李亦秀和葉凌兩大支柱的失蹤，讓適應了主神空間任務的華州隊員們再次慌亂了起來，此時秦玉當即立斷，呵斥了眾人之後說道︰「秀和凌一直希望我們能夠獨當一面，不要只是一味的依靠他們，前三場影片，沒有他們我們不是一樣完成了任務麼？」
「現在可能主神因為任務設定的問題，讓我們暫時分開，你們慌亂些什麼，這就當是給我們的考驗吧，凌以前和我說過，如果他和秀兩人開啟了本源鎖第四階，進入第十層的境界之後，可能就不能繼續留在華州隊，我們以後總要依靠自己才行。」
眾人听了秦玉的話，不由紛紛冷靜了下來，隨後李茉莉說道︰「主神沒有發布主線任務。」
秦玉也是皺眉，說道︰「來之前凌就有說過這次任務不同尋常，所以花了一年多的時間，教導我們，給我們祭煉裝備，如今我們只能等影片開始，先知道我們在哪里，然後再考慮對策吧。」
正說話，六個昏迷的新人也陸續的醒了過來，隨後就是老套的解釋，這些事情眾人在之前的影片里，也不知道干了多少次了，根本算的上是駕輕就熟，一會就搞定了，至于那些不相信的人，也就讓他們自生自滅去了，若是影響到華州隊整體，反正每人留了幾千積分，也不介意直接抹殺新人。
于是時間很快就過去了，影片順利開始，主神沒有發布任何的任務，而剩下的六個新人沒有一個相信秦玉他們的話，紛紛在防護罩打開之後就離開了，這也是因為這次主神沒有露面的關系，其他情況下，主神只要一開口，腦袋正常的人遇到這種靈異事件，多半就信了。
秦玉等人知道這是黑客帝國的世界，所以即使六名新人離開了，也在走之前和他們說了下，隨後眾人發現在防護罩打開之後，每個人的衣服也全部改變，都變成了難民服飾，還好所有人兌換的防護衣服有很多，原本穿著的裝備直接給主神莫名坑掉了，也是問題不大。
隨後李茉莉開口說道︰「莫離，你有偽基芯片的天賦，這個世界的百科常識都能馬上明白，直接用神念把現在的情況掃射出來。」
听了李茉莉的話，莫離只是點點頭，接著閉起雙眼，隨後一圈圈的波紋就在他的頭頂不停的震蕩起來，最後過了一段時間，眾人便把事情搞清楚了，這也是莫離境界太低，若是他也有葉凌的境界，只是一道符，所有人都能明白現在的情況。
莫離用神念傳遞信息之後說道︰「目前得知的信息就是這些，我們現在就在錫安里面，時間是尼奧能夠看穿母體之後的六個月，也就是黑客帝國第二部開始，由于錫安的難民實在太多，並且時不時的要和機械軍團大戰一場，所以有很多未登記的人員，我們也不需要冒充。」
秦玉點頭說道︰「嗯，錫安在人員登記上做的一塌糊涂，給人鑽空子的地方實在太多，不過也正常，黑客帝國就是錫安和機械軍團的大戰，機械軍團由于機器人的身體，混不進人類的聚居地，而這里只要是個正常人，都不會在人類內部搗亂，而是一致對抗機械軍團。」
「就算遇到幾個傻子，也就隨便殺了，根本不會有人同情，畢竟在外部壓力太大的情況下，人類必然要團結一致起來，所以也不用防備奸細之類的人物，這也是黑客帝國第三部，史密斯控制的人類很容易就能從內部把錫安的艦隊完全毀滅的原因。」
柳子越緊跟著說道︰「那麼另外六名新人呢？會不會把我們暴露出來。」
「不會。」蔣薇薇開口說道，「那些人就算說出真相，也只會被錫安的人們當成瘋子來處理，錫安現在全力對抗機械軍團，人類的生存壓力很大，如此大的壓力之下，神經出問題根本就是很正常的事情，就連墨菲斯不也是有很多人認為他腦袋出問題了麼。」
既然商議完畢，眾人就隨便找了個住處，要說錫安這里想找個睡覺的地方，還是非常容易的，不用辦任何手續，只要找相關人員，帶你去個房間，然後宣布這里是你的住所便行了，可見管理之混亂，不過這也是由于錫安的主要對手是機械軍團，人類面臨滅絕的危險，才會導致這種情況的出現。
過了三、四天，果然听說了有一群瘋子的事情，總人數大概有著三、四人，看來最後還是有人看到了現實，或多或少的相信了秦玉等人的說話，就算不相信，至少也是個聰明人，懂得先潛伏下來，不冒然的跳出來，太過于顯眼。
