某日，千钧再次接到小五郎邀请，说好大家一起去星光饭店吃饭。二人约定，毛利负责饭菜钱，千钧负责大叔的酒钱。静杨她们没有兴趣凑这种热闹，各自回家去了。星光饭店的啤酒屋，有很多人在开怀畅饮，大叔理所当然要了啤酒，大喝起来，“果然好喝啊，夏天还是要喝生啤酒！”小兰批评，“爸爸，像你这样光喝酒怎么行啊？至少要吃点东西啊！”
小五郎打着哈哈说我知道了，柯南很是郁闷，“真是的，叔叔说要到饭店吃饭我才跟来的，谁知道他只叫了酒和下酒小菜！一般人带小孩子来这种地方，至少会叫点饭菜吧！”千钧气得七窍生烟，“可恶，又被大叔忽悠了，负责酒钱的是我啊！大叔是负责饭菜的！”柯南和小兰这才明白毛利侦探的如意算盘，二人头上都是黑线。
柯南发现旁边不远一张桌子处，有个戴眼镜的可疑男子在那里神情紧张地发呆。此人名叫远藤圭吾，33岁，是个牙医。桌子上放了一杯啤酒，旁边有菜，可是远藤碰都没有碰，双手紧紧抓着手提箱，不时地看表和擦汗。小五郎摇摇晃晃站起来，椅子也被碰倒了，小兰生气，“爸爸，你是不是又喝醉了？”小五郎嘴硬，死不承认，向前走去，“我要去厕所！”千钧好笑，“大叔，厕所应该不是在那个方向吧！”小兰过去将椅子放好，“真拿你没办法！”
千钧只好起身扶小五郎过去，小兰不放心，跟在二人身后。柯南悄悄绕到远藤椅子后的遮挡物后面，仔细观察。远藤很快接到了电话，低声道，“是……是……我是一个人……你说什么？”最后一句太激动了，远藤大声说了出来，引起周边人的惊讶。远藤急忙离开座位，来到一个僻静地地方，“为什么要取消？我已经把钱准备好了，我也没有向警方报案！等一等，我要再听到圭太的声音……喂喂……”柯南大惊，“这个人难道会是……”
远藤交涉失败，气急败坏地向外面走去。这时，千钧、毛利父女一起回来。柯南急忙道，“我们赶快离开这里吧！”小兰奇怪，“柯南，你怎么了？”柯南把刚才的情况低声告诉三人，“我怀疑发生绑架案了！”小五郎的酒一下子醒了大半，千钧皱眉，“要不，马上通知目暮警部？”柯南摇头，“不行，现在还没有确定呢，再说，万一绑匪发现怎么办？”千钧点头，“好吧，我们马上跟上去看看。”
远藤上了出租车离去，千钧开车带着毛利三人组在后面跟踪。毛利点头，“的确，那个人很有可能在孩子被绑架之后，才到这里来交赎金的。”柯南赞成，“而且他自己也没有联系警方。”千钧笑道，“放心吧，我会跟紧的，不会追丢的。”出租车来到远藤齿科医院门前，其实这里就是远藤的家改成的诊所。远藤下车后，沮丧地开门进去，千钧将车停在远处，大家一起下来。
小兰担心，“现在怎么办？”毛利道，“先进去把事情问清楚吧。”千钧皱眉，“可是我们不知道犯人在什么地方监视啊？你们看看周围，有很多大楼，这附近的住户也有可能是绑匪的同伙啊！”小五郎点头，“的确要慎重才行。”柯南笑了，“我有个好办法，就由我来当病人吧！”千钧也笑了，“那就演一出戏吧！”
四人来到门前，小五郎表示可以开始了。柯南大喊，“我的牙齿好痛啊！好痛啊，姐姐！”小兰低身，“柯南，你忍耐一下啊！爸爸，已经拜托医生了！”柯南以夸张的样子捂着腮帮子喊痛，“受不了了，好痛啊！”千钧急忙上前摁了门铃，毛利上前说明来意，“我家孩子的牙齿痛得厉害，可以请你帮忙看看吗？”柯南在外面继续哭叫，远藤无奈，只好换上医生服，请大家进来。小五郎感谢，“真是不好意思啊！”
