《失孤》新劇本的故事線復雜度遠超原劇本。
原劇本中其實重點只把握住了雷澤寬、曾帥兩條明面上的雙向線，用以展現「尋找孩子十幾年的父親」和「尋親的被拐兒子」這兩個角色形象。
雖然這些取材于真實的故事很能觸動人心，但或許是編劇水平的問題，故事線顯得有些單薄和明顯，深度的內涵可能相對應的有一些缺失，而且在矛盾沖突方面的把握也有些單調。
沈惜雨在听取了周森半紀錄半故事風格的建議之後，大膽地進行了修改。
她從框架上就摘掉了一些傳統的限制和模式，大膽創新地采取突破式實錄風格來進行故事敘述。
而故事也在沈惜雨的教下變得多重復雜了起來，增加了更多雷澤寬和其他人的互動和聯系，而減少了一部分過量的直觀體現雷澤寬尋子過程辛苦的大畫面。
因為沈惜雨在問周森的理解時，周森告訴沈惜雨，可能在尋子路上最艱難的並不是路上的崎嶇和坎坷，而是那些人與人之間的交流，那些人性的險惡、人心的迷茫，才是真正讓人覺得難以堅持的緣由。
所以沈惜雨更願意在《失孤》里強調人和人之間的故事，而不是人和自然的交互。
這體現在了雷澤寬、梁塵、曾帥三個人的交互之中。
雷澤寬找了十四年孩子，他堅信自己的孩子還活著，他一邊工作一邊換著路費，還做著一些小生意，在途中他在遇到同樣尋找孩子的家長，也會記錄下他們孩子的信息，在自己尋子的途中順便幫助尋找。
而有一天，他在路過一棟大樓的時候，看到了梁塵尋子的廣告牌，記錄下了相應的信息。雷澤寬即是想幫忙尋子，也是想獲得里面的高價酬勞來讓自己能夠更專注地尋找孩子。
梁塵尋子也已經有了數年，許許多多的人都因為高價酬勞而慕名尋找線索，最終卻都沒有找到梁塵的孩子。
雷澤寬在找自己孩子的時候，找到了一個被拐的孩子，他在發現那不是自己的兒子之後，有些遺憾地想要離開，卻發現那孩子跟梁塵的孩子情況有些相似，他立馬聯系了梁塵，梁塵親自趕到，卻發現雖然很像，但並不是自己的孩子。
他們兩幫助這個孩子尋找家人，梁塵和雷澤寬一見如故，哥倆一起喝酒一起聊天，梁塵被雷澤寬尋子十四年的故事所感動，也被他沿途幫忙尋找其他孩子和父母的事跡所觸動，他決定拿出自己的大部分資產，變賣公司來成立一個尋子聯盟。
動員起更多正在道路上尋子的失孤父母們，讓大家能互通有無，都能找到自己的孩子。
他們兩一拍即合，梁塵負責賺錢，雷澤寬負責專心尋找孩子和幫助其他人一起找孩子。
他們成功地幫助不少人團聚，但他們兩人的孩子卻遲遲沒有線索。
而雷澤寬騎行的途中，因為過度勞累避讓三輪車的時候在山路上摔倒，摩托車壞了，他被一個叫曾帥的小伙子救醒，曾帥幫他修好了摩托車，兩個人交流之下，才明白對方的身份，曾帥也是一個被拐的孩子。
雷澤寬在告別了曾帥之後，打听到了有自己的孩子的下落，但他已經跑得太過了，于是他冒險上了高速想要返程去目的地，在高速上被交警梁家輝攔下，原本他恐懼自己被處罰，被沒收交通工具，結果交警在听了他的情況之後，沒有處罰他，而是用警車給他帶路和指明方向。
在找到了疑似是自己兒子的孩子之後，雷澤寬卻發現在一個細節上有偏差，而他也被聞訊而來的當地人抓住毒打，臉上還挨了一個大嬸狠狠的幾個耳光，這一幕都被曾帥看在了眼里。
他在雷澤寬的鼓勵下，開始了自己的尋親之旅，在網友的幫助下獲得了關于記憶中的家的線索。
但他們找到了網友提供線索的那個地方，卻發現那里並不是曾帥的家。而在途中，他們竟然發現了和梁塵兒子相關的線索，他們一邊順著線索調查，一邊繼續尋找著曾帥的家，但經歷了無數次的失敗之後，曾帥崩潰了，他不打算繼續走下去。
雷澤寬繼續靠著最後的線索找到了曾帥的家，聯系上了曾帥的父母，而曾帥也見到了自己真正的父母。但他在和父母相認之後，卻決定再陪雷澤寬再走一個省，幫他尋找兒子。
可這一次，他們找到了更多梁塵兒子的線索，而大量的線索都指向了梁塵兒子已經死亡的事實，最終他們在一處山村里見到了當年拐賣了梁塵兒子的落魄人販子，他已經快死了，他承認了自己拐賣了梁塵兒子的事實，卻也明說了那孩子在拐來之後想要逃跑，還想要解救一同被拐賣的孩子，被他的同伙們活活打死了。
雷澤寬震驚的時候，也通知了梁塵。
但梁塵卻否認了人販子的說法，一時間，說法矛盾，雷澤寬找到了當初當地處理梁塵兒子失蹤的退休警官，在警官的解釋下，雷澤寬和曾帥才明白了事情的原委。
其實當年在找到這個死亡的男孩之後，他們就已經聯系過梁塵，但是因為孩子的尸體被拋棄在池塘里，已經出現了巨人觀，看不出原來的模樣，他們通過DNA比對確認了這孩子就是梁塵的兒子。
但梁塵卻死活不承認自己的兒子已經死了，他憤怒地離開了這里，回家開始變賣家產，大張旗鼓地高價懸賞尋子。
當晚，梁塵找到了雷澤寬，讓他繼續幫忙找孩子，他甚至連越野車都準備好了，他想要說服雷澤寬和他一起上路尋找兒子。在豪華的越野車上，有著屏幕不斷地在播放著梁塵孩子和雷澤寬孩子的相關信息和畫面。
雷澤寬此時才知道梁塵已經被自己的謊言蒙蔽了全部的知覺。
而此時，另一個失孤母親跳江自殺的信息傳來，而在她跳江的同時，群里有人發出了她孩子的信息。僅僅那麼短暫的瞬間，卻是相隔。
梁塵用這個例子想證明不該放棄，只要不放棄就還有希望。
雷澤寬在悲痛之余，發現梁塵已經魔怔了。
他們兩人爭吵了起來，爭吵到最後甚至大打出手，梁塵砸了雷澤寬的摩托車，逼他跟自己上車找孩子，他還扯了一箱子的錢要給雷澤寬。
雷澤寬打懵了梁塵，只留下一臉發呆的梁塵，豪華的越野車，還有他的一堆錢，獨自一個人推著破損的摩托車繼續上路了。
他摩托車後原本三面旗幟，一面是雷澤寬的兒子雷達，一面是梁塵的兒子梁凡，還有一面是曾帥的尋親旗幟。
而如今，只剩下了一面旗幟，在晚風中獵獵飄揚。