“啊，可恶，明明就要回去了，为什么心理总有些不安。”阿鹏一个人在神奇宝贝中心发着牢骚。
“怎么了，这不像平常的你？”鬼斯通在一旁“说”着。“其实我~我没有家，我之前失忆了”阿鹏在鬼斯通面前还不忘记隐藏自己的身份。
“你把真新镇当做自己的家不就好了吗，那里不是你重新开始的地方吗？”。鬼斯通开导阿鹏。“对哦！诶？等等，你怎么会知道这件事，那时候到我收服你过了很久了，你怎么会~？”阿鹏感到奇怪。
“关于这件事，嘿嘿，天机不可泄露，不过给你个提醒，想想你原来的宝贝龙就知道了！”鬼斯通反而给阿鹏卖了个关子。阿鹏想了想自己刚遇到宝贝龙的时候，那是~~哦！原来是它！阿鹏恍然大悟，看来创世神这善后工作做的还挺好，阿鹏是这样想的，直到后来他才明白宝贝龙的事其实另有故事。
“我知道了，谢谢你鬼斯通，我已经好多了，对了，有你在身边，我一点也不会感到寂寞。”阿鹏换了个表情对鬼斯通说道。按说鬼斯通这种幽灵系外加爱搞恶作剧神奇宝贝笑容应该是很冷的，可这次阿鹏看到了鬼斯通发出了正常的笑声，而且脸的表情变得真挚，这应该是鬼斯通发自内心地笑吧，阿鹏想着。
第二天，在经过三个小时的步行后，阿鹏和小莹两个人来到了第一次相遇的地方——真新镇——这个故事的发源地。
“想想这里的一草一木，感觉好像是昨天才看过的，还有那快草地，是我和小莹你第一次见面的地方呢！”阿鹏说着忽然就脸红了，唉~自己还是太女敕了。小莹也是回想到了以前的情景，听阿鹏这么一说，脸也是红了起来。
“那么阿鹏，我先回家了，我们过段时间再见面吧！”小莹先提出来，怕待会就舍不得与阿鹏分开了，阿鹏忽然叫住了她，“不过也就几天而已，我们马上就会见面了。对了，我看到尼多娜也快到了进化的等级，找个机会把月之石给它吧，不过在晚上的话效果会更好哦！”阿鹏从口袋里拿出了一颗月牙状的石头交给了小莹，然后就大步流星地前往大木研究所，但愿自己进门的时候大木博士不是在煮泡面“谢谢你，阿鹏”看着远去的阿鹏，小莹喃喃道。
到了大木研究所，阿鹏推开门，眼前的景象让阿鹏无语至极，大木博士居然真的在吃着热腾腾的泡面，而且吃得津津有味，更扯的是品牌居然是康师傅！阿鹏甚至有种冲动想问大木博士要上几桶，再好好回味下家乡的味道才怪呢！阿鹏在愿世界最讨厌吃的就是方便面了。
“博士，我说过多少次了，不要再吃泡面了，对身体不好！”阿鹏一见到大木博士便喊了起来。此时大木博士回过神来：“哦，是阿鹏啊，面下好了要不要尝尝？”大木博士说完，阿鹏满脑袋全是黑线，“开玩笑啦，你已经收集完所有的徽章了吗？”。大木博士笑着拍了拍阿鹏的肩膀，“我就差一枚绿色徽章了，因为就在离这不远的常磐市，所以我决定先回来看看。”阿鹏说着，抚模着旁边的哈克龙（母），哈克龙看到阿鹏回来发出温馨的叫声。
到了庭院，忽然两只大鸟朝着阿鹏飞了过来，“喂，急冻鸟，闪电鸟你们还好吗，这是你们的新伙伴，去吧！”阿鹏说着抛出了神奇宝贝球，火焰鸟从高温球中出来，三只神鸟在空中盘旋，好像在相互打招呼。
“什么，你连火焰鸟都收服了！真是不敢相信，你一个十岁的少年居然收服了三大传说中的神奇宝贝，看来前途无量呢！”大木博士先是吃惊，后来赞叹道。阿鹏只是暗暗一笑，自己的野心不止如此呢。
阿鹏想到了一件重要的是，而且是很重要的一件事。“对了博士，可以增加我的神奇宝贝球上限数量吗？”。大木博士愣了一下，接着说：“那可不是件容易的事，就算是联盟里的人也只是少数人有这样的权力，不过我可以向上面申请一下，不过前提是你能获得这次关东联盟冠军。”“不愧是大木博士，那么说定了哦！到时候可不要反悔，再说了我也给大木博士你一笔珍贵的资料啊！”阿鹏说着指了指旁边的三只神鸟和墙上挂着的凤王的照片。
