柯南發現寺岡一直在看表，突然寺岡的手機響了。浪客中文網寺岡神情緊張，接完電話後，說要馬上出去一下。毛利詢問原因，寺岡說有個叫松山的暴力組織分子，昨晚上失手把賭博客人殺了，松山很早就不想干了，因此一直暗中充當寺岡的線人。事情到了這一步，寺岡決定親自過去勸他自首。毛利擔心寺岡一個人去有些危險，萬一被松山逃掉，警視廳會問責寺岡的。
毛利覺得太危險了，應該馬上聯絡警署。寺岡拒絕了，松山這些年幫了他不少忙，去自首的話加上寺岡的求情，罪名會減輕的，「再說，我已經答應去見他了。」寺岡堅持自己過去，不想辜負松山的信任。小五郎只好決定跟寺岡一起前往，並且威脅，「如果不行，我就聯系目暮警部。」寺岡有些氣惱，最後還是答應了毛利的請求，「不過，只能我一個人過去見他，你留在車上，明白嗎？」小五郎點頭答應。
約見的地點在公安碼頭13號倉庫。寺岡單獨回到房間取上衣，毛利三人與美佐子都等在門口，可是寺岡太慢了，連小五郎都等急了。寺岡出現了，說自己找鑰匙花了一點時間。寺岡上車時，腿踫了車身一下，發出清脆的響聲。柯南大吃一驚，「這個聲音是……」隨後寺岡帶著毛利開車離去。小蘭有些擔心，「爸爸他沒問題嗎？剛剛明明喝了那麼多酒！」柯南提議一起去公安碼頭，然後跑去叫了計程車。
路上，柯南悄悄用徽章呼叫千鈞，讓他盡快趕到公安碼頭。千鈞剛剛繞了一個大圈返回東京，接到柯南的通知後，千鈞只好驅車前往港灣碼頭。柯南和小蘭趕到碼頭後，看見毛利偵探在藍色汽車旁站立不安，千鈞還沒有到。小五郎很生氣，「你們怎麼跑過來的？」小蘭只好說，「我們不放心爸爸，才急忙趕過來的。」毛利火大，「我當刑警、偵探都這麼多年了，你們有什麼可擔心的？」柯南岔開話題問寺岡的情況，毛利說已經過去了，「他要我這里等他的信號。」
柯南惱怒，千鈞怎麼還沒到啊，只好忽悠毛利，「我們也過去看看吧！」毛利擔心那樣會壞了寺岡的計劃，「他一定會把我罵得狗血噴頭的！」說話之際，千鈞的車也飛速開至。千鈞跳下車打招呼，毛利奇怪，「你怎麼也來了？」千鈞從柯南那里大致知道了情況，路上也找高木確認過了，「我听高木警官說有個犯人逃到這一帶，就過來看看。」話音剛落，大家就听到了槍聲。
毛利大驚，「學長今天沒有帶槍！」大家急忙跑到倉庫里，看見寺岡站在里面，一個男子握著槍倒在地上，旁邊還有一個藍色行李包。毛利上前檢查，倒在地上的松山已經死了。千鈞撥通了高木的手機，他帶著文良在附近這一帶追捕松山，接到消息後，馬上過來查看。目暮警官隨後帶隊趕來，一起調查取證。
寺岡說他在說服松山自首的時候，松山突然把手槍拔出來，逼寺岡將手機和信用卡交給他。松山一開始就打算遠走高飛，寺岡勸阻未果，後來二人發生糾纏，爭搶手槍，結果手槍走火，擊中了松山。小五郎認為這完全屬于意外，目暮點頭，「被松山殺掉的人叫什麼？」寺岡表示不知道。高木疑惑，「那人是賭場的客人，叫洪山。案發後，不是警部你讓我追捕松山的嗎？」
目暮頭疼，把高木拉過來，「你這個白痴，我這不是在試探寺岡嗎？看他到底知道多少，以便確認到底是不是意外。」高木這才明白，尷尬地傻在那里。目暮回頭問寺岡跟松山到底是什麼關系，毛利搶先答話，「松山是寺岡學長的線人，他說想洗手不干了，屢次找學長商談退出社團的事情，所以學長也很信任他。」寺岡苦笑，「沒想到事情會這樣，我會承擔所有責任的，會發生這種事情，是我太想當然了。」
