盡管若林雅樂助、若林家吉、洲崎兵庫等人在收攏敗軍之後，還發起反擊討取上杉軍一員大將長尾景連，並擊退黑川清實部的追擊，但是對于加賀整體的戰局來說並沒有起到絲毫的作用。
在迫于上杉軍的巨大壓力之下，洲崎兵庫甚至不得不主動放棄位于朝日山城南面的居城松根城，與若林雅樂助、若林家吉等人一同進入梨木城進行固守。
而原先包圍尾山御坊的超勝寺實顯、光德寺乘賢、下間壽法等人也紛紛撤圍退守本泉寺、傳燈寺等易守難攻之處。
這下超勝寺實顯、光德寺乘賢、下間壽法等人就坑慘了下間賴照所率的五千余軍勢，他們一後撤就使得下間賴照所部孤立無援起來，隨時都有陷入上杉軍的包圍之中。
上杉輝虎在朝日山城一帶站穩腳跟後，就察覺到了一向一揆軍的破綻，當即聯同倒向上杉家一方的七里賴周、藤丸勝俊、龜田宗俊等將出兵切斷了下間賴照所部的退路，並準備與材木川北岸的柿崎景家等將對這支一向一揆軍孤軍圍殲。
然而下間賴照所率的這支一向一揆軍僅有五千余人，哪里是近三萬之眾的上杉軍對手，如今的一向一揆軍已經被上杉軍團團圍住，柿崎景家在北、七里賴周在西南、上杉輝虎在東南、西面為大海。下間賴照被迫在材木川南岸擺下圓陣，將青壯、僧兵布置在最外圍，老弱婦孺在中間。
可還沒等下間賴照將圓陣布置完，上杉軍就從三個方向同時對一向一揆軍發起了 攻。數萬人混在一起，短兵相接，互相搏殺。兩軍鏖戰多時，塵埃更是在漫天飛舞著。
柿崎景家、神保長職、黑川清實、色部勝長等將更是親率麾下騎馬武士，環繞著以步卒為主的一向一揆軍，瘋狂地向他們發起沖擊，很快就將圓陣沖出了幾個大缺口，一向一揆軍也瞬間被沖散了。
下間賴照可不願坐以待斃，他見勢不妙，立即帶著幾名僧兵突圍至海邊，並尋得一條漁船。他隨即做出了一個非常驚人的決定——拋棄還在奮戰的一向一揆眾，獨自逃離。
隨著下間賴照逃離戰場後，一向一揆軍就失去了主心骨，等待著他們的完全是一場單方面的屠殺。
一向一揆軍根本抵擋不住上杉軍的凌厲攻勢，沒多久就失去了戰意，四散潰逃。而上杉軍則是不斷縮小著包圍圈，五千余一向一揆軍，不是被討取，就是在材木川中溺斃，就連龜田宗俊、柴山長次郎等國人領主也都跑來湊個熱鬧，突襲正在潰散的一向一揆軍，成功討取了不少人。從材木川南岸至尾山御坊，沿途到處都是尸體。
二曲右京進、永山治郎、鏑木勘解由等北加賀一向一揆眾有力武將們也是先後被上杉軍所討取，此戰之後，加賀一向一揆眾在北加賀兩郡的勢力可謂是被上杉家連根拔起。
位于河北郡和石川郡中規模較大一些的加賀一向宗寺院，如迎西寺、專光寺、善福寺、聖安寺、廣濟寺等也在隨後被上杉軍盡數搗毀，佛像則是被盡數運往越後本誓寺。
之後，一向宗門徒眾在恐懼之下，大都選擇望風投降上杉軍。
輝虎自然不可能就此放過加賀一向一揆眾，在材木川之戰獲得大勝後，她就以七里賴周、藤丸勝俊、龜田宗俊等人為先導役，輔左擔任先陣的山本寺定長，繼續向西攻打加賀一向一揆眾的殘余勢力。
而輝虎自己則是率上杉軍主力攻打固守在本泉寺、傳燈寺、梨木城等地的超勝寺實顯、若林雅樂助、光德寺乘賢、洲崎兵庫等人。同時，輝虎還令中條藤資、黑川清實、色部勝長等將率五千余軍勢攻打梨木城。
