「所以，你認為我爸爸並沒有死，然後一路調查，來到了我父親的公寓是嗎？」蒂姆平靜的說道，他也沒想到自己會如此「心甘情願」的听一個陌生人講完他來到這里的來龍去脈，他理所當然的認為自己是在做夢，他現在甚至能夢到一只會說人話的獵鹿帽皮卡丘，它還自稱是他爸爸的搭檔寶可夢。
此刻，在蒂姆的周圍左右是黎明的兩個小可愛，拉達和皮卡丘，一只正使用著一臉凶惡的恐懼顏，而另一只在使用撒嬌的可愛表情。
蒂姆想，此情此景，他好像沒得選擇。
「萊姆市的警局不專業，確認死亡的最終定性，一般是死者的尸體不是嗎，而且就算你的父親死于車禍事故，被炸得面目全非，也不至于連一個身體部位都留不下來，骨灰都被揚了吧？」黎明幫助著蒂姆分析案情。
蒂姆深呼一口氣，老實說，他現在還有些茫然，父親的意外事故對他來說就像晴天霹靂一樣，從生活的朝芬鎮一路劈到萊姆市，從昨天劈到了現在，大腦一直都處在隨時宕機的邊緣，很難深入思考。
雖然從小和父親分別，他已經十多年沒再見過他了，但要說他對父親沒有一點感情那不可能。
他始終都還怪責著童年的父親，沒能多陪陪患病的母親，就算母親死去了，他還是仍然守著他的偵探工作，這讓他一直十分惱火和怨念。
無愛何來恨便是這個道理。
他不得不承認，當他收到父親的「死訊」時，他還是受到了沉重的打擊。
他的內心還是趨向于父親不要死，至少在他對當年事情釋懷前，不要那樣輕易的死去。
蒂姆覺得黎明這人雖然可疑，但所言不無道理，面露猶豫，說︰「可，我的父親如果沒死，現在又會去哪呢？」
「你父親生前調查的最後一起案子是關于PCL的實驗，幾乎是在你父親出事的第二天，實驗室就因為出現重大事故而關閉了，兩者之間必有關聯。」黎明說道。
偵探皮卡丘也適時說道︰「他說得對，連我都能在那重大事故里活下來，你的父親也一定能。」
見蒂姆還在猶豫著要不要相信黎明和偵探皮卡丘，黎明直接說道︰「你是希望你父親真的已經死了，還是願意追尋那一絲可能性調查下去？」
「我……」蒂姆一陣語塞，下唇顫了顫，隨後正色道，「我當然希望他沒事。」
見蒂姆表態，拉達和皮卡丘也不再做出任何「威脅」的動作，重回乖巧。
「那就一起去調查吧。」黎明向他伸出手象征友好合作的手，展顏一笑，「我叫黎明，來自神州地區的寶可夢訓練家。」
「……蒂姆，蒂姆•古德曼。」蒂姆僵硬的握住了黎明的手。
偵探皮卡丘見狀，迅速上前，輕輕一跳，掛在了兩人握住的手上，笑道︰「嘿嘿，加我一個！」
于是乎，三人就此達成同盟關系，並決定從明天就開始展開正式調查。
次日，黎明和蒂姆與偵探皮卡丘在探堤公園北邊的交椅上會面，隨後決定直接從郊區的PCL查起。
坐的士來到郊區後不久，離PCL的圍欄都還有一公里的路段，的士司機就以「最近那個地方鬧鬼」為由將他們提前放下了車，于是之後幾人不得不徒步前行。
到達圍欄邊，蒂姆看著高高的鐵絲網圍牆，還有上鎖的大門，有些無語，道︰「咱們怎麼進去？」
「莽一點，直接闖進去。」黎明笑著說，緊接著便讓皮卡丘使用鋼鐵尾巴，直接切開了鐵絲網圍牆。
被切開的鐵絲網瞬間卷曲，敞開了一條可以打開的通路，黎明幾人就那樣大搖大擺的走了進去。
