鵡川之戰，是上杉將軍家開幕以來的第一次對阿依努人發起的較大規模攻勢，戰後北海道各羈縻令制國中，除了石狩川流域的阿依努人部落以外，其余阿依努人部落紛紛選擇向上杉將軍家臣從，並主動獻上人質以及當地的特產——海狗腎、海瀨皮、鹿皮、熊皮等。
而這時的上杉謙信見天下基本泰平，便派遣山內上杉家譜代家臣出身的大石芳綱上洛，向朝廷表面自己有將官位、一門總領等職盡數傳給上杉氏虎的想法。
與此同時，已經開始接手上杉將軍家諸多政務的上杉氏虎則是異常的繁忙。因為他正在作為上杉將軍家直轄軍勢進行相關的改組，其中堅力量則是作為上杉將軍家直屬家臣的旗本、御家人以及一萬石以上的譜代大名。
譜代大名與外樣大名明顯不一樣的是，他們具有強烈的上杉家譜代家臣意識，效忠的對象是主家而非主君一人。
由上杉將軍家旗本階層所構成的直轄軍勢中，由番頭統率大番、書院番、小姓組、新番、小十人組，這五支常備軍勢合稱為「五番方」；還有徒組、百人組等構成的徒步軍勢，以及由先手鐵炮組、先手弓組、槍組等持特定武器並接受物頭指揮的特科軍勢。
其中，大番是最早編成的常備軍勢之一，也是最基礎的騎馬武士，在上杉謙信正式以江戶城作為本據之際被編成了六個組（一組二十人左右）。而率領這支隊伍的大番頭最初大多是越後府中長尾一族、越後上杉庶流、府中長尾家的同族以及外戚所構成的自越後以來的家臣。例如高梨義政（高梨政賴四男，高梨賴親之弟）、加地又三郎（上杉謙信姐夫加地春綱從兄）、千阪高信（千阪景親次男）、山本寺孝長（山本寺景長，山本寺定長之弟）等人。
上杉將軍家還將江戶城西北近郊的町和市谷附近的台地按家宅面積進行劃分，建立起「番町」，並陸續在神田山、小川町等地建起屋舍，江戶十至二十里內所謂「一夜宿」之地都被設置為知行地授予大番眾，他們負責加強對江戶城周邊的警備、在城中安排巡邏的同時，有時也隨從上杉謙信、上杉氏虎二人一道上洛。
原本，在上杉將軍家大老八條景定的協助下，上杉將軍家先後組建了左右虎捷軍、左右龍捷軍等常備軍勢，但隨著上杉將軍家所兼並的領國越來越多後，這些常備軍勢就需要被派往五畿八道的各個要害之地進行常駐，以此來震懾才臣從不久的外樣大名們。例如小島貞興所節制的右虎捷軍兩千常備軍勢常駐于山城的普賢寺城；伯耆守護代福王寺孝重所節制的右龍捷軍兩千常備軍勢常駐于伯耆的八橋城；浦賀奉行長尾景宗（長尾彥丸，越後古志長尾家庶流長尾土左守婿養子，柿崎景家之子）所節制的左虎捷軍兩千常備軍勢常駐于上總八幡城（位于上總與下總兩國的境目地帶）；長野正宣（準一門格，上杉謙信養女婿長野業盛之弟）所節制的左龍捷軍一千常備軍勢常駐于加賀的根上城。
左右虎捷軍、左右龍捷軍等常備軍勢原本就是從上杉謙信麾下的旗本先手役、段母衣眾、旗本御手眾等常備軍勢改組、擴編而來。這些軍勢原本就長期擔任上杉謙信的宿衛以及負責本據周邊的警備，甚至還需要與上杉謙信同行。
隨著上杉將軍家達成天下靜謐，以及江戶城升格成為東都之後，上杉將軍家就需要填補負責宿衛東都常備軍勢缺少的問題。
再加上大阪城、駿府城、春日山城、二條城等重鎮要地的改修完成以及被上杉將軍家逐漸直轄化，上杉將軍家還需要派遣一部分的常備軍勢進行駐扎。
這就使得原本並不起眼的大番逐步發展成為在江戶城和大阪城、駿府城、春日山城、二條城等新直轄城池中負責護衛的在番軍勢（大阪城兩組、駿府城一組、春日山城一組、二條城兩組）。當初的六組大番在經過上杉謙信、上杉氏虎二人的多次擴編後就增加到了十二組之多。
而且，由于在番部隊已經離開將軍去守衛城郭，維持原有的規則也變得困難。時任攝津守護代兼任大阪城代的千阪景親就對在番軍勢制定了相關規定，不僅禁止在番打架爭執，還規定沒有番頭的許可絕對不可出城，不得入澡堂洗澡，不得與番眾以外的人往來，不得與在近畿諸國奉公的譜代大名、旗本、外樣大名等勾結。
另外，八條景定在離開東都前往京都之前，還為幕府新設置了兩個名叫書院番和小姓組的近衛，負責護衛將軍本人，也常常近侍于將軍、世子左右。
正所謂一代親兩代隔。
景定為了能讓上杉氏虎將來坐穩征夷大將軍、武家棟梁之位，自然是不能對親藩大名百分百信賴的。只有進一步加強將軍直屬力量，才能確保上杉將軍家的統治穩如磐石。
之所以被稱之為書院番，是因為他們常駐守在江戶城白書院的「紅葉之間」（先前曾常駐守于虎之間），小姓組則常駐于黑書院的「西湖之間」，因其庭前有片花田，也被稱為「御花田番」（明歷三年大火之後取代書院番居于「紅葉間」）。
在天正二年以後，上杉氏虎還設立了新番，因駐扎于江戶城的「土圭間」（後改為桐之間），因此得名「土圭間組」。
這些駐守在江戶城中的宿衛軍勢是隨著大番開始在大阪城、駿府城、春日山城、二條城等直轄城池駐守而發展起來的，其主要構成為原上杉謙信麾下的段母衣眾。
之後，這些宿衛軍勢還被第二任將軍上杉氏虎分割再編為書院番六組、小姓組六組。此時，書院番頭（兼任小姓組番頭）是上杉氏虎年少時的近臣口兼續（口與六，口兼豐長子）、色部長影（色部勝長之佷）、新發田盛喜（新發田重家之弟）等人來擔任。至于無法繼承旗本家業的次男和三男，則是被上杉氏虎進行吸收，用于對書院番、小姓組、大番等軍勢進行一定增強和再編。