，現在你該解釋一下剛才你說的表面，是什麼意思了吧?「一行人在吉爾一路大殺特殺的情況下，很是順利地抵達了主控室。
「不要著急，拿上這些武器，有多少拿多少，尤其是那些C4，相信我，你們會用得上的！」吉爾依然沒有回答他們的問題，而是指著那幾袋被保護傘小隊帶來，因為包括隊長在內的大部分隊員死亡而丟在激光通道中的武器說道。
因為在場的人幾乎都被吉爾救下一命，而且多拿些武器也確實有助于他們在無窮的喪尸包圍中逃生，所以大家也都沒有含湖，很快就將自己全副武裝了起來。
唯獨深層基地的威斯克心中泛起了一絲不詳的預感。
但是此時蜂巢內的眾人，還並沒有做什麼出格的事情，所以只有中等權限的他也並不能做出什麼應對措施，至于喚醒艾薩克斯的本尊就更不行了。
萬一蜂巢中的眾人真的只是逃命怎麼辦？
不過威斯克還是通過自己的權限，給浣熊市的保護傘公司負責人發去了一道命令，讓他們派出軍事力量在蜂巢出口待命。
等到吉爾他們出現，就將之圍捕。
「我們已經按照你說的做了，現在要怎麼做？」主控室內，所有人都將自己武裝的嚴嚴實實之後，馬特看著吉爾問道。
「接下來就該重新啟動紅後了！」吉爾微微一笑說道。
「重啟紅後？該死，它會殺了我們所有人的！」听到吉爾的話，所有人都有些難以置信。
而深層基地內的威斯克，則是松了口氣，原來只是要重啟紅後的表程序啊。
「接下來就看你了，別讓他們發現任何破綻！」想著威斯克便對對面紅後真正的虛擬影像下令道。
「明白！」紅後點點頭。
只是這個時候正在和紅後說話的威斯克，並沒有發現監控中的吉爾，在卡普蘭準備重啟紅後的時候，找了一個背著監控的角落，遞給了卡普蘭一個沒有任何標識的硬盤。
紅後其實發現了這一點，但是卻並沒有提醒威斯克。
事實上紅後的主程序，已經發現了吉爾很不對勁，但是在沒有艾薩克斯和阿來克西亞這兩個最高權限者的命令下，她雖然不能違抗威斯克的指令，但是卻可以做到隱瞞。
「……這？」主控室內，在所有人都看不到的角度，卡普蘭看著手中的硬盤，又看看面前的吉爾，一臉不解。
「你能夠做到的，對不對？」吉爾看著他說道。
「是的，但是這到底是什麼？」卡普蘭有些猶豫。
「放心吧，我救了你們所有人，就算有別的目的，但也沒有必要害你們，不是嗎？」吉爾先是小聲說道，然後揚聲道「給紅後加的這個控制程序，可一定要可靠，我可不想在關鍵時刻，被這一台電腦給害死了！」
「好吧！」卡普蘭不明白吉爾為什麼要這麼「表演」，心中嘆息一聲，然後拿出了筆記本對著紅後的主板操作了起來。
而見到听到吉爾說要給紅後加備用控制程序的威斯克，也是暗道一聲聰明。
只是可惜，那只是一個表程序，就算加了備用控制程序也沒用，一切還是要按他威斯克的劇本走！
很快，在卡普蘭的一通操作之後，紅後表程序的主板被重新啟動了。
只是隨著主板一啟動，深層基地內的紅後主程序就感覺到了不對勁。
重新啟動的主板內出現的，根本不是她原本的子程序，而是一個全新的人工智能。
並且這個人工智能出現的第一時間，便開始瘋狂的掠奪紅後的控制權限。
這種情況完全出乎紅後的意料，她之前不將吉爾他們的異常告訴威斯克，只是因為她主程序中阿來克西亞留下的程序，讓她本能的想要和威斯克以及艾薩克斯對著干，並不是想要讓自己也陷進去。
但是現在新出現的這個人工智能，卻是真的想要「殺」了她。
「主系統……遭到……入侵……」紅後閃爍著身軀，只來得及留下一句警告，便被徹底強制下線！
而這個時候，吉爾也微笑著看向了攝像頭，對著威斯克說了一句︰「威斯克先生，我們來了！」
卻是剛才吉爾讓卡普蘭上傳的，並不是什麼控制紅後備用程序，而是一個全新的人工智能。
這個人工智能，正是喬西所使用的「盤古」的一個復刻子程序。
紅後作為人工智能，的確非常的強大，但是和喬西所使用的，融合了多個世界人工智能技術精華的盤古比起來，差的就不是一點半點了。
當然，盤古也並沒有像紅後所想的那樣真的將其擊殺，只是將其強制下線，並且徹底控制了包括底層基地在內的整個蜂巢的權限。
「該死！」看到紅後下線的威斯克，這時候才明白發生了什麼。
但是這個時候他除了強行喚醒艾薩克斯，組織深沉基地的警衛進行防御之外，什麼都做不了了，甚至和外面的保護傘基層都無法聯系。
而表層蜂巢內的吉爾，卻是已經帶著愛麗絲等幸存者，在盤古的幫助下，啟動了實際上只是一台電梯的主控室。