柯南卻認為不是意外，而是蓄意的謀殺，凶手就是寺岡勝敏。千鈞問是否上演沉睡小五郎，柯南搖頭，「可我還沒有證據，怎麼辦？」千鈞也頭疼，「現場沒有別的目擊者，誰也不能說寺岡在撒謊啊！」另一邊，文良笑著說，「這應該算正當防衛吧，高木警官？」高木點頭，「沒錯，槍是松山的，寺岡警部也只是自衛罷了，屬于典型的正當防衛。」文良大喜，「案子解決了，這個壞蛋也死了，我們可以回去了，哦，雲靈下午約了我去游泳……」
翌日，目暮和高木來偵探事務所做客，千鈞和文良也被邀來。事情已經大致清楚了，賭博的洪山的確是被松山所殺，當時的凶器是一把匕首，匕首上的指紋與松山完全吻合。案件的起因是雙方賭博，松山的賭金全部輸光後引起糾紛造成的。目暮奇怪的是，「可松山為什麼不用手槍行凶呢？那不是更保險嗎？」文良笑道，「這還不簡單，手槍的動靜太大，用匕首的話影響範圍小，逃月兌也容易啊！」高木搖頭，「開始我也這麼認為，可他既然想縮小影響，為什麼逃跑時不把匕首帶走，或者將匕首上的指紋擦掉呢？」
千鈞思索，「也許他是臨時起意，殺死了賭客洪山，當時身上沒有帶槍只有那把匕首。逃走時，又太慌張了，沒有處理匕首上的指紋。」大家都覺得這個推理還有點樣子。毛利問起寺岡的處理，目暮解釋，雖然寺岡的行為是正當防衛，可他身為警務人員，擅自去見逃犯，違背了警務規章，「大概會少領幾個月的薪水吧！」小五郎這才放心。
柯南著急，松山不是沒帶槍，而是根本沒有槍，到現在還沒有人懷疑寺岡。目暮提到另外一件匪夷所思的事情，「那把槍上，除了寺岡和松山的指紋，還有第三個人的指紋。」毛利大笑，「警部，這還不簡單，肯定是松山所屬的暴力組織成員的指紋，仔細調查應該能找到。」高木搖頭，「可我們已經把所有組員的指紋都核對過了，沒有一個吻合的。」文良道，「也許是販賣手槍的人。」目暮苦笑，「這個我們也想到了，可是依然沒有找到吻合的前科手槍販子。」
千鈞擊掌，「也許是松山的妻子或者家人，對了，還有情婦什麼的……」高木依然搖頭，「松山是單身，他的家人早就跟他斷絕來往了。松山不大，沒听說過他有情婦，他只好賭。」听完千鈞的胡扯，柯南恍然大悟，露出笑容，原來真相是這樣的。目暮警官提到，寺岡听說有第三個指紋的時候，表情非常奇怪，十分的驚訝。柯南眼鏡光芒閃過，真相只有一個，開槍射殺松山的只能是寺岡勝敏。
當天晚上，柯南用變聲器將毛利小五郎和目暮警官等人都忽悠到寺岡宅，千鈞帶著文良也一起趕過去。毛利批評目暮警官做事沒譜，「都這麼晚了，還讓我們到寺岡學長家。」小蘭更奇怪，「居然讓我和柯南也一起跟過去。」5人趕到後，寺岡有些驚訝，沒想到目暮警官將他們都叫來了。柯南說想要看電視，寺岡就認夫人美佐子帶柯南去2樓，那里有電視。
美佐子打開電視機，柯南觀看假面超人，美佐子很喜歡小孩子，還邀請柯南和小蘭來家里住一段時間。美佐子離開後，柯南悄悄來到寺岡房間。柯南發現，垃圾桶里有一個錄像帶空盒子，打開後里面只有一塊濕巾，有油的味道。柯南立即斷定，寺岡將槍存放在這里的。這時，目暮警官和高木警官也都來了。柯南急忙跑下樓去。
