柯南這下子明白了灰原和千鈞的關系，怒火沖天，「開什麼玩笑！你這種發明殺人藥物的家伙，你要我怎麼理解你？你以為我能像千鈞那樣信任你嗎？」灰原嚇了一跳，沒想到柯南反應這麼劇烈。之前千鈞听完後，雖然有些吃驚，但還是很平靜，二人的反應似乎顛倒了。灰原嘆氣，「因為千鈞是我兒時玩伴加男朋友，所以我無論發生什麼都能接受嗎？工藤新一被我發明的藥物弄成這樣，也難怪他這麼激動。」柯南怒道，「你到底搞清楚沒有？因為你發明的那種毒藥，害死了多少人啊！」
門打開了，千鈞走了進來，「新一，你不要這麼生氣。就算不使用這種藥物，他們一樣會將那些人殺死的。這種藥物就像槍械一樣，我們不能責怪發明槍械的那些人。」柯南生氣，「雖然你說的有道理，可是我還是很難原諒她！」灰原反擊，「如果不是這藥的特殊作用，世界上就真的沒有工藤新一了。」千鈞坐下來，讓灰原靠在肩上，「好了，他太激動了，你別往心里去。」灰原幽幽嘆氣，「其實，我根本就不打算制造這種藥物。」柯南怒道，「你還要狡辯？你既然知道千鈞的消息，為什麼不早點跟我們聯絡？」博士勸解，讓柯南冷靜一點。灰原苦笑，「其實我一直想單獨去見見千鈞。可是我身邊時時有人監視，我的行動根本不自由。只要露出一點蛛絲馬跡，連千鈞都會被連累。」
千鈞道，「好了，新一。小哀現在已經月兌離那個組織了。你想想看，她既然是這種毒藥的發明人，要制造解毒藥就容易多了。這樣，你恢復真身不就有了眉目嗎？」博士贊成，「的確，這是個好機會。」柯南冷靜下來，「你快點把解藥弄出來，那樣我就原諒你。」灰原坐在千鈞腿上，「哪有這麼簡單，藥物的資料都在研究所里。那麼龐大的資料，人的腦子怎麼可能記得住。」柯南猶如被潑了一盆冷水，「可惡！那你告訴我，那個研究所在哪里？」灰原跳下來，拿出一份幾天前的報紙，「沒用的，去了也一無所獲。其實，那天晚上龍魂使者進攻後，組織在撤退時就摧毀了一切。」
柯南仔細看那份報紙，上面介紹的是一家制藥工廠，報紙上只是寫著神秘失火。秘密調查局早就封鎖了消息，就算現在去了，什麼也不會找到，弄不好還會引起調查局的懷疑。柯南不死心，「你們總有備用的據點吧？其他的那些呢？」灰原嘆氣，「跟我有關的機構都是一樣的。組織擔心我泄露消息，提前破壞了這些地方。」千鈞道，「秘密調查局的那個朋友曾經告訴我，前一陣子他們有一次大行動，在很多地方造成了破壞。只怕有的地方是被調查局給摧毀的。」柯南問道，「那他們有沒有找到什麼？」千鈞道，「那就不知道了。這麼秘密的事情他怎麼會告訴我。」
柯南道，「也就是說現在灰原也被……」灰原點頭，「對，我想組織現在一定正在瘋狂地到處找我。如果我被秘密調查局抓住，那事情就大條了。可不論是組織還是秘密調查局，都根本不知道我的身體變成這個樣子。不過，組織繼續拿這種藥物作為暗殺手段的話，就很難說以後會不會出現像我們這樣身體變小的案例。到那時候就麻煩了，組織還保留著我童年的資料，一定會盡力把我找出來的。」
柯南頭疼，麻煩不是一般的大。灰原戲謔，「怎麼樣，我的大偵探？你會把我這個麻煩人物趕走嗎？沒錯，我制造了殺人藥物，參與了殺人計劃，又遭到組織的追殺。對你來說，我是一個可恨又危險的人物。你跟千鈞不一樣，我們沒有任何關系，你沒有理由把我留在這里。」柯南哼了一聲，「笨蛋，如果你被揭穿的話，我的事情穿幫也是時間問題。到時候，所有人都會一起完蛋。雖然對博士有些不好意思，不過，看在千鈞的份上，你暫時還是留在這里繼續當小學生吧！還有，你不要給我在外面亂晃惹麻煩。你要想快點成為千鈞的女朋友，就拜托你盡快把解藥制作出來。」
