「啊，可惡，明明就要回去了，為什麼心理總有些不安。」阿鵬一個人在神奇寶貝中心發著牢騷。
「怎麼了，這不像平常的你？」鬼斯通在一旁「說」著。「其實我~我沒有家，我之前失憶了」阿鵬在鬼斯通面前還不忘記隱藏自己的身份。
「你把真新鎮當做自己的家不就好了嗎，那里不是你重新開始的地方嗎？」。鬼斯通開導阿鵬。「對哦！誒？等等，你怎麼會知道這件事，那時候到我收服你過了很久了，你怎麼會~？」阿鵬感到奇怪。
「關于這件事，嘿嘿，天機不可泄露，不過給你個提醒，想想你原來的寶貝龍就知道了！」鬼斯通反而給阿鵬賣了個關子。阿鵬想了想自己剛遇到寶貝龍的時候，那是~~哦！原來是它！阿鵬恍然大悟，看來創世神這善後工作做的還挺好，阿鵬是這樣想的，直到後來他才明白寶貝龍的事其實另有故事。
「我知道了，謝謝你鬼斯通，我已經好多了，對了，有你在身邊，我一點也不會感到寂寞。」阿鵬換了個表情對鬼斯通說道。按說鬼斯通這種幽靈系外加愛搞惡作劇神奇寶貝笑容應該是很冷的，可這次阿鵬看到了鬼斯通發出了正常的笑聲，而且臉的表情變得真摯，這應該是鬼斯通發自內心地笑吧，阿鵬想著。
第二天，在經過三個小時的步行後，阿鵬和小瑩兩個人來到了第一次相遇的地方——真新鎮——這個故事的發源地。
「想想這里的一草一木，感覺好像是昨天才看過的，還有那快草地，是我和小瑩你第一次見面的地方呢！」阿鵬說著忽然就臉紅了，唉~自己還是太女敕了。小瑩也是回想到了以前的情景，听阿鵬這麼一說，臉也是紅了起來。
「那麼阿鵬，我先回家了，我們過段時間再見面吧！」小瑩先提出來，怕待會就舍不得與阿鵬分開了，阿鵬忽然叫住了她，「不過也就幾天而已，我們馬上就會見面了。對了，我看到尼多娜也快到了進化的等級，找個機會把月之石給它吧，不過在晚上的話效果會更好哦！」阿鵬從口袋里拿出了一顆月牙狀的石頭交給了小瑩，然後就大步流星地前往大木研究所，但願自己進門的時候大木博士不是在煮泡面「謝謝你，阿鵬」看著遠去的阿鵬，小瑩喃喃道。
到了大木研究所，阿鵬推開門，眼前的景象讓阿鵬無語至極，大木博士居然真的在吃著熱騰騰的泡面，而且吃得津津有味，更扯的是品牌居然是康師傅！阿鵬甚至有種沖動想問大木博士要上幾桶，再好好回味下家鄉的味道才怪呢！阿鵬在願世界最討厭吃的就是方便面了。
「博士，我說過多少次了，不要再吃泡面了，對身體不好！」阿鵬一見到大木博士便喊了起來。此時大木博士回過神來︰「哦，是阿鵬啊，面下好了要不要嘗嘗？」大木博士說完，阿鵬滿腦袋全是黑線，「開玩笑啦，你已經收集完所有的徽章了嗎？」。大木博士笑著拍了拍阿鵬的肩膀，「我就差一枚綠色徽章了，因為就在離這不遠的常磐市，所以我決定先回來看看。」阿鵬說著，撫模著旁邊的哈克龍（母），哈克龍看到阿鵬回來發出溫馨的叫聲。
到了庭院，忽然兩只大鳥朝著阿鵬飛了過來，「喂，急凍鳥，閃電鳥你們還好嗎，這是你們的新伙伴，去吧！」阿鵬說著拋出了神奇寶貝球，火焰鳥從高溫球中出來，三只神鳥在空中盤旋，好像在相互打招呼。
「什麼，你連火焰鳥都收服了！真是不敢相信，你一個十歲的少年居然收服了三大傳說中的神奇寶貝，看來前途無量呢！」大木博士先是吃驚，後來贊嘆道。阿鵬只是暗暗一笑，自己的野心不止如此呢。
阿鵬想到了一件重要的是，而且是很重要的一件事。「對了博士，可以增加我的神奇寶貝球上限數量嗎？」。大木博士愣了一下，接著說︰「那可不是件容易的事，就算是聯盟里的人也只是少數人有這樣的權力，不過我可以向上面申請一下，不過前提是你能獲得這次關東聯盟冠軍。」「不愧是大木博士，那麼說定了哦！到時候可不要反悔，再說了我也給大木博士你一筆珍貴的資料啊！」阿鵬說著指了指旁邊的三只神鳥和牆上掛著的鳳王的照片。
