“你到底有什么目的？”朦胧中吗，阿鹏听见大木博士的声音，但意识还是混乱不清，怎么也睁不开眼睛。
“我要创造出一只没有任何弱点的神奇宝贝，你不认为那很棒吗？”。
“原来如此，这就是你的目的，那你抓我做什么？我对幻影系统根本一窍不通。”
“别这么说嘛大木博士，我需要你研究所里所有有关神奇宝贝的资料，现在。”
“我如果说不呢？”
“哼，那就别怪我了。”
说着，神秘人走到了一边，在一旁的机器上不知输入着什么，接着把一个机械头盔戴在了躺在板上的阿鹏脑袋上，顿时，阿鹏感到一股电流从脑子进入了身体，全身都被麻痹了，再一次失去了知觉。
“哦~闪电鸟、急冻鸟、火焰鸟、洛奇亚、炎帝、雪拉比还有~这只神奇宝贝是？”神秘人从阿鹏记忆中看到了各种传说中的神奇宝贝，当看到超梦时顿时吃了一惊，“原来如此，这家伙脖子上的大师球，原来里面装着这么一只神奇宝贝啊！”神秘人不久就从阿鹏的记忆中得知了超梦的名字。此时的阿鹏已经是汗如雨下，脸色苍白。
“住手！他还是个孩子！”大木博士喊道，神秘人也停止了阿鹏脑袋上的机器，接着露出邪魅的笑容，“大木博士，你考虑得如何啊？”
大木博士咬了咬牙，最后决定先救阿鹏要紧，“好，我答应给你资料，快放了阿鹏！”神秘人解开了套在阿鹏身上的铁环，大木博士连忙把阿鹏抱了下来，“阿鹏，阿鹏，醒醒啊孩子！”大木博士呼唤着，阿鹏也恢复了那么点意识，努力地睁开双眼。
“说真的我很好奇他是怎么进来的，居然避开了那些幻影神奇宝贝，而且神不知鬼不觉地来到了地下室，还好被我的监控发现了，不然我的计划可能真的会被他搞砸！以他的实力我是打不过的，不过在我的研究所里宝贝球是无法使用的，这点我料想他也没有想到吧，哈哈。”神秘人说出了阿鹏的疑惑，虽然现在阿鹏不能睁开双眼，但耳朵却是好使的，刚才阿鹏听的是真真切切。
大木博士不情愿地输入了密码，接着神秘人再次露出邪魅的笑容，“现在我能制造出究极神奇宝贝了。”
“那那是！”大木博士看到屏幕上的画面立刻就震惊了。
“是的，通过这个系统入侵数据库，与大木研究所所联机的网络数据全部都会被检测到，进而能入侵世界所有的数据库，从而获得现存所有的已知数据。”神秘人说着，把目光投向一个容器中。
“怎怎么会！”大木博士意识到自己上了他的当，这下全世界研究所的资料都被入侵了，他究竟想做什么？
“那么大木博士，为了感谢你，就让你渐渐这究极幻影神奇宝贝的诞生吧！”荣格指着一旁的容器说道，容器里开始产生能量，出现一团蓝紫色的能量球。
阿鹏睁开了迷迷糊糊的眼睛，看到神秘人恨不得上去给他一拳，但自己现在连走路的力气都没有了，只能任由他在那里嚣张。“博士，我真没用，给你添麻烦了。”阿鹏感到十分自责，这还是他第一次输得这么惨，看来这一次主角光环没有发挥作用。
“既然你醒了正好，让你见识一下世界上最强的神奇宝贝！”神秘人说道。“世界上最强的神奇宝贝！？”阿鹏自言自语，然后看了看脖子上的大师球，“超梦，难道说~”
“啊，他通过读取你的记忆获得了我的资料，我想你接下来要面临的对手应该就是另一个我吧。”超梦刚说完，容器中发出耀眼的光芒，并释放出强大的能量波动，四周的窗户都被震得粉碎，等到光芒消失，站在众人眼前的不是别人，正是一个幻影超梦！