在走的路上，黎明還瞟了眼那不遠處正在運作的攝像頭，嘴角微微上揚。
就是等你派人來啊。
進到PCL——寶可夢綜合研究所里頭，里面損毀的景象令蒂姆和偵探皮卡丘都不禁驚嘆，「這里究竟遇上了什麼事故，居然出現了這麼嚴重的破壞，到處都是沖擊導致的跡象。」
走了一會兒，黎明他們找到一張消防逃生圖，因而找到了主實驗室的所在地。
在通往主實驗室的通道，左右兩旁都各是不同寶可夢的培育室，一邊是研究巨化土台龜實驗的培育室，另一邊則住著用于研究不明激素氣體實驗的甲賀忍蛙。
在培育室里的寶可夢都還在並活著，看來實驗出了事故以後，克利福德公司的人並沒有打算好好處理這些寶可夢，而是讓它們先就這麼留在這里。
當然，黎明知道，留這些寶可夢在這里就是為了看守實驗室秘密的，一旦有人侵入就放出吸入暴走氣體的寶可夢，讓它們攻擊入侵者。
黎明注意到通道盡頭左上角的攝像頭在亮著紅燈，猜到幕後之人正在關注著他們進到研究所後的一舉一動。
「拉達，使用暴風雪給艙門加固一下。」黎明看到隱藏在培養倉深處的甲賀忍蛙，見光後突然應激而動，撲在了透明艙門之上，把偵探皮卡丘和蒂姆都嚇了一跳，而黎明則立即下達了指令。
拉達猛吸一口氣，一邊呼出冰凍的雪風暴，一邊一路奔跑，將沿途的培養倉都冰封在冰雪之中。
「好了，這樣子就穩了，冰雪沒融化之前，它們是絕對出不來的。」黎明對蒂姆和偵探皮卡丘都比了個大拇指，笑道。
蒂姆和偵探皮卡丘都發出一陣干笑，這人考慮得可真周到。
另一處，正驅車趕往寶可夢綜合研究所路上，用筆記本電腦遠程監控黎明他們一舉一動的墨鏡男人，那原本想要做壞事的壞笑在看到甲賀忍蛙的培養倉艙門被冰封住之時，凝固在了臉上。
墨鏡男人一臉震驚的摘下了眼鏡，露出了一對黑豆眼，發出了意義不明的氣球聲，原來這個神似克利福德公司繼承人的男人，其實並不是人類，而是一只百變怪。
這個男人誰啊！？怎麼不按套路出牌？
變成羅杰•克利福德模樣的百變怪，瘋狂的按著啟動艙門的回車鍵，但界面卻一直彈出「艙門故障，無法啟動」的彈窗字樣，把百變怪氣得不行。
走過通道後，黎明他們便來到了主實驗室，映入眼簾的是滿目瘡痍和遍布各處的尖端科技設備，主實驗室的中央是一個像蛋殼一樣的孵化倉，這個孵化倉內似乎有東西從里面出來過，從內而外的破開了一個大洞。
黎明來到主實驗室的工作台前，發現計算機還勉強能用，想查看每一個文檔的實驗記錄，卻發現大部分都已經損毀，黎明一直點到最新的實驗記錄，計算機才總算有了打開文檔的反應。
霎時間，遍布實驗室各處的全息投影設備啟動，將研究所發生事故前最後的模樣復原了出來，現在黎明他們面前，正上演著研究所事故發生的前因後果……
……
「實驗第14天，超夢培育成功，個體意識已經蘇醒，這是我見過發育最快的胚胎了。」全息投影中，一個扎著馬尾的女性研究員正站在孵化倉前，觀測著孵化倉中的一只貓頭寶可夢，口中喃喃自語，一邊使用手中的平板電腦記錄著孵化倉的各項數值。
「培育超夢？我的天，聯盟不是說了這是禁忌實驗項目嗎？」蒂姆看到孵化倉中面露疑惑的新生超夢，忍不住震驚道。