灰原笑道，「這一點上我比你好在意。好，那我們就合作愉快！」千鈞笑道，「好了，以後大家就是一條戰壕的隊員，要彼此互相信任。」博士問道，「小哀，那你父母的安全怎麼辦？」灰原道，「這點你不用擔心。我的父母本來就是組織的成員，他們在我出生後不久，就因意外去世了。」博士問道，「那你其他的家人呢？」灰原有些哀傷，「只剩下一個聚少離多的姐姐，和被迫去美國留學的我不同，姐姐一直留在日本過著普通人的生活。不過，一直被監視著。姐姐為了讓我離開組織，才答應替他們工作的。但是，她能上普通的學校，交上普通的朋友，跟別人一樣去旅行……可現在，她也不在了。」
千鈞安慰道，「哈，不是還有我嗎？我是你最好的朋友。」灰原哼了一聲，「你少在外面勾三搭四就是好的。」千鈞有些尷尬，「小哀，我向你保證，我會保護你的安全的。無論是什麼組織，都不是我的對手。」灰原嘲笑，「你就是喜歡吹牛，你以為你是龍魂使者啊，能一個人對抗整個組織？」千鈞不服氣，「你怎麼知道我不行？真是的……」柯南問道，「這個龍魂使者到底是什麼人？怎麼這麼厲害？」灰原道，「天化組織的超級戰士，但後來月兌離了。這個人曾經幾次攻擊過黑衣組織，組織在他手上吃了大虧。傳聞天化組織派出去追查的其他超級戰士，都被他殺死了。這人的真實身份，到現在還是個謎。」
博士頭皮發麻，「一個黑衣組織已經夠我們頭疼，那個什麼天化組織我們還是不要惹了。」千鈞也贊成，「我們就集中力量對付黑衣組織吧。估計，秘密調查局會全力對付這兩個組織的。」柯南問道，「這兩個組織關系怎麼樣？」灰原好笑，「你說呢？當然是勢成水火，表面上井水不犯河水，真有事情的時候，雙方都可能會陰對方一把。」柯南發苦，「成立這個組織的人，到底要干什麼呢？」灰原苦笑，「鬼才知道。」千鈞猜測，「也許原來只是為了某個簡單的目的，後來隨著組織的擴大，性質也逐漸發生了變化。諜戰片里的故事都是這麼演的。」
柯南三人一起汗，柯南下結論，「總之，現在還是要先解決黑衣組織的事情，得盡快把我和灰原變回去才是正事。其他的以後再說。」灰原猛然想起一件事，「在姐姐被殺的前幾年，我記得她把旅行的照片存在軟盤里，寄了兩三張給我。我用電腦看過後，又寄了回去。在那之後，我存儲資料的軟盤突然不見了，找了好久沒有找到。」柯南大喜，「你寄回給你姐姐的軟盤里，有可能混有藥物數據的軟盤。」千鈞恍然大悟，他猜測梅琴前一陣子很可能就是想取回那些軟盤，但遇上了組織的人，才放棄了。
博士道，「那我們去你姐姐住的地方看看。」灰原擺手，「沒用的。我姐姐居住的那棟公寓，在姐姐死亡的時候，就被組織退掉了。一定是把什麼都處理掉了。不過，她曾經說過，把照片放在軟盤里，是她和一位一起旅行的大學教授做的。說不定……」千鈞道，「應該還在那位教授那里。」柯南問道，「那位教授是誰？」灰原還記得，「南洋大學的教授，廣田正巳！不過，他住在哪里，我就不知道了。」
柯南道，「我想打電話問問南洋大學就知道了。」千鈞道，「不用，有個人肯定知道。這麼晚打電話到學校去，很可能會留下痕跡。」灰原詫異，「誰知道？」千鈞笑道，「梅琴小姐肯定知道。她跟南洋大學的很多老師都認識。」柯南皺眉，「哪有這麼巧就認識廣田教授呢？」千鈞走到電話旁，撥打了梅琴的手機。梅琴有些奇怪，「你怎麼想起問廣田教授了？」千鈞怕她擔心，就隨口道，「只是有個朋友想走走後門，考大學的事情。」梅琴好笑，「好吧，我知道他家里的電話。」
