永祿七年，正月。
這原本是家家戶戶喜迎新年的高興時刻，可有一人實在是高興不起來，這個人就是擔任武家棟梁、征夷大將軍的足利義輝。
隨著上杉家擊敗了南部家、浪岡北家，將陸奧一國完全壓制後，足利義輝就意識到在東國已成龐然大物的上杉家，其下一步行動極有可能是出兵上洛。至于上杉家出兵上洛之後會不會讓時任關東公方足利賴純取自己而代之就說不準了。
足利義輝畢竟先前因極力反對上杉家攻滅武田家一事與上杉謙信、八條景定交惡，並將他們原本所擔任的役職盡數褫奪，還指認他們為「御敵」。盡管後來足利義輝恢復了上杉謙信和八條景定的役職，但所產生的裂痕已經無法彌補。
如今的足利義輝非常擔心上杉家會出兵上洛，因為上杉家的版圖已經延伸至南海道的紀尹國、北陸道的加賀國，雖然沒有直接與足利將軍家的直領或是奉公眾的領地接壤，但上杉軍進入京畿諸國已無太大阻礙——才壓制若狹一國的朝倉家與上杉家是長期同盟關系；三好長慶病入膏肓，其後繼者三好義繼並沒有其一半才能，根本無法彈壓各方勢力，甚至已有傳聞三好家意圖交好上杉家；與上杉家領國接壤的織田家與上杉家還有姻親之盟。
足利義輝對此深感不安，若是三好家真有與上杉家交好的打算，那麼自己的武家棟梁、征夷大將軍之位就很難保住了，屆時三好家與上杉家必然會擇一听話的傀來擔任武家棟梁、征夷大將軍等職。
于是，為了自保，足利義輝只好令麾下奉公眾趕緊招募浪人、編制足輕眾，以此來增強足利將軍家的戰力。他不求攻滅任何一家大名，只求能保住室町御所、二條御所等幾處有政治意義的宅邸即可。
不僅如此，足利義輝還先後派遣使者出使織田家、毛利家、大友家、姐小路家、里見家、左竹家、大寶寺家、小野寺家、安東家、戶澤家等各地大名，希望他們能在關鍵時刻站在自己一方，能盡「無二忠節」。
然而，除了織田家、姐小路家、毛利家、大友家等極少數大名對足利義輝表示願意在關鍵時刻支持足利義輝外，上杉家旗下的絕大部分大名還是選擇追隨上杉家，皆對足利義輝的來信不做任何答復，反而都上交至上杉謙信處。
而足利義輝見自己在西國諸大名心中還是有些分量的，感到非常高興。就將毛氈鞍覆、白傘袋、屋形號、朱柄傘四樣免許授予了毛利元就，並承認了他統治安藝、周防、長門、石見等國，甚至還為其主動調停與大友家、尼子家之間的戰事。
至于姐小路家，足利義輝則是認可姐小路賴綱（三木賴綱）飛驒國主的身份，正式授予其飛驒守護職，默許他自由切取飛驒一國。而原來飛驒守護職是由京極家世襲罔替的，三木一族原本只是守護代家出身。
可是，足利義輝問問沒有想到的是，他的這些舉動反而害了他自己，害了足利將軍家。
三好義繼在繼承三好家家督以後需要的是一個對自己言听計從的征夷大將軍，而不是處處與自己唱反調的。若是繼續放任足利義輝與各地有力大名頻繁聯絡以及縱容他招兵買馬的話，無疑是對自己形成一種巨大的負擔。
三好義繼先是動了另立征夷大將軍的想法，他就向朝廷方面申請，由界公方足利義維之子足利義榮來擔任征夷大將軍一職，自己也好更方便的挾征夷大將軍以令天下大名。
正所謂希望越大失望也就越大。
朝廷方面並沒有同意三好義繼的請求，畢竟足利義輝還是各地有力大名都認可的武家棟梁，若是輕易將其更換，那麼京畿諸國難免會再次爆發戰事，這也是朝廷方面最不希望看到的。