进到里面，柯南还在喊痛，小五郎实在看不下去了给他一拳，“臭小子，你还要叫到什么时候！”远藤圭吾想请大家到诊察室，小五郎直接表明身份，远藤大惊，“毛利小五郎，那个名侦探？”随后，远藤请大家到客厅，也知道了是柯南听到自己的电话，才惊动了毛利侦探。小五郎请远藤详细介绍一下情况，表示自己愿意帮助他。
远藤犹豫了一下，“那好吧，既然如此也表示我们有缘分。”远藤的儿子圭太的确被人绑架了，远藤拿出儿子的照片给大家看。今天下午圭太在院子里玩，远藤先生忙完后，出来招呼儿子去公园，发现儿子不见了。前院里留下圭太最喜欢的红色玩具汽车，门上留下纸条，“你的孩子在我们这里，如果报警，他就会没命，我们会再联络。”小五郎查看纸条，只是一张普通的影印纸。千钧思索，“可以确定绑匪至少有2人。对了，远藤先生，绑匪有没有对你说些什么？”
远藤说打电话来的是个年轻男子，要远藤在箱子里放上3万日元的旧纸币，今晚6点钟到星光饭店去。然而在6点之后，绑匪打来电话，单方面通知远藤交换赎金的工作取消。小五郎问，“凶手有没有说为什么？”远藤说没有，“不过，他们说明天上午还会再跟我联络的。”毛利侦探疑惑，“该不会是绑匪那边出了什么意外吧？”柯南摇头，“也许他们本来就不打算在今天交赎金的，绑匪就在远处某个地方观察远藤先生，以便确定远藤先生是否联络了警方。”
千钧询问，“在绑匪第一次打电话过来时，有没有听到圭太的声音？”远藤表示有，“我好求歹求他们才答应的。”小五郎急忙问，“圭太的状况怎么样？”远藤苦笑，“他的声音非常开朗，完全感觉不出有一点害怕的样子。”小五郎一愣，“这就奇怪了，一般小孩会哭着要找妈妈的。”远藤黯然，“因为他的母亲早就不在了，我妻子去年病逝了。因为这样，圭太跟幼儿园的老师或者附近的邻居太太都处得很熟，她们也都很疼爱圭太。”小五郎表示自己明白了，“绑匪有个共犯，而且是个带惯孩子的女人，很可能是这个女人照顾圭太的。”
柯南点头，“叔叔这次的判断还是比较靠谱的。”千钧也低声道，“虽然还不能完全放心，但有这个女人在，圭太被杀的可能性就大大降低了。”毛利侦探犹豫一下，“远藤先生，这么大的事情，老实说我应该先和警方联系的。”远藤大怒，击打桌子，激动万分，“绝对不行！要是警方介入的话的确有可能将绑匪抓住，但是却不能保证圭太平安回来！”毛利犹豫，“可是……”远藤厉声，“毛利先生！我现在只有把希望放在你身上了，请你一定要把圭太平安救回来，请你务必帮我这个忙，拜托了！”说完，再三向毛利鞠躬。
小五郎正色，“我明白了，其实这次主动谈事件的是我们，我会尽全力把案子圆满解决的。”远藤大喜，“真的太谢谢你们了！”柯南随手将信号器贴在远藤的箱子上。毛利皱眉，“不过，我们几个恐怕没有办法继续留在这里，我们今晚得先回去，我想凶手一定会主动跟你电话联络的。”远藤表示明白，毛利表示要取走圭太的那张照片，远藤答应了。千钧安慰，“远藤先生，你不要担心了，毛利叔叔一定会把圭太平平安安地带回来的。”远藤再次表示道谢，“那就拜托你们了。”
