武藤游戲的時代數十年後的童實野町，演變成了階級社會的未來都市——新童實野市。主人公不動游星駕駛著決斗盤的進化型D輪摩托以從下層區到上層區為目標奔馳。以奪走對自己和朋友很重要的卡星塵龍的為所欲為的競敵•騎乘決斗的冠軍人物杰克•阿特拉斯所在的決斗競技場為目標，終于游星和杰克對峙了。懷著各自的堅定信念的他倆的王牌怪獸——星塵龍與真紅魔龍展開激烈沖突！在二龍之戰中忽然出現的神秘紅龍，讓游星的手臂浮現出了龍之痣。由龍之痣所引導的各自的命運在這一刻開始了。到底為朋友而戰的游星前面等待著他的會是什麼？！龍之痣所帶來的到底又是什麼呢？時代是游戲王GX後的幾十年。編織著游戲王歷史新一頁的新生動畫今春開播！！武藤游戲等人曾活躍過的，數十年後的童實野町就是舞台。到底會是個怎樣的故事呢！？舞台是未來的童實野町！？超高層大廈聳立的未來近代都市——新童實野市。運用了高科技的競技場上召開以最尖端決斗盤展開激斗的決斗大會！！決斗盤進化！？騎乘決斗大為流行！！在5D-S的時代，結合了摩托競速與卡片游戲的競技騎乘決斗，以騎乘型最新決斗盤D輪進行的高速感決斗十分流行，讓觀眾也跟著狂熱起來！！新怪獸陸續登場！！新動畫當然也是充滿各種決斗場面！！從沒見過的怪獸們正極度活躍之中。敬請密切留意千萬別錯過強力怪獸！！
故事的舞台就是武藤游戲等人曾經活躍過的、幾十年後的童野鎮。在未來的童野鎮擁有最新式設備的體育場中，流行的是一種以騎乘最先進的決斗卡片，通過賽車的形式進行比賽的「RidingDuel」，故事就是以新主角不動游星展開的……《游戲王5D’S》以游戲所在時代的數十年後的未來世界為舞台，地點在「新童實野町」，講的是18歲的主角不動游星集結5龍卡的全新故事！在「5D-S」的時代，十分流行以騎乘型最新決斗盤進行的高速決斗！游星與使用決斗盤和卡片游戲組合的競技之王杰克?阿特拉斯進行對決。另外還有一旦戰斗就會發揮出超能力的謎般少女十六夜，以及仰慕游星的雙生子︰哥哥龍亞與妹妹龍可，從小就投入到了激戰中去。他們會為大家帶來什麼樣的精彩戰斗場面呢？
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