三好義繼見朝廷方面拒絕了自己的請求，並沒有就此打消更換武家棟梁、征夷大將軍的想法，隨後就找來三好三人眾、松永久通（松永久秀之子，松永久秀正在大和與筒井家交戰無法前來）前來商議此事。
而三好三人眾、松永久通早就看不慣足利義輝了，自然是紛紛表態支持三好義繼。
三好義繼見家中重臣皆支持自己後就安心了，立即著手征召軍勢，準備向足利義輝發動「兵諫」，迫使其主動讓位。
可就在這時，早已病入膏肓的三好長慶卻在難得清醒的時候又做了一件令三好家上下震驚的事情——召弟弟安宅冬康進入自己的居城飯盛山城，並勒令其切月復自盡。
要知道，安宅冬康是三好長慶還在世的最後一個弟弟，也是三好家僅存的支柱之一。而三好長慶除去安宅冬康的理由卻是他與三好義繼不和，意圖謀反。
而掌握了三好家大權的三好三人眾、松永久秀對此不悲反喜。因為阻撓他們謀權奪利的最大障礙被三好長慶除去了，再也不會有人來干預他們的所作所為了。
另一方面，隨著村上國清舉兵被留守在越後的直江景綱、山岸秀能等上杉家重臣迅速彈壓，上杉謙信也很快公布了對此事的賞罰。
原信濃守護代、高遠城城主村上義清擅自與織田家有所往來，因其溺亡故不做追究。但無合適子嗣繼承家名，其原本領有南信濃尹那郡的四萬六千余石知行地按常理應盡數沒收，念其為上杉家平定信濃、三河等地立下赫赫戰功，故而只進行大規模減封。由其女婿內山清宗來繼承村上家家督，領高遠城一萬石知行地。
擔任上杉家家宰、關東管領代、羽州探題代等職的八條景定因退隱家臣宇左美定滿與村上義清溺亡一事，負有一定責任，主動上表請辭關東管領代、羽州探題代兩職。
宇左美定滿作為原上杉家譜代家臣、八條家退隱家臣因與上杉家信濃眾筆頭、原信濃守護代、高遠城城主村上義清一同溺亡，故而不做追究。其次子宇左美勝行所領的下總葛飾郡五萬三千六百石知行地盡數沒收，交由八條景定進行代管。宇左美勝行前往其兄宇左美定勝處寄食。
經軒轅眾、戶隱眾調查，村上義清與宇左美定滿所乘船只是出自信濃木曾谷，故而木福島城城主木義康因此受到牽連被減封三萬余石知行地，改封北信濃高井郡須田城一萬石知行地。
已經退隱的原蒲原郡岡城城主山浦主水入道（村上國清上一任養父）因村上國清舉兵謀逆一事連坐，被上杉謙信勒令切月復自盡，山浦上杉家一脈絕嗣，山浦上杉家所領的蒲原郡岡領被全部沒收。
與阪城城主直江景綱及時出兵彈壓村上國清的舉兵謀逆有功，轉封至南信濃木曾谷，領四萬石知行地。
黑瀧城城代山岸秀能因討取村上國清有功，轉封至南信濃荒神山城，領兩萬五千石知行地。
口兼豐協助直江景綱、山岸秀能等人彈壓村上國清舉兵謀逆有功，受封越後與阪城一萬石知行地，同時擔任段錢奉行。
丸田高俊協助直江景綱、山岸秀能等人彈壓村上國清舉兵謀逆有功，轉封至南信濃船山城，領一萬石知行地。
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為了暫時穩住織田信長，景定就派遣麾下智囊之一的湛光風車作為使者，前去與織田信長進行商議兩家再次聯姻一事，打算以自己的幼子七郎丸與織田信長次女五德訂婚。