第二天一大早，千钧就来到毛利侦探事务所，等待消息。在十点钟左右，小五郎接到了远藤的电话。绑匪果然打来了勒索电话。提出要把赎金增到2千万，远藤表示数目太大了，他需要2个小时的时间去筹钱。小五郎急忙问，“你有没有听到圭太的声音？”远藤回答，“有的，我按照毛利先生所说的，要求听到圭太的声音。但是他说的话有些莫名其妙。”小五郎惊疑，“莫名其妙？”千钧急忙道，“快说是什么，应该是有用的线索。”远藤提到，儿子圭太说那里有很多螃蟹，绑匪说小孩子又在胡说八道。圭太又大声嚷嚷，“鲸鱼！那只鲸鱼还喷水！”绑匪突然害怕了，马上挂断了电话。
毛利小五郎让远藤先去筹钱，“如果顺利，2个小时后我就把圭太给你带回来了。”远藤大喜，“太好了，这件事就完全仰仗您了！”小兰高兴，“爸爸，你掌握凶手的线索了吗？”小五郎点头，“圭太就在有很多螃蟹，还有能看到鲸鱼喷水的地方。”柯南问，“叔叔，那里该不是海边附近吧？”千钧摇头，“不可能的，有螃蟹还算正常，可日本人向来恶劣，又丝毫不顾及国际法，四处滥捕滥杀鲸鱼，在日本周围的海边几乎看不到鲸鱼的。”
柯南和小兰汗，虽然是实话，但你不是日本人吗？毛利大喝，“你们这2个傻瓜，圭太的位置能看到鲸鱼喷水，我们总不能到小笠原那里吧？”千钧摇头，“就算小笠原也没有鲸鱼的，都被日本捕鲸船队杀光了，除非到中国沿海或者远洋深处才行！”毛利哼了一声，“其实圭太看到的根本不是真的鲸鱼，我想应该只是模型。”千钧摇头，“不可能吧？”小五郎露出得意的笑容，“所以说是水族馆！”
大家赶到南部水族馆，只看到了很多各种各样的螃蟹，工作人员说根本没有鲸鱼喷水的模型。大家只好离开，大叔打算去别的水族馆看看。千钧车上，柯南想起以前的案子，“叔叔，也许螃蟹也不是真的。因为圭太说有很多螃蟹的时候，绑匪说是胡说八道。”千钧也明白了，“也许在大人眼中，圭太所说的东西根本不像螃蟹。”小五郎觉得有些道理，“那就是说打电话的地方不在水族馆了。”千钧补充，“但是鲸鱼肯定是很像的，所以绑匪才匆忙挂断了电话。”
小兰看向外面，发现巨大的鲸鱼飞艇从空中飞过。柯南也想起来，今天日卖电视台推广活动的主角就是鲸鱼。小兰推测，“圭太看到的鲸鱼会不会就是这个？”毛利点头，“也就是说圭太在能看到飞行船的地方。”毛利小五郎经过打电话确认后，很快弄清楚了，绑匪打来电话的时间，正是鲸鱼飞艇经过米花公园上空的时候。柯南也道，“昨天交赎金的地方，也是在米花镇的饭店里。”小五郎点头，“我们现在回米花镇找找看，有什么地方有很多螃蟹。圭太一定就在那里附近的地方。”
很快，大家赶到米花镇，拿着圭太的照片在有螃蟹或者螃蟹模型出现的地方，如饭店、模型店、理发店、装饰店、玩具店、文具店，仔细询问，但所有人都说没有看到这个孩子。小五郎很是恼火，时间有些来不及了。千钧突然想起来，“早知道这样，我把黑闪带来好了，牠找人的能力还是很强的。”柯南生气，“对啊，你怎么不早说啊！”千钧郁闷，“我还以为大叔能很快找到圭太的，黑闪找人也很花时间的。好了，我马上回去，带黑闪过来找人。柯南，你们去远藤家将圭太的玩具和衣服拿来一些让黑闪识别。”