隨後又過了四、五天，就听說有三個瘋子直接自殺了，眾人知道六名新人就這麼死亡了三人，秦玉不由搖了搖頭，隨後出去把三具尸體找到，就地火化了，三名新人的自殺在錫安雖然不能說是很正常，但也是司空見慣的了，所以也沒有引發任何關注。
之後安靜的過了十天，眾人由于主神沒有發布任務，又遍尋不到李亦秀和葉凌，當即無所事事起來，最後的結果是等尼奧回來，按照劇情走一遍，在小範圍內改變一下劇情，看看有無支線任務可以接，同時看看小範圍改變劇情會不會產生變故，從而破局。
最好的可能，看看能不能再最後讓錫安一方徹底戰勝機械帝國，而不是像原電影那般，只是暫時維持住和平。
這樣過了十天，就听到尼布加尼撒號回來的，尼布加尼撒號正是墨菲斯的座駕，顯然就預示著救世主尼奧回來了，雖然尼奧這個救世主的傳言，在錫安內部也沒有完全統一意見，有人相信，有人嗤之以鼻，認為是無稽之談，但是華州隊眾人卻明白尼奧正是關鍵人物，所以準備去戰艦起降平台看看。
來到了起降平台的眾人，就見到了一個巨大無比的平台，有著比十座大型飛機場更大的起落平台，里面總共停留著十艘左右的飛行戰艦，同時一艘龐大的飛行戰艦，從一扇門外飛了進來，周圍十幾個電磁輪盤閃耀著耀眼的光輝。
這艘飛行艦船就是尼布加尼撒號，墨菲斯的座駕了，同時在平台之上，許多陸戰機器人忙忙碌碌的，顯示著一種繁榮的景象，如果不是整個錫安人人都穿著難民的衣服，同時所使用的裝備都過于陳舊，光以科技力量來看，根本比華國要強上百倍。
不過說來也是，錫安的先祖人類們倒底是開創了智能AI電子人的文明，雖然最後給AI電腦給滅了，但是遺留的科技反而給機械帝國發揚光大，而蘇醒的人類就算搶來一部分的裝備，使用的裝備也比華國的科技高上百倍了。
隨著尼布加尼撒號降落，墨菲斯、尼奧、崔尼蒂、林克四人從里面下來，接下來按照劇情，由于墨菲斯違反命令，就直接給一幫人帶走了，尼奧三人則是直接回休息的地點。秦玉等人交流了一下眼色，便迎了上去，和尼奧等人自我介紹一番，相互了解了一下。
接著，當晚就是錫安的狂歡之夜，雖然這是機械兵團開始在岩石層中前進，避開了錫安所有的防御設施，大概只要三天就能夠進攻到錫安內部，但是錫安所有人在備戰之前，仍舊要經歷一次狂歡，才願意靜下心來戰斗。
不過這也是必然的，錫安的人們時常過著朝不保夕的生活，而且進入了錫安就再也回不到母體之內，說不定就有好多人後悔來到錫安的，而且錫安雖然看起來科技極其發達，但是這也是和華國來比，與機械帝國的軍隊，絕對是天差地別的。
所以說不定哪天錫安就給滅了，天天過著朝不保夕的生活，是個人都要發瘋，之所以這些人沒瘋，也是神經很大條了，時不時的開個狂歡宴會，大家瘋狂的發泄一下，是很有必要的，不然還沒等機械軍隊打過來，內部就崩潰了。
秦玉等人看著狂歡中的人們，一個個發瘋似的盡情的跳舞，還時不時的有一對對男女，或者數個男女跑到角落里，進一步的交流起來，只是嘆了口氣，然後眾人開始分派任務。按照劇情，之後尼奧等人就會離開錫安，前去母體尋找先知。
以眾人目前的了解來看，應該和原電影的區別不大，在沒有葉凌和主神的情況下，眾人還是準備按照劇情走下去，只在關鍵地方小範圍變動一下，于是莫離和周焉就很自然的準備加入墨菲斯的尼布加尼撒號。
同時在墨菲斯等人遲遲不會來的時候，錫安還會再派兩艘戰艦過去接他們，這時秦玉、李茉莉兩人就跟隨一同前進，而蔣薇薇、季傲劍、小七、柳子越四個人則留在錫安里面，準備對付之後入侵的機械軍團，以及史密斯。
之後，莫離和周焉就申請加入墨菲斯的隊伍，由于墨菲斯在迎接尼奧之時損失慘重，能進行戰斗的只有三個人，再加一個接線員林克，整天艦船上只有四個人，自然歡迎新人加入，墨菲斯在測試了兩人的能力後，便高興的收下了他們。
莫離和周焉兩人怎麼說都是李亦秀的內門弟子，現在都喊他作師傅，有著名師精心教導一年多，打下了扎實的根基，同時兩人又刻苦努力，就算進了虛擬空間，本身的能力不能發揮，但是兩人的格斗搏擊專長倒能發揮的淋灕盡致，連墨菲斯都不是他們的對手，怎麼可以不歡迎呢，接下來，就輪到尼布加尼撒號再次出航了。