接著阿鵬來到了庭院，化石翼龍他們都在很努力的練習，阿鵬正要過去，忽然一個聲音引起了他的注意。「這不是阿鵬嗎？」。
「小茂，你會在這里啊！」阿鵬先打招呼。小茂得意的說︰「這里可是我家耶，難道還向阿鵬你申請才能回來？」阿鵬雖然想吐槽，但忍住了，畢竟這是他家
「小茂，來戰斗吧！既然見面了，對戰就是無法避免地吧！」說著就叫出了尼多力諾。「正合我意！那就1vs1」小茂說著叫出了風速狗。
「先手攻擊，使出火焰漩渦！」
「用保護！」
風速狗在口中吐出密集的火焰，不過被保護的結界很好地擋了下來。
「用毒針！」
「用神速避開！」
尼多力諾噴出了紫色的毒針，風速狗「嗖」的一聲閃開了，接著出現在尼多力諾面前，阿鵬嘴角一笑，接著下令「全力使出毒針！」這招阿鵬已經練到爐火純青的地步，說起來還真要感謝四天王源治呢。
風速狗撞上了尼多力諾，但下一刻尼多力諾瞬間打出無數毒針。風速狗因為距離關系根本躲不開，被毒針擊中。「百萬噸大角！」阿鵬喊道，接著尼多力諾腦袋上的角發出耀眼的白光，一個突進朝風速狗撞了過去，雖然小茂下令用神速避開，可是風速狗似乎由于中毒的關系導致反應慢了半拍，百萬噸大角命中，風速狗被撞到了地上。
「結束它，舍身攻擊！」
「風速狗，火焰車！」
「轟」的一聲，兩只神奇寶貝相撞發生了爆炸。煙霧散去，尼多力諾在劇烈喘氣，而風速狗已經趴下。「唉，看來我還不是阿鵬你的對手，不過石英大會上我可不會輸給你的！」，說完就走了出去，阿鵬看著尼多力諾，心里好像在想著什，這家伙，不會吧~
在大木研究所住了兩天，有參觀了小智的家，見到小智的媽媽，阿鵬有著說不出了感覺。到了要出發的那天，阿鵬正要給大木博士告別，卻看到眼前吃驚的一幕。
「小智、小剛、小霞、小瑩、小飛、小勇！你們是怎麼踫到的，而且一起出現到這里！」阿鵬面對眼前的眾人，吃驚地問。
「沒辦法啊，因為阿鵬你在這里啊！」阿飛和小勇異口同聲的說。「小智，你也是回來看看的吧，畢竟旅行了幾個月了。」阿鵬說著。接著阿鵬知道了他們已經打過招呼了，便不再一一介紹，然後又是陪小智打了一場，雖然阿鵬不想給小智打擊，但是是小智自己提出的，自己當然不好拒絕，又派出尼多力諾完勝了小智。
到了晚上，當所有人都會起睡覺時，阿鵬一人到了研究所的庭院，是在收回三大神鳥的前提下。「到底會怎樣的？」阿鵬心中想，接著一個影子向阿鵬走了過來，鬼斯通向阿鵬報告︰「喂，你女朋友來了，準備迎接啊！」「你在胡說些什麼！小心扣你神奇寶貝食物！」阿鵬說著，看到了後方出現了一個人——小瑩。
「阿鵬你又是不睡覺啊！我也是！」小瑩說著，和阿鵬並排坐了下來，阿鵬覺得不好意思，便說︰「小瑩你找我有事吧，不然也不會在半夜找我。」小瑩立刻臉紅起來，開始扯開話題︰「只是覺得無聊，出來走走，沒想到踫到阿鵬你」阿鵬听出小瑩有意扯開話題，便不再說什麼。忽然，兩人的神奇寶貝球自行打開，尼多力諾和尼多娜出現在兩人面前，接著在一起嬉戲。
「小瑩，現在是時候了呢！」阿鵬說著，拿出了月之石，小瑩手里也是攥著月之石，跑向了尼多力諾和尼多娜。接著兩只神奇寶貝同時發出光芒。尼多王和尼多後現身！隨後身體靠在了一起，看起來比剛才成熟多了，阿鵬可不會學它們，畢竟自己和小瑩才10歲！
第二天，在告別了阿飛和小智後，阿鵬更換了神奇寶貝，現在阿鵬手中的是︰比雕，鬼斯通，哈克龍（母），圈圈熊，尼多王，皮卡丘。然後和小霞會和。一起走向了最後的道館——常磐市！.