話說尼奧被帶出了中轉站之後，整個人的氣質都發生了改變，雖然沒有說話，只是在靜靜的思考，但是隱隱的帶給了莫離和周焉兩個人巨大的壓力。同時尼奧既然已經出來，所以降落的艦船準備重新起飛。
在起飛前，莫離和周焉商議完畢，要一起到了艦船下層，尋找史密斯最後一個分身，準備殺掉他，由于飛船的某些重要設施就在艦倉底部，所以原電影就是史密斯在底部破壞了這些設施，導致飛船不能起飛，尼奧和崔尼蒂下去查看時，雙方大戰了一場，以至瞎了眼楮。
此時艦船為了拯救尼奧，所以再一次的停留了一下，被史密斯再度模了上來，當時周焉不能分心對付，所以知道史密斯上了艦船，也沒有去對付他，如今他和莫離兩人有了空閑，自然要預先把隱患除掉。
于是莫離說道︰「我和周焉兩個人下去查看一下設備有沒有問題，崔尼蒂，你照顧一下尼奧，我們檢查完畢就出發吧，沒問題麼？」最後一句是對著尼奧問的。
尼奧雖然在沉思，但是听到莫離問他，只是點了點頭，崔尼蒂听到他們要去檢查設備，此時由于錫安連年大戰機械城，所以使用的都是陳舊的艦船，根本無力制造新的，某一艘艦船設備出現問題，不能起飛，需要修理是很正常的事情，便也沒有多想，就同意了。
莫離和周焉安撫好了崔尼蒂和尼奧後，兩人一起下到了艦船底層，同時莫離溝通了一下小七，確認了史密斯的位置，就從兩面分別往史密斯躲藏的地方包圍過去，準備一擊必殺，不給他喘息的機會。
莫離和周焉兩人剛剛逼近史密斯，還沒等出手，就見到史密斯猛的一個回頭，伸手對著莫離就是一掐，五道電磁射線就從他五指里面射了出來，卷在莫離身側，莫離當時就是一驚，還沒等下一步反應，史密斯就把口一張，又是一團電磁團射在他的身上，一下就把莫離打的氣血翻滾，不能動作。
隨後史密斯把手一搖，就把莫離整個人扔了出去，摔在地上，就起不來了，周焉看到史密斯一招就把莫離打翻，雖然莫離有著龍蛇聖體功護身，倒沒有重傷，只是岔了氣了，但是對于這個史密斯的實力，仍舊是震驚無比。
要說莫離和周焉兩人由于情況太過緊急，同時尼奧又突然昏迷，所以忘記了一件重要事情，便是此時的史密斯應該已經把先知整個的復制掉了，幾乎已經把母體里面所有的人全部復制成他，吸取了整個母體里所有人以及先知力量的史密斯，整體實力已經逼近第九層。
此時雖然只有一個史密斯的分身，但是由于母體之內的改變，導致了這個史密斯實力飆升，瞬間突破第六層，隱隱有著進入第七層的樣子，而莫離和周焉兩人也只是開啟了本源鎖第一階，有著第五層頂峰，隱隱能夠開啟本源鎖第二階的實力，只是稍微比小七高了一籌。
這一下莫離措手不及，雖然仗著及時召喚的五彩戰衣以及李亦秀傳授的龍蛇聖體功扛住了，但是短時間內還是恢復不了戰力，也算是他有著這兩樣本事，不然只這一下偷襲，莫離當場就要掛掉。
這下莫離和周焉的計劃完全給打亂了，這倒不是史密斯已經發現了小七留下的真火種子，史密斯由于力量體系不停，除非能夠達到第十層，突破現在的程序局限，否則是始終不會發現小七的真火種子的。
只不過史密斯也在謀劃著如何對付尼奧和艦船上的其他人物，兩人雖然下到底部小心翼翼，但是史密斯仍舊已經知道了，同時發現兩人偷偷模模的朝著自己躲藏的方向模來，史密斯雖然一時想不明白莫離和周焉是如何發現他的，但是絲毫不影響他突然出手襲殺。
史密斯一下把莫離打翻在地，周焉雖然一個愣神，不過馬上反應了過來，當即心神一凜，怒吼一聲︰「海虎爆破拳。」隨著周焉這大聲一喝，在上面的尼奧和崔尼蒂也知道了下面出了狀況，不過這倒不是周焉有意提醒，實在是他習慣了出拳大吼，特別是全力攻擊的時候。
史密斯看到周焉的這一拳攻擊過來，不由微微驚訝，說道︰「你們是什麼人，在錫安艦隊的時候就遇到了四個人有著奇異的能力，在這里你們也有這種特殊能力。」不過史密斯說歸說，手上一點不慢，把電磁力全部凝聚在手上，對著周焉就是一拳打過去。