現場的全息投影一花，記錄跳轉到了實驗的第30天。
「研究發現，超夢擁有極高的智慧和學習能力，它正在高速吸收消化著我們輸入進培養倉，通過投影展示給它的知識，它的眼神越來越銳利。」女研究員繼續說道。
第34天。
「富士博士回歸實驗室，並在她的指導協助下，成功提取了超夢基因。」女研究員如舊辛勤的做著實驗記錄。
在這次實驗記錄的最後，黎明暗暗握緊了拳頭，因為負責記錄實驗的女研究員走向了一個剛走進主實驗室中的紅發年輕女性身邊，並恭敬的稱其為「富士博士」。
「果然是你，麗娜。」黎明微微皺眉，心情有些復雜，他對麗娜的印象其實還不錯，看起來是一個挺有元氣的少女，但沒想到這樣的小姑娘竟然還藏著這樣的一面。
實驗第36天。
「從超夢的提取基因中分析成分，制作出了一款穩定的紫色氣態血清，攝入血清的寶可夢會陷入混亂狀態，並無端暴走，富士博士將其命名為‘R血清’，R的意義代表‘Rebirth’……我們也感覺到了‘重生’般的激動感！」
實驗第38天。
「神經鏈接意識傳導裝置制作成功。」女研究員有些興奮的將一個鏈接腦部的金屬裝置，放在了一個頭模上。
嗶嗶嗶！！！
就在這時，實驗室響徹一陣警報聲，女研究員回頭望去，只見一個穿著風衣的蒙面男人出現在了門口的走廊中，他身後跟著的一只戴著獵鹿帽的皮卡丘，用尾巴制造了一發電球掃向甲賀忍蛙這一群追兵，卻被甲賀忍蛙用水手里劍掃開，電球誤入了實驗內，擊中了實驗室內的孵化倉，頓時整個主實驗室內的研究員們都露出了恐懼的神色。
畫面到實驗室出現火光的剎那，戛然而止……
「爸爸調查到了PCL研究的真相，所以才會……爸爸出車禍並不是偶然遇到了發狂的野生寶可夢，而是有人故意襲擊了他。」蒂姆到此為止，也終于明白了。
「很顯然主持這場實驗的背後之人，為了保住秘密，不惜殺死哈利，而PCL的金主是克利福德財團，所以這是霍華德指使的！」蒂姆咬牙道。
「洛托姆，把剛才那些都拷貝下來。」黎明這次出門帶了洛托姆，他從衣服內側拿出圖鑒，對圖鑒之中的洛托姆說道。
「交給我吧洛托！」
洛托姆飛到工作台便，將閃電狀的手臂刺進了工作台的U盤轉接口處，以此為連接橋梁，將工作台內所有的實驗記錄都拷貝了下來。
轟轟轟！！！
就在黎明他們準備撤的時候，整個綜合研究所開始震動，意識到可能是地震，黎明他們迅速的跑出了研究所，向室外空曠的地方避難。
然而，這次地震卻十分異常，震感奇特，奔跑的過程中，黎明他們一會兒感覺地震在左邊，一會兒感覺到地震在右邊，等他們跑出研究所時，大地已然從他們腳下裂開。
吼吼吼——
如悶雷般的吼聲隨著地震響起，黎明等人跟著抬起的大地，來到了離地更高的海拔處。
登高能望遠，此時此刻，眾人才終于意識到，這並不是普通的地震，而是寶可夢綜合研究所周圍一座座的山在動，可其實那並不是普通的山，而是一只只像山一樣大的土台龜在移動。
「怎麼會有這麼大的土台龜！？」蒂姆抱著偵探皮卡丘躲避著山上掉落下來的碎石，一邊忍不住喊叫。
「誰知道研究所的人對土台龜做了什麼？」黎明一邊帶著拉達它們沿著土台龜較為平緩的龜殼邊緣奔跑，一邊回道。