大家很快分头行动，时间一点点过去了。远藤家，再次接到绑匪电话，约好在空宿车站的1号月台的最前面交接赎金。小五郎带着小兰跟过去，让柯南拿着模型和衣物到米花镇等千钧。柯南赶到米花镇后，将东西给黑闪闻，开始找人行动。柯南并不着急，因为他在远藤的箱子上放了信号器，可以准确定位绑匪的位置。
空宿站，一号月台，小兰和毛利躲在不远处，小兰担心绑匪会让远藤先生登上电车。毛利也认为有这个可能，“也许他们要在别的地方交钱。”列车栅栏外面突然出现戴头盔的摩托男，大喊，“快把箱子扔过来。”远藤有些犹豫，摩托男大怒，“你不要儿子了吗？”远藤无奈只好将箱子隔空扔了过去，摩托男笑着捡起箱子。小五郎大叫不好，吩咐小兰赶快行动。摩托男驱车离开，小五郎刚刚翻过栅栏，匆忙用照相机拍下摩托车后面的号码牌照。
千钧和柯南很快得到了消息。小五郎拿着号码去交通课查询，希望找到凶手。千钧急忙打电话给由美，让她配合寻找摩托车车主。柯南打开追踪眼镜，开始跟踪。千钧叮嘱他小心，“你找到绑匪后，不要马上行动，立即通知我和大叔，我在这里带着黑闪继续找人。我们两条腿走路，一边成功就是胜利。”柯南匆匆忙忙用滑板追过去，他很快发现信号器一直不动，心里大喜，以为很快就能找到绑匪的落脚处。结果在垃圾堆附近发现了空箱子，里面的钱已经被取走了，柯南懊恼万分，“绑匪中途换了箱子，现在只能把希望寄托在毛利叔叔那里了。”可是，随后，柯南在垃圾堆发现摩托车的假牌子，“不好了，这下完全失去绑匪的行踪了！人质处在危险中了！他们拿到钱可能会把圭太……”
柯南思索，“现在必须找到螃蟹和鲸鱼一起出没的地方才行，黑闪那里进展太慢了。”猛然想到，圭太说过鲸鱼会喷水，但飞艇根本不可能喷水。“这是怎么回事？难道圭太看见的根本不是飞行船吗？”这时，几个清洁工过来，开始收拾垃圾，扔到炼化炉里焚烧，柯南恍然大悟，“原来如此，烟囱的事情，这个跟以前谷晶子被绑架的事情完全相似。小孩子的话果然很难猜，一定是这样。”
小五郎很快接到了交通课的通知，摩托车的牌照和号码都是伪造的，毛利侦探彻底傻眼了。由美不知道毛利侦探为什么要找这辆摩托车，但也没有多问，因为可能涉及到毛利侦探的委托人**。柯南发现星光饭店大厦那里是可以看到烟囱冒烟的，同时也能看到鲸鱼飞艇经过。柯南马上赶到顶楼查看，果然，米花公园刚好在烟囱和大楼之间，圭太一定是看到了飞行船从烟囱前经过。但是星光饭店的高度还不够，必须要跟飞艇差不多高才行。那么在附近有这个条件的只有旁边的粉色大厦。柯南突然发现星光饭店顶楼，露天的桌子和椅子的形状很奇怪，搭配在一起的话，在从高处观看，有点像螃蟹的大致形状。
柯南赶到粉色大厦，乘上电梯，在高处向下看去，果然很像排列整齐的螃蟹，只不过每个螃蟹的腿只有4条了。而实际中，螃蟹加上2个钳子共有10条腿。当然，小孩子没有仔细注意，也是情有可原的。柯南立即推断，圭太一定就在楼上的某个房间中。柯南在楼道里面转悠，看到饭店的女清洁员，急忙掏出照片走上去，“阿姨，你看见这个孩子在哪个房间？”欧巴桑看过后，“哦，是他啊，就在楼上的一个房间里。不过，他刚才已经跟爸爸妈妈回家去了。”
柯南大喜，谢过清洁大妈。“好啊，终于被我逮到了！圭太到现在还平安无事。”同时，千钧带着黑闪一路追踪也来到了大厦外面，黑闪冲着里面狂吠。千钧有些疑惑，牵着狗进来。饭店保安甲乙急忙过去劝阻，指着门口的牌子，“对不起，这位先生，我们饭店不接待宠物……”千钧一看，彻底无语了，上面写着“穷人和狗不得入内”。