“超梦”阿鹏简直不敢相信自己的眼睛，自己守了那么久超梦的秘密，如今却被人复制了去，这Tm到底是什么情况，自己昏迷的这段期间到底出了什么事！
慌乱之中阿鹏注意到了旁边的一个粉色的小身影，“梦梦幻！你果然在这！”阿鹏惊叹之余又有些惋惜，这是只幻影梦幻，按照神秘人所说的，应该是被他制造出来的幻影神奇宝贝。
“哼，那只梦幻只是个失败品，没用的东西！”神秘人似乎对梦幻十分不满的样子，但阿鹏感觉所有的幻影神奇宝贝中，这只梦幻给人的感觉是最真实的，它就好像有感情一样。
“现在就让你们见识一下它的力量吧，去吧，幻影超梦！”神秘人一声令下，幻影超梦睁开犀利的双眼，双手汇聚了一发极具威力的影子球，瞬间就在那些幻影神奇宝贝间炸开了，接着那些幻影神奇宝贝一个个都消失了，梦幻飞过去，看着消失的同伴，心里很不是滋味。
“接下来轮到你们了！”神秘人喊道，阿鹏立刻意识到不妙，连忙推开博士，此时超梦的影子球已经打在了自己的身上，阿鹏整个人都被影子球击飞了出去，直接撞烂了大门飞了出去。“阿鹏！”大木博士连忙赶了过去，神秘人没有追上去，而是笑了笑：“哼哼，你们以为能逃得掉吗？”。说着便不紧不慢地走了出去。
大木博士搀扶着阿鹏走出了研究所，所幸的是刚才那一击没给阿鹏带来生命危险，或者说是阿鹏的特殊体质救了他。“阿鹏，你没事吧！”忽然一个声音响起，阿鹏抬头一看，是小遥！
“笨蛋，你回来做什么！”阿鹏朝她吼道，他是真不希望小遥回来，之前阿鹏是太自信了，以为自己有写轮眼就什么事都能解决，现在看来是自己错了，但他现在最不希望看见的就是小遥她们，没想到她却跑了回来！
就在阿鹏斥责小遥的同时，四周都发出了蓝色的光芒！“糟了！这难道是~”阿鹏能想到最坏的结果。“看来幻影系统被拓宽了。”大木博士说道，然后怒视着后方，神秘人和幻影超梦纷纷走了出来。
“哦？居然承受住了超梦的一击！我倒是对你有些兴趣了。”神秘人说道。“够了！幻影的主谋者，不，也许应该叫你荣格才对。”没想到大木博士这么说。
“为什么？荣格博士不是被他抓走了吗？当时我们亲眼见到的不是吗？”。小遥不解。
“我们的确看到化石翼龙抓走了他，但是当神秘人第一次出现的时候他只是个全息影像，这样造成了荣格被抓走的错觉，他就可以如愿地实施它的计划了。”大木博士说得十分确定的样子，对面似乎不打算隐瞒了，摘掉面具，“哈哈哈！真不愧是大木博士，但是你是怎么知道的？”摘掉面具后，阿鹏清楚地看见那是荣格博士的脸！
大木博士看了看一旁的梦幻，接着说道：“当梦幻第一次出现的时候，还记得你说的话吧：‘这与你无关，你纯粹只是个失败品而已！快给我滚！’这句话只有开发者本人才会说，而你提出你多年以来的怨恨。荣格，你这是对神奇宝贝学界的报复吗？”。大木博士严肃地问。
“没错！不仅拒绝我的幻影神奇宝贝理论，还把我扫地出门的神奇宝贝学界！”荣格十分激动地为自己辩解。“那是因为你的理论太过于自利，缺乏对神奇宝贝的爱护。不管是什么理论，违背了这一原则就不能称之为完美！”大木博士的语气也十分强烈，似乎知道荣格当年被扫出学界的事。
“那么我就在这里证明给你看，我的理论是多么得完美无缺！”说着荣格摁下控制器，四周忽然出现了数道光芒，这下彻底完了！闪电鸟、火焰鸟、急冻鸟、炎帝、洛奇亚全都被召唤了出来！面对荣格的幻影大军，到底阿鹏三人该如何应对呢？.