于是搞笑的一幕開始了，目暮讓毛利可以說了，毛利糊涂了，「不是警部你有話要說嗎？」目暮大怒，「你在胡扯什麼，明明是你把我們大晚上叫過來的……」柯南一看不好，急忙射出麻醉針，沉睡的小五郎出現了，請站立在旁邊小蘭、美佐子、千鈞、文良他們都坐下。
「寺岡學長，其實把松山殺死的人是你才對吧！」大家都吃了一驚，寺岡嘲笑毛利還是老樣子，高木笑著說，「這樣說也沒錯，是誤殺，正當防衛。」毛利偵探卻否認了這一點，寺岡去見松山後，先將其打昏，再讓松山自己握槍，對著胸膛扣動了扳機。寺岡當然不承認，「簡直是一派胡言！毛利，你說這話，有什麼證據嗎？」
毛利偵探說出疑點，好酒的寺岡在燒烤時，竟然滴酒未沾。這個問題當時寺岡解釋過，雖然有些勉強。第二疑點是寺岡不停地看表，顯然非常注意時間，因為他跟松山約好了打電話的時間，所以沒有喝酒，還把手機放在腰帶上。當然，這個疑點也被寺岡輕易地否決了，警官隨身帶手機很正常。
第三個疑點是講電話時突然聲音變大，故意讓毛利他們听到。第四個疑點是明明說了要盡快趕過去，卻還故意阻止毛利跟著前去，但卻把電話內容詳細透露給小五郎。其實，寺岡在為松山準備錢跑路，雙方是約好的。很多事情都是寺岡自編自演的，因為那時，松山早已經掛斷電話了。寺岡非常了解毛利，知道他一定會跟著去，因此堅持要一個人見松山。寺岡希望跟著去的毛利為自己作證，證明自己當時根本沒有帶著武器。
因為需要毛利這個證人，所以電話才打得那麼突然，寺岡夫人都認為丈夫是心血來潮，這是第5個疑點。去碼頭時，寺岡身上沒有帶槍，至少毛利沒有看到。寺岡當時沒有穿外套，只有在出門時才回房間取了外套。手槍實際上綁在寺岡右腿腳踝部，他要回房間取槍，妻子說要替他拿外套，寺岡就假裝生氣蠻橫地拒絕了，讓妻子等在外面，這是第6個疑點。
「怎麼樣，學長，你還有話要反駁嗎？」寺岡大笑，「這些都是你的揣測，根本沒有證據，這樣根本不能成立，你應該知道吧！」小五郎嘆息，「我是有證據的，就在那第三個人的指紋上。」目暮急忙提醒，「毛利老弟，我們還沒有找到那個指紋是誰的。」昨天在大家等寺岡取外套時，寺岡美佐子神色不安地注視著2樓。當時，毛利誤以為寺岡夫人是在替丈夫空手去見松山有些擔憂，但事實並非如此，她是在擔心丈夫偷偷將槍帶在身上，從而引發不可控制的事情。
「也就是說寺岡太太早就知道學長將槍藏在哪里，早就擔心有這麼一天。」大家都驚訝，寺岡夫人的臉色也很蒼白。寺岡夫人應該是在無意中找到了那把槍，就隨手拿起來看過，然後又慌慌張張地放了回去。她一直想問丈夫，但最終沒有說出口，不安的情緒一直忍到現在。但是寺岡卻不知道這件事情，那天還是帶槍去射殺了松山。
「所以說，那槍上的第三個人的指紋不是別人的，而是寺岡美佐子夫人的。」大家這才明白過來，文良抱怨，「毛利大叔，真是的，你說了這麼半天，這句話才是重點。」千鈞苦笑，新一的推理就是這樣，先把案件疑點一步步理順，讓案情清楚明朗，到最後才指出最關鍵的證據。目暮警官正色問，「寺岡太太，是真的嗎？」寺岡美佐子難過地低下頭，「毛利先生說的沒錯。」寺岡勝敏跳起來，「美佐子！」