但其實黎明很清楚，土台龜的巨化現象，其實和之前見到過的巨型噬沙堡爺一樣，都是使用了能讓寶可夢巨大化的神秘裝置，現在想來，那神秘裝置之中的靈能之所以會呈現出紫色，應該是因為里面還注入了「R血清」，那一從新生超夢的基因中提取出來的東西，所以使用了神秘裝置的寶可夢才會暴走。
轟！
只听一聲爆炸的巨響，黎明瞥了一眼，才發現那些移動的土台龜，一只一腳，將研究所踩了個粉碎，看來幕後之人喚醒這些沉睡的巨化土台龜，目的除了想殺死他們以外，還想將研究所「毀尸滅跡」，直接毀滅證據啊。
「啊啊啊！」就在黎明一沒注意蒂姆他們那邊的剎那，蒂姆和偵探皮卡丘雙雙從土台龜身上，失足摔了下去。
這里離地可有三十多米啊，這不得摔死？
「阿詛！」黎明直接喚出影子之中的詛咒女圭女圭，讓它趕緊飛身下去救人。
就在蒂姆和偵探皮卡丘雙雙淚目，祈禱來生的時候，詛咒女圭女圭及時趕到並用精神強念抓住了他們，讓他們逃過了直接摔死的結局。
、
咻！
就在這時，兩股強大的精神波動自天邊傳來，黎明感到仿佛有一股風壓自背後襲來，被推倒在地。
頂著風浪，黎明回頭望去，只見太陽的方向，有兩粒黑點在天上。
皮卡皮卡（啦噠啦噠）！拉達和皮卡丘對著黑點大叫。
「是超夢噠洛托！」洛托姆啟用拍照功能，將兩個黑點放大，赫然出現了兩只形態相似的寶可夢。
貓頭，人形，長尾巴，類蛙的腫指頭，那正是超夢的顯著特征。
只是兩只超夢稍有不同的是，其中一只的身體偏粉色，好像繼承了更多夢幻的特征。
兩只超夢合力，使用精神強念，鎮壓了三只巨型土台龜，強悍的念力讓三只笨重的土台龜動彈不得，四肢顫顫，不一會兒便都伏地跪了下來。
巨型土台龜似乎得到超巨大化後也相應付出了代價，首先應該可能是丟失了所有的寶可夢技能，它們至始至終都沒有使用過任何招式，體力方面被削弱，只是動一動，現在就沒了力氣，而且精神方面極為脆弱，根本承受不住超夢的念力，伏地之後便馬上收回頭腳，月兌聲月兌氣的喘息，閉上眼楮沉睡起來。
黎明找到從土台龜身上爬下去的路，與地面的蒂姆和偵探皮卡丘匯合。
阿詛回到黎明身邊，與黎明蹭了蹭臉後就立刻回到了黎明的影子里頭，隨時守備。
「你們還好吧？」黎明看著蒂姆和偵探皮卡丘，問道。
蒂姆和皮卡丘微笑著搖搖頭，並對黎明表示感謝，剛才如果不是他讓詛咒女圭女圭出手，恐怕他們已經不幸摔死了。
就在幾人談論之時，天際間的兩只超夢從空中緩緩落下，懸空于兩人面前。
它們以心靈感應的方式和黎明他們進行交流，首先開口的是那只看起來面相比較成熟的超夢，對方似乎就是夏伯的那個兄弟。
兩只一粉一紫，不如紫的就叫超哥，粉的就叫超妹吧……盡管它們發出的聲音都是沙啞醇厚的男聲。
超哥和超妹都只是看了眼黎明，並沒有過多關注他，而是把注意力放在了蒂姆和偵探皮卡丘身上。
超哥先是對偵探皮卡丘傳音道︰「哈利•古德曼，你如約指引你的兒子找到這里了。」
「哈利？我爸爸，他在這？」蒂姆聞聲一怔，他左看右看，唯一能稱得上是人的是黎明，他一臉驚愕的看著黎明。
黎明︰(//?/ω/?//)
眾寶可夢︰Σ(?ω??)?
