故事發生在未來。
海軍戰士杰克因為在戰爭中受傷導致雙腿癱瘓，從此過上噩夢般的生活，不是在酒吧買醉就是在與人打架。
這一天，他得到了自己的雙胞胎哥哥因為意外去世的消息，而對方邀請他去繼續哥哥未完成的任務。豐厚的待遇讓杰克無法拒絕，于是他登上了前往潘多拉星球的飛船。
潘多拉有一種別的地方都沒有的礦物元素「unobtanium」，能夠吸引人類不遠萬里來到這里拓荒的原因就是它「unobtanium」將徹底改變人類的能源產業。
這顆星球和地球極其相似，人類甚至可以在這里皮膚。
但是問題是，資源豐富的潘多拉星球並不適合人類生活，這里的空氣對人類是致命的，必須帶著氧氣面罩才能生活。而且本土的動植物都是凶猛的掠食者，極度危險。
這里的環境也造就了與人類不同的種族︰10英尺高的藍色類人生物「納威族」。
影片以美輪美奐的景色呈現了潘多拉星球的一切，當真是如夢境一般。
特別是以藍色調為在主題的納威人，他們有著自己的文化，自己的服飾，自己的傳統和社會構造，當真如一個全新的種族。
潘多拉礦物元素「unobtanium」非常珍貴，可達每公斤2000萬米國幣，巨大的利潤誘惑下，開發公司在這里建立了基地，準備打死開發，但這一舉動遭到了納威人的極力反對。
納威人不滿人類拓荒者的到來，也不喜歡人類的機器在這個星球的土地上因為到處挖礦而留下的斑斑傷痕。
為了能夠和納威人談判並勸說對方同意公司的開發業務，開發公司開始使者去和納威人談判。
可由于潘多拉星球環境嚴酷，人類傳統的宇航服、機甲都不足以保護礦工，于是科學家們轉向了克隆技術︰他們將人類DNA和納威人的DNA結合在一起，制造了一個克隆納威人，這個克隆納威人可以讓人類的意識進駐其中，成為人類在這個星球上自由活動的「化身」。
而這個克隆納威人也被稱作「阿凡達」。
然而並不是任何人都可以操縱阿凡達，只有DNA與阿凡達身上人類DNA配型相符的人才有這樣的能力。
阿凡達的造價非常昂貴，杰克的哥哥是克隆納威人的人類DNA捐獻者，他死之後，采礦的公司為了不讓砸下去的錢白費，必須找到一個可以代替他的操縱著，這個人的DNA還必須和其配型相符，所以這才找到了雙胞胎弟弟杰克。
幾年後，杰克與阿凡達完美連接後醒來，他終于有了奔跑的能力。
熟練操控阿凡達的杰克進入了潘多拉星球深處，他發現這里的美景簡直無法用語言來形容，高達900英尺的參天巨樹、星羅棋布飄浮在空中的群山、雲霄中留下的瀑布，色彩斑斕充滿奇特植物的茂密雨林……
鮮艷奪目的藍色刺蝠，呆萌的潘多拉猴子，龐大的錘頭雷獸，一踫就縮成一團的螺旋樹葉……晚上各種動植物還會發出光……
一切的一切，如同夢中的奇幻花園。
當影片播放到這里，所有觀眾都驚呆了。
本來大家還懷疑60億的制作成本是否有些虛假，但現在一點懷疑都沒了。
如此頂尖的特效場景，每一幀每一秒都要燃燒海量的經費啊！
迄今為止，這部電影的特效在全世界電影史上絕對可以排進前三名！
陶醉于美景的杰克很快就體驗到了這里的危險，一頭毒狼與他狹路相逢，硬生生把杰克逼得跳下了瀑布。
他的全身裝備因此丟失，沒了定位裝置後，隊友在找不到杰克的情況下只好獨自返回基地。
夜晚來臨，野獸開始出沒，杰克靠著自己的智慧多次化險為夷後遇到了一群強大的六腿野狼，已經力竭的他眼看就要被吃掉，可遠處的一支箭射死了毒狼，杰克得救了。
救他的是納威族的一個女孩，名字叫做奈蒂莉。
她早就知道杰克是藍星人，本不想救杰克，但在聖樹的指引下她不得不救。
救下杰克後，奈蒂莉轉身開，可杰克卻死皮賴臉跟了上去，不斷問東問西，他知道奈蒂莉能夠听得懂藍星語言，因為開發公司曾經在這里開過一段時間的培訓學校。
奈蒂莉懶得理會杰克，可就在此時，天空卻忽然飄來很多淡藍色的生物，杰克先要趕走這些藍色生物，但卻被奈蒂莉給制止了。
她告訴他這廝聖樹的種子，是心靈純潔的象征，只有心地善良的人才會被聖樹種子親近。
越來越來的聖樹種子落到杰克身上，奈蒂莉非常的驚訝，她忍不住破例把杰克帶回了納威人的居住地。
……
納威族。
奧瑪狄卡亞部落。
這是一棵高達千米的古樹，也是納威人心中的聖樹，他們就居住在聖樹之上。
杰克來到奧瑪狄卡亞部落，見到了部落了首領酋長，這時他才知道奈蒂莉竟然是酋長的女兒。
一向敵視藍星人的酋長對杰克並不友好，在看到杰克藍星人的打扮後就想要殺了他，不過當酋長听奈蒂莉說了聖樹的事情後，酋長便改變了主意。
再加上酋長想要了解藍星開發公司的想法和目的，于是便讓杰克留在了部落，並讓他跟著奈蒂莉一起交流學習。
晚上，杰克開始休息，暫時斷開了與阿凡達的精神鏈接。
當開發公司知道杰克竟然機緣巧合下進入了納威族部落後興奮壞了，因為這樣他們就有了和潘多拉星人交流的橋梁。
格蕾絲博士和一眾科研人員都非常開心，開發公司老板和駐守軍隊的上校親自接見了他。他們還強調，杰克眼下的首要任務是勸說納威族撤離那棵樹，這樣開發公司就能開始下一步的計劃了，畢竟那棵樹下面可是蘊藏著海量的珍貴礦產資源。
而如果納威族三個月後仍不撤離的話，開發公司就準備使用武力強攻了。
面對這樣的強盜行徑，善良的杰克無話可說，憤怒離開。
然後這件事被格蕾絲博士知道了，她是支持杰克的，同時也不想自己的研究部門被別的勢力插手，于是帶著杰克等人把部門搬離了開發基地。
而就在這時，意外發生了。