基本的世界設定、主要人設和主角穿越產生影響之前的劇情主線肯定不變，但小說畢竟跟漫畫不同，不可能完全忽視邏輯。為了避免邏輯BUG，原著中的劇情和設定在本書中會有一定的改動，也就是說，本書里面所寫的基于海賊王漫畫重構的現實世界，是現實世界，會餓死累死燙死凍死窒息死的現實世界，不是那個不能帶腦子看的少年漫里的世界。
改動主要有這麼幾點︰
包括各國人口在內的一切會導致世界設定無法自洽的不合理數據都進行了合理化調整，比如魚人島人口由500萬砍到了5萬（海深1萬米的限制擺在那里，方圓不過幾千米，也就一個城鎮的規模，500萬人怎麼可能塞得下。），佐烏也減到了3000多（空間一樣受限，還是森林環境更加稀疏。），這樣空間上才住得下，同時也符合魚人跟毛皮族個體強但族群弱的基本定位；
阿拉巴斯坦的人口減少到了100萬左右，因為按原著設定的1000萬人口和沙漠國家的環境，這個國家面積會大到幾乎完全堵死偉大航路，而七條路線之間沒有重疊卻是原著的核心設定，兩者矛盾無法調和，只能優先保證核心設定，不砍人口不行；
而海軍偉大航路支部的常駐兵力則大幅增加到5000以上，如果直接按SBS里作者的說法，擁有至少數艘主力軍艦的一個支部的常駐兵力才300人，還不及半艘主力軍艦的載員人數，這也太離譜了。
這四個數據是BUG最大又直接影響主線的，專門列出來說明一下，其他相對次要的篇幅所限就不在這里列出了，但需要改的時候還是會改的~
主線劇情的結果不變，但具體的經過可能有變動，舉個例子，路飛在阿拉巴斯坦打敗了克洛克達爾、阻止了他的陰謀是不變的，事後哪些人跑了哪些人被抓也不會變，但是路飛具體是怎麼打敗克洛克達爾的，就未必會遵循原著的設定了。
PS︰尤其和之國劇情實在是崩得太厲害，甚至就連引出的設定也只能部分采用。
絕大部分只出現在劇場版的人物（澤法也不例外）和劇情都不存在。
PS︰在漫畫里側面提及的金獅子也改成在暴風雨中落水而死，沒辦法，這個家伙的劇情從頭到尾都是BUG，而且這些BUG帶到主線劇情之後還會引發更多的BUG，實在是圓不過來
動畫原創的內容和官方生命卡中的人物信息僅供參考，酌情選用。