兩人拳頭只用了一秒就撞在了一起，頓時電磁波動和磁場轉動力雙雙震蕩起來，整個艦倉瞬間損壞大半，同時周焉直接就給史密斯一拳擊飛，同時右手微微冒著黑煙，仿佛是給燒焦了一般。
史密斯一拳打飛周焉，緊接著就要再來一拳，這時莫離終于恢復正常，跳將起來，右手一抖戰術步槍，連射三槍，三道戊土真氣分襲史密斯的雙眼和下陰，史密斯感受到莫離三道真氣里巨大的能量，顧不得對周焉進行追擊，只是用電磁光幕護住自己的身體，抵擋住了莫離的三槍。
史密斯抵擋住莫離三槍之後，周焉由于是正面對戰史密斯，只是右手微微給殺傷而已，並沒有剛才莫離一下給打飛那樣，需要很長時間才能調整過來，頓時莫離運氣龍蛇聖體功，左右手一模腰間，兩把光劍就從他的腰部里抽了出來，同時周焉也用起了必殺技，只听他再次大吼一聲︰「天武斷生道。」
霎時莫離和周焉兩人各出絕招，同時向著史密斯進攻過去，史密斯見兩人來勢凶橫，不由微微皺眉，此時他雖然強大，但是在此只有一個分身，面對兩大高手的夾擊，未免有點應付不暇，頓時也不硬接，只是身體一縱，用電磁力破開一個缺口，竄到了飛船外部。
而這時尼奧和崔尼蒂由于听到了意外，兩人都一起下來，想看看發生了什麼事，頓時就看到莫離和周焉兩人一下擊空，同時史密斯一個人竄到了外面，兩人雖然看到莫離和周焉強大的力量，不過更加看到了史密斯，所以對于莫離和周焉的情況暫時沒有多問。
崔尼蒂看到了飛竄出去的史密斯，不由驚道︰「是史密斯，他怎麼會出現在這里。」此時在崔尼蒂的心中，這里是現實世界，而他本身也就只是一段程序罷了，就算在母體之內再如何的強大，也不可能出現在現實世界的。
反之尼奧見到了史密斯反而沒有什麼驚訝的表情，好像史密斯出現在母體之外，並不值得大驚小怪，反而尼奧在見到史密斯露面之後，更是面現疾苦之色，看著莫離和周焉兩人，說道︰「我們出去吧。」
尼奧說完就在莫離和周焉兩人沒反應過來的時候，一個人出了艦船，莫離和周焉由于一擊打空，氣息不暢，稍微調整了一下之後，只能跟著出了艦船，于是崔尼蒂也緊隨其後，三人出了艦船就看到尼奧和史密斯大戰在一起。
莫離和周焉兩人看到，便要上前幫忙，只見尼奧只是抬了下手，阻止了他們，說道︰「你們保護好崔尼蒂，就在一旁看著吧，我單獨來對付他。」
正在說話的時候，史密斯突然一指點出，一道電磁射線就激射了出來，在半空之中分成兩股，分襲尼奧的雙眼，尼奧由于正在說話，不及躲避，瞬間就給電磁光射進了眼楮，下一刻，三人就看到尼奧雙眼給燒成了焦炭，顯然已經是瞎了。
崔尼蒂看到尼奧瞎了雙眼，不由驚叫起來，尼奧只是淡淡的說道︰「沒事，我只是確認一下某些事情而已。」說著尼奧整個人就站了起來，慢慢的朝著史密斯走去，史密斯看到尼奧向他走去，不由向著右邊緩緩移動起來。
史密斯剛走了幾步，莫離就想要開口提醒，但是還沒等他開口，尼奧又說道︰「沒事，我看的到。」說完就轉了下方向，繼續面朝史密斯，這一下把所有人都驚到了，莫離三人更是不知道發生了什麼事情。
史密斯看到尼奧瞎了雙眼仍舊能夠察覺他的動向，不由恨聲說道︰「你也發現了麼，那為什麼你還要和我作對。」
尼奧不答，史密斯也沒有進一步的再次詢問，只是右手一抬，數道電磁射線飛射了出來，就在史密斯出手之時，尼奧只是緩緩的提起左手，頓時飛射而來的電磁射線，瞬間消弭于無形，接著尼奧趁著史密斯還沒反應過來的時候，一下就躍到了史密斯跟前，抬手一拳就轟掉了他的頭，一擊就殺死了史密斯。
莫離和周焉兩人突然看到尼奧超強的實力，有點震驚的說不出話來，過了好一會，尼奧說道︰「我們上艦船吧，還是要向著機械城過去。」听到尼奧的話，崔尼蒂按下了詢問的心思，莫離和周焉對視一眼，也沒有再開口問，四人就上了艦船，起飛向著機械城駛去。
尼奧等人開著艦船向著機械城駛去之時，沙漠號和尼布加尼撒號也成功回到了錫安城，錫安城此時由于錫安艦隊全滅，便開始緊急征調所有的陸戰機器人，準備誓死硬接機械軍團隨後而來的攻擊。