戴着墨镜的绑匪夫妻正在办理退房手续，男子名叫小室，女子叫做尚美。小室在跟饭店前台交接并取回押金。尚美拉着圭太，圭太另一只手里拿着假面超人模型，在独自做游戏。尚美有些不忍，“我们真的要把这个孩子杀掉吗？”小室大怒，“你很烦啊，怎么又开始妇人之仁了？走了！”
柯南从电梯里跑出来，大喊，“圭太！”三人一起回头。这时，千钧拿出警视厅特别协助证件说服了保安，牵着黑闪进了旋转门，黑闪看见圭太，冲着绑匪夫妻大声狂吠。柯南大喝，“那两个人是绑架犯，大家快把他们抓起来！”保安甲乙这才彻底相信了千钧的话，小室大叫不好，突然拿出刀子抱起圭太，“可恶，不准动！谁要是动一下，我就杀了他！你们3个快到那边去！”千钧只好示意，三人慢慢后退。
小室和尚美慢慢向旋转门退去，小室回头对尚美说，“前面不远停了一辆机车，赶紧抓紧时间跑过去！”千钧暗道好机会，“黑闪，上！”黑闪突然从旁边窜出来扑到了小室，小室发出惨叫，松开了圭太，圭太跌坐在地上，千钧极速奔至，重拳出击，打倒了惊骇的尚美。柯南过去扶起不知所措的圭太，“终于解决了，你不要害怕，黑闪不会随便咬人的。”保安甲乙上前帮忙，将绑匪夫妻捆了起来，饭店前台也急忙报警，通知了警视厅。
柯南向千钧解释了螃蟹和鲸鱼的真相，千钧苦笑摇头，鲸鱼还有点样子的话，螃蟹就太夸张了，小孩子的话果然相信不得。柯南也叹气，“早知道这样，我们早点带黑闪找人……”千钧点头，“这话是不错，当时一着急，我们都忘了。不过，我们也是今天上午才确定圭太是在米花镇这一带，如果范围较大，黑闪找起来也会很费时间的。”
远藤圭吾赶到后，看见儿子平安无恙，抱着儿子喜极而泣，“太好了，你没事可太好了！”毛利父女也松了一口气，事情总算完美解决了。小五郎问千钧和柯南怎么找到这里的，千钧指了指黑闪，柯南说是巧合，“我本来到饭店找螃蟹的，结果在楼下发现了圭太。这次多亏了黑闪扑到了绑匪，救出了圭太。”
小五郎哈哈大笑，“这两个绑匪真是自作自受！”随后赶到的目暮警官脸色不善，“毛利老弟，我在电话里已经听柯南和千钧说了。”小五郎急忙敬礼，“目暮警部，你好！”目暮哼了一声，“八嘎，你们知道有绑架案为什么不马上通知我们警方？”毛利一愣，不知道怎么回答。旁边，佐藤和高木给2个绑匪带上手铐。目暮火大，“难道说你这个名侦探根本不信任我们警方？”小五郎擦汗，急忙摆手辩解，“不是，绝对没有这样的事情！”之后，毛利侦探用了一个小时的时间向目暮警官道歉解释。柯南做出胜利的手势，“偶尔为之也不错啦！”
尾声，小室和尚美夫妇绑架远藤圭太，意图杀人灭口，小室因此被法庭判处6年徒刑，尚美因情节较轻，又无意加害圭太，被判处3年徒刑。毛利小五郎因破获螃蟹和鲸鱼绑架案件，警视厅给以c级奖励。本来可以是b级的，但由于小五郎故意隐瞒警方，被警视厅降低了奖励标准，这让毛利非常气愤。远藤圭吾为了感谢毛利侦探救出儿子，付了一大笔委托费，让小五郎转怒为喜。千钧和柯南二人郁闷万分，“可恶，明明是我们找到了绑匪！”“是啊，绑匪也是我和黑闪擒住的，可是功劳全成大叔的了！”