天文二十三年，十一月三十日。
輝虎與景定二人率一萬八千余軍勢兵臨傳燈寺外，直接將傳燈寺外的坊社焚毀一空。固守在寺內的堀才之助自知不敵，當即棄城而逃。
就這樣上杉軍便兵不血刃的奪取了傳燈寺，並將梨木城與本泉寺之間的聯系也切斷了。
與此同時，上杉軍對梨木城的圍攻正在熱火朝天的進行著，上杉軍距城兩百步足足包圍了三層。其中，從府中長尾家處拜領通字的中條景資是尤為賣力，先是冒著槍林彈雨在梨木城三之丸大手門放了一把大火，但是被守軍擊退，他自己的左臂還中了一箭。
「來人，下令讓那名突進至梨木城大手門外的武士返回陣中進行醫治。」輝虎在不遠處目睹了全過程，不願麾下再次失去一員勇將。
「御屋形殿，此人是中條越前守長子——中條山城守。」站在一旁的直江景綱很快就認出了在梨木城外表現活躍的中條景資。
「真不愧是虎父無犬子。」輝虎不禁發出感嘆道。
「主公，強攻梨木城的話對于我軍來說損失過大，不如還是改為圍城吧，待梨木城內的儲糧耗盡之後，城池自然就會陷落了。」景定發現梨木城的守軍裝備有不少鐵炮，持續強攻的話只會徒增傷亡，得不償失。加上他還發現了一個細節——梨木城周邊村落的領民全都進入城內參與籠城了，只需做長期圍困的話就能消耗城內大量的儲糧，畢竟籠城可是一樣體力活。
「那就依義兄之見吧。」輝虎望了望梨木城外橫七豎八躺著的不少己方尸體後，只好同意了景定的建議，她可不願還沒攻至南加賀，手中的兵力就所剩無幾。
「山內屋形殿聖明。」
幾天後，下間賴照、堀才之助等人紛紛逃入了光德寺中。可還沒等他們喘口氣，七里賴周、藤丸勝俊、龜田宗俊等人就引著山本寺定長所部的三千余軍勢兵臨城下了。
光德寺四周早就被一向一揆眾築造了堤壩，並往里引入河水，形成了一個人造湖，以此來作為天然的防御工事來抵御敵軍的進攻。這樣一來，光德寺就成了一座漂浮在湖面上的孤島，與周邊的陸地形成隔絕，使得上杉軍難以從陸地發起攻擊。
也就在這時，上杉家船大將平田長景率五條關船、五條千石船、十條小早抵達了宮腰，與山本寺定長所部合流。
很快，平田長景就找到了光德寺附近堤壩的出水口，並對其進行破壞，使得環繞在光德寺周邊的人造湖逐漸干枯，光德寺也失去了人造湖這一屏障，逐漸轉變為一座孤立在陸地上的據點。
同時，下間賴照、堀才之助等人瞬間陷入了黔驢技窮的困境之中。
消除了人造湖這一道不可逾越的屏障後，山本寺定長便與平田長景聯合起來向光德寺發起了總攻。山本寺定長率軍從正面攻擊，平田長景則是率水軍眾登陸從後方攻擊。
僅僅半個時辰，光德寺就被上杉軍攻落了，下間賴照、堀才之助等人也在混戰中被上杉軍所討取。
之後，山本寺定長更是乘勝南下，一路連克松任城、宮保城、安吉城等諸多城池兵砦，還討取窪田大炊介、岸田常德等一向一揆眾有力武將。
不過，山本寺定長畢竟和年輕氣盛的長尾景連不同，他在抵達了手取川北岸後就停下了腳步，不再繼續孤軍深入了。
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