事情到了這一步，真相已經揭曉了。寺岡也不再抵賴，他當年跟松山有過情報交易，他將警方的行動告知松山，松山付酬金給寺岡。之後又涉及到了很多秘密交易，後來松山殺人被通緝，威脅寺岡勝敏準備跑路錢。寺岡擔心松山被捕後泄露這些秘密，就計劃殺人滅口。那把手槍是寺岡在一次執行任務時從犯人那里弄到的，一直沒有上交。寺岡的行為讓警界蒙羞，他鞠躬向目暮道歉，寺岡夫人捂著臉痛哭，目暮嘆氣，揮手示意，高木上前給這位前輩戴上手銬。
尾聲，寺岡勝敏殺死松山，屢次出賣警方情報，被警視廳革職除名，法庭判決寺岡10年徒刑。毛利小五郎因破獲該其第三指紋謀殺事件，警視廳給以b級獎勵。寺岡勝敏的事情，讓警方非常被動，媒體上都是口誅筆伐的嚴厲譴責。這件事情，在警視廳也引起轟動，松本警視不得不將所有警員召集起來，三令五申地警告大家，寺岡就是前車之鑒，希望大家要引以為戒。
千鈞帶著酒去看望毛利，毛利小五郎在事後知道了真相，一直郁郁寡歡，「人類這種動物還真是沒有定數啊，想不到寺岡學長會這樣。」小蘭安慰老爸，「不過，寺岡先生最後也說了，沒想到你真是名符其實的名偵探了。我想寺岡先生心里還是很高興才對，因為爸爸是他一手帶出來的。」小五郎依然趴在窗台發呆，「是嗎？」小蘭有些無計可施了，千鈞搖頭，「自己最尊敬的人被自己親手抓進監獄，換做是誰都會非常沮喪難過的。」柯南突然說，「寺岡先生其實把那把槍放在他收藏的錄像帶里面。」
柯南從沙發上跳下來，「叔叔不會也在里面藏了些不該藏的東西吧！」說完，柯南笑著跑到大叔藏錄像帶的櫃子里，拿出一本寫著「上級將棋」的錄影帶盒子。小五郎大驚失色，「喂喂，不能打開！」小蘭和千鈞都好奇起來，「這里面好像也放了不尋常的東西吧！」柯南打開了盒子，里面都是小五郎和各種美貌女郎親熱的照片，柯南暗暗叫苦，急忙將盒子扣上，但還是有幾張照片落在地上。小蘭撿起來觀看，那是一張大叔喝醉跟兔女郎在一起親密照片。小蘭大怒，「爸爸！」小五郎見女兒要發飆，滿頭大汗，「不是那樣，這只是應酬，沒辦法嘛！」
小五郎很是惱火，呵斥柯南，「可惡，都是你這個小子給我找麻煩！」柯南一看不好，急忙將盒子扔了出去，里面的艷照飛得到處都是，「你以後還是別藏在這里了！」然後跳到千鈞肩上，「快跑啊！」二人向外跑，小五郎在後面追，小蘭發飆，追在最後，「爸爸，你給我站住！」事態平息後，千鈞開車回家的路上，收到了山本一夫發到報紙上的消息，知道了雙熊的代號，阿特拉斯棕熊和摩洛哥棕熊。
千鈞回到住處，跟靜楊她們3人談起第三指紋的事情，感慨道，「寺岡萬萬沒想到紕漏會出在妻子身上。」靜楊道，「那是因為他自認可以瞞過枕邊人，哼，怎麼可能呢！」直子笑道，「千鈞，你不會也有什麼重要的事情瞞著我們吧？那個寺岡就是你的前車之鑒啊！」千鈞有些發虛，「怎麼會呢，我所有的事情都向你們通報，沒有一件事情是隱瞞的。我可以向佛祖發誓……」三女一起噓他，小雅忽然想起，「我們去看看千鈞在抽屜里面那個盒子里放的是什麼吧？說不定很有趣……」
千鈞大驚失色，急忙阻止，但是小雅她們三個互相配合，還是順利拿到盒子，將其打開。里面是千鈞偷拍的美女照片，都是以前見到的或者認識的女子，也偶爾有比較露骨的那種照片，千鈞把美女照片當做一種收藏愛好。三女臉色都很不好看，千鈞急忙道，「我只是欣賞美女而已，沒有什麼不軌的想法……」隨後就是一陣雞飛狗跳，「千鈞！你給我站住別動！」「我的劍呢，看我不砍死你！」「你去找你的美女吧，今天晚上不準回家！」千鈞大喊，「我要人權……」