超哥傳音的語氣生澀的說道︰「不是他。」
蒂姆松了口氣，也是，他父親怎麼也不可能從個白人整成一個黃種人，隨後再從兩只超夢的視線來判斷，他終于意識到方才兩只超夢是在對自己懷里的偵探皮卡丘說話。
他舉著偵探皮卡丘，有些難以置信，他看了眼兩只超夢，又看了眼跟他出生入死的偵探皮卡丘，又哭又笑的道︰「他是我父親？」
「是的，當時你父親受了很嚴重的傷，但人類的身體和寶可夢的身體迥然不同，我無法快速治愈，只能將你父親的與他的搭檔皮卡丘融為一體，讓他的人身在恢復之前，意識先與皮卡丘合在一起。」這次是超妹親口說的。
「所以，你是我爸爸？」蒂姆怔怔的看著他手中的這只萌物。
偵探皮卡丘也倒吸一口涼氣，看著面前的成年男性，試探的叫道︰「兒子？」
旋即偵探皮卡丘搖搖頭，對超妹說道︰「可為什麼我不記得？」
「因為你和皮卡丘融合的時候，兩者的記憶有混淆的情況，為了不影響你們融合與分離後的意識混亂，我暫時屏蔽了你們共同的記憶。」超妹解釋道。
「那你為什麼會救我的爸爸，人類明明對你做了很多過分的事情。」蒂姆面對擁有通天徹地念動力的超夢有些天然的心虛，但還是大著膽子問了這個問題。
超妹用柔和的眼神看著偵探皮卡丘，道︰「在逃跑的途中，你父親之所以會出現車禍，還有一個原因是你父親在逃跑途中，為了保護皮卡丘而被甲賀忍蛙的水手里劍連續兩次擊中身體，開車的時候就已經快不行了，直到車輛被水手里劍從橋上炸下河堤，你的父親還是守護著皮卡丘，並在最後關頭讓皮卡丘先跑，但皮卡丘最後並沒有走而是選擇和哈利共進退。
他們之間相處的羈絆，讓我看到了人類與寶可夢之間並非全然沒有真情流露的羈絆，讓我明白人類與寶可夢也是有和平相處的可能的，再加上，也是因為你父親的緣故，我才能夠成功月兌身，所以于情于理，我都會救你的父親。」
「謝謝。」蒂姆听後，有些復雜但非常真摯的對超妹感謝道。
「那，可以讓我復原嗎？」偵探皮卡丘听完事情的來龍去脈後，也終于釋然了，他也這才明白自己為何會總是放心不下蒂姆，初次見到蒂姆後就忍不住想要照顧好他的心情。
原來，我是你爸爸！
超妹點點頭，施展超能力，將哈利•古德曼的肉身和意識都從皮卡丘里分離出來，同時解放了他們的記憶。
「爸爸？」蒂姆扶起倒在地上的男人，關心的叫著對方。
「蒂姆。」穿著風衣的男人緩緩睜開眼楮，看到熟悉而又有幾分陌生的面孔後，緩緩會心一笑，伸手抹去蒂姆眼角的淚痕。
父子重逢的喜悅感染了眾人，黎明卻不合時宜的打破氛圍，對兩只超夢問道︰「我可以問一下，你們選擇蒂姆的理由嗎？」
「哈利是整個萊姆市最出色的神探，哈利在昏迷前也說他一直堅信自己的兒子會比自己還要出色，他能夠代自己偵破克利福德企業的陰謀。」超妹對黎明的問題進行了回答，「而且克利福德企業掌握了專門克制超夢的兵器，我們無法獨自行動，一旦行動失敗了，反而會助那群家伙達成他們的野心。
所以我們希望蒂姆和哈利能夠代替我們揭發克利福德企業的罪行，還我們的一個清白，也是為了拯救那些被克利福德抓去做實驗的寶可夢，為了死去的那些寶可夢報仇。」
超妹的痛恨，黎明明確感受到了，也明白了整件事情的動機，但還有幾件事情，黎明想要問清楚。
「還有一件事我想問一下，你應該見過那位將你制造出來的科學家吧，那個富士的女科學家，你知道她的下落嗎？」黎明問道。
超妹听到那個將它制造出來的女人姓氏時，表情頓時變得十分復雜。
對方賜予了它生命，卻也給予了它痛苦，超妹痛恨又敬畏著自己的那位「造物主」。
超妹搖搖頭，臉色沉重的說道︰「我不知道，在我從研究所逃出來的時候，我並沒有注意到她是否在研究所中。在我救了哈利之後，我就為了逃避捕獲裝置離開了，在我差點被捕捉的時刻，還好是哥哥及時出現，拯救了我。」
「嗯？」突然，一直在用超能力警戒的超哥像是感應到了什麼，提了一聲，緊接著便釋放出強悍的念力向空中某處發動了精神波動攻擊。
轟！
天空毫無征兆的被炸開，一個像是噴射裝置的東西褪去隱形，從炸裂的火光中報廢，掉落下來。