接着阿鹏来到了庭院，化石翼龙他们都在很努力的练习，阿鹏正要过去，忽然一个声音引起了他的注意。“这不是阿鹏吗？”。
“小茂，你会在这里啊！”阿鹏先打招呼。小茂得意的说：“这里可是我家耶，难道还向阿鹏你申请才能回来？”阿鹏虽然想吐槽，但忍住了，毕竟这是他家
“小茂，来战斗吧！既然见面了，对战就是无法避免地吧！”说着就叫出了尼多力诺。“正合我意！那就1vs1”小茂说着叫出了风速狗。
“先手攻击，使出火焰漩涡！”
“用保护！”
风速狗在口中吐出密集的火焰，不过被保护的结界很好地挡了下来。
“用毒针！”
“用神速避开！”
尼多力诺喷出了紫色的毒针，风速狗“嗖”的一声闪开了，接着出现在尼多力诺面前，阿鹏嘴角一笑，接着下令“全力使出毒针！”这招阿鹏已经练到炉火纯青的地步，说起来还真要感谢四天王源治呢。
风速狗撞上了尼多力诺，但下一刻尼多力诺瞬间打出无数毒针。风速狗因为距离关系根本躲不开，被毒针击中。“百万吨大角！”阿鹏喊道，接着尼多力诺脑袋上的角发出耀眼的白光，一个突进朝风速狗撞了过去，虽然小茂下令用神速避开，可是风速狗似乎由于中毒的关系导致反应慢了半拍，百万吨大角命中，风速狗被撞到了地上。
“结束它，舍身攻击！”
“风速狗，火焰车！”
“轰”的一声，两只神奇宝贝相撞发生了爆炸。烟雾散去，尼多力诺在剧烈喘气，而风速狗已经趴下。“唉，看来我还不是阿鹏你的对手，不过石英大会上我可不会输给你的！”，说完就走了出去，阿鹏看着尼多力诺，心里好像在想着什，这家伙，不会吧~
在大木研究所住了两天，有参观了小智的家，见到小智的妈妈，阿鹏有着说不出了感觉。到了要出发的那天，阿鹏正要给大木博士告别，却看到眼前吃惊的一幕。
“小智、小刚、小霞、小莹、小飞、小勇！你们是怎么碰到的，而且一起出现到这里！”阿鹏面对眼前的众人，吃惊地问。
“没办法啊，因为阿鹏你在这里啊！”阿飞和小勇异口同声的说。“小智，你也是回来看看的吧，毕竟旅行了几个月了。”阿鹏说着。接着阿鹏知道了他们已经打过招呼了，便不再一一介绍，然后又是陪小智打了一场，虽然阿鹏不想给小智打击，但是是小智自己提出的，自己当然不好拒绝，又派出尼多力诺完胜了小智。
到了晚上，当所有人都会起睡觉时，阿鹏一人到了研究所的庭院，是在收回三大神鸟的前提下。“到底会怎样的？”阿鹏心中想，接着一个影子向阿鹏走了过来，鬼斯通向阿鹏报告：“喂，你女朋友来了，准备迎接啊！”“你在胡说些什么！小心扣你神奇宝贝食物！”阿鹏说着，看到了后方出现了一个人——小莹。
“阿鹏你又是不睡觉啊！我也是！”小莹说着，和阿鹏并排坐了下来，阿鹏觉得不好意思，便说：“小莹你找我有事吧，不然也不会在半夜找我。”小莹立刻脸红起来，开始扯开话题：“只是觉得无聊，出来走走，没想到碰到阿鹏你”阿鹏听出小莹有意扯开话题，便不再说什么。忽然，两人的神奇宝贝球自行打开，尼多力诺和尼多娜出现在两人面前，接着在一起嬉戏。
“小莹，现在是时候了呢！”阿鹏说着，拿出了月之石，小莹手里也是攥着月之石，跑向了尼多力诺和尼多娜。接着两只神奇宝贝同时发出光芒。尼多王和尼多后现身！随后身体靠在了一起，看起来比刚才成熟多了，阿鹏可不会学它们，毕竟自己和小莹才10岁！
第二天，在告别了阿飞和小智后，阿鹏更换了神奇宝贝，现在阿鹏手中的是：比雕，鬼斯通，哈克龙（母），圈圈熊，尼多王，皮卡丘。然后和小霞会和。一起走向了最后的道馆——常磐市！.