等愛麗絲和克萊爾一行人進去十分鐘後，海豹5隊長格蘭特和六隊長凱恩，分別帶著自己的隊員潛入了蜂巢。
與此同時，紅後也發現了他們，並且通知了生化危機中的大Boss，阿爾伯特•威斯克。
按照孫宇預先制定的計劃，根本沒有給威斯克再次啟動換氣扇的機會。
海豹6隊直接就將換氣扇炸了。
巨大的爆炸力使得整個蜂巢開始微微顫抖起來。
威斯克感受著地面的晃動，臉色逐漸變得陰沉無比，他命令紅後，道︰「喚醒艾薩克斯博士！」
紅後︰「我收到的指令是，只有在最緊急的情況下才能喚醒他們。」
威斯克面沉如水，表情冰冷，再次強調︰「馬上立刻，喚醒他。」
紅後︰「好的，即刻激活喚醒程序。」
一台休眠倉緩緩從地下升起，當它升到最高點時，慢慢直立了起來。
「呲！」
隨著一股白色氣體噴出，休眠艙門緩緩打開。
片刻後，這個殺死了70億人口的生化危機最終Boss，艾薩克斯博士本體走了出來。
在玻璃杯中倒了一些82年的威士忌，艾薩克斯博士輕輕抿了一小口，問向威斯克︰「清洗完成了嗎？」
威斯克︰「沒有！」
艾薩克斯博士︰「那為什麼喚醒我？」
威斯克︰「我們遇到問題了！」
威斯克說完，艾薩克斯博士立刻就知道有人背叛了保護傘公司。
他整理了一下衣袖，坐到了沙發上，喝了一口威士忌，靜靜地等待著愛麗絲的到來。
……
蜂巢入口不遠處。
格蘭特率領著海豹5隊，小心翼翼地跟在了愛麗絲身後不遠處。
由于蜂巢內部遍布各種殺人機關，沒一會兒，愛麗絲的人就已經死的七七八八。
當她再次來到那條激光鐳射走廊時，腦海中浮現出《生化危機1》中的情景。
稍微緩解片刻，愛麗絲跑到了走廊盡頭，並在這里補充了武器彈藥，同時獲得了一大包C4炸藥。
經過一番操作，愛麗絲順利的打開了通往總控室的升降天梯。
升降梯下降的過程中，愛麗絲看到了數以萬計的低溫休眠倉，這里面裝著的都是保護傘公司的高層。
他們都是毀滅世界的元凶。
安裝好炸藥後，愛麗絲終于見到了艾薩克斯博士本體。
與此同時，海豹5隊也偷偷模了進來。
浣熊市，保護傘公司蜂巢基地，地下800米處。
愛麗絲眼神冰冷，凝視著艾薩克斯博士。
再次倒了一些威士忌，艾薩克斯博士喝了一小口，說道︰「來，別站在那里，過來點。」
愛麗絲手持沖鋒槍，警惕地盯著愛薩克斯博士。
看了一眼時間，艾薩克斯博士博士說道︰「你還有9分鐘時間拯救全世界。還有，你最好把槍放下。」
愛麗絲將槍口對準了艾薩克斯博士︰「我為什麼要听你的？」
艾薩克斯博士慢慢從懷中掏出了全世界唯一的T病毒解藥，不屑的說道︰
「你的目的不就是這個嗎？萬能解藥，能治愈萬物，如果它在地下800米處爆裂，你說它能不能傳到地面上去？而你絕望的夢想，也會馬上破滅。」
說完，艾薩克斯博士用兩根手指夾住解藥，只要他一松手，解藥就會被摔碎。
沒有任何辦法的愛麗絲放下了手中的武器。
而就在這時，她後面的隊友則將槍口對準了她。
這個男人是叛徒的事，愛麗絲早就猜到了，所以並不意外。
與此同時，威斯克用手槍頂著克萊爾的腦袋，將其推到了愛麗絲面前。
……
愛麗絲想過無數種解決艾薩克斯博士的辦法，但這些都被博士腦中內置的格斗預判軟件全部成功預判。
本來孫宇是可以直接選擇空襲炸毀蜂巢的，但是為了獲得傘公司的科技，使他不得不讓海豹突擊隊再次冒險進入蜂巢，這里面最讓孫宇看重的就是這套格斗預判系統。
就在艾薩克斯博士解釋愛麗絲身世之謎的時候，保護傘公司的另一位大佬，艾麗西亞•馬庫斯坐著輪椅來到了愛麗絲的身後。
直到這時，愛麗絲才知道，原來自己就是個克隆體……
而當年保護傘公司故意釋放病毒毀滅全世界的真相也逐漸揭開。
艾麗西亞痛恨艾薩克斯，因為博士殺了她的父親，
就在威斯克舉槍對準愛麗絲將要開槍之際，艾麗西亞解除了威斯克保護傘公司雇員的身份。
由于之前紅後並不能對保護傘公司員工下手，所以它拿威斯克毫無辦法。
但艾麗西亞解除了威斯克的雇員身份，使得紅後立刻獲得了擊殺權限。
旋即，紅後放下了厚重的隔離門將威斯克雙腿砸斷。
見狀，艾薩克斯博士立刻轉身向著外面跑了出去。
愛麗絲對著艾麗西亞說了聲「謝謝！」
隨後又將C4炸彈引爆器放到了威斯克手里，轉身便追了出去。
克萊爾也親手殺了背叛自己的男朋友……
這一切都在孫宇的掌握之中。
見愛麗絲和克萊爾都跑了出去。
格蘭特接到孫宇的命令，進入了指揮中心。
慢慢從威斯克手中接過炸彈引爆器，格蘭特一槍結果了阿爾伯特•威斯克。
【完成擊殺阿爾伯特•威斯克的支線任務，獲得20解鎖點】
格蘭特來到艾麗西亞面前，將通訊器調到了外放模式。
「艾麗西亞，你好。」
孫宇的聲音從通訊器中傳出。
艾麗西亞滿臉疑惑的打量起站在自己面前的格蘭特，在確定了他們並不是保護傘公司士兵後，問道︰「你們是什麼人？」
孫宇回道︰「我們是地球最後的幸存者，我叫孫宇」
艾麗西亞沒有說話。
孫宇繼續說道︰「保護傘公司惡貫滿盈，這些我們都知道，我只是想請你交出紅後的控制權，等愛麗絲解決掉艾薩克斯博士後，我們會重建這個世界。」
艾麗西亞咳嗽了兩下，她那虛弱的身體可能支撐不了多久了。
俄頃，她輕輕嘆了一口氣︰「希望你們可以拯救這個世界。」
話落，艾麗西亞對著紅後說道︰「同意移交權限，將我持有的所有股權移交給這個男人。」
紅後︰「遵命！權限已移交完畢。」
格蘭特對著艾麗西亞點了點頭，轉身便帶著其余隊員離開了這里。
艾麗西亞看著大屏幕上不斷閃現的童年記憶，她笑了。
那是一種釋然解月兌的笑容。