千鈞抄下電話號碼，「博士，你來打吧。你們都是學術界的人，說話不容易露出破綻。」博士點頭，事不宜遲，立即打電話到廣田家，廣田教授很奇怪，「你是誰？怎麼會問起旅行照片軟盤的事情？」博士道，「我是宮野明美的好朋友。」廣田正巳今年61歲了，與學生們旅行照片的軟盤的確在他那里，「不過，里面有一張奇怪的軟盤。」柯南大喜，絕對錯不了，就是這個。博士問道，「我們現在方便過去拿那張軟盤嗎？」廣田正巳說可以，「一會兒會有兩三個客人來看我，之後就沒事了，你晚一點來吧。」博士道，「那我們三個小時之後到，真是打擾你了。」
柯南打電話回去，告知小蘭今晚要住在阿笠博士家。毛利偵探事務所，小五郎趴在桌子上打鼾。小蘭很生氣，「你到底在搞什麼？我都已經做好晚飯了，一直在等你回來吃呢！」柯南道，「博士做了個好玩的游戲，我要在這里玩。明天早上我就會回去了。對不起啦，小蘭姐姐。」小蘭剛要勸阻，柯南掛斷了電話，松了口氣。灰原好笑，「你挺會裝小孩的嘛！」柯南笑道，「嗯，不過還比不上你的假哭。」
千鈞也打電話到住處，「靜楊，我今晚不回去了，暫時在阿笠博士家過夜。明天學校見……」靜楊一頓批評，「真是的，你的手機也沒帶，幸好直子發現落在教室里。」千鈞不好意思，「拜托，你讓直子明天給我帶到學校去吧。」靜楊只好道，「真是拿你沒辦法。」掛斷電話，小雅問道，「怎麼回事？他是不是在外面鬼混吧？」靜楊搖頭，「不是，的確是阿笠博士家的電話。他最近還蠻老實的。」直子好笑，「千鈞要老實，這世界就沒有了。看來不用等他了，我們吃飯吧。」
千鈞開車，帶著博士、灰原、柯南上高速公路，前往廣田教授那邊。廣田教授住在靜岡縣。灰原隨口問，「在博士家，你跟女同學打電話嗎？你們關系很好嗎？」千鈞有些頭疼，「是挺好的，這個，青梅竹馬，一起長大的，哈哈……」灰原嘆氣，「如果不是外界因素，我們才是青梅竹馬長大的男女朋友吧。」千鈞松了一口氣，「我還以為你會生氣呢。」灰原笑道，「我只是好奇罷了，沒想到你還有點女人緣。總之，你要記得，我是你正牌子的女朋友，那些花花草草趕快整理干淨，明白嗎？」灰原凌厲的目光射過來，千鈞冷汗直冒，「嗨，小的明白。」柯南好笑，「真是一物降一物，第一次看到千鈞這麼窘迫。」阿笠博士露出大牙，「以後有好戲看了。」
博士擔心，「3個小時能不能到靜岡縣？足足有150公里。」千鈞笑道，「沒問題的，我的車速很快的。」這次出行開了一輛普通的汽車，沒有開博士的黃色甲殼蟲，因為他那輛車太顯眼了。千鈞怕灰原無聊，「小哀，你就在副駕駛位上睡一會兒吧，到靜岡縣還有一段距離。」灰原點頭，伏在座位上休息。後面，柯南低聲對博士道，「你可千萬不要對那個女人大意。」博士一愣，「小哀嗎？」柯南點頭，「雖然她說是從組織里逃了出來，可她並沒有說出所有的一切。我問她組織的最終目的是什麼，她全部裝成不知情的樣子。問她在組織里的活動，她也顧左右而言他。千鈞那家伙太容易相信人了，他們分別了十幾年，有什麼樣的變化都是可能的。」
柯南認為，之前灰原說的所有的那些話，有可能全部都是編造出來的謊言，只是為了讓人相信她。柯南甚至懷疑灰原可能根本不是千鈞小時候的玩伴，只是相貌有些相似而已。博士道，「我什麼也看不出來，可我覺得不大像都是瞎編的。」柯南冷笑，「最可怕的謊言，就是十句真話里夾雜一句假話。你要不提防一點，到時候我們死都不知道怎麼死的。」博士道，「我知道了，我會小心點的。」二人結束秘密談話，柯南道，「我比較在意的是廣田正巳，好像在哪里听過這個名字。」