就在莫離和周焉大戰電腦人之時，錫安增補的兩艘艦船也跟過來支援了，奈奧比的艦船里，就有著秦玉以及李茉莉兩人，在她們的幫助下，墨菲斯和崔尼蒂成功搞定另外一個電腦人，而這時莫離終于也把剩下的三個電腦人全部搞定，之後眾人匯聚到了一起。
接下來按照鑰匙人的說法，代碼之源隱藏在一座大樓之內，由于大樓里關鍵的門戶有著警報，只要一開門，就會引起警報，就再也進不了代碼之源了，所以要在之前搞定這個門戶，而大樓整個系統受到電力影響。
所以要分兵三路，一路去市中心的電力中心把電力停了，另一路則是緊急供電中心，把臨時緊急供電也停掉，最後尼奧和墨菲斯則去直接奔向代碼之源，而原電影也是由于外面章魚的攻擊，導致去緊急供電中心的人員死亡，所以崔尼蒂才不得不上場，最後面臨危險。
正是由于崔尼蒂面臨危險，尼奧才要在錫安和崔尼蒂兩者之間做出選擇，秦玉等人現在就想改變，這段劇情，所以在進入母體之後，莫離和周焉兩人分別去兩處地方，莫離跟著一隊人去緊急供電所，周焉則跟著另外一隊人去市中心電力所，秦玉和李茉莉兩人不進入母體，專心留在外面對付將要過來的章魚怪。
當然由于秦玉和李茉莉兩人剛入隊伍，奈奧比也不是很信任兩人，既然她們提出不進入母體，在外部接應，也同意了。莫離和周焉在上一次戰斗里表現出超強的能力，雖然還沒有達到尼奧那種能夠空手擋子彈的地步，躲躲子彈卻是不成問題，所以有他們兩人分別去另外兩隊，墨菲斯也很放心。
于是到了時間，兩隊人就先出發了，尼奧和墨菲斯兩人則留著等待停電。于是莫離和周焉的兩隊人很順利的就殺入了目的地，隨後就準備開始停電，這時奈奧比的艦船也發現了來襲的機械章魚。
原本由于艦船年久失修，所以報信的人員就在半路上刷到了，導致一場事故，操縱機器的幾個人全部死亡，所以沒有防備住機械章魚，同時由于機械章魚的攻擊，導致在外部的人員死亡，所以出現了崔尼蒂救場。
此時秦玉和李茉莉兩人早有準備，看到飛過來的機械章魚雖然數量很多，但是兩人都是毫不慌亂，由于旁邊就有著幾個錫安的人，所以太過耀眼的法術和召喚生物還是不能施放，于是兩人就挑揀了比較不容易被發現的法術進行攻擊。
秦玉施放了一個虹光噴射，虹光噴射作為七級奧術，能夠形成多種負面效果，雖然這些機械章魚都是不是生物，但是這個法術所造成的影響也不是只是針對生物的，接著受到負面影響的機械章魚行動能力大大降低，李茉莉緊接著就是一道火焰風暴。
火焰風暴作為七級聖法術的範圍性傷害法術，所擁有的威力極其巨大，雖然李茉莉此時的冰風暴由于本身能力提升，威力也大增，但是由于錫安外部的世界寒冷無比，所以機械軍團對于防寒的能力很高，反而懼怕火焰傷害。
所以李茉莉就選擇了一道火焰風暴的大面積攻擊法術，同時由于機械章魚爆炸本身就有帶有火焰，也算是掩人耳目，艦船里的人員都注意著母體內部的情況，最多就是稍微分心看一眼外面的戰況，不太容易識破，所以相對比較安全。
秦玉和李茉莉兩人分工合作，由于早有準備，又都是已經能夠施放八級奧術和七級聖法術的強大存在，早就不是那兩名剛剛進入暗物質界，需要李亦秀和葉凌隨時保護才能發揮輔助威力的人了，所以襲來的機械章魚，根本就突破不了兩人的防線。
有著秦玉和李茉莉兩人的阻攔，在緊急供電中心的眾人就按照原計劃，在關閉電力中心的電源之後，同時關閉緊急供電中心的電影，使得整個市區五分鐘之內不會有著任何的電力供應，尼奧和墨菲斯就直接沖入了大樓之中。
完全任務之後，奈奧比就要帶著眾人撤離，不過莫離和周焉兩人由于不放心，還是留下來，以免發生意外，若是因此導致崔尼蒂再次進入母體，那他們的努力就白費了，奈奧比說服不了兩人，也沒有辦法，帶著自己隊員離開了。
奈奧比等人從母體之內出來時，秦玉和李茉莉已經完全擊殺了來襲的機械章魚，並且還回來只說來了幾只探路的，所以都搞定了，其他人由于關心母體之內的情況，沒有多想，就輕輕放過了。
只是沒過多久，接線員就驚叫起來，原來有十幾個電腦人朝著周焉所在的緊急供電所方向而去，此事就和原電影出現了偏差，電腦人來的太快了，顯然可以在尼奧進入代碼之源前恢復供電。
