改革要有一個學習的傍樣，改良派經過激烈的爭議後，決定師從德國，從改革官制開始。
大清帝國有4億人口之巨，卻只有2萬個行政官員職位，而其中一半在京城；平均每縣人口為25萬，行政官員卻僅有5名。
一方面各省督撫都抱怨冗員過多，要求朝廷停派候補人員來省，另一方面從中央到地方都感到熟知洋務辦理「新政」的人員奇缺，一再諭令各級官員各舉所知，切實保舉。
立憲政治自然需要民眾的廣泛參與，但由于中國民眾歷經數千年而沒有參政的經驗，加之普通民眾的文化水平低下，因而官方的引導和調控是十分必要的。這就要求改革政府機構，提高政府效能，適應憲政改革的要求。
康有為就認為︰要進行憲政改革，就必須對現行行政機構進行大幅度的改革，如不先行整頓行政機構，任何政治革新的努力都將徒然而無功。
清庭的中央機構原有吏、戶、禮、兵、刑、工六部和都察院、大理寺；行政中樞為軍機處，軍機大臣無定員，均有兼職；內閣原為行政總匯之地，後逐漸被軍機處取代，至清末已成為閑曹；此外尚有太常寺、翰林院等機構。
康有為在決定撤銷軍機處和成立責任內閣，並設置的資政院、大理院、審計院等等，這基本上是以的「三權分立」設想作為藍本。
對于制定官制，康有為和改良派擬定了五條基本原則︰
一、參仿君主立憲國的官制厘定，此次只改行政，司法，其余一律照舊；
二、改革要做到「官無尸位，事有專司，以期各副責成，盡心職守」；
三、實行三權分立，議院一時難以成立，先從行政，司法厘定；
四、欽差官，閣部院大臣，京卿以上各官作特簡官，部院所屬三四品作為簡官，五至七品為奏補官，八九品為委用官；
五、另設集賢院、資政院安置改革後的多余人員。
光緒隨後批準成立編制館，即官制改革最高主導機關。
編制官制事務理應由康有為主持，但由于劉飛揚在朝庭內外的聲望和實力，且在編制官中有大量的成員都是他的追隨者，以及慶親王奕劻的一貫支持，使劉飛揚成為官制編訂事務的真正主持者。
到1902年前後，劉飛揚不但控制著一支40萬人之巨的武裝力量，而且他自己還身兼八大臣職位，分別是︰參預官制編制大臣、督辦鐵路大臣、督辦政務大臣、直隸總督兼北洋大臣（李鴻章死後由劉飛揚接任）、督辦商務大臣、督辦郵政大臣、督辦練兵大臣、督辦學政大臣。
國內立憲派人士對劉飛揚的贊譽先不說，就是當時的西方各國，對劉飛揚或是盛贊有加，或恐懼劉飛揚將中國這個東方的睡獅醒過來，發出令世界震驚的怒吼。美國記者米拉德在他一篇介紹中國的文章中就說︰「在西方人的眼里，長期以來代表大清國形象的，只是從四萬萬芸芸眾生中站出來而非常突出和確定的幾個人而已。正是這些人扮演著重要的角色，或許能夠開闢出一條道路，以迎來一個新中國的誕生。••••••劉飛揚是這些人物中最突出的一位，他也確實在這些趨向進步的高層官員中被認為第一。」
立憲運動提出了資產階級的政治要求，要求改變封建專制政體，建立資產階級的立憲政體。凡是能促進這一運動的人物和行動，都可視之為順應了歷史潮流，具有進步的意味。劉飛揚的目標雖然是要推翻清王朝，但對于能使中國有巨大進步的立憲運動，也是身體力行采取了積極的行動。
經過幾個月的整訂，編制館拿出了一個全面改革官制的初步方案，除對原有的各部院提出精簡合並外，還增設了一些新的機構，最重要的提出建立責任內閣、資政院、行政裁判院、集賢院、審計院等現代行政機構。
這一草案被稱為《新官制改革案》，它規定內閣政務大臣由總理大臣1人、左右副大臣各1人，各部尚書11人組成。但內閣只是均輔弼君上，代負皇上之責任，凡用人、行政一切重要事宜，由總理大臣奉旨施行。總理大臣有督飭糾查行政官員之權；皇帝發布諭旨，內閣各大臣皆有署名之責，其機密緊急事件，由總理大臣、左右副大臣署名，關涉法律及行政全體者，與各部尚書聯餃署名，專涉一部者，與該部尚書共同署名。
這一草案雖然還是把皇帝置于內閣和法律之上，但它的進步意義在于︰取消軍機處，設立責任內閣制，使立法、司法、行政各有責任，互不統屬。
但是在討論會上，當康有為提出這一議案時，醇親王載灃听了康有為說的，怒不可遏。馬上與康有為激烈辯論，但他哪里辯的過康有為，激動之下拔出手槍，若不是劉飛揚攔著，他就要向康有為開槍。
康有為堅持認為︰「改革除此以外別無良策，若是不趕緊認真預備立憲一法，若仍悠忽因循，則國勢日傾，國家日衰••••••」
官制改革是一次權力的再分配過程，牽涉到國家所有官員和集團的利益，因此阻力至少來自三個方面，一是各部大員；二是各部司員；三是滿族官員。
成立責任內閣的草案傳出以後，擁護者和反對者之間的斗爭立即升溫至白熱化。
反對派的主角之一為軍機大臣王文韶、載灃。他們本不反對立憲，但是涉及具體改革步驟時，則直接造成了立憲的延宕。
如果成立責任內閣，規定官員不得兼職，載灃則只能專任巡警部尚書，政治地位下降，王文韶出任內閣副總理，其民政部權將失去，因為他此時身兼民政部尚書等要職。
載灃聲言立憲非中央集權不可，實行中央集權非剝奪督撫兵權財權，收攬于中央政府則又不可，他的攻擊矛頭直接對準了劉飛揚、張之洞等地方督撫要員。
為了達到自己的政治目的，反對派甚至煽動太監起來鬧事，宣揚說一旦改革官制，所有宮監都會受到驅除，內務府也要裁撤。這個在中國極端專制體制下存在了千年之久的特殊群體聞風而動，來到光緒面前泣訴，一向對漢族官僚崛起心存妒忌的宗室王公、貝子們這個時候也把攻擊表面化。
光緒皇帝被干擾得寢食俱廢，竟然對人說︰「聯如此為難，真不如跳湖而死。」
為了避免更大的動蕩，朝庭宣布了官制改革中的五不議原則︰第一，軍機處之事不議；第二，內務府事不議；第三，八旗事不議；第四，翰林院事不議；第五，太監事不議。
但是，由于官制改革牽涉範圍極廣，反對者何止太監、宗室，朝中百官幾乎全起而發難。反對派不謀而合，群起而反對，矛頭對準了新官制的提倡者們。
1902年3月22日，御史王步瀛奏陳改革官制應兼采眾議，令百官各抒所見。于是朝臣和地方官員的奏章像雪片一樣到達北京。反對的浪潮一浪高過一浪。
第二百一十章官制改革
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