不過此時莫離也已經到了周焉那里，兩人一起，也並不懼怕十幾個電腦人的攻擊，不過懼怕調虎離山的策略，所以只有莫離拿著雙槍迎了出去，周焉一個人在控制中心保護著電腦操作系統。
莫離手持雙槍到了外面，直接就是火力壓制，十幾個電腦人根本無法越過莫離的雙槍連射範圍，偶爾有幾個不信邪的要沖出來，下場就是給莫離打成了蜂窩，而在控制中心鎮守的周焉雖然沒有任何事情做，但是仍舊毫不放松，防止有任何一個電腦人從別的地方突入。
兩人一直堅守到尼奧成功進入代碼之源後，直接向外沖出，這回兩人不是想要徹底擊敗電腦人，所以雖然對方人數很多，但是仍舊能夠應付的了，其實若是兩人拼命，十幾個電腦人，還未必就輸，只是不能保持一點沒有傷罷了。
等到兩人成功月兌離，奈奧比等人則是驚奇不已，對于他們兩人就能對付十幾個電腦人的事，覺得非常不可思議，不過此時眾人也沒有多余的心思驚訝，稍微感嘆了一下，確認全員都撤離了母體之後，就等著尼奧進入代碼之源後的情況了。
此時尼奧由于沒有了崔尼蒂的顧慮，與原劇情自然大相庭徑，並且源代碼程序員也說了又再次出現了強大的不明變量，所以導致尼奧只有一個選擇，雖然錫安多半還是保不住，但是結果也有可能改變，隨後尼奧你出來了。
尼奧出來之後，在艦船上就把這事情和眾人說了，由于在代碼之源里得知的部分真相，墨菲斯受到巨大打擊，于是莫離問道︰「尼奧，你是準備在毀滅的錫安里賣弄帶走七男六女準備重建基地麼？」
尼奧對于這個問題也是痛苦不堪，只是搖了搖頭，崔尼蒂則在一旁柔聲安慰他，莫離對此皺了皺眉頭，私下就和林克說道︰「我們先去找尋奈奧比吧，不管怎麼樣，幾艘艦船匯合之後，戰斗力也強大不少，畢竟這里還是機械帝國的控制中心，機械章魚太多了，而且多幾個人商量也是好事。」
林克听了莫離的話，不由點點頭，直接就把尼布加尼撒號開啟，順著航道駛向了奈奧比那邊，而奈奧比那邊，由于成功退出，也在和尼布加尼撒號聯系，並且確認位置之後，雙方匯合，在雙方匯合之後，尼奧把代碼之源的事再說了一遍。
听到真相之後，所有人都沉默了下來，只有秦玉等幾人因為早就知道，反應還算正常，接下來眾人商量了一陣，決定還是返回錫安，不管如何，都要與錫安共存亡，而尼奧則在考慮了很久之後，要駕駛奈奧比的艦船一個人向著機械城而去。
對于尼奧的選擇，眾人已經分析過很多次了，同時把他們破壞劇情，會引起的結果，也分析出了幾種可能，像尼奧這般想要再次去機械城，單挑機械大帝的做法，也在他們的意料之內。
所以尼奧提出要求，奈奧比最終同意了之後，莫離和周焉也一起上了尼奧的艦船，同樣的，崔尼蒂也跟著一起上了艦船，四人就駕駛著奈奧比的艦船，一起駛向了機械城，準備挑戰機械大帝去了。
隨著尼奧等人的離開，墨菲斯在這段時間終于振作了精神，不過這也很正常，若是他這麼容易就給打垮，也不可能在六年里持續不斷的尋找救世主，一直尋找到尼奧了，墨菲斯振作了精神之後，眾人就準備起航。
就在這時，林克說道︰「有個不太好的消息，有一大幫的機械章魚圍了過來。這就算了，更加糟糕的是，回到錫安的通路，已經全部給機械章魚圍住了，根本沒有辦法沖過去，別說只有我們一艘戰艦，就算所有艦船都在這里，也沖不過去。」
墨菲斯和奈奧比兩名艦長听到林克的話，就往顯示器看去，雙雙便皺起了眉頭，這種問題非常棘手，其實如果秦玉和李茉莉肯暴露自己的法術能力的話，未必就不能沖破機械章魚的防護圈。
但是當他們改變了黑客帝國電影的劇情之後，不但沒有接到任何的主神提示，劇情上也沒有太大的改變，使得他們不知道，這倒底是原本應該如此，只是電影劇情錯了，還是什麼其他狀況，根本不敢再隨便暴露自己的法術能力，也就沒有提這件事情。
反正按照劇情，墨菲斯和奈奧比等人，自然有辦法突破機械章魚的防護圈，在錫安戰役的關鍵時刻沖了過去，暫時抵擋住了機械軍團的一波攻擊，為尼奧擊敗機械皇帝做了極大時間的緩沖，不然最後就算尼奧得勝，整個錫安也毀滅了，所以秦玉和李茉莉準備靜觀其變。